Leta i den här bloggen

torsdag 19 april 2018

TRIM68 (Kr.11p15.4), RNF137, SS-56 , Ro/SSA:n kaltainen) (C- ? ,SPRYPRY)

TRIM68 (Kr.11p15.4) RNF137, SS-56 (RO/SSA:n kaltainen), (C_IV?)

TRIM68-geenillä on vaihtoehtoisia nimiä: E3 ubikitiiniligaasi TRIM68, Ro/SSA:n kaltainen proteiini, SSA SS-56, RNF 137 .
Tämä TRIM68-proteiini on aika pieni, 256 aminohappoa eräässä isoformissa. RBCC rakenne. SPRY-PRY domeeni C-terminaalissa luokitellaan alaryhmään C-I.
Tämä geeni säätelee tumareseptoreiden ( nuclear receptors, NR) aktiivisuutta, esimerkiksi androgeenireseptoria (AR) ja sen onkin havaittu vaikuttavan usean prostatakarsinooman (PC)) kehittymiseen ja niissä sen ilmenemä lisääntyy vasteena microRNA proteiinien alassäätymiselle. Lisäksi tämä geeni osallistuu viruspuolustukseen säätelemällä negatiivisesti interferoi betaa. TRIM68 ubikitiiniligaasin kohdeproteiini on TFG.
Geenistä koodautuu vaihtoehtoisella pleissauksella useita transkriptejä. Geeniä ilmenee yleisesti ja eniten kilpirauhasessa, prostatassa ja 25 kudoksessa.

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/55128 Also known as SS56; SS-56; RNF137 Summary This gene encodes a member of the tripartite motif-containing protein family, whose members are characterized by a "really interesting new gene" (RING) finger domain, a zinc-binding B-box motif, and a coiled-coil region. Members of this family function as E3 ubiquitin ligases and are involved in a broad range of biological processes. This gene regulates the activation of nuclear receptors, such as androgen receptor, and has been implicated in development of prostate cancer cells, where its expression increases in response to a downregulation of microRNAs. In addition, this gene participates in viral defense regulation as a negative regulator of interferon-beta. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2015] Expression Ubiquitous expression in thyroid (RPKM 4.1), prostate (RPKM 3.9) and 25 other tissues See more Preferred Names E3 ubiquitin-protein ligase TRIM68. Names RING-type E3 ubiquitin transferase TRIM68, Ro/SSA1 related protein, SSA protein SS-56 , ring finger protein 137 tripartite motif-containing protein 68 .

TRIM68 peptidirakenne ja konservoidut domeenit

cd00021
Location:96 → 134
BBOX; B-Box-type zinc finger; zinc binding domain (CHC3H2); often present in combination with other motifs, like RING zinc finger, NHL motif, coiled-coil or RFP domain in functionally unrelated proteins, most likely mediating protein-protein interaction.
pfam15227
Location:16 → 60
zf-C3HC4_4; zinc finger of C3HC4-type, RING
cd13733
Location:304 → 479
SPRY_PRY_C-I_1; PRY/SPRY domain in tripartite motif-containing (TRIM) proteins, including TRIM5, TRIM6, TRIM7, TRIM10, TRIM11, TRIM17, TRIM20, TRIM21, TRIM27, TRIM35, TRIM38, TRIM41, TRIM50, TRIM58, TRIM60, TRIM62, TRIM69, TRIM72, NF7 and bloodthirsty
Artikkeleita PubMed lähteestä

TRIM68 säätyy alas eräistä microRNAmolekyyleistä


(Suomennosta) Epigeneettinen säätely on jo kauan tunnnistettu yhdeksi monen karsinoomatyypin , myös prostatakarsinooman (Pca) kehittymisen ja progression syyksi .Tässä tutkimuksessa tutkijat havaitsivat, että mikro-RNAtyyppien miR-29a ja miR-1256 promoottorit DNA-sekvenssissä ovat osittain metyloituneita PCa soluissa , mikä johtaa näiden microRNA tyyppien matalampaan ilmenemiseen sekäPCa soluissa että ihmisen tuumorikudoksissa verrattuna normaaleihin epiteeliaalisiin soluihin ja normaaliin prostatakudokseen. Havaittiin myös , että mainittujen kahden microRNAtyypin kohdemolekyyli on TRIM68: Jos mikroRNA:t säätyivät alas, TRIM69 ja PGK-1 säätyivät ylös prostatakarsinoomasoluissa ja ihmisen tuumorikudosnäytteissä. Kiinnostavana seikkana tutkijat havaitsivat, että isoflavoni, luonnon aine, saattoi demetyloida metyloituneita kohtia näiden kahden mikroRNA-tyypin promoottoreista, jolloin niiden ilmenemä pääsi lisääntymään. Nämä isoflavonilla lisääntyneet mikroRNA-lajit johtivat TRIM68 ja PGK1 proteiinien ilmenemän laskuun, mikä taas mekanistisesti linkkiytyi prostatakarsinoomasolujen kasvun ja invasoitumisen estymiseen, mikä viitaisi attä isoflavoni voisi olla hyödyllinen non-toksinen demetyloiva agenssi PCa kehittymisen ja progredioitumisen ennaltaehkäisyssä.
  • The epigenetic regulation of genes has long been recognized as one of the causes of prostate cancer (PCa) development and progression. Recent studies have shown that a number of microRNAs (miRNAs) are also epigenetically regulated in different types of cancers including PCa. In this study, we found that the DNA sequence of the promoters of miR-29a and miR-1256 are partly methylated in PCa cells, which leads to their lower expression both in PCa cells and in human tumor tissues compared with normal epithelial cells and normal human prostate tissues. By real-time PCR, Western Blot analysis and miRNA mimic and 3'-UTR-Luc transfection, we found that TRIM68 is a direct target of miR-29a and miR-1256 and that the downregulation of miR-29a and miR-1256 in PCa cells leads to increased expression of TRIM68 and PGK-1 in PCa cells and in human tumor tissue specimens. Interestingly, we found that a natural agent, isoflavone, could demethylate the methylation sites in the promoter sequence of miR-29a and miR-1256, leading to the upregulation of miR-29a and miR-1256 expression. The increased levels of miR-29a and miR-1256 by isoflavone treatment resulted in decreased expression of TRIM68 and PGK-1, which is mechanistically linked with inhibition of PCa cell growth and invasion. The selective demethylation activity of isoflavone on miR-29a and miR-1256 leading to the suppression of TRIM68 and PGK-1 expression is an important biological effect of isoflavone, suggesting that isoflavone could be a useful non-toxic demethylating agent for the prevention of PCa development and progression.

TRIM68 on autoantigeeni SSA56. Ristireaktio tuumoriantigeenin kanssa.

(Suomennosta) On todettu että SS56 on autoantigeeni Sjögrenin oireyhtymässä ja systeemisessä lupus erytematoideksessa. Lisäksi on havaittu TRIM68/ SS56:lle spesifisiä T-soluja verenkierrossa ja SLE-iholeesioiden infiltraateissa. SS56-spesifiset T-lymfosyytit kykenivät lyyttisesti hajoittamaan kohdesoluja esittämällä peptidiepitooppeja pinnallaan. Erään Sjögrenin syndromaa potevan henkilön SS56-spesifiset CD8 T-solut reagoivat ristiin ML-IAP-epitoopin kanssa. Siis myös CD8 Tsolut osallistuivat autoimmuuniseen häiriöön. SS56 autoantigeenin ( TRIM68) ja tuumoriantigeenin ML-IAP välinen ristireaktio vahvistaa olemassaolevan linkin autoimmuniteetin ja syöpäsolusolun vastaisten immuunivasteiden kesken.

  • A large proportion of melanoma patients host a spontaneous T-cell response specifically against ML-IAP-derived peptides. In this study, we describe that some ML-IAP-specific cytotoxic T cells isolated from melanoma patients cross react with an epitope from the auto-antigen SS56 (TRIM68) . SS56 is a recently described target of autoantibody responses in Sjögren's syndrome (SS) as well as systemic lupus erythematosus (SLE). Here, we describe that SS56 is also an auto-antigen for T cells in SS and SLE. Hence, SS56-specific T cells could readily be detected in circulation and among the infiltrating cells of SLE skin lesions. SS56-specific T cells were able to lyse target cells presenting the peptide epitope on the surface. Notably, SS56-specific CD8 T cells isolated from an SS patient cross reacted with the ML-IAP epitope. This early evidence of a target for auto-reactive CTL in SS and SLE patients; it is to our knowledge previously unreported and underscores the important role of CD8 T cells in autoimmune disorders. Furthermore, the cross-reactivity against the auto-antigen SS56 and the tumor-antigen ML-IAP confirms the link between autoimmunity and anti-cancer cellular immune responses.

Löytynyt SS-56 (TRIM68) soluantigeeni , joka on RoSSA:n (TRIM21) sukulainen.

(Suomennosta) Tietyille autoimmuunisille häiriöillä(Sögrenin syndrooma ja SKE) on tyypillistä autovasta-aineet Ro/SSA-ja La/SSB- soluantigeeneja vastaan. Mutiakin proteiineja on arveltu olevan tällaisten soluantigeenien joukososa. Löydettiin SS-56 (TRIM68) , kun analysoitiin HI-virusta vaimentavalla immunomodulaattorilla lymfosyyttien säädeltyä geeniexpressiota. Tunnistettiin ja kloonattiin 56 kDa proteiini, jolle annettiin nimi SS-56 ja se oli rakenteellisesti 53-kDa RoSSA antigeenin sukuinen. Uudella proteiinilla oli perínukleaarinen sytoplasminen sijainti ja rekombinantti SS-56 reagoi useimpien Sjögrenin syndromaa (SS) ja SLE:tä potevien henkilöiden seerumin kannsa . Uuden proteiinin autoantigeeninen luonne varmistettiin. SS-56 -vasta-aineiden insidenssi korreloi SLE-taudin viskeraaleihin komplikaatioihin. Puolet tutkituista SS- ja SLE- potilaista ei omannut havaittavia vasta-aineita SSA- ja SSB- antigeenejä vastaan, mutta kehitti vasta-aineita SS-56 rekombinanttia vastaan. Täten SS-56 on uusi autoantigeeniperhe tärkeä lisä SS ja SLE tautien diagnostisena merkitsijänä.

  • Certain autoimmune disorders, including Sjögren syndrome (SS) and systemic lupus erythematosus (SLE), are characterized by autoantibodies against the Ro/SSA and La/SSB cellular antigens. Although the implication of these autoantibodies in disease pathogenesis is still unclear, it is believed that the aberrant responses against autoantigens may extend to other proteins that are not yet well defined. In an attempt to analyze the regulated gene expression in lymphocytes by an HIV-suppressive immunomodulator, we have identified and cloned a novel gene encoding a 56-kDa protein, named SS-56, which is structurally related to the 52-kDa Ro/SSA antigen. The new protein showed primarily perinuclear cytoplasmic localization, and recombinant SS-56 was found to react in ELISA with sera from most patients with SS or SLE. Western blot analysis confirmed the autoantigenic nature of native SS-56 in extracts from HeLa cells. Interestingly, the incidence of antibodies to SS-56 was associated with visceral complications in SLE, and roughly half of the 17 SS or SLE patients with no detectable antibodies to SSA and SSB antigens presented measurable antibodies against recombinant SS-56. Thus, SS-56 represents a new member of the SS family of autoantigens and could become an additional and important diagnostic marker for SS and SLE.

Ubikitiinivälitteisen hajoittamisen säätelyhäiriö eräs taustasyy tuumoreihin

(Suomennos) Lisääntyvä kliininen näyttö osoittaa, että ubikitiinivälitteisten onkogeenituotteiden ja tuumorisuppressorien hajoittamisen säätelyhäiriö on todennäköisesti osallinen syöpien ja leukemioiden etiologiaan. Tuoreet tutkimukset ovat osoittaneet, että jotkut TRIMperheen jäsenet ( TRIM on eräs RING-tyyppisten E3 ubikitiiniligaasien alaperhe) toimivat tärkeinä karsinogeneesin säätelijöinä. Tässä artikkelissa kohdennetaan tuumorin kehitykseen ja progressioon osallistuviin TRIM-proteiineihin.

  • Emerging clinical evidence shows that the deregulation of ubiquitin-mediated degradation of oncogene products or tumour suppressors is likely to be involved in the aetiology of carcinomas and leukaemias. Recent studies have indicated that some members of the tripartite motif (TRIM) proteins (one of the subfamilies of the RING type E3 ubiquitin ligases) function as important regulators for carcinogenesis. This Review focuses on TRIM proteins that are involved in tumour development and progression.

TRIM69 säätelee TLR/RIG-1 välitteistä interferoni 1 tuotantoa TFG kohteena

    PLoS One. 2014 Jul 7;9(7):e101503. doi: 10.1371/journal.pone.0101503. eCollection 2014.
TRIM68 negatively regulates IFN-β production by degrading TRK fused gene, a novel driver of IFN-β downstream of anti-viral detection systems.
Wynne C1, Lazzari E2, et al.

Viime vuosina TRIMperheen E3 ubikitiiniligaasit ovat osoittautuneet viruspuolustuksen positiiviseksi ja negatiivisiksi säätelijöiksi ja sellaisina niistä näyttää tulevan antivirusimmuunivasteen moduloimisessa kiinnostavia kohteita. Tässä tutkimuksessa tunnistettiin TRIM68 (, joka on läheinen homologi RoSSA/TRIM21-lle) , uudeksi Tollinkaltaisten reseptorien(TLR) ja RIG-I kaltaisten reseptorien (RLR) aiheuttaman interferoni tyypin1 (IFN-1 tuotannon säätelijäksi.
AnalysoitaessaTRIM68-sisältäviä proteiinikomplekseja tunnistettiin TRK-fuusiogeeni( TFG) mahdollisena TRIM68:n kohteena. (TFG= tyrosiinikinaasireseptorifuusiogeeni)
TRIM68:n jaTFG:n yli-ilmenemä vahvisti niiden assosioitumiskyvyn ja näytti siltä, että TLR3 taholta tuleva stimulaatio lisäsi niiden keskistä interaktiota. TFG taas tunentaan NF-kappaB-aktivaattorina, joka tekee interaktion sekä NF-kB gamma-alayksikön inhibiittorin kanssa (IKK-gamma) että TANK:n kanssa(TANK= TRAF- perheen jäseneen assosioitunut NF-kB- aktivaattori) .
Näistä tiedoista selveni, että TFG (TRKfuusiogeeni) on 1- tyypin interferonituotannon positiivinen säätelijä ja viitettä on saatu siitä, että TRIM68 kohdentaisi TFG:n lysosomaliseen hajoitukseen ja täten sammuttaisi TFG:n välittämän NF-KB -tuotannon.
Jos TRIM68 geenivaikutus poistetaan monosyyteistä, seurasi kohonneet pitoisuudet 1-tyypin interferonia ja TFG määrä kohosi ( poly 1:C käsittelystä) .
Johtopäätös: TFG on interferonituotannon säätelijä ja TRIM68 säätää sen alas ja rajoittaa 1-tyypin interferonin tuotantoa, jonka antivirusta havaitseva järjestelmä liipaisee vasteeksi.

  1. In recent years members of the tripartite motif-containing (TRIM) family of E3 ubiquitin ligases have been shown to both positively and negatively regulate viral defence and as such are emerging as compelling targets for modulating the anti-viral immune response. In this study we identify TRIM68, a close homologue of TRIM21, as a novel regulator of Toll-like receptor (TLR)- and RIG-I-like receptor (RLR)-driven type I IFN production.
  2. Proteomic analysis of TRIM68-containing complexes identified TRK-fused gene (TFG) as a potential TRIM68 target.
  3. Overexpression of TRIM68 and TFG confirmed their ability to associate, with TLR3 stimulation appearing to enhance the interaction. TFG is a known activator of NF-κB via its ability to interact with inhibitor of NF-κB kinase subunit gamma (IKK-γ) and TRAF family member-associated NF-κB activator (TANK).
  4. Our data identifies a novel role for TFG as a positive regulator of type I IFN production and suggests that TRIM68 targets TFG for lysosomal degradation, thus turning off TFG-mediated IFN-β production.
  5. Knockdown of TRIM68 in primary human monocytes resulted in enhanced levels of type I IFN and TFG following poly(I:C) treatment. Thus TRIM68 targets TFG, a novel regulator of IFN production, and in doing so turns off and limits type I IFN production in response to anti-viral detection systems.

TRIM68 kohdegeenistä TFG ( tyrosiinikinaasireseptorifuusiogeeni)

    TRIM68 ubikitiiniligaasin kohdeproteiini on TFG, jota se negatiivisesti säätelee, mikä sitten selittää sen vaikutukset tumareseptoreihin, (TFG on TRK fuusiogeeni, tyrosiinikinaasireseptorifuusiogeeni. TFG omaa domaanin PB1-TFG (aminohapot 11..91) ja siihen voi liittyä kasvutekijöitä kuten NGF. Sitten sillä on aminohapoissa 325–400 domaanin dnaA, kromosomaalinen replikaationaloittajaproteiini. TFG koodaautuu kromosomista 3q12.2)

TRIM68, p300 ja TIP60 (histoniasetylaasit) co-aktivoivat AR (androgeenireseptorin)

  • Cancer Res. 2008 May 1;68(9):3486-94. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-07-6059. TRIM68 regulates ligand-dependent transcription of androgen receptor in prostate cancer cells.
(Suomennosta) Androgeenireseptori(AR) on tumareseptoreita(NR) ja transkriptiofaktori, joka välittää androgeenihormonien vastetta. Androgeenireseptori (AR) on tärkeä eturauhasen normaalille kehitykselle ja samoin myös PC progressiolle. Monet postranslationaaliset modifikaatiot (kuten fosforylaatio, asetylaatio, ubkitinaatio) säätelevät androgeenireseptoria.
Tässä tutkimuksessa osoitetaan että TRIM69 tekee interaktion androgeenireseptoriin (AR) ja lisää dihydrotestosteronivaikutuksesta AR:n transkriptionaalista aktiivisuutta. Tutkijat havaitsivat myös että TRIM68 toiminnallisesti tekee interaktiota proteiinien
ja p300 ( https://ghr.nlm.nih.gov/gene/EP300 ) kanssa. Ne ovat histoniasetyylitransferaaseja ja androgeenireseptorin koaktivaattoreita ja yhteistyössä transaktioivat AR:n .
TRIM68 yliekspressio PCa soluissa aiheuttaa prostataspesifisen antigeenin PSA erityksen nousua-tämä on eräs luotettavimmsita PC:n merkitsijöistä, kun taas TRIM68- poistogeenisyys heikensi PSA-erityksen ja esti solukasvua ja kolonisaatiokykyä. Lisksi tutkijat osoittivat, että TRIM68 expressio on merktisevästi kohonnut ihmisen PC- syövissä verrattuna ympärillä olevien normaalikudosten expressiotasoon. Nämä tulokset viittaavat siihen, että TRIM68 toimii AR_välitteisen transkription kofaktorina ja on todennäköisesti uusi diagnostinen työväline ja mahdollisesti uusi prostatasyövän terapeuttinen kohdemolekyyli. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14612401).
  • The androgen receptor (AR) is a transcription factor belonging to the family of nuclear receptors that mediate the action of androgen. AR plays an important role in normal development of the prostate, as well as in the progression of prostate cancer. AR is regulated by several posttranslational modifications, including phosphorylation, acetylation, and ubiquitination.
  • In this study, we found that the putative E3 ubiquitin ligase TRIM68, which is preferentially expressed in prostate cancer cells, interacts with AR and enhances transcriptional activity of the AR in the presence of dihydrotestosterone.
  • We also found that TRIM68 functionally interacts with TIP60 and p300, which act as coactivators of AR, and synergizes in the transactivation of AR.
  • Overexpression of TRIM68 in prostate cancer cells caused an increase in secretion of prostate-specific antigen (PSA), one of the most reliable diagnostic markers for prostate cancer, whereas knockdown of TRIM68 attenuated the secretion of PSA and inhibited cell growth and colony-forming ability. Moreover, we showed that TRIM68 expression is significantly up-regulated in human prostate cancers compared with the expression in adjacent normal tissues.
  • These results indicate that TRIM68 functions as a cofactor for AR-mediated transcription and is likely to be a novel diagnostic tool and a potentially therapeutic target for prostate cancer

TRIM68:n mahdollinen osuus CRC tuumorissa

Tan Z, Liu X, Yu E, Wang H, Tang L, Wang H, Fu C.Oncol Lett. 2017 Apr;13(4):2649-2655. doi: 10.3892/ol.2017.5787. Epub 2017 Feb 28.PMID: 28454446 Free PMC Article Similar articles
( Suomennosta) Maailman tavallisimpiin syöpiin kuuluu kolorektaalinen syöpä (CRC). Aiemmissa tutkimuksissa muutamat TRIMperheen jäsenistä osallistuvat karsinogeneesin säätelyyn, mutta hyvin vähän tiedetään TRIM68:n osuudesta CRC:hen. Tutkijat selvittelevät tätä kahdella solulinjalla ja lentivirusvälitteisellä TRIM68 - geenivaikutuksen poistolla. He osoittivat, että TRIM68-geenivaikutuksen poisto esti CRC -proliferaatiota ja -solujen kolonisaatiokykyä. Solusyklin pysähtymä tapahtui G0/G1 vaiheessa ja syklin akkumulaatio tapahtui juuri ennen G1-faasia ja tästä saatiin näyttöä Trim68:n osallistumisesta CRC-tumorigeneesin säätelyyn. Tulokset osoittivat TRIM68:n merkitsevän osuuden CRC-solun mitoosin säätelyssä ja viittasivat TRIM68:n olevan ehkä lupaava terapeuttinen kohde.

  • Colorectal cancer is one of the most common types of cancer worldwide. Previous studies have revealed that certain members of tripartite motif (TRIM) proteins (as TIF1alfa) are involved in carcinogenesis regulation, but little is known about the function of TRIM68 in human colorectal cancer. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19909775)
  • To investigate the role of TRIM68 in colorectal cancer SW1116 and HCT116 cell lines, the present study conducted lentivirus-mediated knockdown against TRIM68 and demonstrated that depletion of TRIM68 notably inhibits colorectal cancer cell proliferation and colony formation ability. Cell cycle arrest in the G0/G1 phase and cycle accumulation in sub-G1 phase provided evidence that TRIM68 may participate in the regulation of colorectal cancer tumorigenesis. The results revealed the significant role of TRIM68 in regulating colorectal cancer cell mitosis and indicated that TRIM68 may be a promising therapeutic target

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM68 isoform 2 [Homo sapiens]

NCBI Reference Sequence: NP_001291425.1
Identical Proteins FASTA Graphics 


LOCUS       NP_001291425             262 aa            linear   PRI 29-NOV-2017
DEFINITION  E3 ubiquitin-protein ligase TRIM68 isoform 2 [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_001291425
VERSION     NP_001291425.1
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_001304496.1
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Wynne C, Lazzari E, Smith S, McCarthy EM, Ni Gabhann J, Kallal LE,
            Higgs R, Greco A, Cryan SA, Biron CA and Jefferies CA.
  TITLE     TRIM68 negatively regulates IFN-beta production by degrading TRK
            fused gene, a novel driver of IFN-beta downstream of anti-viral
            detection systems
  JOURNAL   PLoS ONE 9 (7), E101503 (2014)
   PUBMED   24999993
  REMARK    GeneRIF: TRIM68 targets TFG, a novel regulator of IFN production,
            and in doing so turns off and limits type I IFN production in
            response to anti-viral detection systems
            Erratum:[PLoS One. 2015;10(2):e0117957. Greco, Angela [added].
            PMID: 25664835]
            Publication Status: Online-Only
REFERENCE   2  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Li Y, Kong D, Ahmad A, Bao B, Dyson G and Sarkar FH.
  TITLE     Epigenetic deregulation of miR-29a and miR-1256 by isoflavone
            contributes to the inhibition of prostate cancer cell growth and
            invasion
  JOURNAL   Epigenetics 7 (8), 940-949 (2012)
   PUBMED   22805767
REFERENCE   3  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Hatakeyama S.
  TITLE     TRIM proteins and cancer
  JOURNAL   Nat. Rev. Cancer 11 (11), 792-804 (2011)
   PUBMED   21979307
  REMARK    Publication Status: Online-Only
REFERENCE   4  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Baek Sorensen R, Faurschou M, Troelsen L, Schrama D, Jacobsen S,
            Becker JC, Thor Straten P and Andersen MH.
  TITLE     Melanoma inhibitor of apoptosis protein (ML-IAP) specific cytotoxic
            T lymphocytes cross-react with an epitope from the auto-antigen
            SS56
  JOURNAL   J. Invest. Dermatol. 129 (8), 1992-1999 (2009)
   PUBMED   19212346
REFERENCE   5  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Miyajima N, Maruyama S, Bohgaki M, Kano S, Shigemura M, Shinohara
            N, Nonomura K and Hatakeyama S.
  TITLE     TRIM68 regulates ligand-dependent transcription of androgen
            receptor in prostate cancer cells
  JOURNAL   Cancer Res. 68 (9), 3486-3494 (2008)
   PUBMED   18451177
  REMARK    GeneRIF: TRIM68 functions as a cofactor for AR-mediated
            transcription and is likely to be a novel diagnostic tool and a
            potentially therapeutic target for prostate cancer.
REFERENCE   6  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Chang GT, Steenbeek M, Schippers E, Blok LJ, van Weerden WM, van
            Alewijk DC, Eussen BH, van Steenbrugge GJ and Brinkmann AO.
  TITLE     A novel gene on human chromosome 2p24 is differentially expressed
            between androgen-dependent and androgen-independent prostate cancer
            cells
  JOURNAL   Eur. J. Cancer 37 (16), 2129-2134 (2001)
   PUBMED   11597395
REFERENCE   7  (residues 1 to 262)
  AUTHORS   Billaut-Mulot O, Cocude C, Kolesnitchenko V, Truong MJ, Chan EK,
            Hachula E, de la Tribonniere X, Capron A and Bahr GM.
  TITLE     SS-56, a novel cellular target of autoantibody responses in Sjogren
            syndrome and systemic lupus erythematosus
  JOURNAL   J. Clin. Invest. 108 (6), 861-869 (2001)
   PUBMED   11560955
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from DC402744.1, DA833140.1,
            AC090719.8, AK022923.1 and AL832730.1.
            
            Summary: This gene encodes a member of the tripartite
            motif-containing protein family, whose members are characterized by
            a 'really interesting new gene' (RING) finger domain, a
            zinc-binding B-box motif, and a coiled-coil region. Members of this
            family function as E3 ubiquitin ligases and are involved in a broad
            range of biological processes. This gene regulates the activation
            of nuclear receptors, such as androgen receptor, and has been
            implicated in development of prostate cancer cells, where its
            expression increases in response to a downregulation of microRNAs.
            In addition, this gene participates in viral defense regulation as
            a negative regulator of interferon-beta. Alternative splicing
            results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan
            2015].
            
            Transcript Variant: This variant (2) lacks an exon in the 5' coding
            region compared to variant 1. The encoded isoform (2) uses a
            downstream start codon and has a shorter N-terminus compared to
            isoform (1).
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: SRR1660803.136381.1, DA833140.1
                                           [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000350]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..262
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="11"
                     /map="11p15.4"
     Protein         1..262
                     /product="E3 ubiquitin-protein ligase TRIM68 isoform 2"
                     /EC_number="2.3.2.27"
                     /note="SSA protein SS-56; ring finger protein 137; Ro/SSA1
                     related protein; E3 ubiquitin-protein ligase TRIM68;
                     tripartite motif-containing protein 68; RING-type E3
                     ubiquitin transferase TRIM68"
                     /calculated_mol_wt=30433
     Region          81..256
                     /region_name="SPRY_PRY_C-I_1"
                     /note="PRY/SPRY domain in tripartite motif-containing
                     (TRIM) proteins, including TRIM5, TRIM6, TRIM7, TRIM10,
                     TRIM11, TRIM17, TRIM20, TRIM21, TRIM27, TRIM35, TRIM38,
                     TRIM41, TRIM50, TRIM58, TRIM60, TRIM62, TRIM69, TRIM72,
                     NF7 and bloodthirsty; cd13733"
                     /db_xref="CDD:293968"
     CDS             1..262
                     /gene="TRIM68"
                     /gene_synonym="GC109; RNF137; SS-56; SS56"
                     /coded_by="NM_001304496.1:477..1265"
                     /note="isoform 2 is encoded by transcript variant 2"
                     /db_xref="GeneID:55128"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:21161"
                     /db_xref="MIM:613184"
ORIGIN      
        1 mqklelnhse liqqsqvlwr miaelkersq rpvrwmlqdi qevlnrsksw slqqpepisl
       61 elktdcrvlg lreilktyaa dvrldpdtay srlivsedrk rvhygdtnqk lpdnperfyr
      121 ynivlgsqci ssgrhyweve vgdrsewglg vckqnvdrke vvylsphygf wvirlrkgne
      181 yragtdeypi lslpvpprrv gifvdyeahd isfynvtdcg shiftfpryp fpgrllpyfs
      241 pcysigtnnt aplaicsldg ed
//
(PRY/SPRY hierarkiasta luokittelu
Tässä käsittääkseni TRIM21 ja TRIM68 pitäisi molemmat olla C-IV alaluokkaa, koska lopussa on tämä PrySPRY, mutta  tässä hierarkiataulukossa taas näillä on SPRYPRY-  C-terminaaleilla on kai  toiset  keskinäsiet luokkajakosna) Joten asetan kysymysmerkin  varsinaiseen  TRIM68 luokitukselle  C_IV?)




Upplagd av kl.
Etiketter: , ,

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar

Prenumerera på: Kommentarer till inlägget (Atom)