Leta i den här bloggen


Visar inlägg med etikett miRNA. Visa alla inlägg
Visar inlägg med etikett miRNA. Visa alla inlägg

torsdag 14 december 2017

Väitöskirja exosomeista ja exosomaalisesta RNA.sta 2013

https://gupea.ub.gu.se/bitstream/2077/31705/1/gupea_2077_31705_1.pdf

Göteborgin  Biomedisiinisessä kirjastossa  oli esitteillä   abstrakti exosomeista  vuonna 2013 ja otin tämän talteen.  Siinä vaiheessa ei nämä exosomit  tuntuneet niin kiinnostavilta , mutta luettuani Mef Nilbergin kliinisen onkologian kirjan,  huomaan exosomien mahdollisen osuuden kuin uudesta näkökulmasta.  Selasin vanhoja abstrakteja hyllystä ja otan esiin tämän otsikossa mainitun:

Maria Eldh. Exosomes and exosomal RNA, A way of cell-to-cell communication.  Fakulteettiopponenttina toimi  professori Pia Siljander Helsingin Yliopistosta  8.2. 2013.


Tämä väitöskirja  käsittelee kolmessa osatyössä exosomeja.
I. Importance of RNA isolation methods for analysis of exosomal RNA: evaluation of different methods (2012).
II. Exosomes communicate protective messages during oxidative stress; possible role for exosomal shuttle RNA ( 2010).
III.  MicroRNA in exosomes released from liver metastases in patients with uveal melanoma (2013). 

Yhteenveto

Exosomit ovat nanokokoluokan solunulkoisia rakkuloita ja solunsisäistä alkuperää. Ne osallistuvat solujen väliseen kommunikaatioon osittain  siirtämällä exosomaalista RNA-materiaalia solujen kesken. Exosomeja  havaitaan monissa kehonesteissä kuten veriplasmassa,  virtsassa ja rintamaidossa.

Exosomit  eroavat  donorisolujen  RNA-, proteiini- ja lipidirakenteitten komposition suhteen ja niiden molekulaarinensisältö  on näyttänyt omaavan prognostista ja  diagnostista  potentiaalia.
 
Exosomit havaittiin vasta 1980-luvulla ja alunperin oletettiin että ne ovat punasolujen tapa päästä eroon  kypsymisvaiheitten  proteiineista. 1990-luvulla  ja 2000-luvun alkuvaiheissa osoittautui  kuitenkin näiden  pikkurakkuloiden voivan  omata käyttöä  immuunijärjestelmän soluissa. Immuunisolut voivat aktivoida  ja estää  toisia immuunisoluja näitten  exosomien avulla. Senjälkeen onkin exosomit näyttäneet omaavan  merkitystä  monen moisissa biologisissa funktioissa. Kun jokin solu  vapauttaa exosomeja, toiset lähellä olevat solut
 voivat ottaa niitä sisäänsä tai  niitä kulkeutuu verenkierrossa ja muut kauempana olevat solut voivat ottaa  niitä sisäänsä.

Exosomirakenne  käsittää   lipidejä, proteiineja sekä  geneettistä materiaalia RNA-muodossa. Tätä  ainesta voidaan siirtää muihin soluihin . Tämä  spesifisten solujen kyky kuljettaa  kehossa geneettistä materiaalia  exosomiteitse  on herättänyt  suurta mielenkiintoa: voitaisiinhan  juuri  tällaista kykyä käyttää eri tautien merkitsijänä.

Tässä väitöskirjassa on tutkittu  viljeltyjen solujen exosomeja ja myös  niitä exosomeja,  joita on löytynyt maksaan metastasoitunutta uveamelanoomaa potevilta henkilöiltä.

Aluksi  selviteltiin erilaisten RNA-eristysmenetelmien kykyä isoloida exosomaalista RNA:ta.  Seitsemän eri RNA-eristysmenetelmää arvioitiin ja työssä käytettiin koe-eläimen mast-soluja, eli syöttösoluja,  jotka  vapauttavat jatkuvana virtana exosomirakkuloita. 
Osatyö I  osoitti, että  tutkimusmetodin valinta vaikuttaa  lopputuloksen RNA-profiiliin. Tämä on tärkeä huomata, koska usein RNA-profiileja voidaan verrata ottamatta huomioon, millä
menetelmällä RNA on eristetty.

Toisessa työjaksossa  tutkittiin  normaalissa ja stressinalaisessa (oxidatiivisessa stressi) tilassa erittyviä exosomeja, koska haluttiin tietää,  muuttuuko niiden RNA-sisältö olosuhteista ja mitä  vastaanottavassa solussa tapahtuu vastaavasti. Tulokset osoittavat,  että  näiden  exosomien RNA-sisällöt erovat toisistaan, kun verrataan   ilman stressiä ja stressissä viljeltyjä soluja.Tämä osoittaa,
 että eri olosuhteissa erittyneet  exosomit omaavat erilaiset funktiot.

 Osatyö II osoitti,  että stressattujen solujen vapauttamat "hikoamat"  exosomit antavat vastaanottaville soluille ennalta ehtivää  suojaa, vastustuskykyä sietää oksidatiivista stressiä. jos  sitten saman tapainen stressi  alkaa kohdistua niihinkin.  Tällainen  kuntoa kohottava  signaali näytti katoavan, jos soluja sädetettiin UV-C säteilyllä.

Viimeisessa työjaksossa  tutkittiin uveamelanoomapotilaan  exosomeja tarkoituksena löytää  uusia diagnostisia ja prognostisia (ennusteellisia)   merkitsijöitä. Exosomit kerättiin uvea-melanomapotilaiden maksamestastaaseista. Osoittautui, että metastaattista  uveamelanomaa  potevilla oli korkeampi pitoisuus exosomeja  perifeerisessä laskimoveressään  kuin terveillä kontrolleilla.

Melanomaspesifisiä exosomeja  löydettiin ja niiden microRNA-kirjot
 olivat  potilaiden kesken samanlaisia.
(Uvea-melanooma on kasvain, joka saa alkunsa silmän melanosyyteistä ja vaikka primäärituumori olisi menestyksekkäästi saatu hallintaan, kuitenkin kolmasosalle potilasta kehittyy metastaaseja, lähinnä maksaan).

Väitöskirjan johtopäätöksena oli se, että exosomeilla  on osuutta solu-solu-kommunikaatiossa  ja niiden RNA omaa biologista tärkeyttä.  Mahdollisesti uvea-melanooman  diagnoosissa  ja prognoosissa  exosomaalisella RNA:lla on osuutta.

Suomennosta  14.12. 2017 engl. ja ruots. abstraktista.

Exosomaalinen ncRNA soluvälisenä informaattorina

Exosomaali RNA

Cancer Lett. 2017 Oct 26;414:107-115. doi: 10.1016/j.canlet.2017.10.040. [Epub ahead of print]

The emerging role of exosome-derived non-coding RNAs in cancer biology.

Fan Q1, Yang L1, Zhang X1, Peng X1, Wei S1, Su D2, Zhai Z3, Hua X4, Li H5.
Author information

TIIVISTELMÄ Abstract

Viimeaikoina on tieteessä havaittu, että exosomit ovat  eräs  keino, jolla solujen välinen  kommunikaatio toimii ja tästä on virinnyt laajaa kiinnostusta. Pitkän aikaa exosomien osuutta  vähäteltiin  tutkijapiireissä ja ne arvioitiin  sellaisiksi solukomponenteiksi, joilla ei ole  mitään funktiota. Mutta siten alettiin vähitellen oivaltaa, että ne ovatkin  solujen tärkeä työväline,  jolla solut  välittävät toisilleen sekä tietoa että materiaalia.
  • Exosomes are a new means of intercellular information exchange that have aroused great  research interest. Long neglected in research, exosomes were deemed nonfunctional cellular components to be discarded. However, it has been gradually revealed that exosomes are an important tool for the exchange of intercellular information and material.
Exosomit sisältävät spesifisen kirjon  ei-koodaavaa RNA:ta, johon kuuluu mikroRNA (miRNA) ja pitkä koodaamaton RNA (lncRNA) , mikä viittaisi siihen että on olemassa  RNA:ta lajitteleva mekanismi. Vastaavasti  tuottuu solunsisäisiä monirakkulaisia kappaleita solukalvofuusion jälkeisessä exosomien vapautumisessa solusta - autofagian tapahtumatta. Siis näille monirakkulaisille kappaleille  täytyy  olla olemassa  jokin spesifinen säätelymekanismi
  • Exosomes contain specific repertoires of non-coding RNAs (ncRNAs, including microRNA and lncRNA), indicating that a specific RNA sorting mechanism may exist. Correspondingly, intracellular multivesicular bodies (MVBs) are produced after fusion with the cell membrane to release exosomes rather than inducing autophagy, which reveals that there may be a specific regulatory mechanism for MVB secretion.
Solut voivat liipaista esiin  syöpään korreloivia häiriöitä, kun ne ovat tunnistaneet ja ottaneet vastaan  kiertävää exosomaalista, koodaamatonta ncRNA materiaalia.  Tässä onkin indikaatiota  varhaiseen tuumoribiopsiaan eli koepalan ottoon kasvannaisesta ja varhaishoitoon. On  osoitettu, että  exosomeja voidaan käyttää biologisena kuljettajana kohdennetussa terapiassa. Kuitenkin  saattaa olla olemassa jokin spesifinen, vielä tuntematon vaihdekohta lääkkeiden latauksessa. Tämän katsauksen keskiönä  onkin  exosomin  biogeneesin, vapautumisen ja soluunoton mekanismit. Tutkijaryhmä  tekee katsausta myös siitä,  miten exosomaalinen koodaamaton ncRNA  kykenee  edistämään tuumorin kehittymistä, mm.   tuumorin  resistenssiä kemoterapiaa kohtaan, tuumorin metastasoitumista. Katsaus käsittää myös exosomien prospektiivisen käytön  syöpädiagnostiikassa ja hoidossa.
  •  Cells can trigger cancer-related disorders after the recognition and uptake of circulating exosomal ncRNAs, providing indications for early tumor biopsy and treatment. The use of exosomes as a biological carrier in targeted therapy has been demonstrated. However, there may be a specific, unknown switch for loading drugs. This review focuses on the mechanisms of exosome biogenesis, release, and uptake. We also review the promotion of tumor development by exosomal ncRNAs including chemotherapy resistance, metastasis and the prospective use of exosomes in cancer diagnosis and treatment.
KEYWORDS:

Exosomes; MVBs; Tumor; lncRNA; miRNA, ncRNA

PMID:
    29107112
DOI:
    10.1016/j.canlet.2017.10.040

fredag 10 oktober 2014

MikroRNA neuraalisessa kantasolussa

http://journal.frontiersin.org/Journal/10.3389/fnins.2012.00030/full

Front. Neurosci., 12 March 2012 | doi: 10.3389/fnins.2012.00030
MicroRNAs in neural stem cells and neurogenesis
Hironori Kawahara1,2, Takao Imai1 and Hideyuki Okano1*
  • 1 Department of Physiology, Keio University School of Medicine, Shinjuku, Tokyo, Japan
  • 2 Department of Cell and Developmental Biology, University of Pennsylvania School of Medicine, Philadelphia, PA, USA
MicroRNA (miRNA) is a type of short-length (~22 nt) non-coding RNA. Most miRNAs are transcribed by RNA polymerase II and processed by Drosha-DGCR8 and Dicer complexes in the cropping and dicing steps, respectively. miRNAs are exported by exportin-5 from the nucleus to the cytoplasm after cropping. Trimmed mature miRNA is loaded and targets mRNA at the 3′ or 5′ untranslated region (UTR) by recognition of base-pairing in the miRNA-loaded RISC, where it is involved in gene silencing including translational repression and/or degradation along with deadenylation. Recent studies have shown that miRNA participates in various biological functions including cell fate decision, developmental timing regulation, apoptosis, and tumorigenesis. Analyses of miRNA expression profiles have demonstrated tissue- and stage-specific miRNAs including the let-7 family, miR-124, and miR-9, which regulate the differentiation of embryonic stem cells and/or neurogenesis. This review focuses on RNA-binding protein-mediated miRNA biogenesis during neurogenesis. These miRNA biogenesis-relating proteins have also been linked to human diseases because their mutations can cause several nervous system disorders. Moreover, defects in core proteins involved in miRNA biogenesis including Drosha, DGCR8, and Dicer promote tumorigenesis. Thus, the study of not only mature miRNA function but also miRNA biogenesis steps is likely to be important.


www.frontiersin.org Figure 4. The regulatory loop between miRNAs and their regulators in NSC differentiation and neuronal maturation. (A) Negative feedback regulatory loop of miR-9 and TLX. TLX recruits HDAC5 to the miR-9 locus to inhibit miR-9 expression. MiR-9 can repress the level of TLX through its 3′ UTR. At the same time, LSD1 may be recruited. (B) TLX recruits LSD1 to the miR-137 locus to inhibit miR-137 expression. The expression of miR-137 can repress the level of LSD1. Similarly, HDAC5 may be recruited. (C) Transcription factor Pitx3 promotes miR-133b expression, while miR-133b can down-regulate Pitx3 level.

    tisdag 9 juni 2009

    Ei- koodaava RNA, RNAi, Dicer , RISC

     2009 muistiin

    noncoding RNA,
    RNAi,
     Dicer,
    TRBP,
     PACT,
    RISC,
     miRNA, siRNA
    microRNA, premicroRNA, 

    Katsaus 1.

    MikroRNA-molekyylit ovat kehkeytyneet kahden vaiheen prosessilla, joka tuottavat noin 22 nukleotidin(nt) RNA molekyylejä. Ne säätelevät negatiivisesti (= vaimentavat) kohdegeeniensä ekspressiota post-transkriptionaalisella tasolla.

    Primääriset miRNA molekyylit prosessoituvat prekursori miRNA:ksi ( pre-miRNA) mikroprosessorikompleksin välityksellä.

    Kuva esittää miten tehdään  sekvenssispesifinen geenin hiljentymä kohdegeenistä lähtevään mRNA-proteiiniin. 

    http://www.nature.com/nri/journal/v3/n11/images/nri1227-f1.jpg

    Nämä pre-miRNA muodot pilkkoutuvat RNAasiIII Dicer entsyymillä ja niistä kehkeytyy kypsää miRNA muotoa, jotka ohjaavat RNA- indusoitua hiljentäjäkompleksia (RISC, RNA induced silencing Complex)  kohdegeenistä  kirjoitetulle lähetti-RNA:lle (mRNA) komplementaarisella sekvenssillä.

    Tässä työssä tutkijat osoittavat, että Dicer-entsyymiä sisältävän kompleksin integraalinen komponentti on TRBP (HIV transactivating response RNA binding protein), mikä sisältää kolme kaksoissäikeistä RNA:ta sitovaa domeenia.

    TRBP-sisältöisten kompleksien biokemiallinen analyysi paljastaa assosiaation Dicer-TRBP ja Argonaute-2( Ago-2) kesken.

    http://www.invivogen.com/images/shRNA_pathway.jpg
    Ago2 on RISC- kompleksin katalyyttinen moottori. Fysikaalinen assosiaatio näiden kesken varmistettiin Koeputkessa osoitettiin , että TRBP vaaditaan Ago2:n rekrytoimiseen siRNA:lle( small interfering RNA) , joka taas on sitoutunut Diceriin.

    TRBP Knock out malli tekee Dicerin epästabiiliksi ja siitä seuraa, että miRNA biogeneesi jää tapahtumatta

    Dicer-TRBP kompleksin vaje vähentää RISC-välitteistä reportterigeenin vaimenemista.

    Nämä tulokset osoittavat, että Dicer-TRBP kompleksilla on osuutta miRNA prosessoinnin lisäksi myös RISC kompleksin kokoontumisen alustana.

    LÄHDE1.

    Chendrimada TP, Gregory RI et al. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing. : Nature. 2005 Aug 4;436(7051):740-4. Epub 2005 Jun 22.

    http://www.retrovirology.com/content/2/1/65

    Katsaus 2.

    Pienten RNA- molekyylien kautta tapahtuva geenien vaimeneminen näyttää olevan päätie eukaryoottisisten solujen säätelyssä. Tässä tiessä esiintyvien päätekijöiden identifioiminen on ollut intensiivisen tutkimuksen kohteena viime vuosina.

    Ihmisellä pieniä RNA-molekyylejä tuottaa Dicer-entsyymi ja niitä kertyy vaikuttajakomplekseihin kutea RISC (RNA induced silencing complex) useine tekijöineen
    joihin kuuluu hAgo2, mRNA:n kohteekseen valitseva endonukleaasi
    ja TRBV (HIV-1 TAR RNA binding protein)
    http://homepage.usask.ca/~vim458/advirol/SPCV/miRNA/figure5.jpg
    ds RNA-sitova lisäproteiini, joka tunnetaan nimellä PACT (merkitsevä tekijä RNA-hiljennyksessä).
    PACT liittyy 500kDA kompleksiin, joka sisältää seuraavat tekijät: Dicer, hAgo2 ja TRBP.
    http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/Pathways/tiny/Activation%20of%20NF-KappaB%20by%20PKR.jpg
    http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/PathwayView.aspx?pathwayID=14
    (a protein activator of PKR = PACT)

    Dicer-interaktio käsittää PACT:in kolmannen dsRNA:ta sitovan domaanin (dsRBD) ja Dicerin N-terminaalisen alueen, jossa on helikaasi-motiivi.

    Kuten ei TRBP niin ei myös PACT ole tarpeen pre-mikroRNA:n pilkkoutumisreaktiossa.

    Mutta kuitenkin PACT-tekijän puute vaikuttaa vahvasti kypsän miRNA:n kertymisiin in vivo ja kohtalaisesti vähentää siRNA:n tehoa indusoida RNA-interferenssiä.

    Tämä tutkimus osoittaa, että ihmisen Dicer entsyymi (muista RNAasi III proteiinityypeistä poiketen) saattaa rekrytoida kaksi erilaista dsRBD-sisältävää proteiinia, jotka kiihdyttävät RISC- kompleksin muodostusta.

    LÄHDE 2.
    Yoontae Lee et al. The role of PACT in the RNA silencing pathway EMBO J. 2006 February 8; 25(3): 522–532. Published online 2006 January 19

    http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1383527

    Muistiin RNA interferenssin osatekijöistä.

    18/04/2008 21:51
    |