TRIM21 (Kr.11p15.4) RNF81,Sicca Syndrome Antigen 1, RoSSA, Ribonucleoprotein autoantigen SS_A

TRIM21 (Kr.11p15.4), RNF81, (C_IV, PRYSPRY), Sicca Syndrome_Antigen A , RoSSA, Ribonucleoprotein autoantigen SS_A, Sjögren Syndrome antigen A1, 52kDa Ro protein

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2329685/

TRIM 21 geenillä on konservatiiviset domeenit RING, BBox1, Bbox2 ja Coiled coil. C-terminaali on PRYS/SPRY, joten se on C-IV- alaluokkaa. Koodautunut proteiini on osana RoSSA ribonukleoproteiinia, joka käsittää yksittäisen polypeptidin ja neljä pientä RNA molekyyiä. RoSSA-partikkeli lokalisoituu sekä sytoplasmaan että tmaan. RoSSA tekee interaktioita autoantigeenien kanssa esim Sjögrenin syndromapotilailla ja SLE-potilalla. Vaihtoehtoisesti pleissautuneita variantteja on kuvattu, mutta täyspitkää vain yksi. Geeniä ilmenee eniten pernassa, umpilisäkkeessä, sitten keuhkoissa ja imusolmukkeissa ja 22 muussa kudoksessa. (Suomennos kesken)

• SSA; RO52; SSA1; RNF81; Ro/SSA Summary This gene encodes a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. The encoded protein is part of the RoSSA ribonucleoprotein, which includes a single polypeptide and one of four small RNA molecules. The RoSSA particle localizes to both the cytoplasm and the nucleus. RoSSA interacts with autoantigens in patients with Sjogren syndrome and systemic lupus erythematosus. Alternatively spliced transcript variants for this gene have been described but the full-length nature of only one has been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008] Expression Ubiquitous expression in spleen (RPKM 15.5), appendix (RPKM 13.2) and 24 other tissues See more Orthologs mouse all
• Names: Preferred Names

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21

Names

52 kDa Ro protein

52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A

RING finger protein 81

RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM21

SS-A

Sicca syndrome antigen A

Sjogren syndrome antigen A1 (52kDa, ribonucleoprotein autoantigen SS-A/Ro)

ro(SS-A)

sjoegren syndrome type A antigen

tripartite motif-containing protein 21

NP_003132.2

• EC 2.3.2.27

• Conservative domains

smart00336
Location:91 → 128

BBOX; B-Box-type zinc finger

cd12900
Location:287 → 465

SPRY_PRY_TRIM21; PRY/SPRY domain in tripartite motif-binding protein 21 (TRIM21) also known as 52kD Ribonucleoprotein Autoantigen (Ro52)

cd16596
Location:12 → 55

RING-HC_TRIM21_C-IV; RING finger, HC subclass, found in tripartite motif-containing protein TRIM21 and similar proteins

cl25732
Location:67 → 238

SMC_N; RecF/RecN/SMC N terminal domain

Related articles in PubMed

1. Ro60/SSA levels are increased and promote the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma. Liu D, et al. Biochem Biophys Res Commun, 2018 Jan 22. PMID 29274781
2. Ro52/TRIM21-deficient expression and function in different subsets of peripheral blood mononuclear cells is associated with a proinflammatory cytokine response in patients with idiopathic inflammatory myopathies. Gómez-Martín D, et al. Clin Exp Immunol, 2017 Apr. PMID 27936488, Free PMC Article
3. Alterations of TRIM21-mRNA expression during monocyte maturation. Lenart M, et al. Immunobiology, 2017 Mar. PMID 27773663
4. Monospecific anti-Ro52/TRIM21 antibodies in a tri-nation cohort of 1574 systemic sclerosis subjects: evidence of an association with interstitial lung disease and worse survival. Wodkowski M, et al. Clin Exp Rheumatol, 2015 Jul-Aug. PMID 26315678
5. Sequential ubiquitination and deubiquitination enzymes synchronize the dual sensor and effector functions of TRIM21. Fletcher AJ, et al. Proc Natl Acad Sci U S A, 2015 Aug 11. PMID 26150489, Free PMC Article
   

See all (146) citations in PubMed
See citations in PubMed for homologs of this gene provided by HomoloGene

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

1. Taken together, the current study provides evidence of new function of Ro60/SSA in the development of cancer. It facilitates pancreatic cancer proliferation, migration and invasion. Therefore, it may represent a novel molecular target for the management of pancreatic cancer.
2. We suggest that TRIM21 may be one of the factors associated with the "switching on" the proinflammatory programme in CD16(+) monocytes or monocyte-derived macrophages.
3. Authors demonstrate that TRIM21 expression predicts survival in pancreatic cancer patients. This work highlights a novel mechanism of Par-4 regulation, and identifies a novel prognostic marker and potential therapeutic target for pancreatic cancer.
4. TRIM21 role in TRAIL-induced apoptosis
5. Our data suggest that patients with IIM, mainly DM, are characterized by a deficient expression of Ro52/TRIM21 in different PBMC subsets (CD4(+) lymphocytes and monocytes), along with lower K48-mediated ubiquitination, which is associated with a proinflammatory cytokine response.
6. Significant relationships were found between clinical and laboratory manifestations of autoimmune and rheumatic diseases with different patterns of antibodies to anti-Ro52, anti-Ro60 and anti-La .
7. downregulation of miR-1207-5p and miR-4695-3p expression may lead to increased TRIM21 levels in the minor salivary glands, which contributes to the development of Sjogren's syndrome
8. The interaction of TRIM21 and LFG was analyzed by co-immunoprecipitation. To examine changes in regulatory processes, western blot analyses, real-time PCR, activity of apoptotic process and flow cytometric analyses were carried out.
9. TRIM21 plays an essential role in p62-regulated redox homeostasis and may be a viable target for treating pathological conditions resulting from oxidative damage.
10. TRIM21-induced exposure of the viral genome promotes sensing of DNA and RNA viruses by cGAS and RIG-I
    

Submit: New GeneRIF Correction See all GeneRIFs (71)

Japanese Encephalitis virus and TRIM21

https://link.springer.com/article/10.1186/1742-2094-11-24

Muistiin 13.4. 2018, Suomennos kesken.

TRIM5alfa (Kr.11p15.4), RNF(88), (C.IV, SPRY). Antiretroviraali restriktiotekijä

TRIM 5 sijaitsee kromosomissa 11 geeniklusterissa monien TRIM-geenien kanssa. Sillä on myös nimi RNF88 ja TRIM5alfa. Se kuuluu rakenteellisesti C_IV alaryhmään: N-terminaalissa on RING, Bbox 2 ja coiled coil,  helikaalinen alue.  C-terminaalissa on  B30.2 SPRY. Proteiini muodostaa homo-oligomeerejä helikaalisen domeeninsa avulla ja sijoittautuu sytoplasmisiin kappaleisiin, täpliin. Se ubikitinoituu itse säädellen subsellulaarista sijoittautumistaan ja toimii  E3 ubikitiiniligaasina  Sillä saattaa olla osuutta retrovirusrestriktiossa, vaikka on tietoa että se kyllä kiinnittyy HIV-1  viruskapsidiin mutta sen restriktio ei ole riittävää. TRIM5alfa omaa useita alternatiivisesti pleissautuneita variantteja ja ne koodaavat erilaisia isoformeja. niistä vain  yksi on antiretroviraali, tämä TRIM5alfa.  TRIM5 ilmenee virtsakossa, endometriumissa ja 25 muussa kudoksessa.

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/85363

• Also known as RNF88; TRIM5alphq
•  Summary.The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. The protein forms homo-oligomers via the coilel-coil region and localizes to cytoplasmic bodies. It appears to function as a E3 ubiquitin-ligase and ubiqutinates itself to regulate its subcellular localization. It may play a role in retroviral restriction. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding diffrent isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2009] Expression Ubiquitous expression in urinary bladder (RPKM 5.4), endometrium (RPKM 5.4) and 25 other tissues See more

Mitä uutta tästä geenistä tiedetään? (Suurin osa tiedosta koskee sen toimintaa antiretroviraalisessa funktiossa. Kuten tiedetään antiretroviraalinen immuunipuolustus on ihmisellä hyvin heikko eläimiin verrattuna  ja HIV-1 esim. jatkaa pandemista kulkuaan maasta toiseen eikä ihmisgenomi pysty poistamaan sen provirusta toistaiseksi, nykyisillä antiviraalisilla rahkeilla. Terveistä ja parantuneista retroviruksen saaneista ei ole tietoa.  Tietääkseni. Ja jos heitä on, millä mekanismilla keho olisi voittanut genomiin pesiytyeen (osittain) pandemisen  proviruksen siinä tapauksessa - ja mekanismi olisi jällen jokin “novel”, uusi löytö. Kuten tiedetään, DNA:n korjausjärjestelmä ei tunnista mutaatiota vieraaksi eikä korjaa sitä, mutta provirus sen sijaan ei ole mutaatio toistaiseksi, joten saattaa olla jokin vieraantunnistus järjestelmä mahdollinen.

 Näyttää etsityn toisenlaistakin strategiaa. Koska TRIM5 on antiretroviraali ainakin joissain retrovirusluokissa, voidaan tarkentaa, täsmentää ja vahvistaa sen kykyä myös rajoittaa HIV-1 virus. Tällä kertaa suomennan vain tätä asiaa käsittelevää artikkelia 1.

Related articles in PubMed

1. Editing of the human TRIM5 gene to introduce mutations with the potential to inhibit HIV-1. Dufour C, et al. PLoS One, 2018. PMID 29373607, Free PMC Article .

• I Tyypin interferonin indusoima restriktiofaktori TRIM5alfa pystyy estämään ihmissolujen infektoitumisen eräillä ei-ihmisperäisillä retroviruksilla (N-MLV ja EIAV), mutta ei pysty kohdentamaan riittävää restriktiota HIV-1 virukseen. Mutta jos johdetaan ihmisen Trim5alfaan kaksi aminohapposubstituutiota (R322G ja R355G) siihen domeeniin, joka tunnistaa retroviruskapsidia, saadaan stabiililla yliexpressiolla aikaan tehokkaampaa HIV-1 restriktiota. Tarkasti geenimuovaamalla DNA (CRISPR-Cas9- perusteisella mentelmällä) voitaisiin modifioida TRIM5 ihmissoluissa. CRISPR tulee sanoista Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) ja Cas9 lyhennys tarkoittaa : CRISPR-associated protein 9. Siis tässä menetelmässä tehdään DNA:n kummankin kromatidisäikeen katkemakohta (DSB) ja sitten johdetaan rakenteen kahteen arginiinikohtaan glysiini. DNA korjaa itsensä sopeuttaen tämän mutaation.

(Suomesnosta: Johdanto)

• Introduction

Virukset ovat obligatorisia parasiittejä, jonka onnistunut isäntäsolun infektoiminen vaatii antivirustekijöiden evaasion. Imettäväisistä on tunnistettu monia solun antivirustekijöitä, jotka mahdollisesti interferoivat virusinfektion progredioitumisen myötä. Nämä faktorit voivat joskus toimia ilman ulkoosta stimulusta, mutta niiden ilmenemä ja aktiivisuus lisääntyy interferoni-I:n vaikutuksesta. Retrovirusten (kuten HIV-1) suhteen relevantteja interferonilla stimuloituvia geenejä (IGS) on muun muassa TRIM5alfa. Se koodaa sytoplasmista proteiinia TRIM5alfa. Ihmisellä geenistä koodautuu viisi eri isoformia, joista vain tämä TRIM5alfa on antiviraali vaikutukseltaan. Retrovirukseen kohdentuvan spesifisyyden määrää proteiinin C-terminaali , domeeni SPRY (PRYSPRY, B30.2) . Tässä domeenissa on hypervariabeleita silmukoita, jotka tekevät heti interaktion viruskapsidiproteiinin N-terminaalin kanssa, kun retrovirus on tullut isäntäsolun solukalvoon. Kun sellaista interaktiota tapahtuu, retrovirus kohtaa restriktiota esim. inhibitiota sellaisen mekanismin kautta, joka destabilisoi, epävakauttaa sen kapsidiytimen tai passittaa proteosomisilppuriin osia sen ydinkomponenteista tai viruspartikkeleita saostuu TRIM5alfan sytoplasmisiin kappaleisiin. Ihmisen TIM5alfa ei omaa aktiivisuutta HIV-1 virusta vastaan, korkeintaan hieman , sensijaan se vaikuttaa tehokkaasti estäen infektiivisyyttä N-MLV- viruksesta ( non human gammaretrovirus, N-trooppinen hiiren leukemia virus, N-MLV) ja EIAV-viruksesta (hevosen infektioanemiavirus, lentivirus). Endogeeninen ihmisen TRIM5alfa estää mainittua kahta retrovirusta 100-kertaisesti ja vastaavasti 10-kertaisesti .

• Viruses are obligate parasites whose success at infecting a host cell typically requires evasion from antiviral factors. In mammals, many cellular antiviral factors that can potentially interfere with the progression of viral infections have been identified. These factors can often act without external stimulation, but their expression and activity are enhanced by type I interferons (IFN-I) [1]. Among the IFN-stimulated genes (ISGs) relevant to retroviruses, the family of viruses to which HIV-1 belongs, is TRIM5, which encodes the cytoplasmic protein TRIM5α [2]. In humans, TRIM5 is transcribed into 5 isoforms, among which only TRIM5α possesses antiviral activity [3]. At its C-terminus, a domain called SPRY (PRYSPRY, B30.2) determines the retrovirus targeting specificity. This domain comprises hyper-variable loops that directly interact with the N-terminal domain of capsid proteins early after entry of the retrovirus into the host cell membrane [4]. When such interactions occurs, the retrovirus is inhibited (“restricted”) through mechanisms that include destabilization of the capsid core [5], proteasomal degradation of some core components [6] and sequestration of the viral particle in TRIM5α cytoplasmic bodies [7]. huTRIM5α generally has little-to-no activity against HIV-1, but efficiently inhibits the infectivity of the nonhuman gammaretrovirus “N-tropic” murine leukemia virus (N-MLV) as well as the nonhuman lentivirus equine infectious anemia virus (EIAV) [8]. Those two viruses are typically inhibited ~10-fold (EIAV) and ~100-fold (N-MLV) by endogenous huTRIM5α, with some variation depending on the cellular context.

Monet ryhmät ovat koettaneet vahvistaa TRIM5alfan antiviruskykyjä, jotta saa sen ehkäisemään HIV-1 virusta. Tätä virusta rajoittaa tehokkaasti ( 100 kertaisesti) eräät TRIM5alfa-ortologit, joita on löydetty vanhan maailman apinoista kuten Rhesus macaquen TRIM5alfa (rhTRIM5alfa). Kuitenkin merkitsevät sekvenssivariaatiot ihmisen ja macaque-ortologin välillä sulkevat jo edeltä pois mahdollisuuden käyttää jälkimmäistä sekvenssiä geeniterapiaan perustuvassa lähestymistavassa, koska se lisäisi potilaissa riskiä transgeeniin kohdistuvaan immuunivasteeseen. Niinpä kaikki tutkimukset ovat käsittäneet ihmisen TRIM5alfan yliexpressioversioita, joissa on hahmoteltu SPRY-domaanimodifikaatioilla HIV-1 virukseen kohdentamisia. Jotkut käytetyt TRIM5alfa variantit ovat olleet kimeerisiä tuotteita, jotka ovat sisältäneet pieniä alueita rhTRIM5alfasta SPRY-domeenissa. Eräät tutkijaryhmät selvittivät tarkemmin, mikä determinanttien ero oli rhTRIM5alfan ja huTRIM5alfan kesken HIV-1 restriktiodomeenissa. Havaittiin, että mutatoimalla Arg332 ihmisen TRIM5alfassa saatiin jo riittävä HIV-1 restriktio aikaan. Aluksi oltiin siinä toivossa, että yksittäinen mutaatio tähän asemaan inhiboisi HIV-1:tä yhtä tehokkaasti kuin rhTRIM5alfa, mutta niin ei kuitenkaan ollut.

• Several groups, including ours, have attempted to harness the antiviral power of TRIM5α in order to interfere with HIV-1. This virus is efficiently restricted (~100-fold) by some orthologs of TRIM5α found in Old World monkeys such as the Rhesus macaque TRIM5α (rhTRIM5α) [2]. However, significant sequence variation between the human and macaque orthologs preclude the possibility of using the latter one in gene therapy approaches, as this would increase the risk to elicit an immune response against the transgene in patients. Thus, all the studies have consisted in over-expressing versions of huTRIM5α designed to target HIV-1 through modifications in the SPRY domain. Some of the TRIM5α variants used were chimeric products containing small regions of rhTRIM5α in the SPRY [9, 10]. Other teams mapped with further precision the HIV-1 restriction determinants in rhTRIM5α that were absent in huTRIM5α, leading to the discovery that mutating the Arg332 residue in huTRIM5α was sufficient to inhibit HIV-1. Although initial observations [11, 12] raised the hope that single mutations at this position might inhibit HIV-1 as efficiently as rhTRIM5α did, later work made it clear that this was not the case [13].

Tutkijat jatkoivat toisella lähestymistavalla. He tekivät kirjastot TRIM5alfa SPRYmutanteista ja sitten tekivät toiminnallisen seulonnan isoloiden ne mutantit, joilla oli HIV-restriktiovaikutusta. Näissä tutkimuksissa tunnistettiin arginiini332 (R332) kohdan estävän HIV-1:tä 5-10-kertaisesti. Kun he yhdistivät molemmat mutaatiot Arg335 (R335G) ja Arg332(R332G), he saivat restriktiotasoja, jotka olivat korkeammat kuin kummankaan yksittäisen mutantin. Vaikka R332G-R335G huTRIM5alfa ei ollut yhtä restriktiivinen kuin rhTRIM5alfa, niin kuitenkin se esti tehokkaasti hyvin patogeenisen HIV-1 kannan propagoitumisen, ja transgeenisillä soluilla ilmeni elossapysymisetuja enemmän kuin modifioimattomilla soluilla.

• Our laboratory explored a different approach: generating libraries of TRIM5α SPRY mutants then applying a functional screen to isolate mutants that conferred HIV-1 restriction [14, 15]. These studies identified mutations at Arg335 inhibiting HIV-1 by 5- to 10-fold. When we combined a mutation at Arg335 (R335G) with one at Arg332 (R332G), we obtained restriction levels that were higher than with either of the single mutants [14, 15]. Although not quite as restrictive as rhTRIM5α, R332G-R335G huTRIM5α efficiently inhibited the propagation of a highly pathogenic strain of HIV-1, and cells expressing the transgene had a survival advantage over unmodified cells [13].
  Vaikka HIV-1 geeniterapiassa pidetään R332G-R335G huTRIM5alfaa primäärikandidaattina estämään HIV-1 virusta käyttämällä virusvektoreita yli-ilmentämään sitä ihmissoluissa, on asiassa kuitenkin ongelmiansa. Todellakaan ei vielä tiedetä, mitä TRIM5alfan yliexpressoiminen tulisi merkitsemään ihmissoluissa ottaen huomioon, että kyse sen funktioissa on luonnollisista immuunivasteista ja mahdollisesta autofagiasta. Lisäksi lentivirusvektoreiden genotoxisuus ihmisgenomiin integroituna ei ole vielä tarpeeksi ennustettavissa. Pitemmän päälle olisi suositeltavampaa kyetä johtamaan ihmisen endogeeniseen TRIM5:een mutaatioita geenimuovauksella. Kaikein edistynein lähestymistapa mutaatioiden johtamiseen käsittää DSB – induktion ( DNA:n katkaisun) käyttämällä klusteroituja säännölliset välimatkat omaavia lyhyitä palindroomisia toistoja ( CRISPR) ja niihin assosioituvaa proteiinia Cas9 ja samalla tarjottuna “donoriDNA” templaatiksi HDR-korjausjärjestelmälle ( omology Directed Repair of DNA).
• Although R332G-R335G huTRIM5α is considered a prime candidate in HIV-1 gene therapy approaches to inhibit HIV-1 [13], using viral vectors to overexpress it in human cells is not without caveats. Indeed, the physiological effects of TRIM5α overexpression in vivo are not clear, considering that it is involved in innate immune responses [16, 17] and possibly in autophagy [18]. In addition, the genotoxicity of lentiviral vectors integrating in the human genome is still poorly predictable. In the longer term, it would thus be desirable to be able to introduce mutations in the endogenous human TRIM5 by genome editing. The most advanced approach toward this aim consists in inducing double strand DNA breaks through the use of the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) with CRISPR-associated protein 9 (CRISPR-Cas9) system, and simultaneously providing a single-stranded “donor DNA” to serve as a template for homology-directed repair (HDR)

Tässä raportissa tutkijat käyttivät yksinkertaista DNA-transfektioon perustuvaa protokollaa eri komponentien introdusoimiseksi transfektio-permissiivisiin ihmissolulinjoihin. He mutatoivat onnistuneesti Arg332 ja Arg335 näissä soluissa, vaikka epätoivottujakin mutaatioita ilmeni ja sellaisia kloonattuja soluja ei ollut, joissa kaikki TRIM5 alleelit olisivat kantaneet korjauksia.

• [19, 20]. In this report, we use a simple, DNA transfection-based protocol to introduce the various components required into a highly transfection-permissive human cell line, HEK293T. We successfully mutate Arg332 and Arg335 of TRIM5 in these cells, although undesired mutations are also found and no cell clone could be isolated that had all TRIM5 alleles bearing the corrections.

IFN-I:llä (interferonilla) indusoituva ihmisen restriktiofaktori TRIM5alfa estää ihmissolujen infektoitumisen ei-ihmisperäisillä retroviruksilla (N-MLV ja EIAV) , mutta yleensä se ei kohdenna HIV-1 virukseen. Mutta jos ihmisen TRIM5alfaan, sen retroviruksen viruskapsidia tunnistavaan domeeniin, johdetaan kaksi aminohapposubstituutiota R332G ja R335G ja sitä stabiilisti yliekspressoidaan, seuraa tehokasta HIV-1 viruksen restriktiota. Voidaan käyttää CRISPR-Cas9-perusteista lähestymistapaa DNA:n täsmämuovaukseen modifioimaan ihmissolujen TRIM5. Tutkijat käyttivät tätä mentelmää onnistuneesti mutatoiden TRIM5:n mahdolliseen HIV-1 virusrestriktiiviseen versioon HDR-korjauksessa solussa. Tutkimus demonstroi toteutettavissa olevan TRIM5geenin muovauksen ihmissoluissa ja tunnistaa päähaasteita , jotka pitää ottaa huomioon, jos tätä lähestymistapaa käytetään HIV-1 virukselta suojautumiseen.

• The type I interferon (IFN-I)-inducible human restriction factor TRIM5α inhibits the infection of human cells by specific nonhuman retroviruses, such as N-MLV and EIAV, but does not generally target HIV-1. However, the introduction of two aminoacid substitutions, R332G and R355G, in the human TRIM5α (huTRIM5α) domain responsible for retroviral capsid recognition leads to efficient HIV-1 restriction upon stable over-expression. CRISPR-Cas-based approaches to precisely edit DNA could be employed to modify TRIM5 in human cells. Toward this aim, we used a DNA transfection-based CRISPR-Cas9 genome editing protocol to successfully mutate TRIM5 to its potentially HIV-1-restrictive version by homology-directed repair (HDR) in HEK293T cells. Nine clones bearing at least one HDR-edited TRIM5 allele containing both mutations were isolated (5.6% overall efficiency), whereas another one contained only the R332G mutation. Of concern, several of these HDR-edited clones contained on-target undesired mutations, and none had all the alleles corrected. Our study demonstrates the feasibility of editing the TRIM5 gene in human cells and identifies the main challenges to be addressed in order to use this approach to confer protection from HIV-1.

2. Effects of host restriction factors and the HTLV-1 subtype on susceptibility to HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis. Nozuma S, et al. Retrovirology, 2017 Apr 19. PMID 28420387, Free PMC Article
3. Receptor usage dictates HIV-1 restriction by human TRIM5α in dendritic cell subsets. Ribeiro CM, et al. Nature, 2016 Dec 15. PMID 27919079
4. TRIM5 gene polymorphisms in HIV-1-infected patients and healthy controls from Northeastern Brazil. Celerino da Silva R, et al. Immunol Res, 2016 Dec. PMID 27388872
5. TRIM5α Degradation via Autophagy Is Not Required for Retroviral Restriction. Imam S, et al. J Virol, 2016 Jan 13. PMID 26764007, Free PMC Article

See all (205) citations in PubMed

See citations in PubMed for homologs of this gene provided by HomoloGene

GENERIF lähteen yhteenvetoja. GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

1. study demonstrates the feasibility of editing the TRIM5 gene in human cells and identifies the main challenges to be addressed in order to use this approach to confer protection from HIV-1
2. genetic polymorphism is associated with susceptibility to HIV infections in Brazil
3. TRIM5 and TRIM22 single nucleotide polymorphisms are associated to increased odds of significant liver fibrosis and sustained virological response after pegIFNalpha/RBV therapy in human immunodeficiency virus/hepatitis C virus coinfected patients.
4. TRIM5alpha polymorphisms were associated with proviral loads, indicating that TRIM5alpha could be implicated in HTLV-1 replication.
5. TRIM5alpha potently restricts HIV-1 infection of Langerhans cells but not of subepithelial DC-SIGN+ dendritic cells
6. Collectively, these results are consistent with observations that the turnover of TRIM5alpha proteins is sensitive to autophagy inhibition; however, the data presented here do not support observations that the inhibition of autophagy abrogates retroviral restriction by TRIM5 proteins.
7. This meta-analysis indicates that TRIM5alpha H43Y polymorphism is associated with a decreased risk of HIV-1 infection in the homozygote comparison and recessive model.
8. These results support the relevance of R332G-R335G and other mutants of TRIM5alphahu as candidate effectors for HIV-1 gene therapy.
9. higher-order oligomerization of TRIM5alpha, which is promoted by the interaction with the retroviral capsid, enhances the E3 Ub ligase activity of TRIM5alpha and contributes to its antiretroviral function.
10. TRIM5alpha requires Ube2W to anchor Lys63-linked ubiquitin chains and restrict reverse transcription.

Submit: New GeneRIF Correction See all GeneRIFs (107)

Muistiin 12.4. 2018

TRIM4, (Kr.7q22.1) , RNF87, (C_IV), osallistuu oksidatiiviseen stressiin, ikääntymisgeeni

TRIM4 (Kr.7q22.1), RNF87, (C_IV,PRY)

TRIM motiivissa RING, B-box1 ja -2 sekä C-C-domaani. C-terminaalissa PRY. Alaluokka C_IV. Geenin ilmenemäkudokset: Ovario, kilpirauhanen, endometrium, umpilisäke ja 23 muuta kudosta.

Haku: PubMed Gene. Tätä TRIM4:ää esiityy useissa syöpäkudoksissa. Sen normaalifunktio on antiviraalivasteessa RIG-1 välitteisesti avustaa interferonin induktiota. Se osallistua myös oxidatiivisessa stressissä mitokondriaaliseen apoptoosiin, joka indusoituu vetyperoksidista.Arvellaan että tällä geenillä on merkitystä ikääntymisessä.

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/89122 RNF87, Summary The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. The protein localizes to cytoplasmic bodies. Its function has not been identified. Alternatively spliced transcript variants that encode different isoforms have been described.[provided by RefSeq, Jul 2010] Expression Ubiquitous expression in ovary (RPKM 16.5), thyroid (RPKM 12.9) and 25 other tissues See more

Artikkeleita :

Related articles in PubMed

TRIM ja H2O2:n indusoima solukuolema

• TRIM4; a novel mitochondrial interacting RING E3 ligase, sensitizes the cells to hydrogen peroxide (H2O2) induced cell death. Tomar D, et al. Free Radic Biol Med, 2015 Dec. PMID 26524401 ( Suomennosta). Kohdeproteiinien postratnslationaalinen ubikitinoituminen ja siten silppuroituminen proteosomissa säätelee proteiinien normaalia vaihtumista, mutta tämä uikitinaatio ei ole ainoastaan tällainen siivousjärjestelmä vaan se myös säätelee kriittisellä tavalla erilaisia signaaliteitä. Ubikitinaation aikana E3 ligaasi tunnistgelee kohdeproteiiniaan ja päättää ubikitiiniketjujen topologisen asettuman. Tässä tutkimuksessa selvitellään TRIM4:n (E3 ubikitiiniligaasin) osuutta vetyperoksidin aiheuttamassa solukuolemassa. TRIM4 esiintyy eri tavalla eri kuodksissa ja sitä löytyy useimmista analysoiduista syöpäsolulinjoista. Solussa se näyttää asettuvan täplikkäinä struktuureina sytoplasmaan ja vaikuttaa tekevän ohimeneviä interaktioita mitokondriaan. TRIM4-ilmenemä aiheuttaa mitokondrioiten aggrekoitumista ja mitokondriaalisia vapaita happiradikaaleja (ROS) jos vetyperoksidia (H2O2) on läsnä. TRIM4 herkistää solut H2O2:n indusoimalle kuolemalle, kun taas TRIM4-poistogeenisyys vaikuttaa päinvastoin. TRIM4 vahvistaa mitokondrian kalvopotentiaalin katoamista ja sytokromi c:n vapautumista vetyperoksidin ollessa läsnä. Kun on analysoitu mitkä proteiinit tekevät interaktiota TRIM4:n kanssa, on todettu PRX1, peroxiredoksiini 1, ja muita mitokondriaaliseen ja redox -tasapainoon osallistuvia proteiineja. TRIM4:n interaktio PRX1:n kanssa on kriittinen vetyperoksidin aiheuttamassa solukuolemassa. Yhteenvetona: TRIM4 omaa osan oxidatiivisen stressin indusoiman solukuoleman säätelyssä.

• The emerging evidences suggest that posttranslational modification of target protein by ubiquitin (Ub) not only regulate its turnover through ubiquitin proteasome system (UPS) but is a critical regulator of various signaling pathways. During ubiquitination, E3 ligase recognizes the target protein and determines the topology of ubiquitin chains. In current study, we studied the role of TRIM4, a member of the TRIM/RBCC protein family of RING E3 ligase, in regulation of hydrogen peroxide (H2O2) induced cell death. TRIM4 is expressed differentially in human tissues and expressed in most of the analyzed human cancer cell lines. The subcellular localization studies showed that TRIM4 forms distinct cytoplasmic speckle like structures which transiently interacts with mitochondria. The expression of TRIM4 induces mitochondrial aggregation and increased level of mitochondrial ROS in the presence of H2O2. It sensitizes the cells to H2O2 induced death whereas knockdown reversed the effect. TRIM4 potentiates the loss of mitochondrial transmembrane potential and cytochrome c release in the presence of H2O2. The analysis of TRIM4 interacting proteins showed its interaction with peroxiredoxin 1 (PRX1), including other proteins involved in regulation of mitochondrial and redox homeostasis. TRIM4 interaction with PRX1 is critical for the regulation of H2O2 induced cell death. Collectively, the evidences in the current study suggest the role of TRIM4 in regulation of oxidative stress induced cell death.

TRIM4, RIG-I, viruksen tunnistus ja interferonin induktio

• TRIM4 modulates type I interferon induction and cellular antiviral response by targeting RIG-I for K63-linked ubiquitination. Yan J, et al. J Mol Cell Biol, 2014 Apr. PMID 24755855. (Suomennosta) RIG-I on keskeinen sytoplasminen sensori, joka tunnistaa erilaisia viraalisia RNA -rakenteita. Tästä tunnistuksesta seuraa NF-kB ja IRF3 aktivaatiota ja niiden yhteistyönä indusoituu tyypin I interferonia (IFN) ja kehon luonnollinen antivirusvaste. Tässä tutkimuksessa tiedemiehet tunnistivat TRIM4-proteiinin olevan positiivinen säätelijä RIG-I -välitteisessä interferonin induktiossa. Jos TRIM4 esiintyi ylimäärin, vahvistui viruksen triggeröimät IRF3- ja NF-kB-aktivaatiot ja samoin IFN-beetan induktio. Mutta TRIM4 poistogeenisyys omasi päinvastaiset vaikutukset. Mekanistisesti TRIM4 assosioituu RIG-I proteiiniin ja kohdentaa sen (lysiini) K63-linkkiytyneeseen polyubikitinaatioon. Tutkijoitten havainnot osoittavat, että TRIM4 on tärkeä säätelijä viruksen indusoimassa IFN-induktiotiessä välittämällä RIG-I:n K63 ubikitinaation.

• RIG-I is a pivotal cytoplasmic sensor that recognizes different species of viral RNAs. This recognition leads to activation of the transcription factors NF-κB and IRF3, which collaborate to induce type I interferons (IFNs) and innate antiviral response. In this study, we identified the TRIM family protein TRIM4 as a positive regulator of RIG-I-mediated IFN induction. Overexpression of TRIM4 potentiated virus-triggered activation of IRF3 and NF-κB, as well as IFN-β induction, whereas knockdown of TRIM4 had opposite effects. Mechanistically, TRIM4 associates with RIG-I and targets it for K63-linked polyubiquitination. Our findings demonstrate that TRIM4 is an important regulator of the virus-induced IFN induction pathways by mediating RIG-I for K63-linked ubiquitination.

GEENIT ja taudit

• Eight common genetic variants associated with serum DHEAS levels suggest a key role in ageing mechanisms. Zhai G, et al. PLoS Genet, 2011 Apr. PMID 21533175, Free PMC Article
  
• (Suom.) Kahdeksan yleistä geenivarianttia, jotka assosioituvat seerumin DHEAS pitoisuuksiin. Arvellaan niillä olevan ikääntymismekanismissa avainosaa. TRIM4 mainitaan näiden kahdeksan joukossa.

See all (20) citations in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

1. ZNF198-FGFR1 is associated with phosphorylation of several proteins including SSBP2, ABL, FLJ14235, CALM and TRIM4 proteins.
   

Mitä tiedetään TRIM4 rakenteesta

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_148977.2

Isoformi alpha 1-500 aminohappoa.

Aminohapot 12..52: ”Zf-C3HC4_4” (Cross-brace motif)

Aminohapot 86..123: Bbox Zn binding (CHC3H2)

Aminohapot 304-494. SPRY_PRY-TRIM4; RNF87

Muistiin 6.4. 2018