Leta i den här bloggen


lördag 10 november 2018

GKN-2 (2p13.3) , Gastrokine-2, BRICHOS IB, GDDR, PRO813, TFIZ1 Mukoosasolun erittämä peptidi

 GKN-2 gastrokiiniprekurspri , (2p13.3)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_872342.2
Gastrokiini-2 (GKN-2)  on mahalimakalvopinnan limasoluista erittyvä proteiini ja se pystyy sitoutumaan näissä limasoluissa TFF-1 tekijään tai  toiseen gastrokiiniin,  joka on GKN1.
Arvellaan tämän geenin olevan tuumorisuppressorigeeni, koska se on huomattavasti vähentynyt  mahasyöpäkudoksesta Koodautunut proteiini tekee interaktioita  gastrokiini-2:n kanssa ja säätelee  mahalimakalvon homeostaasia.  Tieto on vuodelta 2015. Koodautuneen proteiinin nimet ovat: ensisijaisesti  gastrokiini-2- prekursoeri.
Muita nimiä: "Down-regulated in gastric cancer, " Alassäätynyt mahasyövässä"  (GDDR );
blottin ( blottiini);
trefoil factor interactions(z), TFF1- proteiinin kanssa interaktioita tekevä proteiini (z) 1;
"BRICHOS domain contaiing 1B",  BRICHOS-domeenin  sisältävä 1B.

Peptidissä oleva konservatiivinen domeeni  BRICHOS  on havaittavissa  monenlaisissa proteiineissa, jotka osallistuvat dementiaan, hengitysteitten ahdistumaan  ja syöpään. Sen tarkkaa funktiota ei tunneta: on ehdotettu  erilaisia osia tälle proteiinille, joka on noin 100 aminohappoa pitkä , kuten (a)  proteiinin  kohdentaminen sekretoriseen järjestelmään, (b)  intramolekulaarinen kaitsijaproteiinin  (chaperone) tapainen funktio ja  (c)   erikoistuneen  intrasellulaarisen  proteaasin  avustaminen  prosessoivassa järjestelmässä.  Tämä C-terminaalinen domeeni on petautuneena endoplasmisen verkoston (ER) onteloon ja  sitoutuu N-terminaaliin,  se on  transmembraaninen , SP_C, pfam08999  edellyttäen, että se ei ole helikaalisessa konformaatiossa. Täten proSP-C  BRICHOS-domeeni on  kaitsijaporteiini, chaperone, joka indusoi alfa-helikaalisen muodon  aggrekoitumaan pyrkivässä TM- alueessa.
  • The BRICHOS domain is found in a variety of proteins implicated in dementia, respiratory distress and cancer.  Its exact function is unknown; roles that have been proposed for the domain, which is about 100 amino acids long, include (a) targeting of the protein to the secretory pathway, (b) intramolecular chaperone-like function, and (c) assisting the specialised intracellular protease processing system. This C-terminal domain is embedded in the endoplasmic reticulum lumen, and binds to the N-terminal, transmembrane, SP_C, pfam08999 provided that it is in non-helical conformation. Thus the BRICHOS- domain of proSP-C is a chaperone that induces alpha-helix formation of an aggregation-prone TM region.

Proteiinin rakenteesta,  10 referenssiä  GKN2:n  merkityksestä. 

2017. Ref.1.
GKN2- ja TFF1- proteiinien välinen  heteromeerinen interaktio tuottaa  antiproliferatiivisia ja proapoptoottisia  vaikutuksia  mahasyöpää kohtaan. GKN2:n ja TFF1:n samanaikaisesiintymä  vaimensi massiivisesti solusyklin positiivisten säätelijöiden ilmentymistä ja indusoi  solusyklin G1/S- vaiheen pysähtymän, synergistisesti lisäten maksasyöpäsolun elinkykyisyyden ja  proliferoitumisen estovaikutusta. 

2016. Ref.2.  
Gastrokiini-2  supressoi (vaimentaa)  mahakarsinoomassa epiteliaalismesenkymaalista transitiota PI3K/AKT/GSK3beeta-signalointiteitse.  GKN2 vaimensi EMT- muutoksen SNAIL- alasssäätelyllä    signaloimalla PI3K/AKT/GSKbeta3-tietä. 

2016. Ref.3
GDDR omaa mahdollista osuutta helikobakteeriin (H. pylorii) assosioituvan mahasyövän kehittymiseen. Tutkijoiden tulokset osoittavat  tässä ensimmäisen  kerran, että  asteittaiset muuntumiset  GDDR:n  ilmentymisessä eivät  ole ainoastaan suoraan suhteessa H. pylori- infektioon,  vaan   ne ovat myös  yhtenä molekyläärisenä  varhaistapahtumana  mahasyövän kehityksessä . 

2016. Ref. 4. 
Gastrointestinaalinen tekijä GDDR  vaimentaa epiteelismesenkymaalista transitiota (EMT)  mahasyövässä estämällä AKT-signalointia. Löydöt viittaavat siihen, että GDDR:n ilmenemä liittyy mahasyövän progredioitumiseen ja GDDR saattaa toimia tuumorisuppressorina estämällä EMT-tapahtumaa,  epiteelismesenkymaalista transitiota.

2016. Ref. 5.
 GKN-2:n (gastrokiini-2)  puuttuma  vaikuttaa premalignia gastrista tulehdusta ja tuumorin progredioitumista (etenemistä). Näistä tuloksista selviää , että GKN-2 omaa  anti-inflammatorista tehtävää ja samalla on saatu in vivo- näyttöä , mikä linkitsee GKN2:n menetyksen mahasyövän patogeneesiin ja viittaa siihen ,että GKN :n palauttaminen on eräs strategia  pidätellä mahasyöpää  etenemästä.

2016. Ref.6.
 Löydöt viitaavat siihen, että GDDR (GKN-2):n ilmenemä assoioituu mahasyövän progredioitumsien ja  GDDR saataa toimia tuumori suppressorina estäen EMT:tä, epiteliaalismesenkymaalista  transitiota.  Gastrisessa syövässä TFF1- ilmenemä TFIZ1:n  puuttuessa assosioituu  imusolmukemetastaasiin. .

2008. Ref.7.
Mahasyövässä on  gastrokiini-1:n (GKN-1) ja  TFF1:n  kanssa interaktiota tekevän  proteiinin  TFIZ1/GKN2:n  ilmenemä  alentunut: tämä vaikuttaa tuumorin histologiaan ja on suhteessa prognoosiin. GKN1 ja GKN2  ilmeenevät  usein  mahan adenokarsinoomassa, erityisesti diffuusissa alatyypissä.

2007. Ref.8. 
 Gastrokiini-2:n (GKN-2)  biosynteesi ihmisen gastrisessa mukoosassa:  rajoittunut tilavuudellinen ilmenemä on mahanportin  rauhasten akselilla ja   erilaista interaktiota  TFF1 ja  TFF2-proteiinien  ja musiinien  kanssa havaitaan. TFF1- GKN-2 heterodimeeri ja TFF2 eroavat luonteeltaan  sitoutumisessaan gastriseen limakalvoon.

2006. Ref. 9.
Tunnistetaan blottiini, uusi gastrista TFF-2-proteiinia   sitova proteiini

2005. Ref. 10.
Interaktio gastrisen tuumorisoppressorin, kolmilehtiproteiinin TFF1, ja TFIZ1:n , BRICHOS- domeenin,   SP-C-surfaktanttin kanssa homologiaa omaavan   proteiinin kesken. TFF1:een sitoutuva  partneri  on 18.31 kDa kokoinen normaalin mahalimakalvon proteiini. Siinä on  noin 100 aminohapon brichos-domeeni ja sillä on homologiaa surfaktanttiproteiiniin-C, (SP-C).

gastrokine-2 precursor [Homo sapiens]

NCBI Reference Sequence: NP_872342.2

LOCUS       NP_872342                184 aa            linear   PRI 15-JUL-2018
DEFINITION  gastrokine-2 precursor [Homo sapiens].
ACCESSION   NP_872342
VERSION     NP_872342.2
DBSOURCE    REFSEQ: accession NM_182536.2
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Homo sapiens (human)
  ORGANISM  Homo sapiens
            Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
            Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
            Catarrhini; Hominidae; Homo.
REFERENCE   1  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Kim O, Yoon JH, Choi WS, Ashktorab H, Smoot DT, Nam SW, Lee JY and
            Park WS.
  TITLE     Heterodimeric interaction between GKN2 and TFF1 entails synergistic
            antiproliferative and pro-apoptotic effects on gastric cancer cells
  JOURNAL   Gastric Cancer 20 (5), 772-783 (2017)
   PUBMED   28150071
  REMARK    GeneRIF: Co-expression of GKN2 and TFF1 massively suppressed the
            expression of positive cell cycle regulators and induced G1/S
            arrest, synergistically enhancing the inhibition of cell viability
            and proliferation of gastric cancer cells
REFERENCE   2  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Dai J, Qian C, Su M, Chen M and Chen J.
  TITLE     Gastrokine-2 suppresses epithelial mesenchymal transition through
            PI3K/AKT/GSK3beta signaling in gastric cancer
  JOURNAL   Tumour Biol. 37 (9), 12403-12410 (2016)
   PUBMED   27323966
  REMARK    GeneRIF: GKN2 suppressed epithelial mesenchymal transition of
            gastric cancer cells by downregulation of snail through
            PI3K/AKT/GSK3beta signaling pathway.
REFERENCE   3  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Zhao Z, Wang F, Fang C, Wang G, Shuang J, Chu G, Hu S, Chen L and
            Du J.
  TITLE     A possible role of GDDR in the development of Helicobacter
            pylori-associated gastric cancer
  JOURNAL   Tumour Biol. 37 (8), 10303-10315 (2016)
   PUBMED   26842925
  REMARK    GeneRIF: Our results suggested, for the first time, that the
            gradual change in GDDR expression might not only be directly
            related to H. pylori infection but also be an early molecular event
            in the development of gastric carcinoma.
REFERENCE   4  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Fang C, Zhang Z, Liu C, Wang G, Wang F, Zhao Z, Li W, Hua J, Shuang
            J and Du J.
  TITLE     Gastrointestinal Factor GDDR Attenuates Epithelial-Mesenchymal
            Transition in Gastric Cancer via Inhibiting AKT Signal
  JOURNAL   Dig. Dis. Sci. 61 (7), 1941-1949 (2016)
   PUBMED   27017226
  REMARK    GeneRIF: These findings suggested that GDDR expression was
            significantly associated with the progression of gastric cancer and
            GDDR may function as a tumor suppressor via inhibiting the
            epithelial-mesenchymal transition.
REFERENCE   5  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Menheniott,T.R., O'Connor,L., Chionh,Y.T., Dabritz,J., Scurr,M.,
            Rollo,B.N., Ng,G.Z., Jacobs,S., Catubig,A., Kurklu,B., Mercer,S.,
            Minamoto,T., Ong,D.E., Ferrero,R.L., Fox,J.G., Wang,T.C.,
            Sutton,P., Judd,L.M. and Giraud,A.S.
  TITLE     Loss of gastrokine-2 drives premalignant gastric inflammation and
            tumor progression
  JOURNAL   J. Clin. Invest. 126 (4), 1383-1400 (2016)
   PUBMED   26974160
  REMARK    GeneRIF: these results reveal an antiinflammatory role for GKN2,
            provide in vivo evidence that links GKN2 loss to GC pathogenesis,
            and suggest GKN restoration as a strategy to restrain GC
            progression.
REFERENCE   6  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   May FE, Griffin SM and Westley BR.
  TITLE     The trefoil factor interacting protein TFIZ1 binds the trefoil
            protein TFF1 preferentially in normal gastric mucosal cells but the
            co-expression of these proteins is deregulated in gastric cancer
  JOURNAL   Int. J. Biochem. Cell Biol. 41 (3), 632-640 (2009)
   PUBMED   18722547
  REMARK    GeneRIF: in gastric cancer, expression of TFF1 in the absence of
            TFIZ1 is associated with lymph node metastasis
REFERENCE   7  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Moss SF, Lee JW, Sabo E, Rubin AK, Rommel J, Westley BR, May FE,
            Gao J, Meitner PA, Tavares R and Resnick MB.
  TITLE     Decreased expression of gastrokine 1 and the trefoil factor
            interacting protein TFIZ1/GKN2 in gastric cancer: influence of
            tumor histology and relationship to prognosis
  JOURNAL   Clin. Cancer Res. 14 (13), 4161-4167 (2008)
   PUBMED   18593995
  REMARK    GeneRIF: GKN1 and GKN2 expression occurs frequently in gastric
            adenocarcinomas, especially in the diffuse subtype
REFERENCE   8  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Kouznetsova I, Laubinger W, Kalbacher H, Kalinski T, Meyer F,
            Roessner A and Hoffmann W.
  TITLE     Biosynthesis of gastrokine-2 in the human gastric mucosa:
            restricted spatial expression along the antral gland axis and
            differential interaction with TFF1, TFF2 and mucins
  JOURNAL   Cell. Physiol. Biochem. 20 (6), 899-908 (2007)
   PUBMED   17982272
  REMARK    GeneRIF: The TFF1-GKN2 heterodimer and TFF2 differ
            characteristically by their binding to gastric mucins.
REFERENCE   9  (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Otto WR, Patel K, McKinnell I, Evans MD, Lee CY, Frith D, Hanrahan
            S, Blight K, Blin N, Kayademir T, Poulsom R, Jeffery R, Hunt T,
            Wright NA, McGregor F and Oien KA.
  TITLE     Identification of blottin: a novel gastric trefoil factor family-2
            binding protein
  JOURNAL   Proteomics 6 (15), 4235-4245 (2006)
   PUBMED   16888721
REFERENCE   10 (residues 1 to 184)
  AUTHORS   Westley BR, Griffin SM and May FE.
  TITLE     Interaction between TFF1, a gastric tumor suppressor trefoil
            protein, and TFIZ1, a brichos domain-containing protein with
            homology to SP-C
  JOURNAL   Biochemistry 44 (22), 7967-7975 (2005)
   PUBMED   15924415
  REMARK    GeneRIF: TFIZ1 is an 18.31 kDa binding partner of trefoil factor 1
            (TFF1) protein in normal gastric mucosa; it contains an
            approximately 100 amino acid brichos domain and has homology with
            surfactant protein C. (TFIZ1; trefoil factor interactions 1)
COMMENT     REVIEWED REFSEQ: This record has been curated by NCBI staff. The
            reference sequence was derived from AF494509.2.
            On Feb 16, 2005 this sequence version replaced NP_872342.1.
            
            Summary: The secretory protein encoded by this gene is produced in
            gastric surface mucous cells, where it can bind trefoil factor
            family peptide 1 or gastrokine-1. This gene may be a tumor
            suppressor gene, as its expression is markedly decreased in gastric
            cancer tissues. The encoded protein interacts with gastrokine-1 and
            regulates homeostasis of the gastric mucosa. [provided by RefSeq,
            Dec 2015].
            
            Publication Note:  This RefSeq record includes a subset of the
            publications that are available for this gene. Please see the Gene
            record to access additional publications.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AF494509.2, ERR279832.1826.1
                                           [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: single sample supports all introns
                                           SAMEA2142586, SAMEA2147920
                                           [ECO:0000348]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..184
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="2"
                     /map="2p13.3"
     Protein         1..184
                     /product="gastrokine-2 precursor"
                     /note="down-regulated in gastric cancer GDDR; blottin;
                     trefoil factor interactions(z) 1; BRICHOS domain
                     containing 1B"
                     /calculated_mol_wt=18318
     sig_peptide     1..20
                     /inference="COORDINATES: ab initio prediction:SignalP:4.0"
                     /calculated_mol_wt=2187
     Region          54..150
                     /region_name="BRICHOS"
                     /note="The BRICHOS domain is found in a variety of
                     proteins implicated in dementia, respiratory distress and
                     cancer; smart01039"
                     /db_xref="CDD:198107"
     CDS             1..184
                     /gene="GKN2"
                     /gene_synonym="BRICD1B; GDDR; PRO813; TFIZ1; VLTI465"
                     /coded_by="NM_182536.2:110..664"
                     /db_xref="CCDS:CCDS33215.1"
                     /db_xref="GeneID:200504"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:24588"
ORIGIN      
        1 mkilvaflvv ltifgiqshg yevfniisps nnggnvqetv tidnekntai inihagscss
       61 ttifdykhgy iasrvlsrra cfilkmdhqn ipplnnlqwy iyekqaldnm fsskytwvky
      121 npleslikdv dwfllgspie klckhiplyk gevventhnv gaggcakagl lgilgisica
      181 dihv
//
Muistiin 10.11.2018  

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar