APOBEC3D, APOBEC3DE, A3D, A3DE
Tämä APO3D omaa
myös nimen APO3DE, jota allaolevat artikkelitkin käyttävät. APO3D
on yksi niistä kr.22.n seitsemästä klusterigeenistä, joilla on
APOBEC1:n kaltaista RNA:ta muokkaavaa sytidiinideaminaasikykyä ja ne
estävät retroviruksia deaminoimalla ( poistamalla aminoryhmän)
sytosiinitähteistä paljaassa (juuri muodostuneessa)
retroviruksen koodaavassa DNA:ssa. (Muutamia tiivistelmiä suomennettuna
valaisemassa A3DE.n erityisiä ominaisuuksia)
-
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/140564 Also known as A3D; ARP6; APOBEC3E; APOBEC3DE Summary This gene is a member of the cytidine deaminase gene family. It is one of a group of related genes found in a cluster, thought to result from gene duplication, on chromosome 22. Members of the cluster encode proteins that are structurally and functionally related to the C to U RNA-editing cytidine deaminase APOBEC1 and inhibit retroviruses, such as HIV, by deaminating cytosine residues in nascent retroviral cDNA. [provided by RefSeq, Jul 2008] Expression Broad expression in lymph node (RPKM 5.2), spleen (RPKM 4.6) and 22 other tissues See more Orthologs all
Preferred Names
- DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3D
- Names
- apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3D
- apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3E pseudogene
- probable DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3D
Related articles in PubMed
-
PLoS One. 2016 Jul 18;11(7):e0157220. doi: 10.1371/journal.pone.0157220. eCollection 2016. APOBEC3DE Inhibits LINE-1 Retrotransposition by Interacting with ORF1p and Influencing LINE Reverse Transcriptase Activity. Liang W1, Xu J1et aliae. Abstract.
(Suomennosta artikkelista) Ihmisen LINE I-elementit ovat ainoa autonominen ei-LTR-retroelementti (Long Terminal Repeat) ja se assosioidaan genomiseen epävakauteen, perittyihin geneettisiin tauteihin ja syövän kehitykseen. Eräillä ihmisen APOBEC-perheen proteiineilla tiedetään olevan LINE-1-restriktioaktiivisuutta, rajoittavaa kykyä. Kuitenkaan ei ole perinpohjin saatu luonnehdittua sitä mekanismia, jolla APOBEC3-perhe vaikuttaa LINE-1 retrotranspositioon; tässä artikkelissa raportoidaan tutkijoiden vahvistaneen, että sekä A3B että A3DE omaavat vahvan kyvyn estää LINE-1 retrotranspositiota. A3DE tekee interaktion LINE-1 ORF1p:n kanssa kohdistuen RNA:sta riippuvalla tavalla LINE-1 ribonukleoproteiinipartikkeleihin. Lisäksi A3DE sitoutuu LINE-1 RNA- ja ORF1 -proteiinin soluviljelyjärjestelmissä. Fluoresenssimikroskopialla osoitettiin A3DE:n asettuvan samaan kohtaan ORF1p:n kanssa sytoplasmassa. (ORF = open reading frame). A3DE esti LINE-1:n reversin transkriptioaktiivisuuden (RT) eli käänteiskopioija-aktiivisuuden LINE-1-partikkeleissa sytidiinideaminaasista riippuvalla tavalla. Mutta A3B oli päinvastoin heikompi LINE-1 RT aktiivisuuden estäjä huolimatta sen vahvasta LINE-1- retrotransposition estosta. Tutkimus osoittaakin, että evoluution aikana on kehittynyt erilaisia A3 proteiineja on estämään LINE-1 aktiivisuutta selvästi toisistaan eroavin mekanismein.
-
Human long interspersed elements 1 (LINE-1 or L1) is the only autonomous non-LTR retroelement in humans and has been associated with genome instability, inherited genetic diseases, and the development of cancer. Certain human APOBEC3 family proteins are known to have LINE-1 restriction activity. The mechanisms by which APOBEC3 affects LINE-1 retrotransposition are not all well characterized; here, we confirm that both A3B and A3DE have a strong ability to inhibit LINE-1 retrotransposition. A3DE interacts with LINE-1 ORF1p to target LINE-1 ribonucleoprotein particles in an RNA-dependent manner. Moreover, A3DE binds to LINE-1 RNA and ORF1 protein in cell culture system. Fluorescence microscopy demonstrated that A3DE co-localizes with ORF1p in cytoplasm. Furthermore, A3DE inhibits LINE-1 reverse transcriptase (RT) activity in LINE-1 ribonucleoprotein particles in a cytidine deaminase-independent manner. In contrast, A3B has less inhibitory effects on LINE-1 reverse transcriptase activity despite its strong inhibition of LINE-1 retrotransposition. This study demonstrates that different A3 proteins have been evolved to inhibit LINE-1 activity through distinct mechanisms.
(Lisätietoa Retrotransposoneista LINE = Long Interspersed Nuclear Element)
Google
hakulaiteella löytää netistä videoita (”transposones”),
jotka selittävät tätä ilmiötä ja luokittelevat näitä
hyppiviä geenejä, jumping gene.
Evolution of the AID/APOBEC family of polynucleotide (deoxy)cytidine deaminases. Conticello SG, et al. Mol Biol Evol, 2005 Feb. PMID 15496
SUOMENNOSTA.Evolutionaalisessa selvittelyssä tutkijat tulevat siihen
johtopäätökseen, että AID ja APOBEC2 ovat alkuvaiheen perhettä
siitä ajasta, kun selkärankaisia rupesi erilaistumaan. APOBEC1
ja APOBEC3 ovat nisäkkäille tyypillisiä AID-johdannaisia ja
käsittävän monimutkaisen domeeniasetelman.
-
We conclude that AID and APOBEC2 are likely to be the ancestral members of the AID/APOBEC family (going back to the beginning of vertebrate speciation) with both APOBEC1 and APOBEC3 being mammal-specific derivatives of AID and a complex set of domain shuffling underpinning the expansion and evolution of the primate APOBEC3s.
Identification and antiviral activity of common polymorphisms in the APOBEC3 locus in human populations. Duggal NK, et al. Virology, 2013 Sep 1. PMID 23755966, Free PMC Article
Ihmisen APOBEC3-perheessä on seitsemän jäsentä, jolla on antivirusvaikutusta retroviruksia ja/tai retroelementejä vastaan. Tutkijat halusivat tietää, onko ihmiskunnan APOBEC3-geenivarianteissa tapahtunut antiviraalisuuden muutosta
He tunnistivat ja toiminnallisesti testasivat uusia APOBEC3C-geenien pistemutaatiovariantteja 1000-Genomiprojektitietueesta. He havaitisivat, että APOBEC3A, C, F ja G geenien tavallisten varianttien pienehkö alleelifrekvenssi ( yli 1%) ei vaikuttanut proteiinin funktioon. Kuitenkin he havaitsivat kahden uuden tavallisen APOBEC3D polymorfian vähentävän HIV-1:n vastaista antivirusaktiviteettia ja eräs polymorfia vähensi aktiivisuutta Alu-retrotransposoneja kohtaan. Tutkimuksessa luonnehdittiin kolmen eri väestön APOBEC3-geenien diversiteetti ja havaittiin merkitsevä näyttöä APOBEC3D:n kehittyneen selektiolla evoluutiopaineen alaisena ihmiskunnan lähihistorian aikana. Saadut tiedot viittaavat APOBEC3D-geeniä ylläpidetyn ihmispopulaatiossa isäntäkehon puolustuksessa tarvittavia solufunktioita varten.-
There are seven members of the APOBEC3 family in humans (APOBEC3A through APOBEC3H) that have antiviral activity against retroviruses and/or retroelements. To determine whether variants in APOBEC3 genes in human populations have altered antiviral activity, we identified and functionally tested novel single nucleotide variants (SNVs) in APOBEC3 genes present in the 1000 Genome Project dataset. We found that common variants minor allele frequency (> 1%) of APOBEC3A, C, F, and G do not affect protein function. However, we found that two common novel polymorphisms in APOBEC3D decrease antiviral activity against HIV-1, and one polymorphism decreases activity against Alu retrotransposons. We characterized the diversity of APOBEC3 genes in three human populations and find significant evidence that APOBEC3D has evolved under purifying selection in recent human history. These data suggest that the activity of APOBEC3D has been maintained in human populations for a cellular function in host defense
Identification of APOBEC3DE as another antiretroviral factor from the human APOBEC family. Dang Y, et al. J Virol, 2006 Nov. PMID 16920826, Free PMC Article
(SUOMENOSTA) Kromosomissa 22 on peräkkäin järjestynyt geeniklusteri, joka koodaa seitsemaä sytidiinideaminaasigeeniä. Nämä ovat A3A, A3B, A3C, A3DE, A3F, A3G ja A3H. Niistä kolme (A3G, A3F ja A3B) blokeeraavat HIV-1:n ja monen muunkin retroviruksen replikaation. Lisäksi A3A ja A3C blokeeraavat solunsisäisiä retrotransposoneja ja SIV virusta vastaavasti. APOBEC-geeneihin vastavaikuttaa HIV-1 viruksen taholta virionin infektiivisyystekijä Vif ja se kohdistaa vaikutuksensa A3F ja A3G proteiineihin ja aiheuttaa niiden polyubikitinoitumisen ja hajoituksen proteosomisilppurissa. Tutkijat havaitsivat, että vain A3DE omasi antiretroviraalivaikutusta HIV-1 ja SIV viruksia vastaan ja Vif tukahdutti tätä antivirusaktiivisuutta. A3DE pakkautui mukaan virioniin ja pystyi deaminoimaan sytosiineja urasiiliksi HIV-1 viruksen (-) DNA-säikeessä, mikä katkaisi virussyklin. Muita kuin GG→AG ja AG → AA mutaatioita; sillä oli uusi kohdennuspaikkaspesifisyys , mistä johtui GC→AC viruksen (+) DNAsäikeisiin. Sellaisia mutaatioita on havaittu aiemmin kliinisissä HIV_1-isolaateissa. Lisäksi A3DE esiintyy ihmiskudoksissa paljon laajemmin kuin A3F ja se muodostaa heteromultimeerejä solussa A3F- ja A3G- proteiinien kanssa. Näiden tutkimusten perusteella tehtiin johtopäätös, että A3DE on solunsisäisessä puolustusverkostossa uusi osavaikuttaja ja johtaa retrovirusinvaasion tukahduttamiseen.-
A tandem arrayed gene cluster encoding seven cytidine deaminase genes is present on human chromosome 22. These are APOBEC3A, APOBEC3B, APOBEC3C, APOBEC3DE, APOBEC3F, APOBEC3G, and APOBEC3H. Three of them, APOBEC3G, APOBEC3F, and APOBEC3B, block replication of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and many other retroviruses. In addition, APOBEC3A and APOBEC3C block intracellular retrotransposons and simian immunodeficiency virus (SIV), respectively. In opposition to APOBEC genes, HIV-1 and SIV contain a virion infectivity factor (Vif) that targets APOBEC3F and APOBEC3G for polyubiquitylation and proteasomal degradation. Herein, we studied the antiretroviral activities of the human APOBEC3DE and APOBEC3H. We found that only APOBEC3DE had antiretroviral activity for HIV-1 or SIV and that Vif suppressed this antiviral activity. APOBEC3DE was encapsidated and capable of deaminating cytosines to uracils on viral minus-strand DNA, resulting in disruption of the viral life cycle. Other than GG-to-AG and AG-to-AA mutations, it had a novel target site specificity, resulting in introduction of GC-to-AC mutations on viral plus-strand DNA. Such mutations have been detected previously in HIV-1 clinical isolates. In addition, APOBEC3DE was expressed much more extensively than APOBEC3F in various human tissues and it formed heteromultimers with APOBEC3F or APOBEC3G in the cell. From these studies, we concluded that APOBEC3DE is a new contributor to the intracellular defense network, resulting in suppression of retroviral invasion.
-
Retroviral restriction by APOBEC proteins.
Harris RS, et al. Nat Rev Immunol, 2004 Nov. PMID 15516966
(Suom) Alettiin havaita, että selkärankaiset ( ja ihminenkin) eivät ole aivan puolustuskyvyttömiä retroviruksia vastaan, sillä APOBEC proteiinit estävät retroviruksia deaminoimalla sytosiinitähteitä vastamuodostuneessa retroviraalissa koodaavassa DNA:ssa. Mutta HIV-1 tekee tyhjäksi tämän solupuolustuksen koodamalla pientä Vif-proteiinia, joka välittää APOBEC-proteiinin hajoituksen (silppuroimisen). Sentakia APOBEC-proteiinien ja Vif- virusproteiinin välinen tasapainu saattaisi olla ratkaiseva determinantti retrovirusinfektion seuraamuksiin. Selkärankaisilla on 11 APOBEC-proteiinia ja kädellisillä on niitä eniten. APOBEC-proteiineihin kuuluu AID, todennäköinen DNA-mutaattori, joka vastaa immunoglobuliinigeenin erilaistumisista, ja APOBEC1 on RNA-muovaaja antiretroviraaline aktiivisuuksineen. Tämä APOBEC runsaus saattaisi kallistaa tasapainon solupuolustuksen eduksi
-
A powerful mechanism of vertebrate innate immunity has been discovered in the past year, in which APOBEC proteins inhibit retroviruses by deaminating cytosine residues in nascent retroviral cDNA. To thwart this cellular defence, HIV encodes Vif, a small protein that mediates APOBEC degradation. Therefore, the balance between APOBECs and Vif might be a crucial determinant of the outcome of retroviral infection. Vertebrates have up to 11 different APOBEC proteins, with primates having the most. APOBEC proteins include AID, a probable DNA mutator that is responsible for immunoglobulin-gene diversification, and APOBEC1, an RNA editor with antiretroviral activities. This APOBEC abundance might help to tip the balance in favour of cellular defences.
GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?
Conserved Domains (1) summary
- pfam08210
Location:213 → 383 - APOBEC_N; APOBEC-like N-terminal domain
Peptide sequence and history
DNA dC->dU-editing
enzyme APOBEC-3D [Homo sapiens]
NCBI Reference Sequence: NP_689639.2Identical Proteins FASTA Graphics
LOCUS NP_689639 386 aa linear PRI 12-MAY-2018 DEFINITION DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3D [Homo sapiens]. ACCESSION NP_689639 VERSION NP_689639.2 DBSOURCE REFSEQ: accession NM_152426.3 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo. REFERENCE 1 (residues 1 to 386) AUTHORS Desimmie BA, Burdick RC, Izumi T, Doi H, Shao W, Alvord WG, Sato K, Koyanagi Y, Jones S, Wilson E, Hill S, Maldarelli F, Hu WS and Pathak VK. TITLE APOBEC3 proteins can copackage and comutate HIV-1 genomes JOURNAL Nucleic Acids Res. 44 (16), 7848-7865 (2016) PUBMED 27439715 REMARK GeneRIF: These results indicate that APOBEC3 proteins can be copackaged and can comutate the same genomes, and can cooperate to inhibit HIV replication. REFERENCE 2 (residues 1 to 386) AUTHORS Bouzidi MS, Caval V, Suspene R, Hallez C, Pineau P, Wain-Hobson S and Vartanian JP. TITLE APOBEC3DE Antagonizes Hepatitis B Virus Restriction Factors APOBEC3F and APOBEC3G JOURNAL J. Mol. Biol. 428 (17), 3514-3528 (2016) PUBMED 27289067 REMARK GeneRIF: APOBEC3DE binds to itself, APOBEC3F, and APOBEC3G and antagonizes APOBEC3F and, to a lesser extent, APOBEC3G restriction of hepatitis B virus replication. REFERENCE 3 (residues 1 to 386) AUTHORS Liang W, Xu J, Yuan W, Song X, Zhang J, Wei W, Yu XF and Yang Y. TITLE APOBEC3DE Inhibits LINE-1 Retrotransposition by Interacting with ORF1p and Influencing LINE Reverse Transcriptase Activity JOURNAL PLoS ONE 11 (7), e0157220 (2016) PUBMED 27428332 REMARK GeneRIF: APOBEC3DE inhibits human LINE-1 retrotransposition. Publication Status: Online-Only REFERENCE 4 (residues 1 to 386) AUTHORS Sato K, Takeuchi JS, Misawa N, Izumi T, Kobayashi T, Kimura Y, Iwami S, Takaori-Kondo A, Hu WS, Aihara K, Ito M, An DS, Pathak VK and Koyanagi Y. TITLE APOBEC3D and APOBEC3F potently promote HIV-1 diversification and evolution in humanized mouse model JOURNAL PLoS Pathog. 10 (10), e1004453 (2014) PUBMED 25330146 REMARK GeneRIF: APOBEC3D/F and APOBEC3G fundamentally work as restriction factors against HIV-1 in vivo Publication Status: Online-Only REFERENCE 5 (residues 1 to 386) AUTHORS Wang Z, Wakae K, Kitamura K, Aoyama S, Liu G, Koura M, Monjurul AM, Kukimoto I and Muramatsu M. TITLE APOBEC3 deaminases induce hypermutation in human papillomavirus 16 DNA upon beta interferon stimulation JOURNAL J. Virol. 88 (2), 1308-1317 (2014) PUBMED 24227842 REMARK GeneRIF: APOBEC3 deaminases upregulated by IFN-beta induce E2 hypermutation of HPV16 in cervical keratinocytes. REFERENCE 6 (residues 1 to 386) AUTHORS Conticello SG, Thomas CJ, Petersen-Mahrt SK and Neuberger MS. TITLE Evolution of the AID/APOBEC family of polynucleotide (deoxy)cytidine deaminases JOURNAL Mol. Biol. Evol. 22 (2), 367-377 (2005) PUBMED 15496550 REFERENCE 7 (residues 1 to 386) AUTHORS Harris RS and Liddament MT. TITLE Retroviral restriction by APOBEC proteins JOURNAL Nat. Rev. Immunol. 4 (11), 868-877 (2004) PUBMED 15516966 REMARK Review article REFERENCE 8 (residues 1 to 386) AUTHORS Sawyer SL, Emerman M and Malik HS. TITLE Ancient adaptive evolution of the primate antiviral DNA-editing enzyme APOBEC3G JOURNAL PLoS Biol. 2 (9), E275 (2004) PUBMED 15269786 REFERENCE 9 (residues 1 to 386) AUTHORS Wedekind JE, Dance GS, Sowden MP and Smith HC. TITLE Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business JOURNAL Trends Genet. 19 (4), 207-216 (2003) PUBMED 12683974 REMARK Review article Erratum:[Trends Genet. 2003 Jul;19(7):369] REFERENCE 10 (residues 1 to 386) AUTHORS Jarmuz A, Chester A, Bayliss J, Gisbourne J, Dunham I, Scott J and Navaratnam N. TITLE An anthropoid-specific locus of orphan C to U RNA-editing enzymes on chromosome 22 JOURNAL Genomics 79 (3), 285-296 (2002) PUBMED 11863358 COMMENT REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The reference sequence was derived from DB121958.1, DA287097.1, EU527884.1, BC017022.1, BX340829.2 and AL022318.2. On May 7, 2008 this sequence version replaced NP_689639.1. Summary: This gene is a member of the cytidine deaminase gene family. It is one of a group of related genes found in a cluster, thought to result from gene duplication, on chromosome 22. Members of the cluster encode proteins that are structurally and functionally related to the C to U RNA-editing cytidine deaminase APOBEC1 and inhibit retroviruses, such as HIV, by deaminating cytosine residues in nascent retroviral cDNA. [provided by RefSeq, Jul 2008]. Sequence Note: This RefSeq was created from transcript and genomic sequence data to make the sequence consistent with the reference genome assembly. The genomic coordinates used for the transcript record were based on transcript alignments. Publication Note: This RefSeq record includes a subset of the publications that are available for this gene. Please see the Gene record to access additional publications. ##Evidence-Data-START## Transcript exon combination :: BC017022.1, SRR1803613.102281.1 [ECO:0000332] RNAseq introns :: single sample supports all introns SAMEA1965299, SAMEA1966682 [ECO:0000348] ##Evidence-Data-END## FEATURES Location/Qualifiers source 1..386 /organism="Homo sapiens" /db_xref="taxon:9606" /chromosome="22" /map="22q13.1" Protein 1..386 /product="DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3D" /note="apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3E pseudogene; probable DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3D; apolipoprotein B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like 3D" /calculated_mol_wt=46467 Region 17..199 /region_name="APOBEC_N" /note="APOBEC-like N-terminal domain; pfam08210" /db_xref="CDD:311913" Region 213..38
_name="APOBEC_N" /note="APOBEC-like N-terminal domain; pfam08210" /db_xref="CDD:311913" CDS 1..386 /gene="APOBEC3D" /gene_synonym="A3D; APOBEC3DE; APOBEC3E; ARP6" /coded_by="NM_152426.3:408..1568" /db_xref="CCDS:CCDS46709.1" /db_xref="GeneID:140564" /db_xref="HGNC:HGNC:17354" /db_xref="MIM:609900" ORIGIN 1 mnpqirnpme rmyrdtfydn fenepilygr sytwlcyevk ikrgrsnllw dtgvfrgpvl 61 pkrqsnhrqe vyfrfenhae mcflswfcgn rlpanrrfqi twfvswnpcl pcvvkvtkfl 121 aehpnvtlti saarlyyyrd rdwrwvllrl hkagarvkim dyedfaycwe nfvcnegqpf 181 mpwykfddny aslhrtlkei lrnpmeamyp hifyfhfknl lkacgrnesw lcftmevtkh 241 hsavfrkrgv frnqvdpeth chaercflsw fcddilspnt nyevtwytsw spcpecagev 301 aeflarhsnv nltiftarlc yfwdtdyqeg lcslsqegas vkimgykdfv scwknfvysd 361 depfkpwkgl qtnfrllkrr lreilq //
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar