Leta i den här bloggen


torsdag 21 juni 2018

E" ubikitiinikonjugaaseista UBE2. Ubc-proteiineista (Ubiquitin carriers, E2) yleistietoa

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4822130/
Ubikitiinia konjugoivat E2 entsyymit  (UBE) ovat keskeisessä osassa entsyymikolmikossa , joka vastaa ubikitiinin käsittelystä ja liittämisestä proteiineihin ( E1, E2, E3 -työkolmikon keskimmäisenä jsäenenä E2).
Ihmisellä on noin 40 tällaista E2 ubikitiinin kuljettajaa ( Ubiquitin Carrier) , Ubc.  Niissä on  myös ubikitiinin kaltaisia proteiineja (Ubl) kuljeetavia  ( esim. SUMO ja NEDD8).
Vaikka suurin osa  näistä E2  ubikitiinin kuljettajista on kooltaan vain kaksi kertaa ubikitiinin (Ub) kokoisia, niin tällä   perheellä on kuitenkin monenlaisia funktionaalisia osatehtäviä. Tässä linkissä mainitussa katsauksessa  tehdään yhteenvetoa tavallisista  funktionaaleista ja rakenteellisista piirteistä, jotka määrittävät  yhdistäviä teemoja näissä E2  ubikitiinikonjugaaseissa ja  valaisevat  niiden  mekanismia ja säätelyä. Historiallisista syistä niillä on  nimissä  synonyymejä.
Niitä löytyy numeroituna Ubc 1,  jne ja kirjaimilla merkittynä UBE 2A,2B, 2C, 2D, 2E, 2F, 2G, 2H, 2I J,2K, 2L, 2M, 2N, 2O, 2Q,2R,2S,2T,2U,2V 2W.
Joillain on useita alaryhmiä, löytyy   1, 2, 3 tai 4 . Esim  UBE2D1, UBE2D2, UB2D3, UBE2D4.
Koska näitä löydettiin ensin hiivoista,  hiivaperäisillä oli niminä Ubc esim Ubc1, Ubc2, Ubc3 jne.  ja koska  tällaiset entsyymit voat hyvin konservoituja luomakunnassa ,  voidaan ihmen entsyymiellä löytää synonyymejä ja ne taas perustuvat historialliseen löytöjärjesteykseen.
 Spesifisesti koeläimissä löytyneillä saattaa olla synonyymiset   nimensä.
Siten on mutamia   UBE-kaltaisiakin ja niillä on oma nimi , esim ATG- Löysin myös poikkeusnimen BIRC6, joka kuvaa E2/E3 hydridiä, iso multidomaania.
Luokitelulla on oma historiansa. ja kirjoitin itselleni vihkoon muistiin erään taulukon, josa on 39 jäsentä. Luettelen ne tässä alla. synonyymiensä kanssa.  Ylläoleva lähde antaa lisätietoa  niistä.

  • Ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) are the central players in the trio of enzymes responsible for the attachment of ubiquitin (Ub) to cellular proteins. Humans have ∼40 E2s that are involved in the transfer of Ub or Ub-like (Ubl) proteins (e.g., SUMO and NEDD8). Although the majority of E2s are only twice the size of Ub, this remarkable family of enzymes performs a variety of functional roles. In this review, we summarize common functional and structural features that define unifying themes among E2s and highlight emerging concepts in the mechanism and regulation of E2s.
  • jatkuu.. 

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar