Leta i den här bloggen


onsdag 7 november 2018

MUC8 (12q24.33) rakenteessa tyypilliset toistonsa, krooninen rhinosinuiitti, nenäpolyyppi assosioituu tähä musiiiin.

2004 Aug;113(8):662-6.

MUC8 mucin gene up-regulation in chronic rhinosinusitis. Lee HM1, Kim DH, Kim JM, Lee SH, Hwang SJ.

(Suomennosta abstraktista) Abstract
 Kovin hyvin ei ollut  vielä  vuoteen 2004 mennessä selvitetty kroonisen sinuiittin liman hypersekreetioon johtuvaa primääristä mekanismia. Tässä otsikon tutkimuksessa selvitettiin MUC8 mRNA ja proteiini ja vertailtiin  normaalia ja kroonisesti tulehtunutta  sinus-limakalvoa MUC8 mRNA.n avulla. Tutkimukseen rekrytoitiin kymmenen kroonista rinosinuittia potenutta henkilöä, joille tehtiin  funktionaalinen endoskooppinen sinuskirurgia. Kontrolleina toimi kymmenen henkilöä, joilla ei ollut näyttöä minkään  sinusontelon taudista  (sinus maxilaris = poskiontelo, sinus frontalis= otsaontelo) . RNA eristettiin sinuskudos osasta j suoritettiin  semikvantitatiivinen käänteinen transkriptiopolymeraasiketjurektio  MUC8 suhteen. MUC8-proteiinin lokalisoitumista etsittiin  immunohistokemiallisin analyysein.  Ihmisen sinusmukosasta löytyi mRNA, joka koodasi  musiinia-8. Kroonisessa sinuiitissa oli MUC8 mRNA merkitsevästi lisääntynyt verrattaessa terveiden  poskionteloiden limakalvoon. Tutkijat havaitsivat myös  proteiinia MUC8  ilmenevän hyvin vahvasti kroonisen rinosinuiitin  limakalvossa verrattuna normaalimukosaan. Nämä tulokset viittaavat siihen, että  MUC8 omaa tärkeää osaa kroonisen rinosinuiitin hypersekreetion patogeneesissä. (Otan erikseen muitakin löytämiäni artikkeleita).
  • The primary mechanisms leading to mucus hypersecretion in chronic sinus inflammation are not well understood. This study aims to investigate the expression of MUC8 messenger RNA (mRNA) and protein and to compare between normal and chronically inflamed sinus mucosae in terms of the expression of MUC8 mRNA. Ten patients with chronic rhinosinusitis who were undergoing functional endoscopic sinus surgery were recruited for the study. Ten patients with no evidence of sinus disease were used as control subjects. RNAs were extracted from sinus mucosa, and semiquantitative reverse transcription-polymerase chain reaction was performed for MUC8. Localization of MUC8 protein was sought by immunohistochemical analysis. Messenger RNA encoding MUC8 was detected in human sinus mucosa. The level of MUC8 mRNA in chronic rhinosinusitis was significantly increased compared with that in normal maxillary sinus mucosa. We found more intense expression of MUC8 protein in the sinuses with chronic rhinosinusitis than in normal sinus mucosa. These results suggest that MUC8 may play an important role in the pathogenesis of sinus hypersecretion in chronic rhinosinusitis.
  • PMID: 15330148DOI:
  • 10.1177/000348940411300812
 MUC8 ( 12q24.33) 
 Tässä otan  lisäksi tietoja PubMed Gene lähteestä ja ne ovat aika niukat tästä musiinista. Sillä on kuitenkin kokoa peptidin suhteen enemmän kuin edellisellä salivaarisella musiinilla, mutta peptidirakenteessa tulee aivan mieleen jokin TRIM, koska siinä on niin paljon p r s- aminohappoja  (mutta y puuttuu siis ei mikään pry-spry ole kyseessä).
Lisäksi sen konservatiivinen domeeni on nimeltään  "Herpes TK".tymidiinikinaasi herpesviruksesta, joten  minusta  se näyttää saaneen genomista materiaalia viruksista tai  ihmisgenomi on taistellessaan virusta vastaan saanut tällaista jälkeä genomiin  (vuosituhansien kuluessa).
Koetan löytää jotain kliinistä  tai   pelkästi tieteellistä artikkelia tästä musiinista  ja niissä assosioidaan tämä geeni nenäpolyyppeihin.   (https://www.wikigenes.org/e/gene/e/4590.html) 
Myös PubMed artikkelit liitän loppuun.

PUBMED  GENE lähteestä    tämä peptidin mainittu  domeeni:

36..243
                     /region_name="Herpes_TK"
                     /note="Thymidine kinase from herpesvirus; cl28144"

LOW QUALITY PROTEIN: nascent polypeptide-associated complex subunit alpha, muscle-specific form-like [Homo sapiens]

NCBI Reference Sequence: XP_024305062.1

LOCUS       XP_024305062             445 aa            linear   PRI 26-MAR-2018
DEFINITION  LOW QUALITY PROTEIN: nascent polypeptide-associated complex subunit
            alpha, muscle-specific form-like [Homo sapiens].
ACCESSION   XP_024305062
VERSION     XP_024305062.1
DBLINK      BioProject: PRJNA168
DBSOURCE    REFSEQ: accession XM_024449294.1
KEYWORDS    RefSeq; corrected model; includes ab initio.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
COMMENT     MODEL REFSEQ:  This record is predicted by automated computational
            analysis. This record is derived from a genomic sequence
            (NC_000012.12) annotated using gene prediction method: Gnomon.
            Also see:
                Documentation of NCBI's Annotation Process
            
            ##Genome-Annotation-Data-START##
            Annotation Provider         :: NCBI
            Annotation Status           :: Full annotation
            Annotation Name             :: Homo sapiens Annotation Release 109
            Annotation Version          :: 109
            Annotation Pipeline         :: NCBI eukaryotic genome annotation
                                           pipeline
            Annotation Software Version :: 8.0
            Annotation Method           :: Best-placed RefSeq; Gnomon
            Features Annotated          :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
            ##Genome-Annotation-Data-END##
            
            ##RefSeq-Attributes-START##
            ab initio   :: 5% of CDS bases
            frameshifts :: corrected 6 indels
            ##RefSeq-Attributes-END##
            COMPLETENESS: full length.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..445
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="12"
     Protein         1..445
                     /product="LOW QUALITY PROTEIN: nascent
                     polypeptide-associated complex subunit alpha,
                     muscle-specific form-like"
                     /calculated_mol_wt=47258
     Region          36..>243
                     /region_name="Herpes_TK"
                     /note="Thymidine kinase from herpesvirus; cl28144"
                     /db_xref="CDD:332965"
     CDS             1..445
                     /gene="MUC8"
                     /coded_by="XM_024449294.1:1..1338"
                     /note="The sequence of the model RefSeq protein was
                     modified relative to its source genomic sequence to
                     represent the inferred CDS: deleted 6 bases in 6 codons"
                     /db_xref="GeneID:100129528"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:7519"
                     /db_xref="MIM:601932"
ORIGIN      
        1 mgigdrdgvr fcwtwtrspq fssehvaaha lsrkgprvhe lptsspggdt gftscprplq
       61 egtqvhelpt pspggdpgpr aahvvsrkgp gstscprplq egtrvhelpt sspgrdpgft
      121 scprplqegt pgsraahvls rrgprvhelp tsspgrdpgf tscprrlqeg trvhelptss
      181 pgrdpgpraa hvlsrkgprv helptsspgr dpgstscprp lqegtrvtnc prplqegtpg
      241 sraahvlsrr ghrvhelptp spgrdpgfms cprplqegtr vtncprplqe gtrvtscprr
      301 lqegtrvtsc prplqegtrv tncpralqeg tpgsraahal srkgprvhel ptsspggdtg
      361 ftscprplqe gtpgsraaha lsrrghrvhe lptsspgrdp ghelptsspg gdtgftscpr
      421 tfqegtpgsg llpahivplc kseer
//

ORIGIN      
        1 mgigdrdgvr fcwtwtrspq fssehvaaha lsrkgprvhe lptsspggdt gftscprplq
       61 egtqvhelpt pspggdpgpr aahvvsrkgp gstscprplq egtrvhelpt sspgrdpgft
      121 scprplqegt pgsraahvls rrgprvhelp tsspgrdpgf tscprrlqeg trvhelptss
      181 pgrdpgpraa hvlsrkgprv helptsspgr dpgstscprp lqegtrvtnc prplqegtpg
      241 sraahvlsrr ghrvhelptp spgrdpgfms cprplqegtr vtncprplqe gtrvtscprr
      301 lqegtrvtsc prplqegtrv tncpralqeg tpgsraahal srkgprvhel ptsspggdtg
      361 ftscprplqe gtpgsraaha lsrrghrvhe lptsspgrdp ghelptsspg gdtgftscpr
      421 tfqegtpgsg llpahivplc kseer
 

(Onko tällaista toistoa?) unique Tandem Repeats. 

 
TSCPRPLQEGTRV and TSCPRPLQEGTPGSRAAHALSRRGHRVHELPTSSPGGDTGF.

 

Vertaile eri musiineja:  


https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/mucin-8



 
 
Related articles in PubMed


 https://www.sciencedirect.com/topics/agricultural-and-biological-sciences/grape-seedshttps://www.sciencedirect.com/topics/agricultural-and-biological-sciences/grape-seeds

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar