Väitöskirjan osatyöt olivat seuraavat:
ISjödin S, Öhrfelt A, Brinkmalm G, Zetterberg H, Blennow K, and Brinkmalm A. Targeting LAMP2 in human cerebrospinal fluid with a combination of immunopurification and high resolution parallel reaction monitoring mass spectrometry. Clinical Proteomics 2016, 13:4.
VISA ARTIKEL
II. Sjödin S, Hansson O, Öhrfelt A, Brinkmalm G, Zetterberg H, Brinkmalm A, and Blennow K. Mass Spectrometric Analysis of Cerebrospinal Fluid Ubiquitin in Alzheimer's Disease and Parkinsonian Disorders. Proteomics Clinical Applications 2017, 11:11-12.
VISA ARTIKEL
III. Sjödin S, Brinkmalm G, Öhrfelt A, Parnetti L, Paciotti S, Hansson O, Hardy J, Blennow K, Zetterberg H, and Brinkmalm A. CSF Levels of Endo-Lysosomal Proteins and Ubiquitin in Alzheimer’s and Parkinson’s Disease. Manuscript.
IV. Sjödin S, Woollacott I, Brinkmalm G, Foiani M, Heller C, Lashley T, Öhrfelt A, Blennow K, Brinkmalm A, Rohrer J, and Zetterberg H. Cerebrospinal Fluid Levels of Lysosomal Proteins and Ubiquitin in Clinical and Familial Subtypes of Frontotemporal Dementia. Manuscript.
Tämän väitöstyön jalkeen jatkoin TRIM-proteiinien luettelon läpikäyntiä. Nyt kun on vuorossa ESCRT- järjestelmä, katson taas tätä väitöskirjan sisältöä ja niitä kohtia, jossa ESCRT-kompleksin tekijöitä on mainittu.
kirjan kappaleesa 1.2.1. kuvataan Autofagia- ja endolysosomaaljärjestelmä
1.2.1.1. Lysosomi
1.2.1.2. Endosytoosi
1.2.1.3. Autofagia
1.2.2. Ubikitiini-proteosomi systeemi
1.2.3 Neurodegeneraatio proteostaasi
1.2.3.1. AD:n proteostaasi
1.2.3.2. PD.n proteostaasi
1.2.3.3. FTD:n proteostaasi
...
Kappaleessa 1.2.1.2. Endosytoosi mainitaan ESCRT- järjestelmä ja sen asettuminen tässä aihepiirissä.
Suomennan koko kappaleen.
ENDOSYTOOSI kattaa lukuisia solun sisäänmenoreittejä. Fagosytoosi on eräs näistä ja ilmenee makrofageissa ja neutrofiileissä. Yleisiin endosytoosireitteihin kuuluvat mm.
- klatriinivälitteinen endosytoosi,
- kaveolavälitteinen endosytoosi ja
- mikropinosytoosi.
Tästä varhaisesta endosomista kuorma (cargo) voidaan johtaa uudelleenkiertoon kohti plasmakalvoa kierrätysendosomeilla tai se voidaan lajittelussa suunnata kypsyvään myöhäisendosomiin (LE , Late Endosome).
Myöhäisendosomin kypsyminen ja muodostuminen varhaisendosomista käsittää Rab GTPaasien Rab5 ja Rab7 konversion ja vaihdon, mikä edistää PI(3,5)P2-fosfoinositidifosfaatin (PIP2- lajin) kertymistä ja tarpeellisen fuusiokoneiston rekrytoimista.
Myöhäisendosomeja (LE) sanotaan myös multivesikulaarisiksi kappaleiksi (MVB, multivesicular bodies), koska niissä on lukuisia ontelonsisäisiä rakkuloita.
ESCRT- koneisto on valmistanut näitä intraluminaalisia rakkuloita EE:ssä ja LE:ssä. ESCRT ( Endosomal sorting complex required for transport) on endosomaalinen lajittelukompleksi, joka jatkokuljetukseen tarvitaan.
ESCRT -koneistossa on neljä kompleksia ESCRT-0,-I,-II, ja -III ja niitä ohjaa ubikitinoituneet kalvoproteiinit ja fosfatidyyli-inositoli-3-fosfaatti(PI3P). (PIP-laji)
(Huomaa kommenttini: inositolin aineenvaihdunta; tästä olen Phytin Fytiini-blogissa tehnyt joitain muistiinpanoja. Sekään ei ole itsestään selviö, että se toimisi hyvin nykyaikana, sillä inositoli kilpailee glukoosin kanssa soluunpääsystä ja esim diabeteksessa menetetään myoinositolia. Inositolia saadaan ravinnosta ja niin sitä saadaan raffinoidutkin sokerit- mutta inositoli on ravinnon osatekijä- sikäli näkymätön ja huomaamaton ja maistumaton. Inositolin aineenvaihdunnalle on eduksi välttää liikaa sokerikuormaa ja sensijaan pitää ravinnossaan jyviä, viljoja, pähkinöitä, kasviksia, kuitua Fytiini on kasviperäinen molekyyli, polyoli, syklitoli, joka voi kantaa vaihtelevan määrän fosfaatteja ja jolle kuitenkin on oma tärkeä aineenvaihduntakartta kehossa, mm harmaassa aivokudoksessa) Fytiini on siis kehon orgaanista fosfaattia. ja ilmeisen kestävän inositolirenkaansa avulla voi kuljettaa liika fosfaattia heksafostaattina pois tumasta eritettäväksi).
LYSOSOMI
Intraluminaalisten rakkuloiden kalvo ja sisällöt hajotetaan heti lysosomaalisilla hydrolaaseilla. Lysosomaaliset hydrolaasit ja kalvoproteiinit pääsevät endosyyttiseen tiehen mannoosi-6-fosfaattireseptorista riippuvalla tai riippumattomalla tavalla, ja niin salliutuu lysosomipopulaation ylläpitäminen ja lysosomaalinen biogeneesi.
Myöhäiset endosomit joko fuusioituvat tai kypsyvät lysosomeiksi ja fusoituvat plasmakalvoon ja poistavat intraluminaaliset rakkulansa eksosomeina.
(Tässä yhteydessä keskityn katsomaan ESCRT- koneiston jäseniä).
ESCRT- järjestelmän terminologiasta mainittiin kirjan alkuosassa seuraavat sanat:
Kirjoitan ne muistiin, kun tarvitsen niitä jatkossa.
ESCRT Endosomal sorting complex required for transport
CFMP2B, Charged multivesicular body protein 2B ( DMT1, ALS17, VPSP-2, CHMP2.5)
TDP-43, Transactive response DNA-binding protein 43 kDa
VPS35 Vacuolar protein sorting-associated protein 32
Nyt aloitan CHMP-perheen proteiinien luettelon ja ne ovat ESCRT-III kompleksin jäseniä.
HIIVAN ESCRT
III Vastaava IHMISEN ESCRT III
Did2p/Vps46
CHMP1A (PCOLN3); CHMP1B
Vps2p
CHMP2A; CHMP2B
Vps24p
CHMP3 (VPS24)
Vps32p ,( Snf7)
CHMP4A; CHMP4B; CHMP4C
Vps60p
CHMP5
Vps20
CHMP6
Chm7
CHMP7
Tässä huomautan. Vaikka jollain CHMP:llä on sama numero, esim 2 tai 4, nillä jokaisella on eri geeni ja useimmiten eri kromosomeissa.
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar