Leta i den här bloggen


tisdag 21 maj 2019

Yksinkertainen E3 ubikitiiniligaasi, BRCA1( on BASC-komponentti. RNF53)

BRCA1 (RNF53) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/672
(17q21.31) 
BRCA1,  BRCA1 DNA repair associated [ Homo sapiens (human) ]
IRIS; PSCP; BRCAI; BRCC1; FANCS; PNCA4; RNF53; BROVCA1; PPP1R53
Summary This gene encodes a nuclear phosphoprotein that plays a role in maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor. The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damage sensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein complex known as the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC). This gene product associates with RNA polymerase II, and through the C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase (HDAC) complexes. This protein thus plays a role in transcription, DNA repair of double-stranded breaks (DSB), and recombination. Mutations in this gene are responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing plays a role in modulating the subcellular localization and physiological function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants, some of which are disease-associated mutations, have been described for this gene, but the full-length natures of only some of these variants has been described. A related pseudogene, which is also located on chromosome 17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]
Expression Broad expression in testis (RPKM 5.2), lymph node (RPKM 3.3) and 23 other tissues See more Orthologs mouse all
 
Preferred Names
breast cancer type 1 susceptibility protein,    (BRCA1)
Names
BRCA1/BRCA2-containing complex, subunit 1,  ( BRCC1)
Fanconi anemia, complementation group S,  ( FANCS)
RING finger protein 53,   (RNF53)
breast and ovarian cancer susceptibility protein 1,  (BROVCA1)
breast cancer 1, early onset,  (BRCA1)
early onset breast cancer 1
protein phosphatase 1, regulatory subunit 53;   (PPP1R53) 

Conserved Domains (4) summary
smart00292
Location:17581842
BRCT; breast cancer carboxy-terminal domain
cd00027
Location:16501724
BRCT; Breast Cancer Suppressor Protein (BRCA1), carboxy-terminal domain. The BRCT domain is found within many DNA damage repair and cell cycle checkpoint proteins. The unique diversity of this domain superfamily allows BRCT modules to interact forming homo/hetero BRCT multimers, BRCT-non-BRCT interactions, and interactions within DNA strand breaks.
cd00162
Location:2368
RING; RING-finger (Really Interesting New Gene) domain, a specialized type of Zn-finger of 40 to 60 residues that binds two atoms of zinc; defined by the 'cross-brace' motif C-X2-C-X(9-39)-C-X(1-3)- H-X(2-3)-(N/C/H)-X2-C-X(4-48)C-X2-C; probably involved in mediating protein-protein interactions; identified in a proteins with a wide range of functions such as viral replication, signal transduction, and development; has two variants, the C3HC4-type and a C3H2C3-type (RING-H2 finger), which have different cysteine/histidine pattern; a subset of RINGs are associated with B-Boxes (C-X2-H-X7-C-X7-C-X2-C-H-X2-H). ( Kommentti. Näistä saa enemmän tietoa Zinc finger proteins   in health and disease. matteo  Cassandri et al.  2017, Review. Tässäkin blogissa on  luetteloa.  BRCA1 kuuluu näihin sinkkisormiproteiineihin ZNF , alaryhmään RNF).  
pfam12820
Location:345507
BRCT_assoc; Serine-rich domain associated with BRCT
 
 

Related articles in PubMed

  (Huom  nämä  valitut  artikkelit ovat lähinä onkologian alaa, mikä heijastaakin tämän geenin ja proteiinin  kliinistä  ja runsaasti selviteltyä merkitystä. Soveltaminen taas kliiniseen terapiaan saattaa olla   lähinnä  diagnostisella ja prognostisella  tasolla).
 
Geenitesti BRCA1 ja BRCA2 on  informoivaa luonteeltaan, mutta ne geenit  eivät ole  "hoidettavissa" olevia  kohteita sinänsä, mutta niiden tila, olemassaolo ja niiden mutaatiot voivat   vaikuttaa  diagnoosin tekemiseen,  hoitosuunnitelmaan ja paranemisarvioon. Ne eivät testaa  syöpää itseään, vaan ihmisen perittyä genomia ja täten riskialttiutta.  Nämä geenit normaaleina  ovat  DNA:ta korjaavasta järjestelmästä.
 
Siteeraan tässä yhteydessä suomalaislähdettä:  
HUS
LAB
  https://huslab.fi/ohjekirja/20532.html

"Yleistä

BRCA1- ja BRCA2-geenit ovat kasvunrajoitegeenejä, jotka osallistuvat DNA:n virheiden korjaukseen. Lisäksi niiden on osoitettu säätelevän muiden geenien ilmentymistä.
 BRCA1-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-80 % ja munasarjasyöpään noin 25-50 %.
 BRCA2-geenivirheen kantajan riski sairastua elämänsä aikana rintasyöpään on noin 40-70 % ja munasarjasyöpään noin 10-20 %.
BRCA1- ja BRCA2-geenin mutaatiot lisäävät riskiä sairastua myös eräisiin muihin syöpiin.
Tutkimus käsittää 97 Suomessa aikaisemmin tunnistettua BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatiota (kts. erillinen listaus Huomautuksia-kappaleessa).
Näytteestä eristetystä DNA:sta määritetään kohdealueitten emäsjärjestys PCR-amplikoneihin perustuvalla sekvensoinnilla Ion Torrent -laitteella. DNA-muutosten tunnistamiseen ja tulosten tulkintaan käytetään Torrent Serverin analyysiohjelmistoa. Lausunnossa ilmoitetaan todettu mutaatio, tutkitut mutaatiot ilmoitetaan erillisellä liitteellä. Tutkituilla alueilla sekvensoinnin kattavuus on vähintään 30-kertainen.

Tulkinta

Rinta- ja munasarjasyöpäpotilaalla mutaation löytyminen toisesta BRCA1- tai BRCA2-geenikopiosta on diagnostinen perinnöllisen syöpäalttiuden suhteen. Tutkimus ei poissulje muita harvinaisempia BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatioita, joiden osuus BRCA1- ja BRCA2-geenien mutaatioista Suomessa on pieni. Tutkimus ei sulje pois muiden geenien aiheuttamia korkean tai matalan riskin rintasyöpäalttiutta". ( Linkissä on pitkä luettelo mutaatioista, joita Helsingissä  testataan)

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar