Leta i den här bloggen


tisdag 9 juli 2019

ZBED6 (1q32.1), MGR (muscle growth regulator). IFG2 säätelijä. Vaikutusta betasoluun

 https://www.genenames.org/data/genegroup/#!/group/64
KUVA:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3606216/figure/pone-0059940-g001/

ZBED6, myös nimi MGR . (1q32.1)  Muscle growth regulating.
Löydän tästä kaksi BED- tyyppistä  ZNF-kohtaa:  ja ne ovat : HHCCHHH ja HCCHHH.
Käsittääkseni tämä geeni siajitsee intronialueessa,  mutta se itse on introniton. Se on johtunut domestikoitneen  DNA:n  transposonista.  Hiiren vastaavassa geenissä on introni tallella ja siitä johtamalla on tehty  ZBED6-muotoa , jota on tutkimuksissa käytetty ja vertailtu.  Eräs alla mainittu  tutkimus luotaa tämän geenin merkitystä betasolujen kehitykselle ja erilaistumiselle. Vuodesta 2009 tätä geeniä on pidetty uutena transkriptiotekijänä, joka säätelee IGF2 ilmenemää ja lihaksen kasvua.  Geenillä on ainakin kymmenen kohdegeeniä, mikä havaittiin  colonkarsinomatutkimuksista.  Lähinnä  ZBED2 vaikutus on  kohdegeenejä vaimentava.  Näistä geeneistä kahdeksan osallistuijoihinkin   seuraavista  signaaliteistä.  Wnt-, Hippo-, TGF-β-, EGF receptori- ja  PI3K signaalitiet.  Geenillä on vaikutusta betasolun tilaan.

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/100381270
Official Symbol
ZBED6provided by HGNC
Official Full Name
zinc finger BED-type containing 6provided by HGNC
Also known as
MGR
Summary:The protein encoded by this transposon-derived intronless gene is a transcriptional repressor that binds to the consensus sequence 5'-GCTCGC-3'. The encoded protein has been shown to repress IGF2 transcription. This gene is located within the first intron of the ZC3H11A gene. [provided by RefSeq, Jul 2016]
 
NM_001174108.2NP_001167579.1  zinc finger BED domain-containing protein 6
Conserved Domains (2) summary
smart00614
Location:135182
ZnF_BED; BED zinc finger
pfam05699
Location:868948
Dimer_Tnp_hAT; hAT family C-terminal dimerization region
 
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..979
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="1"
                     /map="1q32.1"
     Protein         1..979
                     /product="zinc finger BED domain-containing protein 6"
                     /calculated_mol_wt=109842
     Region          135..182
                     /region_name="ZnF_BED"
                     /note="BED zinc finger; smart00614"
                     /db_xref="CDD:214746"
     Region          269..315
                     /region_name="ZnF_BED"
                     /note="BED zinc finger; smart00614"
                     /db_xref="CDD:214746"
     Site            381
                     /site_type="phosphorylation"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="Phosphoserine. {ECO:0000250|UniProtKB:D2EAC2};
                     propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P86452.1)"
     Region          866..948
                     /region_name="HATC (Hobo-Ac-Tam3) domain"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (P86452.1)"
     Region          868..948
                     /region_name="Dimer_Tnp_hAT"
                     /note="hAT family C-terminal dimerization region;
                     pfam05699"
                     /db_xref="CDD:283379"
     CDS             1..979
                     /gene="ZBED6"
                     /gene_synonym="MGR"
                     /coded_by="NM_001174108.2:1..2940"
                     /db_xref="CCDS:CCDS55673.1"
                     /db_xref="GeneID:100381270"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:33273"
                     /db_xref="MIM:613512"
ORIGIN      
        1 msvctlsvpv sslspgrrcn tfsdsgilgc vpinsntdee dvveekmvae gvnkeakqpa
       61 kkkrkkglri kgkrrrkkli lakkfskdlg sgrpvadapa llasndpeqd eeslfesnie
      121 kqiylpstra ktsivwhffh vdpqytwrai cnlceksvsr gkpgshlgts tlqrhlqarh
      181 sphwtrankf gvasgeedft ldvslspssg sngsfeyipt dplddnrmgk khdksasdal
      241 raergrflik snivkhalip gtraktsavw nffytdpqhi sravcnickr svsrgrpgsh
      301 lgtstlqrhl qathpihwav ankdsgavan gldeaeters dllsdtlhge kstgsqdlta
      361 edlsdsdsde pmlevenrse spipvaeqgt lmraqerett ccgnpvsshi sqaiiqmive
      421 dmhpynyfst pafqrfmqiv apdyrlpset yfftkavpql ydcvrekifl tlenvqsqki
      481 hltvdiwthd pstdyfivtv hwvsletasf lnngripdfr kwavlcvtgl akdclitnil
      541 qelndqiglw lspnflipsf ivsdnssnvv haikdggfth vpcflhclnm viqdffcehk
      601 sienmlvaar ktchhfshsv karqilqefq ndhqlpwknl kqdetghwis tfymlkwlle
      661 hcysvhhslg rasgvvltsl qwtlmtyvcd ilkpfeeatq kvsvktagln qvlplihhll
      721 lslqklredf qvrgitqaln lvdslslkle tdtllsamlk skpcilatll dpcfknsled
      781 ffpqgadlet ykqflaeevc nymesspeic qiptseascp svtvgadsft sslkegtsss
      841 gsvdssavdn valgsksfmf psavavvdey fkekysefsg gddpliywqr kisiwpaltq
      901 vaiqylscpm cswqsecift knshfhpkqi msldfdnieq lmflkmnlkn vnydystlvl
      961 swdpeqnevv qssekeilp
//
Related articles in PubMed
GeneRIFs: Gene References Into Functions

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar