TRIM71 (Kr. 3p22.3 , LIN41 ( NHL-TRIM alaryhmä CVIII)

TRIM71 geeni sijaitsee 3. kromosomin  p-päädyssä ja  tämän kromosomin toiset T-tgeenit ovat q-päädyss. (42 ja 59). TRIM 3 geeni koodaa proteiinia joka on pitkä TRIM, 868 aminohappoa ja siitä löytyykin  aika paljon  rakenteellisia motiiveja, jotka selittyvät sen muita  funktioita kantasoluspesifisen   E3-ligaasin lisäksi. Tämän geenin oman funktion  tutkimus aloitettiin  myöhemmin kuin  miRNA-hiljentämisilmiön tutkimus, jossa tämäkin geeni oli apuna ja tavallaan  sivuseikkana aluksi kunnes havaittiin sen oma  tärkeys kantasolulle ja progeniittorisolulle. Geenin kudosesiintymää löytyy vain 4-5 kudoksesta: Testis, munuainen ja keuhko, hieman myös:  aivo, luuydin, istukka.
 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q2Q1W2.1

 Tutkitaessa NHLstruktuurin omaavia TRIM-molekyylejä, huomattiin että niitä on evolutionaallisesti kahta ryhmää:   toiset vaimentaa miRNA repressiota ja toiset edistävät.  Tämä TRIM71 vaimentaa  miRNA-respressiota.    Tässä yhteydessä mainitaan miRNA Let-7 ( lethal -7 miRNA), jonka kohde on TRIM71. Let-7  säätelee onkogeenien kuten cMyc  ilmenemää.  Jos Let-7 mikroRNA  vaimentuu kokonaan, onkogeenit (cMyc ) pääsevät ilmenemään.  Solu reprogrammoituu indusoiduksi  pluripotentiksi   kantasoluksi. 
Let-7 (lethal-7 miRNA)  kohde TRIM71 myös edistää reprogrammoitumista.
TRIM71 säätelee negatiivisesti prodifferentiaatiogeenejä kuten EGR1 siten että sitoutuu sen mRNA:han ja estää sen translaation.

Täten  tämä TRIM71-alue voi osallistua eri syöpiin. Esim maksasolusyövässä sitä on liikamääriä kudoksessa ja se on prediktiivisesti   huonon  ennusteen merkki. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21755476/



https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21755476/
 ( "NHL-TRIMproteiineilla on domaani, joka toimii tukirakenteena translaatiota vaimentavalle kompleksille. Tunnetaan organismeista ainakin 4 NHL-TRIM proteiinia, jotka assosioituvat miRNA -tien proteiineihin. Kaksi niistä (Mei-P26 ja Lin-41 eli TRIM71) tukahduttavat miRNA-välitteistä geenin hiljentämistä ja kaksi niistä (NHL-2 ja TRIM32) edistävät miRNA-välitteistä geenin hiljentämistä."
(Kun katson evoluutiokarttaa, niin  vaikuttaa siltä että   hmisen TRIM32 on evoluutiossa lähi sukua NHL-2:lle ja  Ihmisen TRIM71, TRIM2 ja 3 taas omaava sukujuuret DmMei-p26 päin).

TRIM71 proteiinista löytyivä rakenteita: 

Kirjoitan niitä musitiin, koska ne ovat hyvin olennaisia funktiossa.
Aminohapot 12-94 RING-HC finger(C3H4) ; seriinipitoinen jakso 26-42; histidiinipitoinen jakso 146-157.
Aminohapot 194- 241: ,B-Box1; aminohapot 273-314 B-Box2,  278- 312 . Zn++ kohtia: 278, 281, 301, 306.Zf box
Aminohapot 314-444: Class IIa_HDAC_Gln_rich_N-terminal helical domain of various Class IIa HDACs, HDAC4, HDAC5, HDAC9.
Aminohapot 391-427: Coiled Coil (CC).
Aminohapot 479- 580: Toistosegmentti ( Repetetive  region) FILAMIN/ABP280 repeat.
593- 636: Toistoalue, (Repetetive region) NHL 1.
609-648: NHL2.
Site 647 mutatoituu
Aminohapot 656-695 NHL toistoa, rakenteellinen
Site 675 mutatoituu
Aminohapot 697-730: Toistojakso NHL3.
Site 702 mutatoituu
Aminohapot 703-739 NHL toistoa, rakenteellinen
Aminohapot 734-777: NHL4
751, mutatoituu
Aminohapot 781-824, NHL5.
Aminohapot 828-868, NHL6.
(Mutatoituneet kohdat  heikentävät tai poistavat  mRNA-repressiota. Esim kohdasta 675 mainitaan että se tekee interaktiota mm. AGO2 molekyylin.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613605/figure/F2/
 Tässä linkissä on  ehdotettuja malleja  LIN-41 geenifunktiolle .

Lisätietoa

Related articles in PubMed

1. TRIM71 suppresses tumorigenesis via modulation of Lin28B-let-7-HMGA2 signaling. Yin J, et al. Oncotarget, 2016 Nov 29. PMID 27821801, Free PMC Article
2. The let-7/LIN-41 pathway regulates reprogramming to human induced pluripotent stem cells by controlling expression of prodifferentiation genes. Worringer KA, et al. Cell Stem Cell, 2014 Jan 2. PMID 24239284, Free PMC ArticlE
   • •Inhibition of let-7 promotes reprogramming to human iPSCs
   • •The let-7 target LIN-41 also promotes reprogramming
   • •LIN-41 negatively regulates prodifferentiation genes including EGR1
   • •LIN-41 binds the EGR1 mRNA to inhibit translation
3.  http://www.cell.com/cell-stem-cell/abstract/S1934-5909(13)00492-X
4. LIN-41/TRIM71: emancipation of a miRNA target. Ecsedi M, et al. Genes Dev, 2013 Mar 15. PMID 23512656, Free PMC Article
5. The stem cell E3-ligase Lin-41 promotes liver cancer progression through inhibition of microRNA-mediated gene silencing. Chen YL, et al. J Pathol, 2013 Feb. PMID 23097274
6. miRNAs Need a Trim : Regulation of miRNA Activity by Trim-NHL Proteins. Wulczyn FG, et al. Adv Exp Med Biol, 2011. PMID 21755476

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

1. TRIM71 acts through post-transcriptional repression of Lin28B and subsequent modulation of let-7-HMGA2 signaling during tumorigenesis to potentially function as a tumor suppressor.
2. Studies indicate most-studied TRIpartite Motif (TRIM)-NHL proteins TRIM2, TRIM3, TRIM32 and TRIM71, and their mutations have been linked to diseases.
3. Consistent with the let-7 microRNA stimulatory role of TRIM71 via Lin28B polyubiquitination.
4. poiopi poiopi i90iy9oyu8
5. P bodies are 100-300 nm sized organelles involved in mRNA silencing and degradation. A total of 60 human proteins have been reported to localize to P bodies. Several human SNPs contribute to complex diseases by altering the structure and function of the proteins. Also, SNPs alter various transcription factors binding, splicing and miRNA regulatory sites. Owing to the essential functions of P bodies in mRNA regulation, we explored computationally the functional significance of SNPs in 7 P body components such as XRN1, DCP2, EDC3, CPEB1, GEMIN5, STAU1 and TRIM71. Computational analyses of non-synonymous SNPs of these components was initiated using well utilized publicly available software programs such as the SIFT, followed by PolyPhen, PANTHER, MutPred, I-Mutant-2.0 and PhosSNP 1.0. Functional significance of noncoding SNPs in the regulatory regions were analysed using FastSNP. Utilizing miRSNP database, we explored the role of SNPs in the context that alters the miRNA binding sites in the above mentioned genes. Our in silico studies have identified various deleterious SNPs and this cataloguing is essential and gives first hand information for further analysis by in vitro and in vivo methods for a better understanding of maintenance, assembly and functional aspects of P bodies in both health and diseas
    
6. The stem cell E3-ligase Lin-41 promotes liver cancer progression through inhibition of microRNA-mediated gene silencing.
7. Trim71 cooperates with microRNAs to repress Cdkn1a expression and promote embryonic stem cell proliferation
8. Repression of human TRIM71 and the zebrafish lin-41 ortholog was abolished when predicted let-7 target sites were mutated. Regulation of TRIM71 expression by let-7 seems to have been evolutionarily conserved.