Kertailtu sinkkiproteiinien lueteloa. ZNHIT geenejä on kuusi

 ZNHIT geeniryhmä. Onko siitä jotain uutista ? Katsotaan. 

Tässä on  n. 20 v  vanha artikkeli ajoista, kun HIT-motiivin  sinkkisormiproteiinin funktiota alettiin hahmottaa. eri yhteyksistä. Kysyin  suomeksi AI:lta ja sain hyvän ja valaisevan  vastauksen, mutta koska on keskiyö, jatkan noteerausta myöhemmin.  Tiedettiin, ettei ne säädä DNA:ta suoraan ja että niiden sinkkisormirakennelma on ainutlaatuinen. 

A zinc finger HIT domain-containing protein, ZNHIT-1, interacts with orphan nuclear hormone receptor Rev-erbbeta and removes Rev-erbbeta-induced inhibition of apoCIII transcription

Jiadong Wang 1, Yang Li, Min Zhang, Zhongle Liu, Cong Wu, Hanying Yuan, Yu-Yang Li, Xin Zhao, Hong Lu

Affiliations 

• PMID: 17892483
• DOI: 10.1111/j.1742-4658.2007.06062.x

ZNF LIM-tyyppiset sinkkisormiproteiinit (53 geeniä) joista mainitaan 4 alaryhmää

 LIM domain LIM domains are protein structural domains, composed of two contiguous zinc finger domains, separated by a two- amino acid residue hydrophobic linker. They are named after their initial discovery in the proteins L in11, I sl-1 & M ec-3.

Group contains the following subgroups 

• LIM class homeoboxes 12 genes 
• Ajuba family 3 genes 

• LIMS zinc finger family (LIMS) 4 genes 
• Zyxin family 3 genes
• 
  

ZNF PCLO- tyyppiset, 2 geeniä, piccolo-tyyppiset sinkkisormet

 Zinc fingers, piccolo-type Piccolo zinc fingers were found to interact with the dual prenylated rab3A and VAMP2/Synaptobrevin II receptor PRA1. There are eight conserved cysteines in Piccolo-type zinc fingers, suggesting that they coordinate two zinc ligands. [Source: InterPro] 

ZNF TRAF-tyyppiset. 13 jäsentä ryhmässä (HUGO)

 Zinc fingers, TRAF-type This gene group contains genes that encode proteins with a TRAF-type zinc finger domain. Some of the proteins that have this domain are mammalian signal transducers associated with the cytoplasmic domain of the 75kDa tumour necrosis factor receptor. A heterocomplex, homodimer or heterodimer of TRAF1 and TRAF2, binds to the N-terminal of the inhibitor of apoptosis proteins 1 and 2 (IAPS) and recruits them to the tumour necrosis factor receptor 2. [Source: InterPro]

 Genes contained within the group: 13

Tarkistan sinkkisormiproteiinien HUGO ryhmät nyt 11.2.2026. Poimin esiin uusia nimettyjä tai lisättyjä ryhmiä)

 

Group contains the following subgroups 

• LIM domain containing
• GATA zinc finger domain containing (GATAD)
• Nuclear hormone receptors (NR)
• PHD finger proteins (PHF)
• Ring finger proteins (RNF)
• THAP domain family (THAP)
• Zinc fingers AN1-type (ZFAND)
• Zinc fingers A20-type
• Zinc fingers BED-type (ZBED)
• Zinc fingers CCCH-type (ZC3H)
• Zinc fingers CCHC-type (ZCCHC)
• Zinc fingers CW-type (ZCW)
• Zinc fingers C2HC-type (ZC2HC)
• Zinc fingers C2H2-type (ZNF)
• Zinc fingers C2H2C-type
• Zinc fingers DBF-type (ZDBF)
• Zinc fingers DHHC-type (ZDHHC)
• Zinc fingers FYVE-type (ZFYVE)
• Zinc fingers GRF-type (ZGRF)
• Zinc fingers HIT-type (ZNHIT)
• Zinc fingers matrin-type (ZMAT)
• Zinc fingers MIZ-type (ZMIZ)
• Zinc fingers MYM-type (ZMYM)
• Zinc fingers MYND-type (ZMYND)
• Zinc fingers NFX1-type
• Zinc fingers PARP-type
• Zinc fingers PCLO-type
• Zinc fingers RANBP2-type (ZRANB)
• Zinc fingers SWIM-type (ZSWIM)
• Zinc fingers TRAF-type
• Zinc fingers U11-48K-like CHHC-type
• Zinc fingers ZZ-type (ZZZ)
• Zinc fingers 3CxxC-type (Z3CXXC)
• Zinc fingers CXXC-type (CXXC)

UBOX6 omaa rakenteessan myös WD 7-blade propellin ja tunnetaan ,WD reoeat, SAM ja UBOX domeenit omaavana ubikitiiniligasina

 Suoranaisesti  vaikea löytää nmellä UBOX6, mutta  ainakin  geeninimellä WDSUB1  voi löytää. 

Domeeninimi SAM on lyhennys sanoista Sterile Alpha Motif. 

Olen keräämässä listäää U-Box  E3 ligaaseista ja ainakaan ei ole U-BOX7 numeroista vielä  löytynyt. 

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=WDSUB1&keywords=WDSAM1

Uusi UBOX perheenjäsen UBOX4 Geenin virallinen nimi PRPF19, Pre-mRNA processing factor 19

 

Aliases for PRPF19 Gene

• GeneCards Symbol: PRPF19 ²
• Pre-MRNA Processing Factor 19 ^{2 3 5}
• NMP200 ^{2 3 4 5}
• SNEV ^{2 3 4 5}
• UBOX4 ^{2 3 5}
• HPSO4 ^{2 3 5}
• PRP19 ^{3 4 5}
• PSO4 ^{2 3 5}
• Nuclear Matrix Protein NMP200 Related To Splicing Factor PRP19 ^{2 3}
• RING-Type E3 Ubiquitin Transferase PRP19 ^{3 4}

• Pre-MRNA-Processing Factor 19 ^{3 4}
• Nuclear Matrix Protein 200 ^{3 4}
• Senescence Evasion Factor ^{3 4}
• PRP19/PSO4 Homolog ^{3 4}
• Psoralen 4 ^{2 3}
• PRP19/PSO4 Pre-MRNA Processing Factor 19 Homolog (S. Cerevisiae) ²
• PRP19/PSO4 Pre-MRNA Processing Factor 19 Homolog ³
• PRP19/PSO4 Homolog (S. Cerevisiae) ²
• EC 2.3.2.27 ⁴
• HPso4 
•