APOBEC2 (Kr.6p21.1), ARCD1, ARP1 , lihasspesifinen APOBEC

APOBEC2  eli  ARCD-1

Evolutionaalisesti APOBEC2  esiintyy jo luukaloista alkaen kuntaas APOBEC1 ja 3 ovat rajoittuneet vain nisäkkäisiin.    Tästä näkökohtasta päätellen   näillä kahdella  APOBEC linjalla  on joitain olennaisia funktionaalisia erilaisuuksia ellei vastakkaisuuksia. Katsotaan.

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=APOBEC2

Aliases for APOBEC2 Gene

• Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme Catalytic Subunit 2 ^{2 3 5}
• Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme, Catalytic Polypeptide-Like 2 ^{2 3}
• MRNA(Cytosine(6666)) Deaminase 2 ^{3 4}
• Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme, Catalytic Polypeptide 2 ³
• Probable C->U-Editing Enzyme APOBEC-2 ³
• C->U-Editing Enzyme APOBEC-2 ³

• EC 3.5.4.36 ⁴
• EC 3.5.4 ⁵⁶
• ARCD1 ³
• ARP1 ³

Cytogenetic band:

• 6p21.1 by Ensembl
• 6p21.1 by Entrez Gene
• 6p21.1 by HGNC

GeneCards Summary for APOBEC2 Gene

APOBEC2 (Apolipoprotein B MRNA Editing Enzyme Catalytic Subunit 2) is a Protein Coding gene. Among its related pathways are Gene Expression and Formation of the Editosome. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include RNA binding and cytidine deaminase activity. An important paralog of this gene is APOBEC3F.

UniProtKB/Swiss-Prot for APOBEC2 Gene

• ABEC2_HUMAN,Q9Y235

• Probable C to U editing enzyme whose physiological substrate is not yet known. Does not display detectable apoB mRNA editing. *Has a low intrinsic cytidine deaminase activity. May play a role in the epigenetic regulation of gene expression through the process of active DNA demethylation.

Gene Wiki entry for APOBEC2 Gene

* https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11698249/
 Mammalian apolipoprotein B (apoB) C to U RNA editing is catalyzed by a multicomponent holoenzyme containing a single catalytic subunit, apobec-1. We have characterized an apobec-1 homologue, ARCD-1, located on chromosome 6p21.1, and determined its role in apoB mRNA editing. ARCD-1 mRNA is ubiquitously expressed; phylogenetic analysis reveals it to be a distant member of the RNA editing family. Recombinant ARCD-1 demonstrates cytidine deaminase and apoB RNA binding activity but does not catalyze C to U RNA editing, either in vitro or in vivo. Although not competent itself to mediate deamination of apoB mRNA, ARCD-1 inhibits apobec-1-mediated C to U RNA editing. ARCD-1 interacts and heterodimerizes with both apobec-1 and apobec-1 complementation factor (ACF) and localizes to both the nucleus and cytoplasm of transfected cells. Together, the data suggest that ARCD-1 is a novel cytidine deaminase that interacts with apobec-1 and ACF to inhibit apoB mRNA editing, possibly through interaction with other protein components of the apoB RNA editing holoenzyme.

• Suomennoksia APOBEC2 geenin merkityksestä
  

ABOBEC2 geenivaje vaikuttaa myopatiaa

2017 APOBEC2 Deficiency. Article

https://www.fasebj.org/doi/abs/10.1096/fj.201700493R Abstract

Suomennosta:

Apobec2 on aktivaatioindusoitu deaminaasi (AID) ja myös nimeltään ApoB mRNA.ta muovaava katalyyttinen polypeptidientsyymi, sytidiinideaminaasi. ( vaikka mainitaan sen toiminan ApoB mRNA:n  C-> Umuovauksessa olevan  vähäinen- ellei päinvastoin  estävä).

Tässä artikkelissa kerrotaan, että Apobec2- geeniä ilmenee erilaistuneessa lihaksessa ja sydänlihaksessa. Mitä se vaikuttaa lihaskudoksissa? Tutkijat olivat jo aiemmin havainneet hiirellä Apobec2 puutteen johtavan muutokseen lihassäikeessä, myopatiaa ja vähentynyttä lihasmassaa. Kuitenkin silloin oli vielä epäselvää, mikä oli Apobec2-vajeesta aiheutuvan myopatian mekanismi ja miten Apobec1 toimi. Tutkijat osoittavat, että vaikka Apobec2 lokalisoituu hiiren kudoksissa ja viljellyissä myotuubeissa sarkomeerin Z- linjoihin, sen puute ei vahingoita sarkomeerin struktuuria. Mutta sen sijaan elektronimikroskoopilla havaitaan laajentuneita mitokondrioita ja autofagisten vakuolien nielemiä mitokondrioita. Tästä päätellen Apobec2-vaje johtaa tahdonalaisen lihaksen lisääntyneeseen autofagiaan. Apobec2 vaje aiheuttaa lisääntyneitä reaktiivisia happiradikaaleja ja mitokondrioitten depolarisoitumsita, mistä defensiivisena vasteena seuraa mitofagiaa. Jos hiirellä on Apobec-/- geenistö, sen kyky treenautua on huonontunut, mikä viittaa Apobec2-vajeen johtavan vallitsevaan lihastoimintavikaan. Lihassäikeitten selvärajaiset solunesterakkulat viittaavat krooniseen lihasvaurioon, joka haittaa normaalia autofagiaa. Johtopäätäs on, että Apobec2-vaje aiheuttaa mitokondriapuutoksia, jotka lisäävät lihaksen mitofagiaa ja siitä seuraa myopatiaa ja atrofiaa. Apobec2 tarvitaan mitokondriaaliseen tasapainoon ylläpitämään normaalia tahdonalaisen lihaksen funktiota.

• Apobec2 is a member of the activation-induced deaminase/apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic polypeptide cytidine deaminase family expressed in differentiated skeletal and cardiac muscle. We previously reported that Apobec2 deficiency in mice leads to a shift in muscle fiber type, myopathy, and diminished muscle mass. However, the mechanisms of myopathy caused by Apobec2 deficiency and its physiologic functions are unclear. Here we show that, although Apobec2 localizes to the sarcomeric Z-lines in mouse tissue and cultured myotubes, the sarcomeric structure is not affected in Apobec2-deficient muscle. In contrast, electron microscopy reveals enlarged mitochondria and mitochondria engulfed by autophagic vacuoles, suggesting that Apobec2 deficiency causes mitochondrial defects leading to increased mitophagy in skeletal muscle. Indeed, Apobec2 deficiency results in increased reactive oxygen species generation and depolarized mitochondria, leading to mitophagy as a defensive response. Furthermore, the exercise capacity of Apobec2^−/− mice is impaired, implying Apobec2 deficiency results in ongoing muscle dysfunction. The presence of rimmed vacuoles in myofibers from 10-mo-old mice suggests that the chronic muscle damage impairs normal autophagy. We conclude that Apobec2 deficiency causes mitochondrial defects that increase muscle mitophagy, leading to myopathy and atrophy. Our findings demonstrate that Apobec2 is required for mitochondrial homeostasis to maintain normal skeletal muscle function.—Sato, Y., Ohtsubo, H., Nihei, N., Kaneko, T., Sato, Y., Adachi, S.-I., Kondo, S., Nakamura, M., Mizunoya, W., Iida, H., Tatsumi, R., Rada, C., Yoshizawa, F. Apobec2 deficiency causes mitochondrial defects and mitophagy in skeletal muscle.

APOBEC2 on sydänlihas- ja luustolihasspesifinen sytidiinideaminaasiperheen jäsen

1999 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0006291X99909257

APOBEC-2, a Cardiac- and Skeletal Muscle-Specific Member of the Cytidine Deaminase Supergene FamilyA

WeiLiao^a1Seung-HoHong^a1Benny Hung-JunnChan^aFrederick B.Rudolph^bSandra C.Clark^bLawrenceChan^a2

https://doi.org/10.1006/bbrc.1999.0925