TRIM66
Transkriptionaalinen
välittävä tekijä delta. Geenin viralliset nimet ovat
TRIM66; TIF1D; C11orf29; TIF1DELTA. Delta voidaan myöskirjoitaa
kreikkalaisella pienellä deltakirjaimella.
Official Symbol
TRIM66provided by HGNC
Official Full Name
tripartite motif containing 66provided by HGNC
Primary source
HGNC:HGNC:29005
Gene type protein
coding
RefSeq status
VALIDATED
Organism Homo
sapiens
Lineage Eukaryota;
Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia;
Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini;
Hominidae; Homo
Also known as
TIF1D; C11orf29; TIF1DELTA
Expression Broad
expression in testis (RPKM 4.5), skin (RPKM 3.3) and 25 other tissues
See
more
HAKU : ”TRIM66
Gene”
-
TRIM66 overexpresssion contributes to osteosarcoma carcinogenesis and indicates poor survival outcome. Chen Y, et al. Oncotarget, 2015 Sep 15. PMID 26247633, Free PMC Article TRIM66 may act as an oncogene through suppressing apoptosis pathway and promoting TGF-beta signaling in osteosarcoma carcinogenesis. TRIM66 may be a prognostic factor and potential therapeutic target in osteosarcoma.
(Suomennosta).
TRIM66 geenin
muuntumisia on osoitettu useista pahanlaatuisista taudeista . Tässä
artikkelissa raportoidaan TRIM66:n biologisista funktioista
osteosarkoomassa ( luusyövässä). Luusyöpäkudoksessa TRIM66:n
ilmenemä oli korkeampi kuin normaalikudoksessa.
Korkea TRIM66:n
ilmenemä korreloi paikallisten residiivien ja keuhkometastaasien
nopeaan muodostumiseen ja lyhyeen elinaikaan. Sitten tutkijat
havaitsivat, että TRIMpoistogeenisyys ostosarkoomasolulinjoissa
merkitsevästi esti proliferaatiota ja indusoi solusyklipysähtymän
G1- vaiheessa. Lisäksi TRIM66:n esto osteosarkoomasoluissa
merkitsevästi indusoi apoptoosia ja huomattavasti esti
solumigraatiota, invaasiota ja tumorigeenisyyttä hiiressä.Lisäksi
havaittiin, että TRIM66-geenin ollessa ylisäätyneenä
osteosarkoomapotilailla apoptoosiin, EMT
(epiteliaalinen-mestoteliaalinen- transitioon) ja TGF-beeta
signalointitiehen korreloivat geenit olivat rikastuneena. Tämä
tieto vahvisiui geeninhiljennystutkimuksista. Johtopäätöksenä
on, että TRIM66 saattaa toimia onkogeeninä suppessoimalla
apoptoosia ja edistämällä TGF-beeta signalointia osteosarkooman
karsinogeneesissä. TRIM66 voi olla prognostinen tekijä ja
mahdollinen terapeuttinen kohdemolekyyli osteosarkoomassa.
-
TRIM66 belongs to the family of tripartite motif (TRIM)-containing proteins. Alterations in TRIM proteins have been implicated in several malignancies. This study was aimed at elucidating the expression and biological function of TRIM66 in osteosarcoma. Here, TRIM66 expression level was higher in osteosarcoma tissues than in normal tissues. High TRIM66 expression was correlated with high rate of local recurrence and lung metastasis, and short survival time. Then, we found that knockdown of TRIM66 in two osteosarcoma cell lines, MG63 and HOS, significantly inhibited cell proliferation and induced G1-phase arrest. Moreover, inhibition of TRIM66 in osteosarcoma cells significantly induced cell apoptosis, while remarkably inhibited cell migration, invasion as well as tumorigenicity in nude mice. Gene set enrichment analysis in Gene Expression Omnibus dataset revealed that apoptosis, epithelial-mesenchymal transition (EMT) and transforming growth factor-β (TGF-β) signaling pathway-related genes were enriched in TRIM66 higher expression patients, which was confirmed by western blot analysis in osteosarcoma cells with TRIM66 silenced. In conclusion, TRIM66 may act as an oncogene through suppressing apoptosis pathway and promoting TGF-β signaling in osteosarcoma carcinogenesis. TRIM66 may be a prognostic factor and potential therapeutic target in osteosarcoma. KEYWORDS: EMT; TGF-β; TRIM66; osteosarcoma; p53
-
TIF1delta, a novel HP1-interacting member of the transcriptional intermediary factor 1 (TIF1) family expressed by elongating spermatids. Khetchoumian K, et al. J Biol Chem, 2004 Nov 12. PMID 15322135 .
(Suomennosta) Yhä kasvavaan ,
kehitysvaiheen ja fysiologisten tapahtumien kontrolligeenien
perheeseen kuuluvat myös nämä TIF1 proteiinit aivan kärpäsistä
ihmiseen asti. Näissä proteiineissa on N-terminaalinen
RING-B-box-Coiled Coil (RBCC-motiivi) ja C-terminaali PHD.
-finger/Bromodomeeniyksikkö. Näiden TIF1 proteiinien on osoitettu
osallistuvan transkriptionaalisen repression epigeneettiseen
mekanismiin ja tähän kuuluu histonin modifikaatiota ja
heterokromatiinin sitoutuvia proteiineja.
Tässä artikkelissa
kerrotaan hiiren TIF1deltan luonnehtimisesta ja sillä oli
tyypilliset TIF1 domeenit sikäli, että se pystyy tekemään
deasetylaasista riippuvaa hiljentämisvaikutusta, kun asettui
promoottorialueelle. Lisäksi alfa- ja beeta -TIFI1n tapaan tämä
delta -TIFI pystyi homodimerisoitumaan ja se myös sisältää motiivin PXVXL,
joka on tarpeen ja riittävä, että heterokromotiiniproteiini1
(HP1) pystyy kiinnittymään siihen. Sensijaan TIFIdelta ei omaa
TIFI1- alfan (TRIM24) tumareseptoria eikä myöskään TIFIbeetan (KAP-1) rakennelmaa , Krab-ZFP- Krüppel associated box domain) , KRAB-sinkkiä
kantavaa modulia, joka asettuun DNA:n kohdesekvenssiin.
TIF1delta on
kuitenkin ainutlaatuin TIF1-perheen proteiineissa siinä, että
sen esiintymä on suurelta osalta rajoittunut vain testikseen ja
siinä haploideihin elongoituneisiin spermatideihin ja niissä se
liittyy ensisijaisesti heterokromatiiniproteiinin gamma-isotyyppiin,
(HP1gamma) ja muodostaa erillisiä fokuksia, jotka ovat sirottuneet
sentromeerin kromokeskukseen ja ympäröivään nukleoplasmaan. Tästä
tiedosta päätelleen TIF1 perheenjäsenillä on toisiaan kattamattomia
funktioita ja TIFI deltan osa lienee heterokromatiinivälitteisessä
geenihiljentämisessä spermatogeneesin postmeioottisten
vaiheitten aikana.
-
TIF1 (transcriptional intermediary factor 1) proteins are encoded by an expanding family of developmental and physiological control genes that are conserved from flies to man. These proteins are characterized by an N-terminal RING-B box-coiled-coil (RBCC) motif and a C-terminal PHD finger/bromodomain unit, and have been implicated in epigenetic mechanisms of transcriptional repression involving histone modifiers and heterochromatin-binding proteins. We describe here the isolation and functional characterization of a fourth murine TIF1 gene, TIF1delta. The predicted TIF1delta protein displays all the structural hallmarks of a bona fide TIF1 family member and resembles the other TIF1s in that it can exert a deacetylase-dependent silencing effect when tethered to a promoter region. Moreover, like TIF1alpha and TIF1beta, TIF1delta can homodimerize and contains a PXVXL motif necessary and sufficient for HP1 (heterochromatin protein 1) binding. Although TIF1alpha and TIF1beta also bind nuclear receptors and Kruppel-associated boxes specifically and respectively, TIF1delta appears to lack nuclear receptor- and Kruppel-associated box binding activity. Furthermore, TIF1delta is unique among the TIF1 family proteins in that its expression is largely restricted to the testis and confined to haploid elongating spermatids, where it associates preferentially with HP1 isotype gamma (HP1gamma) and forms discrete foci dispersed within the centromeric chromocenter and the surrounding nucleoplasm. Collectively, these data are consistent with specific, nonredundant functions for the TIF1 family members in vivo and suggest a role for TIF1delta in heterochromatin-mediated gene silencing during postmeiotic phases of spermatogenesis.
-
Comparative genomic sequencing reveals a strikingly similar architecture of a conserved syntenic region on human chromosome 11p15.3 (including gene ST5) and mouse chromosome 7. Amid C, et al. Cytogenet Cell Genet, 2001. PMID 11528127 Abstract
(Suomennosta) Geeni TRIM66
sijaitsee alueen 11p15.5-11p15.3 välillä ja siinä lähistöllä
15.3 kohdalla on alue, joka osallistuu useaan tuumoriin ja vaikeaan oireyhtymään BWS https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1394/
-
TRIM66 expression in non-small cell lung cancer: A new predictor of prognosis. Ma Y, Dai HY, Zhang F, Zhao D. Cancer Biomark. 2017 Sep 7;20(3):309-315. doi: 10.3233/CBM-170207. PMID: 28946563 Similar articles
(Suomennosta)TRIM-perhe oallistuu
tärkeisiin biologisiin prosesseihin kuten solusykliin, solun
apoptoosiin ja luonnolliseen antivirusimmuniteettiin. Tässä
tutkimuksessa katsottiin TRIM66 ilmenemää ja sen prediktiivistä
osuutta ei-pienisoluisessa keuhkosyövässä (NSCLC) . NSCLC
kudoksissa havaittiin TRIM66 proteiinia ja mRNA:ta . TRIM66 korkea
ilemenmäpitoisuus assosioitui läheisesti imusolmukemetastaaseihin
ja TNM-luokitukseen NSCLC-potilailla. Myös elinajan lyhyys ja
huono prognoosi korreloivat korkeaan TRIM66-expressioon . TRIM66 voi
toimia tärkeänä molekulaarisena biomerkitsijänä NSCLCpotilaiden
prognoosin prediktiossa.
-
The tripartite motif-containing protein (TRIM) family is involved in important biological processes such as the cell cycle, cell apoptosis, and innate immunity of virus. This study aimed to investigate TRIM66 expression and its predictive role in non-small cell lung cancer (NSCLC) patients. We detected the expression levels of TRIM66 protein and TRIM66 mRNA in NSCLC tissues, and evaluated the prognostic role of TRIM66 in NSCLC.: TRIM66 was highly expressed in NSCLC tissues compared with normal paracancerous tissues (P= 0.001). The high TRIM66 expression closely associated with lymph node metastasis and TNM stage in NSCLC patients . Kaplan-Meier survival model indicated that survival time of NSCLC patients in the high TRIM66 expression group were markedly lower than those in the low expression group . Cox regression analysis showed that high expression of TRIM66 is associated with poor prognosis in NSCLC patients. TRIM66 can be serve as an important molecular marker for predicting the prognosis in NSCLC patients.
Trim66 rakenne, peptidi on 1216 aminohappoa.
Konservatiivisissa domeeneissa maintaan BROMO-domeeni, jonka arkkitehtuuri vaikuttaa koaktivaattoreitten ja/tai korepressoreitten rekrytoitumista moduloimaan transkriptiota.Tällaista BROMO-domeenia on myös TIF1gamma/TRIM33:lla joka suorittaa hematopoieettista kontrollia. Bromodomeeni on 110 aminohappoa pitkä ja sitä esiintyy monessa kromatiiniin liittyneessä proteiinissa.
Conserved Domains (4) summary
- cd05502
Location:1042 → 1150 - Bromo_tif1_like; Bromodomain; tif1_like subfamily. Tif1 (transcription intermediary factor 1) is a member of the tripartite motif (TRIM) protein family, which is characterized by a particular domain architecture. It functions by recruiting coactivators and/or ... corepressors to modulate transcription. Vertebrate Tif1-gamma, also labeled E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33, plays a role in the control of hematopoiesis. Its homologue in Xenopus laevis, Ectodermin, has been shown to function in germ-layer specification and control of cell growth during embryogenesis. Bromodomains are 110 amino acid long domains, that are found in many chromatin associated proteins. Bromodomains can interact specifically with acetylated lysine.
-
smart00502
Location:108 → 233 - BBC; B-Box C-terminal domain
-
cd00021
Location:64 → 99 - BBOX; B-Box-type zinc finger; zinc binding domain (CHC3H2); often present in combination with other motifs, like RING zinc finger, NHL motif, coiled-coil or RFP domain in functionally unrelated proteins, most likely mediating protein-protein interaction.
-
cl22851
Location:969 → 1017 - PHD_SF; PHD finger superfamily PHD finger superfamily
PHD finger- domeeni sisältää luonteenomaiset cysteiini (C) ja histidiini (H) mallit, kanoniset ja ei-kanoniset. PHD finger on toiselta nimeltä LAP ( leukemiaan assosioitunut proteiini) tai TTC ( trithorax consensus). Näitä PHD finger domeeneja esiintyy yksittäisenä tai useina kopioina useissa eukaryottisisa proteiineissa ja ne osallsituvat geenitranskription kontrolliin ja kromatiinidynamiikkaan. Ne pystyvät tunnistamaan modifioimattoman ja modifioidun H3-päätyjakson ja jotkut tekevät interaktion ei-histoniproteiinien kanssa. Ne ovat myös epigeneettisiä geeniexpression kontrollilukijoita rekrytoimalla kromatiinin säätelijöitten ja transkriptiotekijöitten multiproteiinikomplekseja. Rakenteellisesti PHD finger domeeni SF on samankaltainen kuin RING- ja FYVE (domeenin)-kaltaisilla superperheillä.
- The PHD finger superfamily includes a canonical plant homeodomain (PHD) finger typically characterized as Cys4HisCys3, and a non-canonical extended PHD finger, characterized as Cys2HisCys5HisCys2His. Variations include the RAG2 PHD finger characterized by Cys3His2Cys2His and the PHD finger 5 found in nuclear receptor-binding SET domain-containing proteins characterized by Cys4HisCys2His. The PHD finger is also termed LAP (leukemia-associated protein) motif or TTC (trithorax consensus) domain. Single or multiple copies of PHD fingers have been found in a variety of eukaryotic proteins involved in the control of gene transcription and chromatin dynamics. PHD fingers can recognize the unmodified and modified histone H3 tail, and some have been found to interact with non-histone proteins. They also function as epigenome readers controlling gene expression through molecular recruitment of multi-protein complexes of chromatin regulators and transcription factors. The PHD finger domain SF is structurally similar to the RING and FYVE_like superfamilies.
PEPTIDI (
ensimmäinen isoformi 1216 aminohapon peptidi)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_055633
FEATURES Location/Qualifiers source 1..1216 /organism="Homo sapiens" /db_xref="taxon:9606" /chromosome="11" /map="11p15.4" Protein 1..1216 /product="tripartite motif-containing protein 66" /note="transcriptional intermediary factor 1 delta" /calculated_mol_wt=134533 Region 64..99 /region_name="BBOX" /note="B-Box-type zinc finger; zinc binding domain (CHC3H2); often present in combination with other motifs, like RING zinc finger, NHL motif, coiled-coil or RFP domain in functionally unrelated proteins, most likely mediating protein-protein interaction; cd00021" /db_xref="CDD:237988" Site order(65,68,88,93) /site_type="other" /note="Zn2+ binding site [ion binding]" /db_xref="CDD:237988" Region 108..233 /region_name="BBC" /note="B-Box C-terminal domain; smart00502" /db_xref="CDD:128778" Region 860..864 /region_name="PxVxL motif" /experiment="experimental evidence, no additional details recorded" /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (O15016.4)" Region 969..1017 /region_name="PHD_SF" /note="PHD finger superfamily; cl22851" /db_xref="CDD:304600" Site order(972,982..985,989,1009) /site_type="other" /note="histone H3 binding site [polypeptide binding]" /db_xref="CDD:276966" Site order(973,976,985,988,993,996,1011,1014) /site_type="other" /note="Zn binding site [ion binding]" /db_xref="CDD:276966" Region 1042..1150 /region_name="Bromo_tif1_like" /note="Bromodomain; tif1_like subfamily. Tif1 (transcription intermediary factor 1) is a member of the tripartite motif (TRIM) protein family, which is characterized by a particular domain architecture. It functions by recruiting coactivators and/or...; cd05502" /db_xref="CDD:99934" Site order(1070,1074,1077,1119,1123,1129) /site_type="other" /note="putative acetyllysine binding site [chemical binding]" /db_xref="CDD:99934" CDS 1..1216 /gene="TRIM66" /gene_synonym="C11orf29; TIF1D; TIF1DELTA" /coded_by="NM_014818.1:196..3846" /db_xref="GeneID:9866" /db_xref="HGNC:HGNC:29005" /db_xref="MIM:612000" ORIGIN 1 marncsecke kraahilcty cnrwlcssct eehrhspvpg gpffpraqkg spgvnggpgd 61 ftlycplhtq evlklfcetc dmltchsclv vehkehrcrh veevlqnqrm llegvttqva 121 hkksslqtsa kqiedrifev khqhrkvenq ikmakmvlmn elnkqangli eelegitner 181 krkleqqlqs imvlnrqfeh vqnfinwavc sktsvpflfs kelivfqmqr lletscntdp 241 gspwsirftw epnfwtkqla slgcittegg qmsradapay gglqgsspfy qshqspvaqq 301 ealshpshkf qspavcsssv ccshcspvsp slkgqvppps ihpahsfrqp pemvpqqlgs 361 lqcsallpre kelacsphpp kllqpwletq ppveqestsq rlgqqltsqp vcivppqdvq 421 qgahaqptlq tpsiqvqfgh hqklklshfq qqpqqqlppp ppplphpppp lppppqqphp 481 plppsqhlas sqhesppgpa csqnmdimhh kfeleemqkd lelllqaqqp slqlsqtksp 541 qhlqqtivgq inyivrqpap vqsqsqeetl qatdeppasq gskpalpldk ntaaalpqas 601 geetplsvpp vdstiqhssp nvvrkhstsl simgfsntle melsstrler plepqiqsvs 661 nltagapqav psllsappkm vssltsvqnq ampslttshl qtvpslvhst fqsmpnlisd 721 spqamaslas dhpqagpslm sghtqavpsl atcplqsipp vsdmqpetgs ssssgrtsgs 781 lcprdgadps lenalckvkl eepinlsvkk pplapvvsts talqqyqnpk ecenfeqgal 841 eldakenqsi rafnsehkip yvrlerlkic aassgempvf klkpqkndqd gsflliiecg 901 tesssmsikv sqdrlseatq apglegrkvt vtslagqrpp evegtspeeh rliprtpgak 961 kgppapiene dfcavclngg ellccdrcpk vfhlschvpa llsfpggewv ctlcrsltqp 1021 emeydcenac ynqpgmrasp glsmydqkkc eklvlslccn nlslpfhepv splarhyyqi 1081 ikrpmdlsii rrklqkkdpa hyttpeevvs dvrlmfwnca kfnypdseva eagrclevff 1141 egwlkeiype krfaqprqed sdseevsses gcstpqgfpw ppymqegiqp krrrrhmene 1201 rakrmsfrla nsisqv //
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar