Leta i den här bloggen


torsdag 3 maj 2018

RNF geeneistä RING finger proteiinien ja niiden geenien luettelo

https://www.genenames.org/cgi-bin/genefamilies/set/58
Näissä RING finger proteiineissa TRIM-superperhe on alaluokka, jolla on RBCC-motiivi tunnusomainen ( Tripartite).

RING finger domain: In molecular biology, a RING (Really Interesting New Gene) finger domain is a protein structural domain of zinc finger type which contains a Cys 3 HisCys 4 amino acid motif which binds two zinc cations. This protein domain contains from 40 to 60 amino acids. Many proteins containing a RING finger play a key role in the ubiquitination pathway. [Source: Wikipedia]
The mapped domains of Q9Y3C5, encoded by the RNF11 gene, an example gene within the family. [Source: Pfam & UniProt]
154 amino acids

Family contains the following subsets

Genes contained within the family: 304


Jo NNR 2012 mainitsi, että kehossa on runsasti  sinkkipitoisia entsyymejä-  Näitä RNF- nimellä kulkevia  on kaiketi yli 227 , tässä taulukossa 227 on  niiden suurin luku.  Muuten taulukko sisältää 304 geeniä. TRIM-proteiineja mainitaan   kliinisesti  ainakin 70-80  tarkemmin tutkittuna.
Lie  muitakin  sinkkipitoisia entsyymiproteiineja.

Keräsin tästä taulukosta  eri kromosomien RNF proteiiit  ruudukkoon.
  Katson ensinnäkin niitä kromosomeja, joissa ei ole proteiiniksi koodautuvien  TRIMien -alaryhmää, mitä RNF-proteiineja niissä ilmenee.  Jokaisesta  näistä on enemmänkin tietoa ja niistä voi saada selvielle, mikä osuus niillä on  immuunivasteessa ja  karsinogeneesissä.

Kromosomit 12, 18, 20, 21, 22, Y

Kromosomi 12
RNF10, 34, 41, 52,116, 140, 154, 179.
Kromosomi 18:
RNF 125,138, 152, 165, 167, 194.
Kromosomi 20
RNF23, 37, 50, 54, 116.
Kromosomi 22
RNF75, 78, 79, 120, 185, 203, 215.



Inga kommentarer:

Skicka en kommentar