SOLUSYKLI: SLUG

Visar inlägg med etikett SLUG. Visa alla inlägg

tisdag 12 mars 2024

Snail, Slug ja Smad-interaktioprotein1 metastaattisessa ovariaali ja rintasyövässä taudin aggressiivisuudessa (2005). SNAIL perhe 2022 .

2005

https://acsjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/cncr.20946

2021 ( SNAI1 polymorfismin osuus )

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S2452014421002648

Volume 24, September 2021, 101279

, , , , , ,

Highlights

•SNAI1 involves in many carcinogenic processes and has been considered as a new therapeutic target.

Since SNAI1 is crucial in carcinogenesis, the effects of SNAI1 gene variations on oncogenic processes have become important in recent years.
In the present study, we investigated the effects of SNAI1 rs6125849 G>A variation on several features of colorectal cancer (CRC).
According to our results, rs6125849 variation might have an effect on metastasis and patients survival but not CRC risk and primary tumor location.
Further in vitro and in vivo studies are necessary to validate our results and understand the function of rs6125849 polymorphism.

2022 (SNAI sinkkisormiproteiiniperheen jäsenistä . Onko näistä jotain löytöä mihin perustaa syöpälääkitystä?)

ORIGINAL RESEARCH article

Front. Cell Dev. Biol., 08 July 2022
Sec. Signaling
Volume 10 - 2022 | https://doi.org/10.3389/fcell.2022.906885

This article is part of the Research Topic

TGF-β and BMP Signaling in Cancer

View all 12 Articles

Analysis of the Effect of SNAI Family in Breast Cancer and Immune Cell

We comprehensively analyzed the roles of SNAIs in cancer. We used Oncomine and TCGA data to analyze pan-cancer SNAI transcript levels. By analyzing UALCAN data, we found correlations between SNAI transcript levels and breast cancer patient characteristics. Kaplan–Meier plotter analysis revealed that SNAI1 and SNAI2 have a bad prognosis, whereas SNAI3 is the opposite. Analysis using the cBio Cancer Genomics Portal revealed alterations in SNAIs in breast cancer subtypes.

The results showed that SNAI protein levels were correlated with the expression of several immunomodulators and chemokines. Through analysis of PharmacoDB data, we identified antitumor drugs related to SNAI family members and analyzed their IC50 effects on various breast cancer cell lines. In summary, our study revealed that SNAI family members regulate different immune cells infiltrations by gene copy number, mutation, methylation, and expression level. SNAI3 and SNIA1/2 have opposite regulatory effects. They all play a key role in tumor development and immune cell infiltration, and can provide a potential target for drug therapy.

(Huom: kudos-hypoxia-tekijän osuuden heijastus tähän SNAI-proteiinien säätymiseen)

SNAI3 (SMUC, ZNF293) tekee interaktion SMAD 2 ja SMAD 4 proteiinien kannsa ja nämä taas verkostoituvat HIF1A ja histoiasetylaasien HDAcs suuntaan.

https://string-db.org/cgi/network?taskId=b6WUo05jUSr1&sessionId=bbL7sWYOUvpk

Gene Families for SNAI3 Gene

HGNC:

Human Protein Atlas (HPA):

Predicted intracellular proteins
Transcription factors

Protein Domains for SNAI3 Gene

InterPro:

Blocks:

C2H2-type zinc finger signature

SNAI3_HUMAN :

Domain:

Binds E-box via C2H2-type zinc finger domain.

Family:

Belongs to the snail C2H2-type zinc-finger protein family.

Molecular function for SNAI3 Gene according to UniProtKB/Swiss-Prot

Function:

Seems to inhibit myoblast differentiation.
Transcriptional repressor of E-box-dependent transactivation of downstream myogenic bHLHs genes.
Binds preferentially to the canonical E-box sequences 5'-CAGGTG-3' and 5'-CACCTG-3' (By similarity). SNAI3_HUMAN,Q3KNW1

måndag 3 juni 2019

Sinkkisormiproteiinien fysiologisesta osasta. Rasvakudos. Adipogeneesin säätö.

Lähde: M.Cassandri (2017) Adipose tissue. Adipogenesis.
Adipogeneesin positiivinen säätö: ZNF638 ja SLUG.
Adipogeneesin negatiivinen säätö: GATA-2, GATA-3.

Viimeaikaiset tutkimukset ovat paljastaneet laajenevan joukon sinkkisormiproteiineja (ZNF), joilla on avainasemassa olevaa transkriptionaalista säätelytehtävää adipogeneesissä. Esimerkiksi matriinityyppinen ei-transkriptiotekijä ZNF638 näyttää positiivisesti säätelevän adipogeneesiä, sillä sen ilmentymä kasvaa preadiposyyttien erilaistumisen aikana. Todellakin ektooppisen ZNF638:n ilmentyminen johtaa lisääntyneeseen adipogeneesiin in vitro (koeputkessa).
Toisaalta ZNF638:n ilmentymisen estäminen vähentää erilaistumista inhiboimalla adiposyyttispesifisten geenien expressoitumista.
Erityisesti ZNF638 edistää adipogeneesiä toimimalla transkriptionaalisena kofaktorina CCAAT:lle, joka on nopeuttajaan sitoutuva proteiini (C/EBP enhancer-binding protein) ja johtaa PPARGgamman ilmentymiseen ja PPARgamma taas säätelee adiposyyttien differentoitumista. ( PPARgamma, Peroxisome Proliferator - Activated Receptor gamma).

ZNF638 (2p13.3- p13.2), ZFML, NP220, CTCL tumor antigen se33-1, Cutaneous T-cell lymphoma associated antigen se 33-1, DNA binding nuclear protein 220
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/27332
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30430444

SLUG (C2H2-tyyppinen transkriptiofaktori) osallistuu myös adiposyyttien erilaistumiseen in vitro ja in vivo ( koeputkessa ja kehossa). Verrattaessa wt- hiiriin ( wild type mouse) ilmeni SLUG -poistogeenisillä hiirillä vähentynyt määrä valkoista rasvakudosta (WAT, white adipose tissue) . Mutta jos hiirillä yli-ilmennettiin Slug-geeniä, valkoisen rasvakudoksen määrä lisääntyi.
Verrattaessa wt- hiirien embryonaalisia fibroblasteja (MEF) SLUG- vajeisten hiirien embryonaalisiin fibroblasteihin (MEF), havaittiin geenivajeisissa fibroblasteissa huonontunut adipogeneesi.
SLUG kontrolloi valkoisen rasvakudoksen kehittymistä mahdollisesti haittaamalla histonideasetylaasin 1 (HDAC1) rekrytoitumista PPARGgamman promoottorille ja suosimalla PPARGgamman transkriptionaaliseen aktivaatioon helpommin saatavilla olevaa kromatiinitilaa.
(Tästä on esimerkki kuvassa 2d.)
SLUG (8q11.21) , Zinc finger protein SNAI2, Neural crest transcription factor SLUG
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6591

Päinvastoin kuin ZNF638 ja SLUG niin GATA-transkriptiofaktorit GATA2 ja GATA-3 toimivat negatiivisina adiposyyttidifferentaation säätelijöinä. Niitten ilmentymistä havaitaankin preadiposyyteissä ja ilmentymät vähenevät erilaistumisen edetessä. Johdonmukaista onkin, että GATA2:n ja GATA3:n ektooppinen ilmentyminen preadiposyyteissä estää preadiposyyttien muuttumisen adiposyyteiksi sitoutumalla PPARgamman promoottoriin ja estämällä PPARgamman ilmentymistä.
Lisäksi GATA2 ja GATA3 tekevät myös interaktioita C/EBP-alfan ja C/EBP-beetan kanssa vaimentaen niiden transkriptionaalisia aktiivisuuksia.
Molemmat mainitut molekulaariset mekanismit vaaditaan adipogeneesin negatiiviseen säätelyyn.
GATA2. (3q21.3) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2624
https://www.cancertherapyadvisor.com/home/decision-support-in-medicine/hematology/disorders-of-neutrophils-gata2-deficiency-monomac2-dcml-emberger-familial-aml-mds-classical-nk-cell-deficiency/
DCML, IMD21, NFE1B, MONOMAC

GATA3, (10p14), https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2625
https://www.omim.org/entry/131320

tisdag 21 maj 2019

SNAIL1, SNAIL2 ja SNAIL3, eräs sinkkisormiproteiiniperhe (ZNF C2H2 - tyyppinen )

Tällä sinkkisormiproteiinilla Snail on luomakunnassa 800 miljoonan vuoden taustahistoria, jota fylogeneettinen tutkimus selvittää.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4507178/

Ihmisellekin on jäänyt tästä muistona geeniä, jolla on merkitystä.SNAIL- geenit, jotka ovat on transkriptionaalisia repressoreita 1. Ne säätää alas ektodermaalisia geenejä mesodermin sisässä alkiokehityksen tarpeen mukaisesti. Geeniä ilmenee solun tumajyväsessä ja proteiinia tumassa. Geemillä on alkiossa merkitystä mesodermin muodostumisessa normaalissa EMT/MET- prosessissa.
SNAIL2 geeni tunnetaan paremmin nimellä SLUG ja SNAIL3 nimellä SMUC. Tässä Sinkkisormiproteiiniryhmässä ZNF CH2H on 720 geeniä ja niistä transkriptiotekijöitä on 372. Muutama jäsen riitä ryhmästä maintiaan näiden SNAIL- proteiinien jälkeen sivun lopussa.

SNAIL1 (20q13.3) , SNAIL
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/6615

SNAI1 snail family transcriptional repressor 1 [ Homo sapiens (human) ]

Also known as: SNA; SNAH; SNAIL; SLUGH2; SNAIL1; dJ710H13.1
Summary: The Drosophila embryonic protein snail is a zinc finger transcriptional repressor which downregulates the expression of ectodermal genes within the mesoderm. The nuclear protein encoded by this gene is structurally similar to the Drosophila snail protein, and is also thought to be critical for mesoderm formation in the developing embryo. At least two variants of a similar processed pseudogene have been found on chromosome 2. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Expression Broad expression in gall bladder (RPKM 10.2), thyroid (RPKM 5.1) and 21 other tissues See more
Orthologs mouse all

Preferred Names: zinc finger protein SNAI1

Names: protein sna; protein snail homolog 1; snail 1 homolog; snail 1 zinc finger protein; snail family zinc finger 1; snail homolog 1

SOLUSYKLI

Leta i den här bloggen