Leta i den här bloggen

Visar inlägg med etikett antiviraali. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett antiviraali. Visa alla inlägg

fredag 27 april 2018

TRIM25 (Kr.17q22), ZNF147, EFP,(C_IV-PRY/SPRY)

TRIM25 Kr. 25 (Kr.17q22), ZNF147, EFP, POB1, TEF3,(C_IV, PRY SPRY

(Old TRIMs joukkoon kuuluva, rakenne selvitetty 1993,  1995 aikoihin  ja siinä kuvataan aluksi kolme sinkkiä sitovaa domeenia RING, BBox1, Bbox 2 ja sitten Coiled -coil domeeni ja 3 ”RFP -like”domeenia, ”ringfingerproteiinin kaltaista domeenia ” mutta toisissa kaavakuvissa mainitaan nykyluokitelu C-IV-terminaalin mukaan  PRY/SPRY tyyppiseksi. 
Rakenteesta havaitsee monia yksityiskohtia, joka lie tyypillistä vain TRIM25-sinkkisormiproteiinirakenteelle.
 Tämä näkyy referenssisekvenssistä, joka  on saatavilla netissä. Otan kopiontalteen. 

Runsasyksityiskohtainen TRIM25 luokitellaan C-IV PRY/SPRY rakenteisiin ( siis sekvenssistä on luettavissa hahmoa -p- r- y- s- p-r-y ) jaksosta 459-627 ”PRY_SPRY_TRIM25”. 
Peptidipituudeksi on tässä referenssissä valittu 1-630 aminohappoa. Tämä proteiini sijoittautuu sytoplasmaan. Mutta sen rakenteesta näkee, että sillä on DNA:ta sitomaan pystyvää- ja dimerisaatio-transaktivaatiodomeenia, joten se voi toimia transkriptiotekijänä, kuten usea TRIM-perheen proteiini. Geenin ilmentyminen säätyy ylös estrogeenistä. Tästä tuli varhain nimikin EFP (Estrogen-responsive Finger Protein). Nyt pidetään sitä primäärivastegeeninä estrogeenin vaikutuksissa rintasyöpään. Geenin ilmenemä on yleistä luuytimessä, ihossa ja 25 muussa kudoksessa.

EFP; Z147; RNF147; ZNF147 Summary. The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. The protein localizes to the cytoplasm. The presence of potential DNA-binding and dimerization-transactivation domains suggests that this protein may act as a transcription factor, similar to several other members of the TRIM family. Expression of the gene is upregulated in response to estrogen, and it is thought to mediate estrogen actions in breast cancer as a primary response gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] Expression. Ubiquitous expression in bone marrow (RPKM 21.8), skin (RPKM 15.8) and 25 other tissues See more
 

TRIM25 rakenteen konservoidut domeenit:

Conserved Domains (3) summary
cd13736
Location:459 → 627
SPRY_PRY_TRIM25; PRY/SPRY domain in tripartite motif-containing domain 25 (TRIM25)
cl00087
Location:180 → 252
HR1; Protein kinase C-related kinase homology region 1 (HR1) domain that binds Rho family small GTPases
cl17238
Location:13 → 53
RING; RING-finger (Really Interesting New Gene) domain, a specialized type of Zn-finger of 40 to 60 residues that binds two atoms of zinc; defined by the 'cross-brace' motif C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)- H-X(2-3)-(N/C/H)-X2-C-X(4-48)C-X2-C; probably involved in ...
Rakenne ( 1 kpl esitetty)  Kannattaa muuten katsoa GenPept lähde!
GenPept

TRIM25 geeniin liittyviä artikkeleita. _Related articles in PubMed

Kiinnostavia artikkeleita   tämän TRIM25 antivirusvaikutuksista.  

GeneRIFs: Gene References Into Functions

TRIM25 ja paramyxovirukset 

Suomennosta:
 Paramyxoviruksen V-proteiinit ovat tunnettuja antgonisteja RIG-1-reseptorin kaltaisille reeptoreille (RLR) ja tekevät  interaktiota MDA5:n kanssa ( , joka tunnistaa pitkiä RNA viruksia). Tutkijat selvittävät myös Nipa V-proteiinin interaktioita sekä RIG-1 :n säätelyproteiinin TRIM25:n että RIG-1:n kanssa. (RIG-1 tunnistaa lyhyitä RNA-viruksia).

 He tekivät myös huomioita näiden mainittujen isäntäkehon proteiinien (TRIM25, RIG-1, RLR MDA5) interaktioista tuhkarokkoviruksen, Sendai -viruksen ja parainfluenssaviruksen V-proteiinien kanssa.Näitä interaktioita välittää viruksen puolelta V-proteiinin konservoitu C-terminaalinen domeeni, joka sitoutuu peräkkäisiin CARD domeeneihin ( kaspaasiaktivaatio- ja rekrytointidomeeneihin joita  RIG-1 omaa ja joka on se kohta, mitä TRIM25 ubikitinoi,) ja TRIM25:n SPRY-domeeniin ( joka välittää TRIM25 interaktion RIG-1 CARD- domeenin kanssa).

 Edelleen tutkijat osoittivat, että viruksen V-interaktio TRIM25:n  ja RIG_1:n kanssa estää TRIM25-välitteisen RIG-1-ubikitinaation ja täten katkaisee RIG-1 signaloinnin alavirran MAVS:lle (mitokondrian antivirussignalointiproteiinille) . Tämä mekanismi on uusi löytö paramyxovirusten V-proteiinin kyvystä estää luonollinen immuunivaste , joka on selvästi eri kuin se, mikä jo tunnetaan: nimittäin niiden V-proteiinien kyky estää MDA5- ja STAT1- välitteiset luonnolliset immuunivasteet ( MDA5 ja STAT1 antagonismilla). 

MERKITYS: Isäntäkehon RIG-1 signalointitie on parainfluenssavirusinfektiossa avainasemassa oleva varhaiseste , koska siitä seuraa nopea antivirusvasteen aloitus. Tässä tutkimuksessa osoitetaan, että paramyxoviruksen V-proteiinit tekevät interaktion RIG-1:n kanssa ja aktivoivat sen keskeyttäen täten antivirurssignalointitien ja nopeuttavat näin viraalia replikoitumista.
  • Paramyxovirus V proteins are known antagonists of the RIG-I-like receptor (RLR)-mediated interferon induction pathway, interacting with and inhibiting the RLR MDA5. We report interactions between the Nipah virus V protein and both RIG-I regulatory protein TRIM25 and RIG-I. We also observed interactions between these host proteins and the V proteins of measles virus, Sendai virus, and parainfluenza virus. These interactions are mediated by the conserved C-terminal domain of the V protein, which binds to the tandem caspase activation and recruitment domains (CARDs) of RIG-I (the region of TRIM25 ubiquitination) and to the SPRY domain of TRIM25, which mediates TRIM25 interaction with the RIG-I CARDs. Furthermore, we show that V interaction with TRIM25 and RIG-I prevents TRIM25-mediated ubiquitination of RIG-I and disrupts downstream RIG-I signaling to the mitochondrial antiviral signaling protein. This is a novel mechanism for innate immune inhibition by paramyxovirus V proteins, distinct from other known V protein functions such as MDA5 and STAT1 antagonism. IMPORTANCE The host RIG-I signaling pathway is a key early obstacle to paramyxovirus infection, as it results in rapid induction of an antiviral response. This study shows that paramyxovirus V proteins interact with and inhibit the activation of RIG-I, thereby interrupting the antiviral signaling pathway and facilitating virus replication.
Kommenttini: (Paramyxoviruksista perustietoa: Niistä parotiittivirus ja tuhkarokkovirus ovat  saaneet vastaansa rokotteen. RSV-virusta vastaan ei ole vaaratonta rokotetta. Se on varsinainen häivevirus tässä perheessä. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8461/ , siis sillä lienee vähemmän ag materiaalia, johon voi perustaa  rokotteen. https://www.cdc.gov/features/rsv/index.html

TRIM25 kuuluu RIG-1 signalosomiin

(Suomennosta) Antiviraalivasten tiet indusoivat interferonia signalosomien avulla. Ne ovat erittäin sofistisia signaloivien kompleksin koostumisjärjestelmiä kuten RIG-1 signalosomi (lyhyiden RNA virusten havaitsija). RIG-signalosomia säätelee K63-linkkiytyneet polyubikitiiniketjut, joita TRIM25, E3 -ubikitiiniligaasi syntetisoi. Tutkijat ovat aiemmin osoittaneet, että TRIM25:n C-C-domeeni on stabiili, dimeerissä muodostaa antiparalleelin, joka omaa kaksikatalyyttistä RING-domeenia pidentyneen sauvan molemmissa päissä. RING-domeeni on erillillinen itsestään assosioituva motiivi, joka dimeerinä rekrytoi ubikitiiniä konugoivaa entsyymiä E2. Katalyysiin vaaditaan RING-dimerisaatio, myös TRIM25- välitteiseen RIG-1 ubikitinaatioon, interferonin induktioon ja antivirusaktiivisuuteen. Tutkijat osoitavat myös, että TRIM25:n SPRY-domaanin sitoutuminen RIG-1 effektoridomeeniin edistää RING-dimerisaatiota ja E3-ligaasiaktiivisuutta. Nämä tutkimustulokset osoitavat, että TRIM25 osallistuu aktiivisti RIG_1-signalosomin ”higher-order assembly” kompleksiin ja avustaa RIG-1 väliteisen antivirusvasteen tehokkuuden hienosäädössä.
  • Antiviral response pathways induce interferon by higher-order assembly of signaling complexes called signalosomes. Assembly of the RIG-I signalosome is regulated by K63-linked polyubiquitin chains, which are synthesized by the E3 ubiquitin ligase, TRIM25. We have previously shown that the TRIM25 coiled-coil domain is a stable, antiparallel dimer that positions two catalytic RING domains on opposite ends of an elongated rod. We now show that the RING domain is a separate self-association motif that engages ubiquitin-conjugated E2 enzymes as a dimer. RING dimerization is required for catalysis, TRIM25-mediated RIG-I ubiquitination, interferon induction, and antiviral activity. We also provide evidence that RING dimerization and E3 ligase activity are promoted by binding of the TRIM25 SPRY domain to the RIG-I effector domain. These results indicate that TRIM25 actively participates in higher-order assembly of the RIG-I signalosome and helps to fine-tune the efficiency of the RIG-I-mediated antiviral response.
     

TRIM25 ja Dengue virus (flavivirus)

(Suomennosta) 
Dengueviruksen globaali leviäminen on lisäännyt virusten geneettistä diversiteettiä , mikä liittyy suurempaan epidemiseen potentiaaliin. Nämä viraalit kuntoisuudet (viral fitness) taas ovat vaikeita määritellä. Tutkijat keskittyivät selvittämään asiaa dengueviruksella:  Puerto-Ricon 1994 epidemian vieras ja kotimainen Denguevirus otettiin tutkittavaksi. Alueelle vieras serotyyppi tuotti kohonneita flavivirus-RNA pitoisuuksia ja osoitti sekvenssista riippuvaa sitoutumista TRIM25 proteiiniin estäen sen funktiota virussensorijärjstelmässä (RNA- RIG-1 /MAVS/ IFN tuotanto/antivirusgeenien herätys). Osoitettiin tehoa hankkineen virusRNA:n ja isäntäproteiinin interaktio, se evaasiotapa, jolla virus vältti luonnollisen immuniteetin vasteen. Todettiin että evaasiokyky johtui viruksen kohonneesta virulenssista ja niin se aiheutti epidemian.
  • The global spread of dengue virus (DENV) infections has increased viral genetic diversity, some of which appears associated with greater epidemic potential. The mechanisms governing viral fitness in epidemiological settings, however, remain poorly defined. We identified a determinant of fitness in a foreign dominant (PR-2B) DENV serotype 2 (DENV-2) clade, which emerged during the 1994 epidemic in Puerto Rico and replaced an endemic (PR-1) DENV-2 clade. The PR-2B DENV-2 produced increased levels of subgenomic flavivirus RNA (sfRNA) relative to genomic RNA during replication. PR-2B sfRNA showed sequence-dependent binding to and prevention of tripartite motif 25 (TRIM25) deubiquitylation, which is critical for sustained and amplified retinoic acid-inducible gene 1 (RIG-I)-induced type I interferon expression. Our findings demonstrate a distinctive viral RNA-host protein interaction to evade the innate immune response for increased epidemiological fitness.

HPV (dsDNAvirus) tekee TRIM25-RIG-1-MAVS-signaloinnin tyhjäksi eräällä virusproteiinillaan(E6).

Suomennosta: Retiinihapon indusoima geeni-1 eli RIG-1 on avain-PRR (patogeenin mallintunnistusreseptori), joka tunnistaa viruksen RNA:ta ja sitten tekee tiedonannon mitokondria- adaptorille MAVS (= mitokondrian antivirussignaaliproteiini) ja näin liipaistuu esiin signaalikaskadi (ketjureaktio), joka johtaa 1-tyypin interferonin tuotantoon.Tämä signaloinitakseli saa alkunsa TRIM25:n tekemästä RIG-1:n K63-ubikitinaastiosta , joka edistää RIG-1:n ja MAVS:in interaktiota. Äskettäin on tunnistettu USP15, joka on TRIM25:n ylävirran säätelijä stabiloiden entsyymiä poistamalla hajoitustiehen johtavan K-48-linkkiytyneen polyubikitinaation ja näin se lopulta edistää RIG-1:stä johtuvia sytokiinivasteita.
    Tässä tutkimustyössä tutkijat osoittavat, että onkoproteiini E6, dsDNA-virus HPV-tyypistä 16 ja eräästä toisesta HPV-tyypistä muodostivat kompleksin TRIM25 ja USP15:n kanssa ihmisen soluissa. TRIM25:n K48-linkkiytynyt ubikitinaatio lisääntyi huomattavasti E6-vaikutuksesta ja siitä johtuen TRIM25:n hajoaminen lisääntyi . Edelleen tutkijat osoittivat, että TRIM25:n suorittama RIG:n K63-ubikitinaatio ja samoin CARD-välitteinen interaktio MAVS:in kanssa estyivät. HPV16 E6 (mutta ei E7) suppressoi, vaimensi, RIG-1 välitteistä  IFNbeta-kemokiinien ja interferonilla stimuloituvien geenien (ISG) induktiota. Lisäksi osoitettiin, että TRIM25-RIG-1-MAVS-kolmikko on tärkeä antivirusimmuunivasteen aikaansaamisessa myös HPV16 infektiossa. Tutkimuksessa tunnistettiin  täten  uusi immuunievaasiomekanismi, joka on konservoitunut eri HPV-kannoissa ja viittaa siihen, että RIG-1 signalointitie omaa tärkeän osan HPV-infektion aiheuttamassa luonnollisessa immuunivasteessa.   ( HPV kuuluu pienen dsDNA.n omaaviin papillomaviruksiin)
  • MERKITYS: HPV:n ylläpitämä pinttynyt infektio ja sen tumorigeenisyys vaatii monien soluprosessien manipulointia virukselta ja niihin kuuluvat luonnolliset immuunivasteet. Tässä on osoitettu, että HPV E6-onkoproteiini antagonisoi luonnollisen immuniteetin sytoplasmisen sensorin RIG-1:n aktivaatiota kohdentamalla ylävirran säätelyentsyymeihin TRIM25 ja USP15. Tutkijat osoittavat myös, että RIG-1 signalointikaskadi on tärkeä luonnollisessa antivirusimmuunivasteessa HPV16-infektiota kohtaan. Samalla tutkimus antaa näyttöä RIG-1:n ratkaisevasta osuudesta isäntäkehon antiviruvasteessa pieniä DNA-viruksia kohtaan, johon tämä Papillomaviridae-perhe kuuluu. RIG-1 tunnetaan lähinnä RNAvirusinfektioiden sensorina ja siinä sen osuus on luonnehdittu hyvin.
    Lisätietoa HPV viruksesta joka on pieni dsDNAvirus
  • Retinoic acid-inducible gene I (RIG-I) is a key pattern recognition receptor that senses viral RNA and interacts with the mitochondrial adaptor MAVS, triggering a signaling cascade that results in the production of type I interferons (IFNs). This signaling axis is initiated by K63-linked ubiquitination of RIG-I mediated by the E3 ubiquitin ligase TRIM25, which promotes the interaction of RIG-I with MAVS. USP15 was recently identified as an upstream regulator of TRIM25, stabilizing the enzyme through removal of degradative K48-linked polyubiquitin, ultimately promoting RIG-I-dependent cytokine responses. Here, we show that the E6 oncoprotein of human papillomavirus type 16 (HPV16) as well as of other HPV types form a complex with TRIM25 and USP15 in human cells. In the presence of E6, the K48-linked ubiquitination of TRIM25 was markedly increased, and in line with this, TRIM25 degradation was enhanced. Our results further showed that E6 inhibited the TRIM25-mediated K63-linked ubiquitination of RIG-I and its CARD-dependent interaction with MAVS. HPV16 E6, but not E7, suppressed the RIG-I-mediated induction of IFN-β, chemokines, and IFN-stimulated genes (ISGs). Finally, CRISPR-Cas9 gene targeting in human keratinocytes showed that the TRIM25-RIG-I-MAVS triad is important for eliciting an antiviral immune response to HPV16 infection. Our study thus identifies a novel immune escape mechanism that is conserved among different HPV strains and further indicates that the RIG-I signaling pathway plays an important role in the innate immune response to HPV infection.IMPORTANCE Persistent infection and tumorigenesis by HPVs are known to require viral manipulation of a variety of cellular processes, including those involved in innate immune responses. Here, we show that the HPV E6 oncoprotein antagonizes the activation of the cytoplasmic innate immune sensor RIG-I by targeting its upstream regulatory enzymes TRIM25 and USP15. We further show that the RIG-I signaling cascade is important for an antiviral innate immune response to HPV16 infection, providing evidence that RIG-I, whose role in sensing RNA virus infections has been well characterized, also plays a crucial role in the antiviral host response to small DNA viruses of the Papillomaviridae family. 

TRIM ja inluenssa A-virus. Kuva RIG-1 signalosomista

Muihin RNA viruksiin verrattuna tämä jo vaikuttaa kiltiltä  ja virittelee  immuunivastetta ja pitää sen ajan tasalla vuodesta toiseen plastisesti. Ehkä se on edullista  ihmisen globaalin genomin  TRIMpankille.  Ja varsinkin aiheuttaa, että ihmiskunta pitää näkymättömiä viruksia  olevaisina ja kombinoi rokotteita. Kognitiivisesti  edullinen virus.

TRIM25 ja retrovirus ?

TRIM-proteiinien coiled coil-rakenne  on tarpeen kun  TRIM-prooteiini dimerisoituu-. Nämä helikaaliset jaksot asettuvat antiparalleelisti  sitten, että dimeerissä on RING-muodostuma molemmissä päädyissä.  N-terminaaliset  katalyyttiset RING-domeenit ovat "sauvassa" päissä ja keskellä dimeerissä on C-terminaaliset  subtraatteja sitovat domeenit.  Tosi työkalu!  Tämäkin tertiäärinen ja kvaternaarinen rakenne on TRIMproteiineille konservoitunut.
 Tässä artikkelissa kerrotaan, miten  coiled-coil (helikaalialue)  organisoi  TRIM25:n suorittaman  RIG-1 polyubikitinaation ja  täten  virusRNA:n tunnistuskompleksin.
 Mitä retrovirukseen tulee, artikkelissa maintiaan TRIM5alfan  dimeerien  kyky järjestyä hexagonaalisesti ja tunnistaa  HIV-1 kapsidiverkosto ja aiheuttaa sille  restriktiota-  Mutta  tässä yhteydessä ei puhuta TRIM25 osuudesta  retrovirusten tunnistukseen.  Niitä tietoja voi hakea päinvastoin siitä lähteestä, missä  kuvataan, että retrovirus tunnistaa  TRIM25:n jostain syyystä
..
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22082156 ) Knockdown of tripartite motif containing 25 (TRIM25) by siRNA enhances the early stages of HIV-1 replication in HeLa-CD4 cells infected with viral pseudotypes HIV89.6R and HIV8.2N
Retrovirusten vastaista luonnollista  immuniteettia seulotaan hyvin laajalti esiin. 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24550273/  (sivumennen maintien tässä yhteydessä) ..
  • Tripartite motif (TRIM) proteins make up a large family of coiled-coil-containing RING E3 ligases that function in many cellular processes, particularly innate antiviral response pathways. Both dimerization and higher-order assembly are important elements of TRIM protein function, but the atomic details of TRIM tertiary and quaternary structure have not been fully understood. Here, we present crystallographic and biochemical analyses of the TRIM coiled-coil and show that TRIM proteins dimerize by forming interdigitating antiparallel helical hairpins that position the N-terminal catalytic RING domains at opposite ends of the dimer and the C-terminal substrate-binding domains at the center. The dimer core comprises an antiparallel coiled-coil with a distinctive, symmetric pattern of flanking heptad and central hendecad repeats that appear to be conserved across the entire TRIM family. Our studies reveal how the coiled-coil organizes TRIM25 to polyubiquitylate the RIG-I/viral RNA recognition complex and how dimers of the TRIM5α protein are arranged within hexagonal arrays that recognize the HIV-1 capsid lattice and restrict retroviral replication. 

 TRIM 25 , SARS CoV ja MERS CoV

http://jvi.asm.org/content/early/2017/01/26/JVI.02143-16.full.pdf
Vaikuttaa siltä että molemmat koronavirukset  N-proteiineillaan  inhiboivat  TRIM25-välitteisen RIG-1-ubikitinaation  tekemällä interaktion  TRIM25:n SPRYdomaaniin. Täten estyy RIG-signalosomivälitteinen   luonnollisen immuniteetin varhaisvaste molemmille koronaviruksille.
Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , , , ,

torsdag 12 april 2018

TRIM6 (Kr.11p15.4), RNF89. erikoistunut kehittämään IFN-I interferonivastetta viruksille . Viruksen kaappaama .

TRIM6 (Kr.11p15) , RNF89

TRIM6 geeni sijaitsee useiden kr.11  TRIMgeenien kanssa  klusterissa  segmentissä 11p15.4. Sen lokalisoituminen on tumaan ja funktiota ei ollut tarkasti ilmoitettu vielä vuonna 2010. Geeni ilmenee eniten munuaisessa ja testiksessä ja hieman myös 15 muussa kudoksessa. Alternatiivein pleissauksin kirjoittuu useita variantteja. TRIM6:n osuutta on todettu interferonivasteen (IFN-1) kehittämisessä . Muutama vakavia tauteja aiheuttava virus on kaapannut TRIM6 -toiminta-alueen avustamaan omaa replikaatiotaan ja kumomamaan TRIM6- välitteisen antiviraalin interferonivasteen.

On havaittu , että TRIM34 voi muodostaa fuusioproteiinin tämän TRIM6:n kanssa interferonista riippuvalla geeniluennalla (Se on ”read through RNF 21”(IFP1, IFN responsive finger protein1) , TRIM34 -TRIM6 ja on saanut oman RNF nimen ja sisältää kaksi RING- domeenia pisimmässä versiossaan).

Gene TRIM6, RNF89
  • Summary The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/117854
  • The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, B-box type 1 and B-box type 2 domain, and a coiled-coil region. The protein localizes to the nucleus, but its specific function has not been identified. This gene is mapped to chromosome 11p15, where it resides within a TRIM gene cluster. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A read-through transcript from this gene into the downstream TRIM34 gene has also been observed, which results in a fusion product from these neighboring family members. [provided by RefSeq, Oct 2010] Expression Broad expression in kidney (RPKM 10.6), testis (RPKM 6.4) and 15 other tissues See more

Rakennetietoa: konservoituneet domeenit ( variantti 1:stä isoformi 1)

Conserved Domains (4) summary
smart00336
Location:121 → 161
BBOX; B-Box-type zinc finger
cd15823
Location:327 → 514
SPRY_PRY_TRIM6; PRY/SPRY domain in tripartite motif-binding protein 6 (TRIM6), also known as RING finger protein 89 (RNF89)
cl17238
Location:43 → 87
RING; RING-finger (Really Interesting New Gene) domain, a specialized type of Zn-finger of 40 to 60 residues that binds two atoms of zinc; defined by the 'cross-brace' motif C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)- H-X(2-3)-(N/C/H)-X2-C-X(4-48)C-X2-C; probably involved in ...
cl23765
Location:170 → 287
iSH2_PI3K_IA_R; Inter-Src homology 2 (iSH2) helical domain of Class IA Phosphoinositide 3-kinase Regulatory subunits
Tuoretta lisätietoa : Related articles in PubMed

Kaapattu TRIM6:  EBOV virusproteiini VP35

  1. The Host E3-Ubiquitin Ligase TRIM6 Ubiquitinates the Ebola Virus VP35 Protein and Promotes Virus Replication. Bharaj P, et al. J Virol, 2017 Sep 15. PMID 28679761, Free PMC Article . Ebolavirus kuuluu Filoviridae perheeseen ja on hyvin patogeeninen virus aiehutaten vaikeita verenvuotokuumeita ihmisessä ja järjestää epidemioita Saharan eteläisissä alueissa, Keski- ja Länsi-Afrikassa . EBOV genomi koodaa proteiinia VP35 ja se on virukselle tärkeä replikaatiossa viruspolymeraasin essentiellinä osana ja myös vahvana antagonistina isäntäkehon antivirusvaikutteiselle interferonille IFN-I- järjestelmälle. Tutkijat selvittivät että VP35 ubikitinoituu lysiiniin K309, joka sijaitsee sen IFN-antagonimsidomeenissa. Lisäksi he havaitsivat ,etä VP35 tekee interaktion E3 ubikitiiniligaasi TRIM6:n kanssa . Tutkijat ovat aiemmin osoittaneet, että TRIM6 edistää ankkuroimattomien K48-linkkiytyneiden polyubikitiiniketjujen synteesiä eikä ne ole kovalentisti littyneinä mihinkään proteiiniin ja niiden tarkoitus on indusoida tehokasta IFN-1-välitteistä antivirusvastetta. Johdonmukaisesti tämän tiedon mukaan myös Ebolan VP35 liittyy näihin polyubikitiiniketjuihin ja tekee tyhjäksi TRIM6:n yrittämän IFN-I induktion.Lisäksi tutkijat havaitsivat, että TRIM6 lisää Ebolaviruksen polymeraasin aktiivisuutta (minigenomi mentelmässä). TRIM6 poistogeenisissä soluissa infektoiva EBOV replikoitui vähemmän. Nämä tiedot viittaisivat siihen, että VP35 on kaapannut TRIM6:n, luonnollisen immuniteetin antivirustekijän ja asettanut sen edistämään EBOV replikaatiota ubikitinaatioillaan.
  • Abstract Ebola virus (EBOV), a member of the Filoviridae family, is a highly pathogenic virus that causes severe hemorrhagic fever in humans and is responsible for epidemics throughout sub-Saharan, central, and West Africa. The EBOV genome encodes VP35, an important viral protein involved in virus replication by acting as an essential cofactor of the viral polymerase as well as a potent antagonist of the host antiviral type I interferon (IFN-I) system. By using mass spectrometry analysis and coimmunoprecipitation assays, we show here that VP35 is ubiquitinated on lysine 309 (K309), a residue located on its IFN antagonist domain. We also found that VP35 interacts with TRIM6, a member of the E3-ubiquitin ligase tripartite motif (TRIM) family. We recently reported that TRIM6 promotes the synthesis of unanchored K48-linked polyubiquitin chains, which are not covalently attached to any protein, to induce efficient antiviral IFN-I-mediated responses. Consistent with this notion, VP35 also associated noncovalently with polyubiquitin chains and inhibited TRIM6-mediated IFN-I induction. Intriguingly, we also found that TRIM6 enhances EBOV polymerase activity in a minigenome assay and TRIM6 knockout cells have reduced replication of infectious EBOV, suggesting that VP35 hijacks TRIM6 to promote EBOV replication through ubiquitination.

  • Tämä työ antaa näyttöä TRIM6:n merkityksestä isäntäkehon tärkeänä solutekijänä, joka on alkanut edistää EBOV-replikaatiota. Tulevaiset tutkimukset keskittyvät siihen, olisiko TRIM6 mahdollinen kohde EBOV-infektion vastaisissa terapeuttisissa interventioissa. TÄRKEYS: EBOV kuuluu erittäin patogeenisten virusten perheeseen ja aiheuttaa vaikeita hemorrhagioita ihmisissä ja muissa imettäväisissä kortaliteetin ollessa korkea(40- 90%). koska se on kokrkeasti patogeeninen eikä vahvistettuja antiviraaleja lääkkeitä tai rokkotteita ole, EBOV on listattu kärkeen sekä väärinkäyttöriskiasteikkossa 1 että infektiotekijänä riksiluokkaa 4 (tier 1 select-agent risk group 4).
  • Tärkeänä mekanismina EBOV-infektion vakavuudessa on se, että kumoaa luonnollisen immuniteetin vasteet eli etulinjan puolustuksen kehosta. EBOV proteiini VP35 antaa osuutensa patogeneesiin, koska se on viruspolymeraasin välttämätön kofaktori sekä lisäki luonnollisen immuuniteetin vahva antagonisti. Mutta ymmärretään aika niukasti, miten isäntäkehon tekijät säätävät VP35:n.
  • Tämä artikkeli raportoi , kuinka isäntäkehon E3-ligaasi TRIM6 edistää VP35:n ubikitinaatiota ja tulee tärkeäksi viruksen tehokkaalle replikoitumiselle. TRIM6 pidetään uutena havaittuna isäntäkehotekijänä joka voi toimia mahdollisena kohteena kehitettäessä ebolaviruksen vastaisia antiviruslääkkeitä. Yksi tärkeä mekanismi Ebolavirusinfektion vakavuudessa on luonnollisen immuniteetin virusvasteen kumoaminen. 

  • Our work provides evidence that TRIM6 is an important host cellular factor that promotes EBOV replication, and future studies will focus on whether TRIM6 could be targeted for therapeutic intervention against EBOV infection. IMPORTANCE EBOV belongs to a family of highly pathogenic viruses that cause severe hemorrhagic fever in humans and other mammals with high mortality rates (40 to 90%). Because of its high pathogenicity and lack of licensed antivirals and vaccines, EBOV is listed as a tier 1 select-agent risk group 4 pathog responses. The EBOV VP35 protein contributes to pathogenesis, because it serves as an essential cofactor of the viral polymerase as well as a potent antagonist of innate immunity. However, how VP35 function is regulated by host cellular factors is poorly understood. Here, we report that the host E3-ubiquitin ligase TRIM6 promotes VP35 ubiquitination and is important for efficient virus replication. Therefore, our study identifies a new host factor, TRIM6, as a potential target in the development of antiviral drugs against EBOV. An important mechanism for the severity of EBOV infection is its suppression of innate immune

TRIM6-TRIM34 fuusioproteiini (RNF21) (IFP1=IFN responsive Fingerprotein 1)

  1. Molecular cloning of ring finger protein 21 (RNF21)/interferon-responsive finger protein (ifp1), which possesses two RING-B box-coiled coil domains in tandem. Orimo A, et al. Genomics, 2000 Oct 1. PMID 11013086 Genomics. 2000 Oct 1;69(1):143-9. (Suomennosta) (Tämä ilmeinen fuusioproteiini kahdesta RING- domeenista katsotaan eräässä luettelossa (RNF21) TRIM6-TRIM34 fuusioksi ja löytyy RNF haulla).
  2. On kloonattu molekulaarisesti RNF21/IFN-responsiivinen finger proteiini(IFP1) koko pituudeltaan Sillä on kolme isoformia. Pitkä muoto on RBCC-RBCC-B30.2 -domaaninen (fuusio) , keskimolekulaarinen muoto RBCC-B30.2 domaaninen ja lyhyt muoto RBCC- domaaninen. Keskimmäinen muoto säätyi ylös vahvasti interferonistimuluksesta. RNF21 katsotaan alavirran geeniksi, joka välittänee interferonin biologisia vasteita.
  • Molecular cloning of ring finger protein 21 (RNF21)/interferon-responsive finger protein (ifp1), which possesses two RING-B box-coiled coil domains in tandem. Orimo A1, Tominaga N, et al. AbstractWe have cloned the full length of a novel cDNA, named ring finger protein 21 (RNF21), composed of the RING finger-B box-coiled coil (RBCC) domain and the B30.2 domain, which are characteristic of the RBCC-B30.2 family. As a structural feature, the RNF21 cDNA possessed at least three kinds of isoforms, due to alternative splicing, consisting of the long form with the RBCC-RBCC-B30.2 domain, the medium form with the RBCC-B30.2 domain, and the short form with only the RBCC domain. Moreover, respective transcripts corresponding to the three isoforms were detected in various human organs by reverse transcription-PCR and Northern blot analyses. Interestingly, the medium form of the RNF21 mRNA expressed most predominantly was dramatically up-regulated within 8-16 h by interferon stimulation of HeLa cells. These findings suggest that RNF21 is a downstream gene that may mediate interferon's biological action.

        TRIM6 , TRIM34, TRIM5alfa sitoutuvat HIV-1 kapsidiin, mutta eivät pysty tekemään restriktiota

  • Tehokkaasti replikoituakseen virukset ovat evolutionalisesti kehittäneet luonnollisen immuunivasteen kiertäviä ja välttäviä mekanismeja (evaasio). Nipah-virus kuuluu paramyxoviruksiin (henipa-virussukuun) ja on hyvin patogeeninen. Tunnetaan sen koodaavan neljää virusproteiinia (P/C/W/V) ja niillä on IFN-1-antagonistinen funktio. Tässä artikkelissa tutkijat raportoivat, että myös Nipa-viruksen matrixproteiini NiV_M voi estää IFN-1 interferonivasteen. Tämä matrixproteiini on virukselle tärkeä sen uusian osien koostumisessa ja uuden virionin silmukoitumisessa ulos isäntäsolusta.
  • Kehoa puolustavaan IFN-I-interferonituotantoon tarvitaan monia signaloivia komponentteja ja niihin kuuluu IkB-kinaasi epsilon (IKKe). Aiemmin on kuvattu, miten TRIM6 (E3 ubikitiiniligaasi) katalysoi ankkuroimattomien K48-linkkiytyneiden polyubikitiiniketjujen muodostusta - ne eivät kiinnity kovalentisti mihinkään proteiiniin, mutta ne aktivoivat täysitehoisen IKKe- proteiinin, joka (osana signaaliketjua ) indusoi interferonituotannon (IFN-I) ja siitä seuraa eriasteista antivirusvastetta.
  • Tutkimusryhmä osoitti, että Nipa-viruksen M-proteiini tekee interaktion TRIM6 E3 ligaasiin ja edistää sen hajoamista. Tästä on johdonmukainen seuraus, että niitä ankkuroimattomia K48-linkkiytyneitä ubikitiiniketjuja ilmenee yhä vähemmän IKKe;n saattamiseksi tehokkaaksi. Sen oligomerisaatio jää puutteelliseksi, se autofosforyloituu ja IFN-välitteinen antivirusvaste solussa heikkenee. 

  • For efficient replication, viruses have developed mechanisms to evade innate immune responses, including the antiviral type-I interferon (IFN-I) system. Nipah virus (NiV), a highly pathogenic member of the Paramyxoviridae family (genus Henipavirus), is known to encode for four P gene-derived viral proteins (P/C/W/V) with IFN-I antagonist functions. Here we report that NiV matrix protein (NiV-M), which is important for virus assembly and budding, can also inhibit IFN-I responses. IFN-I production requires activation of multiple signaling components including the IκB kinase epsilon (IKKε). We previously showed that the E3-ubiquitin ligase TRIM6 catalyzes the synthesis of unanchored K48-linked polyubiquitin chains, which are not covalently attached to any protein, and activate IKKε for induction of IFN-I mediated antiviral responses. Using co-immunoprecipitation assays and confocal microscopy we show here that the NiV-M protein interacts with TRIM6 and promotes TRIM6 degradation. Consequently, NiV-M expression results in reduced levels of unanchored K48-linked polyubiquitin chains associated with IKKε leading to impaired IKKε oligomerization, IKKε autophosphorylation and reduced IFN-mediated responses.

  • Tämä interferoniantagonismi, mitä Nipaviruksen matrixproteiini (NiV-M) omaa, vaatii konservoituneen lysiinin(K258) kaksiosaisessa tumaan lokalisoivassa signaalissa (NLS)- joita löytyy eri henipa-viruksilta. Tästä johtuen interferonia IFNbeta voi estää mös seuraavien virusten amtrixproteiinit: Ghana virus, Hendra virus ja Cedar virus. Elävä NiV- virus ( mutta ei sensijaan M-proteiinivajeiset rekombinantit NiV) vähensi endogeenista TRIM6 proteiinin ilmenemistä Tutkijat mainitsevat, että ennen tätä tutkimusta ei ole raportoitu että myös paramyxovirusten matrixproteiini (M) osallistuvat luonnollisen immuunivasteen antagonisoimiseen. Tässä on raportoituna luonnollisen immuunijärjestelmän evaasiomekanismi, joka kohdistuu TRIM6- , IKKe- ja ankkuroimattomien polyubikitiiniketjujen molekyyleihin. Löydät laajentavat käsitystä virusten interferoniantagonismistrategioista ja samalla antavat vihjettä uusista kohteista terapeuttisten interventioiden kehittelyyn Nipavirusinfektioita vastaan. 

  • This IFN antagonist function of NiV-M requires a conserved lysine residue (K258) in the bipartite nuclear localization signal that is found in divergent henipaviruses. Consistent with this, the matrix proteins of Ghana, Hendra and Cedar viruses were also able to inhibit IFNβ induction. Live NiV infection, but not a recombinant NiV lacking the M protein, reduced the levels of endogenous TRIM6 protein expression. To our knowledge, matrix proteins of paramyxoviruses have never been reported to be involved in innate immune antagonism. We report here a novel mechanism of viral innate immune evasion by targeting TRIM6, IKKε and unanchored polyubiquitin chains. These findings expand the universe of viral IFN antagonism strategies and provide a new potential target for development of therapeutic interventions against NiV infections.
  1. Determinants of the higher order association of the restriction factor TRIM5alpha and other tripartite motif (TRIM) proteins. Li X, et al. J Biol Chem, 2011 Aug 12. PMID 21680743, Free PMC Article
See all (21) citations in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

  2.  
  3. TRIM6 and the E2-ubiquitin conjugase UbE2K cooperated in the synthesis of unanchored K48-linked polyubiquitin chains, which activated IKKepsilon for subsequent STAT1 phosphorylation. Type I interferons (IFN-I) are essential antiviral cytokines produced upon microbial infection. IFN-I elicits this activity through the upregulation of hundreds of IFN-I-stimulated genes (ISGs). The full breadth of ISG induction demands activation of a number of cellular factors including the IκB kinase epsilon (IKKε). However, the mechanism of IKKε activation upon IFN receptor signaling has remained elusive. Here we show that TRIM6, a member of the E3-ubiquitin ligase tripartite motif (TRIM) family of proteins, interacted with IKKε and promoted induction of IKKε-dependent ISGs. TRIM6 and the E2-ubiquitin conjugase UbE2K cooperated in the synthesis of unanchored K48-linked polyubiquitin chains, which activated IKKε for subsequent STAT1 phosphorylation. Our work attributes a previously unrecognized activating role of K48-linked unanchored polyubiquitin chains in kinase activation and identifies the UbE2K-TRIM6-ubiquitin axis as critical for IFN signaling and antiviral response.
  4. heterologous RING, B-box 2, and CC domains from related TRIM proteins can functionally substitute for TRIM5alpha(rh) domains.

TRIM6 ja MYC, embryonaalisessa kantasolussa

    (Suomennosta) TRIM tekee interaktion MYC kanssa ja pitää yllä hiiren embryonaalisten kantasolujen pluripotentiaalisuutta.
Muistiin 12.4. 2018 

Alla on eräs  TRIM6 rakenne, kyse on isoformista 3. 

tripartite motif-containing protein 6 isoform 3 [Homo sapiens]
NCBI Reference Sequence: NP_001185573.1
Identical Proteins FASTA Graphics 



LOCUS       NP_001185573             313 aa            linear   PRI 05-MAR-2018
DEFINITION  tripartite motif-containing protein 6 isoform 3 [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_001185573
VERSION     NP_001185573.1
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_001198644.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Bharaj P, Atkins C, Luthra P, Giraldo MI, Dawes BE, Miorin L,
            Johnson JR, Krogan NJ, Basler CF, Freiberg AN and Rajsbaum R.
  TITLE     The Host E3-Ubiquitin Ligase TRIM6 Ubiquitinates the Ebola Virus
            VP35 Protein and Promotes Virus Replication
  JOURNAL   J. Virol. 91 (18), e00833-17 (2017)
   PUBMED   28679761
  REMARK    GeneRIF: Intriguingly, the authors also found that TRIM6 enhances
            ebola virus polymerase activity in a minigenome assay and TRIM6
            knockout cells have reduced replication of infectious ebola virus,
            suggesting that VP35 hijacks TRIM6 to promote ebola virus
            replication through ubiquitination.
            Publication Status: Online-Only
REFERENCE   2  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Bharaj P, Wang YE, Dawes BE, Yun TE, Park A, Yen B, Basler CF,
            Freiberg AN, Lee B and Rajsbaum R.
  TITLE     The Matrix Protein of Nipah Virus Targets the E3-Ubiquitin Ligase
            TRIM6 to Inhibit the IKKepsilon Kinase-Mediated Type-I IFN
            Antiviral Response
  JOURNAL   PLoS Pathog. 12 (9), e1005880 (2016)
   PUBMED   27622505
  REMARK    GeneRIF: Live NiV infection, but not a recombinant NiV lacking the
            M protein, reduced the levels of endogenous TRIM6 protein
            expression. To our knowledge, matrix proteins of paramyxoviruses
            have never been reported to be involved in innate immune
            antagonism. We report here a novel mechanism of viral innate immune
            evasion by targeting TRIM6, IKKepsilon and unanchored polyubiquitin
            chains.
            Publication Status: Online-Only
REFERENCE   3  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Mandell MA, Jain A, Arko-Mensah J, Chauhan S, Kimura T, Dinkins C,
            Silvestri G, Munch J, Kirchhoff F, Simonsen A, Wei Y, Levine B,
            Johansen T and Deretic V.
  TITLE     TRIM proteins regulate autophagy and can target autophagic
            substrates by direct recognition
  JOURNAL   Dev. Cell 30 (4), 394-409 (2014)
   PUBMED   25127057
REFERENCE   4  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Rajsbaum R, Versteeg GA, Schmid S, Maestre AM, Belicha-Villanueva
            A, Martinez-Romero C, Patel JR, Morrison J, Pisanelli G, Miorin L,
            Laurent-Rolle M, Moulton HM, Stein DA, Fernandez-Sesma A, tenOever
            BR and Garcia-Sastre A.
  TITLE     Unanchored K48-linked polyubiquitin synthesized by the E3-ubiquitin
            ligase TRIM6 stimulates the interferon-IKKepsilon kinase-mediated
            antiviral response
  JOURNAL   Immunity 40 (6), 880-895 (2014)
   PUBMED   24882218
  REMARK    GeneRIF: TRIM6 and the E2-ubiquitin conjugase UbE2K cooperated in
            the synthesis of unanchored K48-linked polyubiquitin chains, which
            activated IKKepsilon for subsequent STAT1 phosphorylation.
REFERENCE   5  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Lauc G, Huffman JE, Pucic M, Zgaga L, Adamczyk B, Muzinic A,
            Novokmet M, Polasek O, Gornik O, Kristic J, Keser T, Vitart V,
            Scheijen B, Uh HW, Molokhia M, Patrick AL, McKeigue P, Kolcic I,
            Lukic IK, Swann O, van Leeuwen FN, Ruhaak LR, Houwing-Duistermaat
            JJ, Slagboom PE, Beekman M, de Craen AJ, Deelder AM, Zeng Q, Wang
            W, Hastie ND, Gyllensten U, Wilson JF, Wuhrer M, Wright AF, Rudd
            PM, Hayward C, Aulchenko Y, Campbell H and Rudan I.
  TITLE     Loci associated with N-glycosylation of human immunoglobulin G show
            pleiotropy with autoimmune diseases and haematological cancers
  JOURNAL   PLoS Genet. 9 (1), e1003225 (2013)
   PUBMED   23382691
REFERENCE   6  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Li X, Gold B, O'hUigin C, Diaz-Griffero F, Song B, Si Z, Li Y, Yuan
            W, Stremlau M, Mische C, Javanbakht H, Scally M, Winkler C, Dean M
            and Sodroski J.
  TITLE     Unique features of TRIM5alpha among closely related human TRIM
            family members
  JOURNAL   Virology 360 (2), 419-433 (2007)
   PUBMED   17156811
REFERENCE   7  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Li X, Li Y, Stremlau M, Yuan W, Song B, Perron M and Sodroski J.
  TITLE     Functional replacement of the RING, B-box 2, and coiled-coil
            domains of tripartite motif 5alpha (TRIM5alpha) by heterologous
            TRIM domains
  JOURNAL   J. Virol. 80 (13), 6198-6206 (2006)
   PUBMED   16775307
  REMARK    GeneRIF: heterologous RING, B-box 2, and CC domains from related
            TRIM proteins can functionally substitute for TRIM5alpha(rh)
            domains.
REFERENCE   8  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Woo JS, Imm JH, Min CK, Kim KJ, Cha SS and Oh BH.
  TITLE     Structural and functional insights into the B30.2/SPRY domain
  JOURNAL   EMBO J. 25 (6), 1353-1363 (2006)
   PUBMED   16498413
REFERENCE   9  (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L,
            Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci
            S, Pelicci PG and Ballabio A.
  TITLE     The tripartite motif family identifies cell compartments
  JOURNAL   EMBO J. 20 (9), 2140-2151 (2001)
   PUBMED   11331580
REFERENCE   10 (residues 1 to 313)
  AUTHORS   Orimo A, Tominaga N, Yoshimura K, Yamauchi Y, Nomura M, Sato M,
            Nogi Y, Suzuki M, Suzuki H, Ikeda K, Inoue S and Muramatsu M.
  TITLE     Molecular cloning of ring finger protein 21
            (RNF21)/interferon-responsive finger protein (ifp1), which
            possesses two RING-B box-coiled coil domains in tandem
  JOURNAL   Genomics 69 (1), 143-149 (2000)
   PUBMED   11013086
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from AK290172.1, BC047564.1,
            DA401634.1, AK298301.1, AK316178.1, AK293295.1, AF220030.1 and
            AK023210.1.
            
            Summary: The protein encoded by this gene is a member of the
            tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three
            zinc-binding domains, a RING, B-box type 1 and B-box type 2 domain,
            and a coiled-coil region. The protein localizes to the nucleus, but
            its specific function has not been identified. This gene is mapped
            to chromosome 11p15, where it resides within a TRIM gene cluster.
            Alternative splicing results in multiple transcript variants. A
            read-through transcript from this gene into the downstream TRIM34
            gene has also been observed, which results in a fusion product from
            these neighboring family members. [provided by RefSeq, Oct 2010].
            
            Transcript Variant: This variant (3) lacks an alternate exon in the
            5' coding region, and uses a downstream AUG start codon, compared
            to variant 1. The encoded isoform (3) has a shorter N-terminus,
            compared to isoform 1. Both variants 3 and 4 encode the same
            isoform.
            
            Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
            publications that are available for this gene. Please see the Gene
            record to access additional publications.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AK298301.1 [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: single sample supports all introns
                                           SAMEA1968832, SAMEA1968968
                                           [ECO:0000348]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..313
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="11"
                     /map="11p15.4"
     Protein         1..313
                     /product="tripartite motif-containing protein 6 isoform 3"
                     /EC_number="2.3.2.27"
                     /note="RING finger protein 89; RING-type E3 ubiquitin
                     transferase TRIM6"
                     /calculated_mol_wt=36269
     Region          124..311
                     /region_name="SPRY_PRY_TRIM6"
                     /note="PRY/SPRY domain in tripartite motif-binding protein
                     6 (TRIM6), also known as RING finger protein 89 (RNF89);
                     cd15823"
                     /db_xref="CDD:293995"
     CDS             1..313
                     /gene="TRIM6"
                     /gene_synonym="RNF89"
                     /coded_by="NM_001198644.1:383..1324"
                     /note="isoform 3 is encoded by transcript variant 3"
                     /db_xref="CCDS:CCDS55738.1"
                     /db_xref="GeneID:117854"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:16277"
                     /db_xref="MIM:607564"
ORIGIN      
        1 mepercriqt efnqlrnild rveqrelkkl eqeekkglri ieeaendlvh qtqslrelis
       61 dlerrcqgst mellqdvsdv tersefwtlr kpealptklr smfrapdlkr mlrvcreltd
      121 vqsywvdvtl nphtanlnlv laknrrqvrf vgakvsgpsc lekhydcsvl gsqhfssgkh
      181 ywevdvakkt awilgvcsns lgptfsfnhf aqnhsaysry qpqsgywvig lqhnheyray
      241 edsspsllls mtvpprrvgv fldyeagtvs fynvtnhgfp iytfskyyfp ttlcpyfnpc
      301 ncvipmtlrr pss


Upplagd av kl. Inga kommentarer:
Etiketter: , , ,
Prenumerera på: Kommentarer (Atom)