TRIM59 (Kr.3q26), RNF104, MRF1, IFT80L (HC-alaryhmä), (SARS2 orf3a interaktioproteiini)

TRIM59, TSBF1 

https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TRIM59&keywords=TRIM59 

Aliases for TRIM59 Gene

Tripartite Motif Containing 59 ^{2 3 5}
Tripartite Motif-Containing Protein 59 ^{3 4}
Tripartite Motif-Containing 57 ^{2 3}
Tumor Suppressor TSBF-1 ^{3 4}
RING Finger Protein 104 ^{3 4}
TRIM57 ^{3 4}
RNF104 ^{3 4}
TSBF1 ^{3 4}
Tripartite Motif-Containing 59 ²
Tumor Suppressor TSBF1 ³
IFT80L ³
MRF1 ³

External Ids for TRIM59 Gene

Tämä TRIM sijaitsee 3. kromosomin q-haarassa. Sen koodaama proteiini on 403 aminohappoa.Se kuuluu HC- struktuurin omaaviin TRIMproteiineihin. Sen rakenne on kaavaa ”RING-HC-TRIM59-C-V”. Se kuuluu HC- alaryhmään. Sen HC-rakenne on tarkemmin (C3HC4)-
TRIM59 saattaa ubikitinoida p53.
 TRIM59 säätää negatiivisesti NF-kB- ja IRF3/IRF7-välitteistä tietä ja tekee interaktion ECSIT:iin (joka on mitokondriaalinen, evolutionaalisesti konservoitunut signalointivälituote Tollin reseptorien signaaliteissä, signaloinnin integroija) (ECSIT on  SARS2  oref9C interaktioproteiini)
 
.TRIM59 omaa onkogeenista luonnetta ja sitä on havaittu poikkeavasti ilmenevänä monessa eri syövässä. Siitä löytää hyvin paljon artikkeleita netistä. TRIM59 on todettu luonnollisen immuniteetin multifunktionaaliseksi signaaliteitten säätelijäksi. Kun kaikki artikkelit käy läpi, voi ehkä jollain tavalla hahmottaa sen moninaisen normaalin ja  runsaan epänormaalin funktion. Se on aikamoinen palapeli. Sen nimi IFT80L tarkoittaa Intraflagellaarinen kuljetus (transport) (IFT) proteiini. Se on kaikissa cilioita omaavissa organismeissa konservoitunut ja essentielli, tärkeä cilia-rakenteen koostumukselle ja ylläpidolle. Sitä ilmenee paljon nopeasti proliferoituvissa soluissa, mutta ei differentioituneissa soluissa, jotka ovat siirtyneet pois solusyklistä. Tällä tekijällä on tärkeä osa solun proliferaatiossa ja differentiaatiossa. Tästä herää kiinnostus mikä on TRIM59 geenin normaali funktio esim värekarvoja (cilia) omaavassa hengitystie-epiteelissä. Jos TRIM59 geeni sammutetaan keuhkosyöpäsolussa, solusykli pysähtyy G2-vaiheeseen ja  solutuotetta kertyy- p53 ei toimi. Paljon onkin tutkittu sen osuutta NSCLC keuhkosyövissä. Ras- ja RB- signalointitiessä TRIM59 on proto-onkogeeni. TRIMgeenin sammutus voi eräissä syövissä säätää TGFbeta/SMAD2- tien vaimeammaksi,  samoin EMT vaimenee ( epiteliaalinen-mesenkymaalinen transitio). TRIM59 pystyy moduloimaan onkogeenejä MTOR ja EIF4E .
BCG-rokotus aktivoi makrofageja ja ne kykenevät siten tappamaan tuumorisoluja. Näiden makrofagien yksi pääominaisuus on TRIM59:n runsas ilmentäminen. TRIM59 omaa transmembraanisen domaanin ja on solukalvoproteiini. TRIM59 pystyy myös säätelemään onkogeeni EGFR/STAT3- signaalitietä (Glioomassa tällä tiellä on merkitystä) . Maksasyöpäsolut ilmentävät runsaasti TRIM59, joka voi toimia täten biomerkitsijänä tälle syövälle TRIM59 pystyy tekemään interaktion aktiiniin ja myosiiniin assosioituviin proteiineihin. TRIM59 puutteessa F-aktiinin polymerisaatio häiriintyi solun sisämaterian differentiaation aikana. TRIM59 saattaa olla kriittisen tärkeä alkion varhaiskehityksen säätelijänä blastokysti vaiheesta gastrulaan (F-aktiinin koostuminen).
https://genecards.weizmann.ac.il/v3/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TRIM59
https://www.nature.com/articles/s41419-018-0370-y
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_775107.1

Also know  AUTHORS   Aierken,G., Seyiti,A., Alifu,M. and Kuerban,G.n as 
  TITLE     Knockdown of Tripartite-59 (TRIM59) Inhibits Cellular Proliferation
            and Migration in Human Cervical Cancer Cells
  JOURNAL   Oncol. Res. 25 (3), 381-388 (2017)
   PUBMED   27662486
  REMARK    GeneRIF: The expression of TRIM59 was significantly elevated in
            cervical cancers.
REFERENCE   2  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Luo D, Wang Y, Huan X, Huang C, Yang C, Fan H, Xu Z and Yang L.
  TITLE     Identification of a synonymous variant in TRIM59 gene for gastric
            cancer risk in a Chinese population
  JOURNAL   Oncotarget 8 (7), 11507-11516 (2017)
   PUBMED   28009992
  REMARK    GeneRIF: our results suggest that rs1141023 polymorphism
            contributes to increased predisposition to gastric cancer
REFERENCE   3  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Liang J, Xing D, Li Z, Shen J, Zhao H and Li S.
  TITLE     TRIM59 is upregulated and promotes cell proliferation and migration
            in human osteosarcoma
  JOURNAL   Mol Med Rep 13 (6), 5200-5206 (2016)
   PUBMED   27121462
  REMARK    GeneRIF: These data suggest the oncogenic abilities of TRIM59 in
            osteosarcoma, which promote osteosarcoma cell proliferation,
            migration and invasion
REFERENCE   4  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Zhan W, Han T, Zhang C, Xie C, Gan M, Deng K, Fu M and Wang JB.
  TITLE     TRIM59 Promotes the Proliferation and Migration of Non-Small Cell
            Lung Cancer Cells by Upregulating Cell Cycle Related Proteins
  JOURNAL   PLoS ONE 10 (11), e0142596 (2015)
   PUBMED   26599082
  REMARK    GeneRIF: we knocked down TRIM59 and found that p53 protein
            expression levels did not upregulate, so we proposed that TRIM59
            may promote NSCLC cell growth through other pathways but not the
            p53 signaling pathway
            Publication Status: Online-Only
REFERENCE   5  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Zhou Z, Ji Z, Wang Y, Li J, Cao H, Zhu HH and Gao WQ.
  TITLE     TRIM59 is up-regulated in gastric tumors, promoting ubiquitination
            and degradation of p53
  JOURNAL   Gastroenterology 147 (5), 1043-1054 (2014)
   PUBMED   25046164
  REMARK    GeneRIF: TRIM59 interacts with P53, promoting its ubiquitination
            and degradation, and TRIM59 might promote gastric carcinogenesis
            via this mechanism.
REFERENCE   6  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Kondo T, Watanabe M and Hatakeyama S.
  TITLE     TRIM59 interacts with ECSIT and negatively regulates NF-kappaB and
            IRF-3/7-mediated signal pathways;  ECSIT = Evolutionary Conserved Signaling Intermediate  in Toll Pathways-
  JOURNAL   Biochem. Biophys. Res. Commun. 422 (3), 501-507 (2012)
   PUBMED   22588174
  REMARK    GeneRIF: These findings indicate that TRIM59 may serve as a
            multifunctional regulator for innate immune signaling pathways.
REFERENCE   7  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Georgescu SP, Li JH, Lu Q, Karas RH, Brown M and Mendelsohn ME.
  TITLE     Modulator recognition factor 1, an AT-rich interaction domain
            family member, is a novel corepressor for estrogen receptor alpha
  JOURNAL   Mol. Endocrinol. 19 (10), 2491-2501 (2005)
   PUBMED   15941852
REFERENCE   8  (residues 1 to 403)
  AUTHORS   Chang R, Xu X and Li MD.
  TITLE     Molecular cloning, mapping and characterization of a novel mouse
            RING finger gene, Mrf1
  JOURNAL   Gene 291 (1-2), 241-249 (2002)
   PUBMED   12095697
  REMARK    GeneRIF: PMID:12095697 pertains to mouse Mrf1 gene which appears to
            be the homolog of human TSBF1.
COMMENT     VALIDATED REFSEQ: This record has undergone validation or
            preliminary review. The reference sequence was derived from
            AY159379.1, BC109260.1, AC024221.23 and AI215011.1.
            
            ##Evidence-Data-START##
            Transcript exon combination :: AY159379.1, SRR1803614.102419.1
                                           [ECO:0000332]
            RNAseq introns              :: mixed/partial sample support
                                           SAMEA1965299, SAMEA1966682
                                           [ECO:0000350]
            ##Evidence-Data-END##
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..403
                     /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="3"
                     /map="3q25.33"
     Protein         1..403
                     /product="tripartite motif-containing protein 59"
                     /note="tripartite motif-containing 57; tumor suppressor
                     TSBF1; RING finger protein 104; tumor suppressor TSBF-1"
                     /calculated_mol_wt=46983
     Region          5..60
                     /region_name="RING-HC_TRIM59_C-V"
                     /note="RING finger, HC subclass, found in tripartite
                     motif-containing protein 59 (TRIM59) and similar proteins;
                     cd16763"
                     /db_xref="CDD:319677"
     Region          10..59
                     /region_name="RING-HC finger (C3HC4-type)"
                     /note="RING-HC finger (C3HC4-type) [structural motif]"
                     /db_xref="CDD:319677"
     Site            order(10,13,25,27,30,33,56,59)
                     /site_type="other"
                     /note="Zn binding site [ion binding]"
                     /db_xref="CDD:319677"
     Region          96..134
                     /region_name="zf-B_box"
                     /note="B-box zinc finger; pfam00643"
                     /db_xref="CDD:306989"
     Site            329..349
                     /site_type="transmembrane region"
                     /experiment="experimental evidence, no additional details
                     recorded"
                     /note="propagated from UniProtKB/Swiss-Prot (Q8IWR1.1)"
     CDS             1..403
                     /gene="TRIM59"
                     /gene_synonym="IFT80L; MRF1; RNF104; TRIM57; TSBF1"
                     /coded_by="NM_173084.2:196..1407"
                     /db_xref="CCDS:CCDS3190.1"
                     /db_xref="GeneID:286827"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:30834"
                     /db_xref="MIM:616148"
ORIGIN      
        1 mhnfeeeltc picysifedp rvlpcshtfc rnclenilqa sgnfyiwrpl riplkcpncr
       61 siteiaptgi eslpvnfalr aiiekyqqed hpdivtcpeh yrqplnvycl ldkklvcghc
      121 ltigqhhghp iddlqsaylk ekdtpqklle qltdthwtdl thlieklkeq kshsekmiqg
      181 dkeavlqyfk elndtleqkk ksfltalcdv gnlinqeytp qiermkeire qqlelmalti
      241 slqeesplkf lekvddvrqh vqilkqrplp evqpveiypr vskilkeews rteigqiknv
      301 lipkmkispk rmscswpgkd ekeveflkil nivvvtlisv ilmsilffnq hiitflseit
      361 liwfseasls vyqslsnslh kvknilchif yllkefvwki vsh
//

MRF1; TSBF1; IFT80L; RNF104; TRIM57

Expression

Broad expression in testis (RPKM 4.6), lymph node (RPKM 4.6) , brain and 20 other tissues See more