Visar inlägg med etikett RNF. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett RNF. Visa alla inlägg
fredag 20 april 2018
måndag 9 april 2018
TRIM56 (Kr.7q11.2). RNF109 (C_V, poikkeus: sisältää NHL) Antiviraali . Vimentiini kohdemolekyyli
TRIM56, (Kr.7q11.2),
RNF109 (C_V)
Ei erityistä
tietoa perusominaisuuksien lisäksi tässä Pubmed ensiesittelyssä.- sitä laajempi näkymä tulee vähitellen lisätiedoista.
- Koska trim56 LUOKITELLAAN on C_V alaryhmää ja yleisesti esiintyvä kudoksissa, luulisi sen olevan ensiarviolta antiviraali. Siihen viittaavat lisäartikkelit. Kuitenkin kun katsoo rakennetta, siinä on runsaasti NHL-toistoja C-terminaaliseen päätyyn asti, mutta sitä ei luokitella samaan ryhmään muiden TRIM-NHL proteiinien kanssa, joista lähinnä Trim32 vastaa eniten tämän trimin yksinkertaistettua domaanikaava mielestäni. (Trim 32 omaa retrovirusta havaitsevaa rakennetta jailmenee myös tumassa , kun taas tämä sytoplasminen TRIM56 havaitsee sytoplasmista sRNA sekä (+) että (-) sRNA:ta ja lisäksi dsDNA:ta ja herättää interferonituotannon ja antivirusvasteen. Tästä TRIM56.sta on aivan tuoretta tietoa. Sen kohdemolekyyliksi on havaittu vimentiini, joka taas on koholla ovariaalikarsinoomassa. Myös näkyy tuoretta tietoa että sillä on interaktio maligniin myeloomaan. Rakenne on erikoinen, siis se on tosiaan aivan oma triminsä. Kuvaan lopuksi rakennetat.
TRIM56 , (+)ss RNA virukset keltakuumevirus ja dengue 2 (flaviviridae) ja (-)ssRNA virukset influenssavirukset A ja B (orthomyxoviridae)
The
C-Terminal Tail of TRIM56 Dictates Antiviral Restriction of
Influenza A and B Viruses by Impeding Viral RNA Synthesis. Liu
B, et al. J Virol, 2016 May. PMID 26889027, Free
PMC Article (Suomennosta) (2016
artikkeli) Akkkumuloituvan tiedon mukaanTRIM-proteiinit osallistuvat
isäntäkehon antivirusvasteeseen joko vaikutamalla suoraan
antiviraalisina restriktiotekijöinä tai säätelemällä
isäntäkehon luonnollisen immuniteetin signalointia. Yli 70
TRIM-perheen jäsenestä TRIM56 on usean (+)sRNA viruksen
restriktiotekijä ja niihin viruksiin lukeutuu kolme
FLAVIVIRUS perheenjäsentä ( keltakuumevirus, denguevirus ja naudan
virusripulivirus) sekä ihmisen coronavirus (OC43) ja tämä
antiviraalikyky riippuu yksinomaanTRIM56:n
E3-ligaasiaktiivisuudesta Kuitenkin Se impakti, mitkä TRIM56.sta
aiheutuu negatiivisia (-) sRNA viruksia vastaan on ollut epäselvä
asia. Sen takia tutkijat tässä työssään osoittavat, miten TRIM56
kontrolloi influenssa A ja B-virusreplikaatioita soluviljelmässä,
mutta ei kykene estämään Sendai-virusta tai ihmisen
metapneumovirusta, jotka ovat paramyxoviruksia. Mielenkiintoinen seikka oli se, että anti-influenssavirusvaikutus
oli oli kuitenkin riippumaton E3-ligaasiaktiivisuudedsta, B-boxista
ja Coiled-coil- domeenista, sen sijaan riippuvainen C-terminaalin
rakenteesta, sillä C-terminaalin 63 aminohapon päätejakson deleetio,
poisto, poisti myös antivirusvaikutuksen ja toisaalta, TRIM56:n
pelkän C-terminaalisen segmentin rakenne rajoitti
influenssavirusreplikaatiota yhtä tehokkaasti kuin kokopitkä
TRIM56. Mekanistisesti havaittiinTRIM56:n ehkäisevän erityisesti
influenssaviruksen intrasellulaarista RNA-virussynteesiä. Nämä
tutkimukset paljastavat uuden antivirusaktiivisuuden TRIM56:sta: TRIM56 omaa restriktiivistä vaikutusta myös influenssa A ja
B-viruksia vastaan, jotka ovat lääketieteellisesti tärkeitä
ortomyxoviruksia
ABSTRACT Accumulating
data suggest that tripartite-motif-containing (TRIM) proteins
participate in host responses to viral infections, either by acting
as direct antiviral restriction factors or through regulating innate
immune signaling of the host. Of >70 TRIMs, TRIM56 is a
restriction factor of several positive-strand RNA viruses, including
three members of the family Flaviviridae(yellow fever virus, dengue
virus, and bovine viral diarrhea virus) and a human coronavirus
(OC43), and this ability invariably depends upon the E3 ligase
activity of TRIM56. However, the impact of TRIM56 on negative-strand
RNA viruses remains unclear. Here, we show that TRIM56 puts a check
on replication of influenza A and B viruses in cell culture but does
not inhibit Sendai virus or human metapneumovirus, two
paramyxoviruses. Interestingly, the anti-influenza virus activity
was independent of the E3 ligase activity, B-box, or coiled-coil
domain. Rather, deletion of a 63-residue-long C-terminal-tail
portion of TRIM56 abrogated the antiviral function. Moreover,
expression of this short C-terminal segment curtailed the
replication of influenza viruses as effectively as that of
full-length TRIM56. Mechanistically, TRIM56 was found to
specifically impede intracellular influenza virus RNA synthesis.
Together, these data reveal a novel antiviral activity of TRIM56
against influenza A and B viruses and provide insights into the
mechanism by which TRIM56 restricts these medically important
orthomyxoviruses.
Mikä tämän seikan merkitys on?
Influenssan
hoitomahdollisuudet ovat rajallisia ja lääkeresistenttejä
viruskantoja voi puhjeta esiin pienestäkin geneettisestä
muutoksesta. Kun ymmärretään uusia viruksen ja isäntäkehon
välisiä interaktioita, jotka muuntavat viruksen kuntoa, voi
löytyä terapeuttisissa interventioissa uusia kohteita,
lähestymistapoja. Tässä työssä on osoitettu, että TRIM56 on
influenssa A ja B-viruksille sisäsyntyinen restriktiotekijä. Mutta
tämä antivirusvaikutus influenssaviruksia kohtaan (jotka ovat
(-)sRNA viruksia) on päinvastoin kuin sen (+)sRNA viruksia vastaan
osoittama restriktiovaikutus riippumaton (
N-terminaalisista) E3 ligaasiominaisuuksista. Mutta sen
C-terminaalipäädyn lyhyt segmentti esti yhtä tehokkaasti kuin
kokopitkä TRIM56 influenssaviruksia replikoitumasta erityisesti
kohdentamalla viraaliin RNA-synteesiin. Nämä tiedot paljastavat
hämmästyttävän monipuolisen TRIM56-aktiviteetin: se on
kehittänyt monia domeeneja estämään monia virusperheitä.
Niistä käsin on mahdollista kehittää laajakirjoinen
TRIM56-pohjainen antiviraali lähestymistapa lisänä
influenssaprofylaksiaan ja/tai kontrollistrategioihin.
IMPORTANCE:
Options to treat influenza are limited, and drug-resistant influenza virus strains can emerge through minor genetic changes. Understanding novel virus-host interactions that alter influenza virus fitness may reveal new targets/approaches for therapeutic interventions. We show here that TRIM56, a tripartite-motif protein, is an intrinsic host restriction factor of influenza A and B viruses. Unlike its antiviral actions against positive-strand RNA viruses, the anti-influenza virus activity of TRIM56 was independent of the E3 ligase activity. Rather, expression of a short segment within the very C-terminal tail of TRIM56 inhibited the replication of influenza viruses as effectively as that of full-length TRIM56 by specifically targeting viral RNA synthesis. These data reveal the remarkable multifaceted activity of TRIM56, which has developed multiple domains to inhibit multiple viral families. They also raise the possibility of developing a broad-spectrum, TRIM56-based antiviral approach for addition to influenza prophylaxis and/or control strategies.
TRIM56 ja keltakuumevirus, denguevirus serotyyppi2 ja koronavirus OC43 Overlapping and distinct molecular determinants dictating the antiviral activities of TRIM56 against flaviviruses and coronavirus. Liu B, et al. J Virol, 2014 Dec. PMID 25253338, Free PMC Article
( Suomennosta) (2014 artikkeli)TRIM56 estää naudan virusripulivirusta, märehtijän pestivirusta, joka on Flaviviridae perheestä, ((+)ssRNA) , mutta sillä ei ole rajoittavaa vaikutusta vesikulaariseen stomatiittivirukseen (VSV), joka on rhabdovirus ((-)ssRNA).
TRIM56:n antivirusspektriä haluttiin määrittää. Impakti ihmispatogeenejä vastaan on ollut myöskin tuntematon. TRIM56:n molekulaariset determinantitkin, jotka kantavat antivirusvaikutusta, ovat olleet selvittämättä. Tässä työssä osoitetaan, että TRIM56 tekee estettä keltakuumevirukselle (YFV), dengueviruksen serotyypille 2 (DENV2) ja ihmisen koronavirukselle (HCoV) OC43, mutta ei rajoita enkefalomyokardiittivirusta (EMCV), joka on picornaviruksia ((+)ssRNA.s.
TRIM56:n antiflavivirusvaikutus vaatii E3-ligaasiaktiivisuuden, joka perustuu N-terminaaliseen RING-domeeniin, sekä integroituneeseen C-terminaaliin. Mutta restriktio mainittua koronavirusta vastaan aiheutui pelkästä TRIM56 E3 ligaasiaktiivisuudesta (Nidovirales; (+)ssRNA) .
TRIM56 vaikeutti YFV- ja DENV2- virusten (Flavivirales) lisääntymistä suppressoimalla solunsisäisen RNA-viruskertymän. Mutta mainitun koronaviruksen se kompromittoi virussyklin myöhemmässä vaiheessa, mikä viittaisi siihen, että TRIM56 rakenteen eri domeeneilla on erilaisia antivirusmekanismeja.
Yhteenvetona TRIM56 on monipuolinen isäntäkehon antivirusfaktori, joka antaa resistenssiä YFV, DENV2 ja HcoV-OC43 viruksia kohtaan toisiaan kattavi
n, selvästi erotettavissa olevien rakenteellisten determinanttiensa avulla.
ABSTRACT. The tripartite motif-containing (TRIM) proteins have emerged as a new class of host antiviral restriction factors, with several demonstrating roles in regulating innate antiviral responses. Of >70 known TRIMs, TRIM56 inhibits replication of bovine viral diarrhea virus, a ruminant pestivirus of the family Flaviviridae, but has no appreciable effect on vesicular stomatitis virus (VSV), a rhabdovirus. Yet the antiviral spectrum of TRIM56 remains undefined. In particular, how TRIM56 impacts human-pathogenic viruses is unknown. Also unclear are the molecular determinants governing the antiviral activities of TRIM56. Herein, we show that TRIM56 poses a barrier to infections by yellow fever virus (YFV), dengue virus serotype 2 (DENV2), and human coronavirus virus (HCoV) OC43 but not encephalomyocarditis virus (EMCV). Moreover, by engineering cell lines conditionally expressing various TRIM56 mutants, we demonstrated that TRIM56's antiflavivirus effects required both the E3 ligase activity that lies in the N-terminal RING domain and the integrity of its C-terminal portion, while the restriction of HCoV-OC43 relied upon the TRIM56 E3 ligase activity alone. Furthermore, TRIM56 was revealed to impair YFV and DENV2 propagation by suppressing intracellular viral RNA accumulation but to compromise HCoV-OC43 infection at a later step in the viral life cycle, suggesting that distinct TRIM56 domains accommodate differing antiviral mechanisms. Altogether, TRIM56 is a versatile antiviral host factor that confers resistance to YFV, DENV2, and HCoV-OC43 through overlapping and distinct molecular determinants.
TRIM56 E3 ligaasi aloittamassa interferonituotantoa, joka rajoittaa pestivirusta
TRIM56 is a virus- and interferon-inducible E3 ubiquitin ligase that restricts pestivirus infection. Wang J, et al. J Virol, 2011 Apr. PMID 21289118, Free PMC ArticleTRIM56 E3 ubikitiiniligaasi, hajoituskohde vimentiini
The ubiquitin ligase TRIM56 inhibits ovarian cancer progression by targeting vimentin. Zhao L, et al. J Cell Physiol, 2018 Mar. PMID 28771721(Suomennosta) (2018 artikkeli) kaikista syöpäkuolemista 90% johtuu tuumorin metastasoitumisesta, etäpesäkkeistä. Tuumorimetastaasin edellytyksenä on EMT, kudossolukon siirtyminen epiteliaalisesta mesenkymaaliseksi. Vimentiini on yksi EMT ja syöpäprogression välittäjämolekyyli ovariaalisyövässä, jossa se on vahvasti indusoitunut. Tutkimuksessa selvitetään taustamekanismia ovariaalisyöpäsolussa ja verrataan ovariaaliseen normaaliin epiteeliaaliseen solulinjaan. Syövässä tapahtunut vimentiinin indusoituminen ei johtunut transkriptionaalisesta ylössäätymisestä.Mistä siten?
Normaalisoluissa vimentiini hajoaa proteosomitietä, mutta syöpäsolussa se stabiloituu eikä hajoa. Etsittiin minkä ubikitiiniligaasin kohtaanto (target protein) voisi tämä vimentiini normaalisti olla. TRIM56 vahvistui syyksi.
Ovariaalikarsinoomapotilailla TRIM56 transkriptin ja vimentiinin pitoisuudet olivat käänteiset, mikä johti migraatioon ja invaasioon. Tämä on ensimmäinen raportti vimentiiniekspression säädön uudesta posttranslationaalisesta säätelymekanismista, EMT:stä ovariaalikarsinoomasolujen metastaattisesta progressiosta. ( Kts. vimentiinin merkitys)
Tumor metastasis is responsible for 90% of all cancer-related deaths. Epithelial to mesenchymal transition (EMT) is an important prerequisite for tumor metastasis. One of the important mediators of EMT and cancer progression in ovarian cancer is the vimentin protein. The objective of the current study was to evaluate the molecular mechanism that regulates vimentin expression in ovarian cancer cells. Vimentin was robustly induced in the ovarian cancer cell line SKOV-3 compared to normal ovarian epithelial cell line Moody and the induction was not due to transcriptional upregulation. Treatment with the proteasomal inhibitor MG-132 revealed that vimentin is actively degraded by the proteasome in Moody cells and stabilized in the SKOV-3 cell line. Mass spectrometric analysis of vimentin immunoprecipitate of MG-132 treated Moody cells revealed candidate ubiquitin ligases associated with vimentin. RNAi mediated silencing of the candidate ubiquitin in Moody cells and concurrent overexpression of the candidate ubiquitin ligases in SKOV-3 confirmed that TRIM56 is the ubiquitin ligase that is degrading vimentin in Moody cells. RNAi mediated silencing of TRIM56 in Moody cells and ectopic overexpression of TRIM56 in SKOV-3 cells, respectively, significantly up- and down-regulated in vitro migration and invasion in these cells. Analysis of TRIM56 transcript level and vimentin protein expression in 25 patients with ovarian carcinoma confirmed an inverse correlation between TRIM56 and vimentin expression. Cumulatively, our data reveals for the first time a novel post-translational regulatory mechanism of regulating vimentin expression, EMT, and metastatic progression in ovarian cancer cells.
TRIM56 välitteista interferonivasteen stimuloitumista dsDNA-viruksesta . esimerkki herpes simplex 1 viruksesta.
TRIM56-mediated monoubiquitination of cGAS for cytosolic DNA sensing. Seo GJ, et al. Nat Commun, 2018 Feb 9. PMID 29426904, Free PMC Article(Suomennosta, Artikkeli 2018) Solunsisäiset nukleiinihappojensunnistajat, sensorit, käyvät läpi useita sofistisia modifikaatioita, jotka ovat kriittisia antimikrobivasteiden säätelemiseksi. Jotta sytosolinen sensori pystyisi tunnistamaan DNA:ta, sytosolisen sensorin cGAMP-syntaasi tuottaa toisiolähettiä cGAMP joka sitten panee alkuun alavirran signaloinnin indusoiden alfabeta-interferonituotannon. Tässä työssä tutkijat raportoivat, että TRIM56 E3 ligaasin indusoima cGAS monoubikitinaatio on tärkeä sytosoliin ilmestyneen DNA:n havaitsemisessa ja IFNalfa/beta produktiossa, jotta anti-DNA-virusvaste saadaan alkamaan. TRIM56 vaikuttaa cGAS- entsyymissä K335 monoubikitinaation, josta johtuu sen huomattava dimerisaatio, DNA:ta sitova kyky ja cGAMP-tuotanto. Johdonmukaista on, että TRIM56- vajeisten solujen cGAS-välitteinen IFNalfabeta-tuotannon aikaansaanti HSV-1 virusinfektiossa (Herpes simplex1) on puutteellista. Lisäksi TRIM56- vajeiset hiiret osoitavat huoontunutta IFNalfabeta-tuotantoa ja hyvin suurta alttiutta letaalille HSV-1 infektiolle- mutta ei A-influenssa infektiolle. Tämä tieto tekee TRIM56:n ratkaisevaksi komponentiksi siinä sytosolisessa DNA:n tunnistustiessä, mistä indusoituu luonnollinen anti-DNAvirusimmuunivaste.
-
Intracellular nucleic acid sensors often undergo sophisticated modifications that are critical for the regulation of antimicrobial responses. Upon recognition of DNA, the cytosolic sensor cyclic GMP-AMP (cGAMP) synthase (cGAS) produces the second messenger cGAMP, which subsequently initiates downstream signaling to induce interferon-αβ (IFNαβ) production. Here we report that TRIM56 E3 ligase-induced monoubiquitination of cGAS is important for cytosolic DNA sensing and IFNαβ production to induce anti-DNA viral immunity. TRIM56 induces the Lys335 monoubiquitination of cGAS, resulting in a marked increase of its dimerization, DNA-binding activity, and cGAMP production. Consequently, TRIM56-deficient cells are defective in cGAS-mediated IFNαβ production upon herpes simplex virus-1 (HSV-1) infection. Furthermore, TRIM56-deficient mice show impaired IFNαβ production and high susceptibility to lethal HSV-1 infection but not to influenza A virus infection. This adds TRIM56 as a crucial component of the cytosolic DNA sensing pathway that induces anti-DNA viral innate immunity.
Tiedemiehet halusivat sselvittää, mikä funktio TRIM56:lla oli multippelissa myeloomassa ja miten se vaikuttaa myeloomasolun proliferaatioon ja apoptoosiin. Interferonibeeta, IL-6 ja TNRalfa mitattiin. Määriteltiin TRIM56:n vaikutus Tollin IL-reseptorin, TLR3/ toll-IL-1R) , TIR domeeniadaptoriin joka indusoi IFNbeeta (TRIF) signalointitien . Multippelin myelooman soluissa oli kuitenkin TRIM56 huomattavasti alentunut, Kun se saatettiin yliexpressioon, se vaikuttiproliferaatiota suppressoivalta ja aiheutti apoptoosin ja lisääntyneen tulehduksellisten sytokiinien tuotannon. TRIM56 poistogeenisyys taas kohensi myeloomasolujen kasvua, vähensi apoptoosia ja esti tulehduksellisen sytokiinierityksen ja vähensi multippelin myelooman tulehduskomponeenttia.
Johtopäätöksenä arvellaan TRIM56:n toimivan tuumorin suppressorina multippelissa muýeloomassa siten, että se aktivoi TLR3/TRIF signalointitien- ja tästä saadaan parempaa ymmärrystä TRIM56:n osallistumisesta multippelin myelooman patogeneesiin ja saataneen myös lupaavaa hoitostrategiaa MM-potilaille.
TRIM56 may act as a tumor suppressor in MM through activation of TLR3/TRIF signaling pathway, contributing to a better understanding of the molecular mechanism of TRIM56 involvement in MM pathogenesis and providing a promising therapy strategy for patients with MM.
TRIM56 is an essential component of the TLR3 antiviral signaling pathway and reveal a novel role for TRIM56 in innate antiviral immunity. Abstract
(Suomennosta) TRIM56 on tunnistettu TLR3-antiviraalisen signalointitien essentielliksi komponentiksi ja täten on saatu selville uusi tehtävä TRIM56:lle luonnollisen antivirus- immuniteetin piirissä. Kun soluun tulee ulkoa vieras dsRNA, TRIM56:n yliesiintymä vahvistaa tuon vieraan dsRNA:n indusoiman interferonibeetan (IFNbeta) stimuloimien geenien (IGS) ilmenemän. Mutta poistogeeninen TRIM56. tilanne haittaa suuresti IRF3:n aktivoitumista, IFNbeetan indusoitumista ja interferonin stimuloimien geenien ilmenemistä ja antivirusstatuksen aikaansaamista solussa TLR3-ligandivälitteisesti; tästä seuraa vakvasti kompromittoitunut TLR3- välitteinen kemokiinien indusoituminen, jos nyt hepatiiti C-virus (HCV) nfektoi solun.
TRIM56 E3 ubikitiiniligaasi funktiosta aivan itsenäisesti TRIM56 kykenee edistämään TLR3 signalointia . Tähän osallistui lähinnä TRIM56:n ja TRIF:in välinen fysikaalinen interaktio ja TLR3 välitteisen IFN-vasteen vahvistaminen. . Johtopäätös. Tiedot vahvistavat, että TRIM56 on TLR3-väliteisen antiviraalisen signaalitien essentielli komponentti ja että sille on havaittu uusi tehtävä luonnollisessa antiviraalissa immuniteetissa.
Members of the tripartite motif (TRIM) proteins are being recognized as important regulators of host innate immunity. However, specific TRIMs that contribute to TLR3-mediated antiviral defense have not been identified. We show here that TRIM56 is a positive regulator of TLR3 signaling. Overexpression of TRIM56 substantially potentiated extracellular dsRNA-induced expression of interferon (IFN)-β and interferon-stimulated genes (ISGs), while knockdown of TRIM56 greatly impaired activation of IRF3, induction of IFN-β and ISGs, and establishment of an antiviral state by TLR3 ligand and severely compromised TLR3-mediated chemokine induction following infection by hepatitis C virus. The ability to promote TLR3 signaling was independent of the E3 ubiquitin ligase activity of TRIM56. Rather, it correlated with a physical interaction between TRIM56 and TRIF. Deletion of the C-terminal portion of TRIM56 abrogated the TRIM56-TRIF interaction as well as the augmentation of TLR3-mediated IFN response. Together, our data demonstrate TRIM56 is an essential component of the TLR3 antiviral signaling pathway and reveal a novel role for TRIM56 in innate antiviral immunity.
-
TRIM56
is an interferon-inducible E3 ubiquitin ligase that modulates STING
to confer double-stranded DNA-mediated innate immune responses.
/db_xref="MIM:616996"
Kts kuva lähteestä:
-
https://www.researchgate.net/publication/233976637_Identification_of_regulators_of_the_innate_immune_ response_to_cytosolic_DNA_and_retroviral_infection_by_an_integrative_approach
TRIM56 rakenteesta, RNF109. Sisältää NHL-motiiveja.
Siitä huolimata luokitellaan C_V eikä esim C_VII kuten trim32. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/XP_011514891.1 ORIGIN 1 mvshgsspsl lealssdfla ckicleqlra pktlpclhty cqdclaqlad ggrvrcpecr 61 etvpvppegv asfktnffvn glldlvkara cgdlragkpa calcplvggt stggpatarc 121 ldcaddlcqa cadghrctrq ththrvvdlv gyragwydee arerqaaqcp qhpgealrfl 181 cqpcsqllcr ecrldphldh pclplaeavr arrpglegll agvdnnlvel eaarrvekea 241 larlreqaar vgtqveeaae gvlrallaqk qevlgqlrah veaaeeaare rlaelegreq 301 varaaaafar rvlslgreae ilslegaiaq rlrqlqgcpw apgpapcllp qlelhpglld 361 knchllrlsf eeqqpqkdgg kdgagtqgge esqsrredep kterqggvqp qagdgaqtpk 421 eekaqttree gaqtleedra qtphedggpq phrggrpnkk kkfkgrlksi srepspalgp 481 nldgsgllpr pifycsfptr mpgdkrspri tglcpfgpre ilvadeqnra lkrfslngdy 541 kgtvpvpegc spcsvaalqs avafsasarl ylinpngevq wrralslsqa shavaalpsg 601 drvavsvagh vevynmegsl atrfipggka srglralvfl ttspqghfvg sdwqqnsvvi 661 cdglgqvvge ykgpglhgcq pgsvsvdkkg yifltlrevn kvvildpkgs llgdfltayh 721 glekprvttm vdgrylvvsl sngtihifrv rspds
onsdag 4 april 2018
TRIM31 (Kr.6p22.1), RNF,HCG1, (Alaryhmä CV)
TRIM31 (Kr.6p22.1), RNF, HCGI, HCG1, C6orf13, (C V)
Tämä TRIM31 kuuluu alaryhmään C V ja siinä näyttää olevan konservatiivisistä domeeneista RING ja B-box2 sekä Coiled. Coil alue (C-C). (Samanlaista CV-ryhmän domaanirakennetta on myös TRIM 40, 56,73 ja 74).Tälla geenillä on havaittu noussutta ilmenemää eräissä tuumoreissa ja se saattaa olla solukasvun negatiivinen säätelijä. Alternatiivisella pleissauksella tulee useita transkriptivariantteja. Geeniä esiintyy paksusuolessa, virtsarakossa ja hieman myös 5 muussa kudoksessa ( nämä ovat pohjukaissuoli, ohutsuoli, mahalaukku, umpisuoli ja testis). Geenin alternatiivi nimi HCG1 tulee sanoista Hemochromatosis Candidate Gene I. TRIM31 sijoittuu sytoplasmisesti ja joltain fraktiolta mahdollisesti assosioituu mitokondriaan. TRIM31 pitoisuuden säätyminen on monimutkainen. Sitä on havaittu kohonneena kroonisessa gastriitissa ja mahasyövässä. Se voinee olla gastrisen karsinogeneesin alkuvaiheen merkitsijä. Keuhkosyöpäsolututkimuksissa TRIM31 plasmiditransfektio oli tuumorin kasvua vaimentava , solusyklin säätelijäsykliini D1 ja sykliiniE vähenivät. Pääteltiin, että TRIM31 voi olla tuumorisuppressiivinen NSCLC-keuhkosyövässä. Tämä TRIM on antiretroviraali. Rakenteessa on 425 aminohappoa. Rakenteesta on tarkka selvitys alla. Ehkä tämä TRIM osallistuu DNA-korjausprosessiin, arvelen.
- RNF; HCG1; HCGI; C6orf13 ; Summary This gene encodes a protein that functions as an E3 ubiquitin-protein ligase. This gene shows altered expression in certain tumors and may be a negative regulator of cell growth. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2016] Expression ; Biased expression in colon (RPKM 26.2), urinary bladder (RPKM 20.1) and 5 other tissues See more
Related articles in PubMed
-
TRIM31 is downregulated in non-small cell lung cancer and serves as a potential tumor suppressor. Li H, et al. Tumour Biol, 2014 Jun. PMID 24566900 TRIM31 expression was lower in lung cancer cell lines than normal bronchial cell line HBE. Transfection of TRIM31 plasmid was performed in H157 and H1299 cells. TRIM31 overexpression inhibited cell growth rate and colony formation ability in both cell lines. In addition, expression of cell cycle regulator cyclin D1 and cyclin E were decreased after TRIM31 transfection. In conclusion, TRIM31 might serve as a tumor suppressor in non-small cell lung cancer.
-
The cellular level of TRIM31, an RBCC protein overexpressed in gastric cancer, is regulated by multiple mechanisms including the ubiquitin-proteasome system. Sugiura T. Cell Biol Int, 2011 Jul. PMID 21231912
-
Characterization of TRIM31, upregulated in gastric adenocarcinoma, as a novel RBCC protein. Sugiura T, et al. J Cell Biochem, 2008 Nov 1. PMID 18773414 To explore the molecules associated with gastric adenocarcinoma, we used the gene expression profile database of various human tissues and identified TRIM31 upregulated in both patients with chronic gastritis and stomach cancer. TRIM31 is a new member of RBCC proteins composed of RING finger, B-box and coiled-coil domains. We characterized TRIM31 biochemically and found it possess properties in common with other RBCC proteins, such as occurrence of alternative splicing transcripts, in vitro autoubiquitylating activity and a tendency to homo-oligomerize. The primary localization site of TRIM31 is the cytoplasm but some fraction is potentially associated with the mitochondria. TRIM31 overexpression suppresses colony formation of HCT116 cells while knockdown of its expression with short interfering RNAs (siRNAs) consistently tends to enhance growth of AsPC-1 cells slightly. Thus, TRIM31 is a characteristic RBCC protein with the ability to regulate cell proliferation negatively and may be a potential biomarker of gastric cancer as it is overexpressed from the early stage of gastric carcinogenesis.
-
Localization
of seven new genes around the HLA-A locus. el Kahloun A, et
al. Hum Mol Genet, 1993 Jan. PMID 8490624 A yeast artificial
chromosome (YAC B30) with a 320 kb insert of genomic DNA which
includes the HLA-A gene was used to screen a cDNA library of human
duodenal mucosa. Seven cDNA clones were isolated which correspond to
seven new non-HLA class I structural genes. These new genes are
located within a region that may well contain the gene responsible
for hemochromatosisand have therefore been named HCG I-VII
(Hemochromatosis Candidate Gene).
GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?
-
TRIM31 gene expression is regulated by miR-551b in ovarian cancer. ...miR-551b functioned through the suppression of Foxo3 and TRIM31, two important tumor suppressors.
-
TRIM31 directly binds to NSE4, suggesting the existence of a TRIM31-MAGEA1-NSE4 complex reminiscent of the NSE1-NSE3-NSE4 trimer.
Nse1-Nse3-Nse4. a tight subcomplex of the structural maintenance of chromosomes SMC5-6 complex. human SMC5-6 protein complex: Structural maintenance of chromosome.
(ortholog of Nse3 = MAGEG1 )
Cohesin: (Smc1, Smc3), molecular glue, that holds the sister chromatides together for the time that they are established through DNA replication untie they separate in anaphase.
Condensin:( Smc2 and Smc4), compaction of chromosomes at the beginning of mitosis.
DNA repair and resolving recombination structures: Smc5-6. -
Observational
study of gene-disease association. (HuGE Navigator)
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM31 [Homo sapiens]
NCBI Reference Sequence: NP_008959.3Identical Proteins FASTA Graphics
LOCUS NP_008959 425 aa linear PRI 11-FEB-2018 DEFINITION E3 ubiquitin-protein ligase TRIM31 [Homo sapiens]. ACCESSION NP_008959 VERSION NP_008959.3 DBSOURCE REFSEQ: accession NM_007028.4 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo. REFERENCE 1 (residues 1 to 425) AUTHORS Wei Z, Liu Y, Wang Y, Zhang Y, Luo Q, Man X, Wei F and Yu X. TITLE Downregulation of Foxo3 and TRIM31 by miR-551b in side population promotes cell proliferation, invasion, and drug resistance of ovarian cancer JOURNAL Med. Oncol. 33 (11), 126 (2016) PUBMED 27743201 REMARK GeneRIF: TRIM31 gene expression is regulated by miR-551b in ovarian cancer. REFERENCE 2 (residues 1 to 425) AUTHORS Kozakova L, Vondrova L, Stejskal K, Charalabous P, Kolesar P, Lehmann AR, Uldrijan S, Sanderson CM, Zdrahal Z and Palecek JJ. TITLE The melanoma-associated antigen 1 (MAGEA1) protein stimulates the E3 ubiquitin-ligase activity of TRIM31 within a TRIM31-MAGEA1-NSE4 complex JOURNAL Cell Cycle 14 (6), 920-930 (2015) PUBMED 25590999 REMARK GeneRIF: TRIM31 directly binds to NSE4, suggesting the existence of a TRIM31-MAGEA1-NSE4 complex reminiscent of the NSE1-NSE3-NSE4 trimer. REFERENCE 3 (residues 1 to 425) AUTHORS Li H, Zhang Y, Zhang Y, Bai X, Peng Y and He P. TITLE TRIM31 is downregulated in non-small cell lung cancer and serves as a potential tumor suppressor JOURNAL Tumour Biol. 35 (6), 5747-5752 (2014) PUBMED 24566900 REMARK GeneRIF: TRIM31 might serve as a tumor suppressor in non-small cell lung cancer. REFERENCE 4 (residues 1 to 425) AUTHORS Uchil PD, Hinz A, Siegel S, Coenen-Stass A, Pertel T, Luban J and Mothes W. TITLE TRIM protein-mediated regulation of inflammatory and innate immune signaling and its association with antiretroviral activity JOURNAL J. Virol. 87 (1), 257-272 (2013) PUBMED 23077300 REFERENCE 5 (residues 1 to 425) AUTHORS Sugiura T. TITLE The cellular level of TRIM31, an RBCC protein overexpressed in gastric cancer, is regulated by multiple mechanisms including the ubiquitin-proteasome system JOURNAL Cell Biol. Int. 35 (7), 657-661 (2011) PUBMED 21231912 REMARK GeneRIF: The cellular level of TRIM31, an RBCC protein overexpressed in gastric cancer, is regulated by multiple mechanisms including the ubiquitin-proteasome system. REFERENCE 6 (residues 1 to 425) AUTHORS Sugiura T and Miyamoto K. TITLE Characterization of TRIM31, upregulated in gastric adenocarcinoma, as a novel RBCC protein JOURNAL J. Cell. Biochem. 105 (4), 1081-1091 (2008) PUBMED 18773414 REFERENCE 7 (residues 1 to 425) AUTHORS Uchil PD, Quinlan BD, Chan WT, Luna JM and Mothes W. TITLE TRIM E3 ligases interfere with early and late stages of the retroviral life cycle JOURNAL PLoS Pathog. 4 (2), e16 (2008) PUBMED 18248090 REFERENCE 8 (residues 1 to 425) AUTHORS Hillman RT, Green RE and Brenner SE. TITLE An unappreciated role for RNA surveillance JOURNAL Genome Biol. 5 (2), R8 (2004) PUBMED 14759258 REFERENCE 9 (residues 1 to 425) AUTHORS Reymond A, Meroni G, Fantozzi A, Merla G, Cairo S, Luzi L, Riganelli D, Zanaria E, Messali S, Cainarca S, Guffanti A, Minucci S, Pelicci PG and Ballabio A. TITLE The tripartite motif family identifies cell compartments JOURNAL EMBO J. 20 (9), 2140-2151 (2001) PUBMED 11331580 REFERENCE 10 (residues 1 to 425) AUTHORS el Kahloun A, Chauvel B, Mauvieux V, Dorval I, Jouanolle AM, Gicquel I, Le Gall JY and David V. TITLE Localization of seven new genes around the HLA-A locus JOURNAL Hum. Mol. Genet. 2 (1), 55-60 (1993) PUBMED 8490624 COMMENT REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The reference sequence was derived from BG403536.1, BM847963.1, AF230386.1 and CB142265.1. On Apr 22, 2005 this sequence version replaced NP_008959.2. Summary: This gene encodes a protein that functions as an E3 ubiquitin-protein ligase. This gene shows altered expression in certain tumors and may be a negative regulator of cell growth. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2016]. Transcript Variant: This variant (1, also known as alpha) represents the longest transcript and encodes the protein. ##Evidence-Data-START## Transcript exon combination :: AF230386.1 [ECO:0000332] RNAseq introns :: single sample supports all introns SAMEA1968540 [ECO:0000348] ##Evidence-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..425 /organism="Homo sapiens" /db_xref="taxon:9606" /chromosome="6" /map="6p22.1" Protein 1..425 /product="E3 ubiquitin-protein ligase TRIM31" /EC_number="2.3.2.27" /note="tripartite motif-containing protein 31; RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM31" /calculated_mol_wt=48113 Region 13..56 /region_name="RING-HC_TRIM31_C-V" /note="RING finger, HC subclass, found in tripartite motif-containing protein 31 (TRIM31) and similar proteins; cd16582" /db_xref="CDD:319496" Region 16..56 /region_name="RING-HC finger (C3HC4-type)" /note="RING-HC finger (C3HC4-type) [structural motif]" /db_xref="CDD:319496" Site order(16,19,31,33,36,39,53,56) /site_type="other" /note="Zn binding site [ion binding]" /db_xref="CDD:319496" Region 90..131 /region_name="BBOX" /note="B-Box-type zinc finger; smart00336" /db_xref="CDD:197662" Site order(95,98,117,123) /site_type="other" /note="Zn2+ binding site [ion binding]" /db_xref="CDD:237988" CDS 1..425 /gene="TRIM31" /gene_synonym="C6orf13; HCG1; HCGI; RNF" /coded_by="NM_007028.4:127..1404" /db_xref="CCDS:CCDS34374.1" /db_xref="GeneID:11074" /db_xref="HGNC:HGNC:16289" /db_xref="MIM:609316" ORIGIN 1 masgqfvnkl qeevicpicl dilqkpvtid cghnfclkci tqigetscgf fkcplcktsv 61 rknairfnsl lrnlvekiqa lqasevqskr keatcprhqe mfhyfceddg kflcfvcres 121 kdhkshnvsl ieeaaqnyqg qiqeqiqvlq qkeketvqvk aqgvhrvdvf tdqvehekqr 181 iltefellhq vleeeknfll sriywlgheg teagkhyvas tepqlndlkk lvdslktkqn 241 mpprqlledi kvvlcrseef qflnptpvpl elekklseak srhdsitgsl kkfkdqlqad 301 rkkdenrffk smnkndmksw gllqknnhkm nktsepgsss aggrttsgpp nhhssapshs 361 lfrassakv tfpvcllasy deisgqgass qdtktfdval seelhaalse wltairawfc
421 evpssMuistiin 4.4. 2018
Prenumerera på:
Kommentarer (Atom)