Leta i den här bloggen


torsdag 28 april 2016

tetraspaniini-7 proteiini PubMed hakulaiteella

COMMENT     Method: conceptual translation.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..249
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="X"
     Protein         1..249
                     /product="tetraspanin 7, isoform CRA_a"
     Region          14..241
                     /region_name="Tetraspannin"
                     /note="Tetraspanin family; pfam00335"
                     /db_xref="CDD:249779"
     Region          110..213
                     /region_name="TM4SF2_6_like_LEL"
                     /note="Tetraspanin, extracellular domain or large
                     extracellular loop (LEL), TM4SF2_6_like subfamily.
                     Tetraspanins are trans-membrane proteins with 4
                     trans-membrane segments. Both the N- and C-termini lie on
                     the intracellular side of the membrane. This alignment...;
                     cd03161"
                     /db_xref="CDD:239414"
     Site            order(111,116,120,122..123,126,140,143..144,147..148)
                     /site_type="other"
                     /note="dimer interface [polypeptide binding]"
                     /db_xref="CDD:239414"
     CDS             1..249
                     /gene="TSPAN7"
                     /locus_tag="hCG_18324"
                     /coded_by="join(CH471141.2:1274072..1274152,
                     CH471141.2:1378638..1378826,CH471141.2:1383893..1383967,
                     CH471141.2:1386738..1386833,CH471141.2:1388222..1388377,
                     CH471141.2:1393722..1393805,CH471141.2:1400117..1400185)"
                     /note="gene_id=hCG18324.3 transcript_id=hCT1969285.1
                     protein_id=hCP1782967.1 isoform=CRA_a"
                     /db_xref="GeneID:7102"
ORIGIN      
        1 masrrmetkp vitclktlli iysfvfwitg villavgvwg kltlgtyisl iaenstnapy
       61 vligtgttiv vfglfgcfat crgspwmlkl yamflslvfl aelvagisgf vfrheikdtf
      121 lrtytdamqt yngndersra vdhvqrslsc cgvqnytnws tspyflehgi ppsccmnetd
      181 cnpqdlhnlt vaatkvnqkg cydlvtsfme tnmgiiagva fgiafsqlig mllacclsrf
      241 itanqyemv
// Essentiellit aminohapot muodostavat proteiinin alkupäässä muutamia pitkiä 
jaksoja  jopa 7 ja 6 essentielliä aminohappoa peräkkäin
 
 
 
Diabetes. 2016 Mar 7. pii: db151058. [Epub ahead of print]

Identification of Tetraspanin-7 as a Target of Autoantibodies in Type 1 Diabetes.

Abstract

The presence of autoantibodies to multiple islet autoantigens confers high risk for development of Type 1 diabetes. Four major autoantigens are established (insulin, glutamate decarboxylase, IA-2, and zinc transporter-8), but the molecular identity of a fifth, a 38kDa membrane glycoprotein (Glima), is unknown. Glima antibodies have been detectable only by immunoprecipitation from extracts of radiolabeled islet or neuronal cells. We sought to identify Glima to enable efficient assay of these autoantibodies. Mouse brain and lung were shown to express Glima. Membrane glycoproteins from extracts of these organs were enriched by detergent phase separation, lectin affinity chromatography and SDS-PAGE. Proteins were also immunoaffinity purified from brain extracts using autoantibodies from diabetic patients' sera before SDS-PAGE. Eluates from gel regions equivalent to 38kDa were analyzed by LC-MS/MS for protein identification. Three proteins were detected in samples from the brain and lung extracts, and in the immunoaffinity purified sample, but not the negative control. Only tetraspanin-7, a multipass transmembrane glycoprotein with neuroendocrine expression, had physical characteristics expected of Glima. Tetraspanin-7 was confirmed as an autoantigen by demonstrating binding to autoantibodies in Type 1 diabetes. We identify tetraspanin-7 as a target of autoimmunity in diabetes, allowing its exploitation for diabetes prediction and immunotherapy.
© 2016 by the American Diabetes Association. Readers may use this article as long as the work is properly cited, the use is educational and not for profit, and the work is not altered.
 

Tetraspaniiniverkosto infrastruktuuria luomassa





http://jcb.rupress.org/content/182/4/765.full

Tetraspaniinisuperperheen jäsen CD151 ja veriryhmätekijä RAPH

ISBT 025. Raph veriryhmäjärjestelmä. Geeni CD151. Kr. 11p15.5



Raph Blood Group System  Symbol RAPH; Gene locus – CD151 Alleles

Johdanto. MER2 antigeeni määrittää Raph veriryhmäjärjestelmän. (2003). Tämä antigeeni sijaitsee CD151 glykoproteiinissa, joka kuuluu tetraspaniini-proteiinien superperheeseen (TM4SP). Tetraspaniini- nimi tulee siitä, että proteiineilla on neljä konservoitua transmembraanista (TM)  jaksoa rakenteessaan. Proteiinia luonnehdittiin ensiksi trombosyyttipinnoista (GP27), mutta nykyisellään sitä on havaittu laajasti eri kudoksista ja myös punasolupinnoista. Se on adheesiomolekyyli. Kts kuva. http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/CD151ID967ch11p15.html

 

      • Introduction. MER2 antigen defines the Raph blood group system. As shown recently by Crew et al. (Blood, 2003, 102, p4a) the antigen is located on CD151 glycoprotein which is a member of the four-transmembrane (TM4SF, tetraspanins) superfamily of proteins (show four conserved transmembrane domains). The protein was first characterized on platelet surface (GP27) but, has now been shown to have a wide tissue distribution and is also expressed on the surface of erythrocytes. It is an adhesion molecule.

Geenit. Geeni kromosomissa 11p15.5 on järjestäytynyt 8 exoniin ja on kooltaan 4.3 kb. Exonit 2-8 koodaavat proteiinin.

      • The genes. The gene on chromosome 11p15.5 is organized in 8 exons and spans 4.3 kb; exons 2-8 encode the protein.

Proteiinien funktio. Tämä  proteiini tekee interaktion integriineihin ja laminiiniin osallistuessaan soluadheesioon, proliferaatioon ja erilaistumiseen. Se saattaa osallistua munuaisglomeruluksen ja glomerulaarisen peruskalvon rakenteeseen ja kehitykseen. Syöpäsoluissa tämä proteiini lisää motiliteettia, invaasiota ja metastasointia.(Osuus eri  syövissä ja liittymä MMP järjestelmään ( Kirjoitan tästä enemmän MMP blogiin myöhemmin suomennosta, joka   on mainittu  linkissä  http://atlasgeneticsoncology.org/Genes/CD151ID967ch11p15.html )

      • Function of proteins. Interacts with alpha-beta integrins and laminin participating in cell adhesion, proliferation and differentiation; may be involved in the structure and development of the glomerulus and the glomerular basement membrane in man. In cancer cells enhances cell motility, invasion and metastasis.

Kudosjakauma. Proteiinia ilmenee monissa kudoksissa kuten epiteelissä, endoteelissä, lihaksessa, munuaiskeräsissä ja munuaistiehyeissä, Schwannin soluissa ja dendriittisoluissa,, fibroblasteissa ja muissa solulinjoissa.

      • Tissue distribution. Expressed in many tissues including epithelium, endothelium, muscle, renal glomeruli and tubules, Schwann and dendritic cells; fibroblasts and other cell lines.

Tautiliittymä. Eräillä yksilöillä keho ei pysty ilmentämään täyspituista CD151 proteiinia ja heillä on havaittu glomerulonefriittiä ja munuaisentoiminnan häiriötä.

      • Disease association. Failure to express full lenght CD151 was shown to be associated in some individuals with glomeluralonephritis and renal failure (Crew et al., Blood, 2004 104 2217-2223).

Alleeleista. Raph veriryhmä määräytyy yhdestä antigeenista MER2 . Sen kantajaproteiini CD 151 tunnistettiin vuonna 2003 ja sitä on useimmilla ihmisillä. Jos tämä on mutatoitunut proteiini,  yksilöt ovat MER2 negatiivisia. Heillä voi esiintyä munuaisen toiminnan vajautta  ja progressiisivtä kuuroutta, koska   myös simpukassa on samantapaisia  erikoisia "verisuoniglomeruluksia" kuin munuaisissa joiden glomerulusen peruskalvossa CD151 on tärkeä.)

  • About the alleles The Raph blood group system is defined by a single antigen MER2, first recognized by a monoclonal antibody MER2. The antigen is expressed on erythrocytes of about 92% of Caucasians but the level of expression of MER2 varies among individuals; the remaining 8% of individuals are MER2 negative.

     Crew et al. (Blood, 2003, 102, p4a) identified CD151 as the protein that carries the MER2 antigen. Sequencing of CD151 gene in four MER2 negative individuals who produced alloanti-MER2, identified specific mutations, one of which, resulting in a frameshift and truncation of the protein, occurred in three patients with renal failure. In the list of alleles the sequence acc. no. BT007397 is taken as reference.

Tetraspaniini-7

http://yle.fi/uutiset/ykkostyypin_diabeteksen_viimeinen_syy_selvisi_virittaa_toivoa_tehokkaasta_hoidosta/8840807

Brittitutkijat kertovat löytäneensä ykköstyypin diabeteksen viimeisen autoantigeenin, joka on pakoillut tutkijoita pitkään.
Diabeteksessa ihmisen oma immuunisysteemi käy hänen haimansa kimppuun ja tuhoaa sen insuliinia tuottavia soluja. Ihminen ei pysty elämään ilman veren glukoosi- eli sokeripitoisuutta säätelevää insuliinia.
Neljä immuniteettireaktion aiheuttavaa autoantigeeniä on tunnettu ennestään, viidettä on osattu kutsua vain ”glimaksi”. Nyt se on tunnistettu solukalvon proteiiniperheeseen kuuluvaksi molekyyliksi, tetraspaniini-7:ksi. Tutkimus on julkaistu Yhdysvaltain diabetesjärjestön Diabetes-lehdessä.
Tutkimusta johtanut Michael Christie kertoo Lincolnin yliopiston verkkosivulla, että gliman piilottelu tutkijoilta on haitannut diabetestestien kehittämistä. Christien tutkimusryhmään kuulunut Kerry McLaughlin jatkaa tetraspaniini-7:n tutkimusta Oxfordin yliopistossa muun muassa juuri testauksen tehostamiseksi.

http://www.lincoln.ac.uk/news/2016/04/1220.asp