TRIM19 (Kr.15q24.1( RNF71 (C_V) Useita PLM isoformeja , PML- fuusiogeenimuodostusta

TRIM19 oma muitakin nimiä  : RNF71, MYL, PP8675.

Tämä geeni koodaa proteiinia, joka  on tripartiittimotiivin omaava, TRIM-perheen jäsen: kolme sinkkiä sitovaa domaania: RING, Bbox1 ja Bbox2 sekä  coiled-coil (C-C)  alue. C- terminaalissa ei ole  konservoituja yleisiä motiiveja, joten rakenne on alaryhmää  (C_V).

Tämä fosfoproteiini sijoittautuu tumakappaleisiin ja siellä se toimii transkriptiotekijänä ja tuumorisuppressorina.  Sen ilmentyminen korreloi solusykliin ja se säätelee p53:n vastetta onkogeenisille signaaleille - ( todella fosfoproteiini, kun katsoo isoformien rakennetta- niissä on runsaasti erilaisia fosforylaatiokohtia. TRIM19alfa isoformissa on asetylaatiokohtiakin).

Tämä geeni  on usein osallisena translokaatiossa RARalfageenin kanssa, mikä assosioituu akuuttiin promyelosyyttileukemiaan (APL). Muodostuu PML-RARA fuusiogeeniä.

Lyhennys RAR = retinoic acid receptor).

Tällä geenillä on hyvin paljon alternatiivisia pleissauksia ja niistä johtuu useita proteiinien keski-ja  C-terminaalisen osan variaatioita, mutta kaikilla varianteilla on sama N-terminaali.  Kaikki   alternatiiviset  transkriptivariantit koodaavat erilaisia isoformeja.  Geeni ilmenee  yleisesti rasvakudoksessa, pernassa ja 25 muussa kudoksessa.

• MYL; RNF71; PP8675; TRIM19  Summary
• The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. This phosphoprotein localizes to nuclear bodies where it functions as a transcription factor and tumor suppressor. Its expression is cell-cycle related and it regulates the p53 response to oncogenic signals. The gene is often involved in the translocation (t) with the retinoic acid receptor alpha (RARalfa)  gene associated with acute promyelocytic leukemia (APL). (Fuusiogeeni PML-RARalfa, 7 8
•  Extensive alternative splicing of this gene results in several variations of the protein's central and C-terminal regions; all variants encode the same N-terminus. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jul 2008]  Expression
• Ubiquitous expression in fat (RPKM 11.8), spleen (RPKM 8.1) and 25 other tissues See more 

Muutamia esimerkkejä  TRIM19 isoformeista joita on nimitettu myös kreikkalaisin kirjaimin tai  numeroin  (PMLisoformit 1-8) . Näissä proteiineissa on paljon  erityisiä kohtia, mikä käy rakennelinkeistä ilmi, esimerkiksi kohta, josta muodostuu PML/RARA fuusiogeeni  ,t(15;179..  Erilaisissa fosforuylaatio tai asetylaatiokohdissa on mainittu myös minkä entsyymin kanssa interaktio tapahtuu.Tätä geeniä  näyttää tutkitun hyvin paljon. 

Otan ensimmäisen esimerkin  isoformista 6,  PML6,  TRIM19zeta.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_002666.1
Siinä on N-terminaalista päin lueteltuna seuraavia konservoituja domeeneja:

Lokalisaatio 57..91, RINGfinger, Zf-C3HC4 
124..166, BBox
231-293, Cep57_CLD_2, Centrosome localization domain PPC89 (sentrosomi-paikallistusdomeeni)
240..570 DUF3583, Protein of unknown function (tuntematon funktio)

Seuravana  esimerkkinä  on  PMLisoformi1, TRIM19alpha
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_150241.2
Huomaa että N-terminaali on sama :
Lokalisaatio 57..81 RING-finger, zf-C3HC4 zinc finger
124..166 BBox
231..293 Cep57_CLD-2 Centrosome localisation  domain )C89 ( sentrosomilokalisaatiodomeeni)
240-570 DUF3583, tuntemattoman funktion omaava proteiini
Mutta C-terminaali omaa  aivan erilaisen jakson:
610..758, DnaQ_like-exo,DnaQlike(orDEDD), 3´-5´exonuclease domain superfamily.