WT-1 geeni kuuluu EGR:n kaltaisen domeenin omaavaan C2H2-tyyppiseen sinkkisormiproteiiniperheeseen.

WT-1 gene , WILMS tumor 1,(11p13) ( Huom. geeninimessä ei kuitenkaan ole kirjaimet EGR, näkyy kyllä WAGR nimi).

 Suomennosta  (*)Sinkkisormimotiiveja on neljä C-terminaalissa ja yksi P/Q pitoinen  DNA:ta sitova  motiivi N-terminaalissa. Tällä geenillä on  essentielli osuus urogenitaalisysteemin kehityksessä. Geenissä on mutaatio niillä, joille kehittyy Wilmsin tuumori. Geeni ilmentää  monimutkaisia kudosspesifisiä ja polymorfisia mallituksia, joilla on bialleeleja ja monoalleeleja expressoitumisia  eri kudosten maternaalisista tai paternaalisista alleeleista.  Multippeleita  transkriptivariantteja on kuvattu. Useissa varianteissa on näyttöä siitä, että  ensimmäisen AUG- koodin kanssa  sen raamialueessa tai  sen ylävirrassa  toimii  myös ei-AUG (CUG)  translaation aloituskodonia. On myös näyttöä siitä, että  WT1 mRNA pystyy editoitumaan ihmisessä ja rotassa   ja että tämä prosessi on kudoksiin rajoittunutta ja kehityksellisesti  säätynyttä

  https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=WT1&keywords=WT1 

Aliases for WT1 Gene

GeneCards Symbol: WT1 ²
WT1 Transcription Factor ^{2 3 5}
WIT-2 ^{2 3 5}
NPHS4 ^{2 3 5}
WAGR ^{2 3 5}
AWT1 ^{2 3 5}
WT-1 ^{2 3 5} Wilms Tumor Protein ^{3 4} Wilms Tumor 1 ^{2 3} WT33 ^{3 4} GUD ^{3 5}

• (*)This gene encodes a transcription factor that contains four zinc-finger motifs at the C-terminus and a proline/glutamine-rich DNA-binding domain at the N-terminus. It has an essential role in the normal development of the urogenital system, and it is mutated in a small subset of patients with Wilms tumor. This gene exhibits complex tissue-specific and polymorphic imprinting pattern, with biallelic, and monoallelic expression from the maternal and paternal alleles in different tissues. Multiple transcript variants have been described. In several variants, there is evidence for the use of a non-AUG (CUG) translation initiation codon upstream of, and in-frame with the first AUG. Authors of PMID:7926762 also provide evidence that WT1 mRNA undergoes RNA editing in human and rat, and that this process is tissue-restricted and developmentally regulated. [provided by RefSeq, Mar 2015]

CIViC Summary for WT1 Gene

Suomennosta (**) (**) Geeni WT1 on  kasvannaista vaimentava geeni ja  assosioituu Wilmsin tuumorin kehittymiseen. Siitä tuumorista johtuukin geenin nimi:  "geeni Wilmsintuumori ykkönen".  Toistumiseen on tusnistettu akuutissa myeloisessa leukemiassa (AML) mutaatioita WT1- geenin  eksoneissa 7 ja 9 ja on  havaittu tämän seikan  (WT1 geeni +) liittyvän huonompaan ennusteeseen ja kemoterapiaresistenssiin.

• WT1 is a tumor suppressor gene associated with the development of Wilms' Tumor, from which it was named. Mutations in exon 7 and 9 of WT1 have been recurrently identified in acute myeloid leukemia and associated with poorer prognosis and chemotherapy resistance.

GeneCards Summary for WT1 Gene

WT1 (WT1 Transcription Factor) is a Protein Coding gene. Diseases associated with WT1 include Wilms Tumor 1 and Denys-Drash Syndrome. Among its related pathways are Mammalian disorder of sexual development and Nervous system development. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include nucleic acid binding and sequence-specific DNA binding. An important paralog of this gene is EGR1.

UniProtKB/Swiss-Prot Summary for WT1 Gene

 Suomennosta (***)  Geeni WT1 koodaa   transkriptiotekijää, joka on solun kehityksesssä ja solun elossaåpysymisesä  tärkeässä osassa. Se tunnistaa  DNA-sekvenssin, johon se kiinnittyy: Tämä DNA-sekvenssi on  5prim-GCG(T/G)GGGCG-3prim.  Se myös säätelee useitten kohdegeenien  ilmentymistä, Näiten kohdegeenien joukossa mainitaan myös EPO, erytropoietiinigeeni. Kuten aiemmin mainittu tällä  transkriptiotekijällä WT1  on essentielli merkitys  virtsatiejärjestelmän ja  sukupuolielinten järjestelmän kehityksessä.Tämä  transkriptiotekijä on sekä tuumorisuppressiivinen( kasvannaista vaimentava) että  onkogeeninen ( syöpää kehkeyttävä)  kasvannaisen muodostumisessa.  Funktio saattaa olla isoformispesifinen,  Sellaiset isoformit, joilta puuttuu KTS-motiivi, voivat  toimia transkriptiofaktoreina saattavat sitoutua  lähettiRNA:han ja niillä on osuutta joko  mRNA-aineenvaihdunnassa tai ne  vaikuttavat pleissaukseen (jossa  esi-mRNA, prekursori mRNA ,trimmataan, pilkotaan introneista,  varsinaiseksi  mRNAmuodoksi). Lisätietoa pleissauksesta:  https://www.wikidoc.org/index.php/Splicing_(genetics) .WT1 geenin  isoformi 1 omaa  matalahkoa affiniteettia DNA:han ja voi sitoa RNA:ta. (Yksinkertainen esimerkki  pleissauksesta. Kun vauva syntyy, sillä on liitteenä napanuora plasenta ja ne leikataan irti ja napatyvi  PYSSLATAAN  siistiKSI ja vauva on valmis  kapaloitavaksi ja annetavaksi äidin syliin jne,  Precursor mRNA = "nascent"  , pre-mRNA   ja pyslattu mRNA  on funktiovalmista).   Vert. DNA:n korjauksessa vastaavat   funktiota  kohentavat manipulaatiot ovat  lähinnä  "trimmausta".

Transcription factor that plays an important role in cellular development and cell survival (PubMed:7862533). Recognizes and binds to the DNA sequence 5'-GCG(T/G)GGGCG-3' (PubMed:7862533, 17716689, 25258363).<<<<<<< Regulates the expression of numerous target genes, including EPO. Plays an essential role for development of the urogenital system. It has a tumor suppressor as well as an oncogenic role in tumor formation. Function may be isoform-specific: isoforms lacking the KTS motif may act as transcription factors (PubMed:15520190). Isoforms containing the KTS motif may bind mRNA and play a role in mRNA metabolism or splicing (PubMed:16934801). Isoform 1 has lower affinity for DNA, and can bind RNA (PubMed:19123921). ( WT1_HUMAN,P19544 ) https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19123921/Investigating the effects of the same point mutations on DNA binding indicates that there are similarities and differences in the contributions of zinc fingers 2 and 3 to the DNA and RNA binding activities of WT1.

Protein attributes for WT1 Gene           Size: 449 amino acids

Quaternary structure:

• Homodimer.
  Interacts with WTIP.
  Interacts with actively translating polysomes.
  Detected in nuclear ribonucleoprotein (mRNP) particles.
  Interacts with HNRNPU via the zinc-finger region.
  Interacts with U2AF2.
  Interacts with CITED2 (By similarity).
  Interacts with ZNF224 via the zinc-finger region.
  Interacts with WTAP and SRY.
  Interacts with AMER1.
  Interacts with RBM4.

Miscellaneous:

• Presence of the KTS motif hinders interactions between DNA and zinc-finger 4.

Three dimensional structures from PDB (representative) and AlphaFold (predicted) for WT1

Lisäys: Sinkkisormiproteiinien joukossa  nämä kuuluvat C2H2- ryhmään ja  alaryhmä on tarkennettuna seuraavasti:

 

Gene Families for WT1 Gene

HGNC:

• Zinc fingers C2H2-type

Human Protein Atlas (HPA):

• Cancer-related genes
• Disease related genes
• Human disease related genes
• Predicted intracellular proteins
• Transcription factors

Protein Domains for WT1 Gene

InterPro:

• Znf_C2H2_type
• Znf_C2H2_sf
• Wilms_tumour_N

Blocks:

• C2H2-type zinc finger signature
• Wilm's tumour protein signature

Suggested Antigen Peptide Sequences for WT1 Gene

GenScript: Design optimal peptide antigens:

• Wilms tumor 1 (A0FJ57_HUMAN)
• Wilms tumor 1 (A0FJ58_HUMAN)
• WT1 protein (A8MN20_HUMAN)
• cDNA FLJ35849 fis, clone TESTI2006940, highly similar to Wilms' tumor protein (WT33) (B3KSA5_HUMAN)
• WT1 protein (Q6LBI3_HUMAN)
• See All 9 »
• 
  

Graphical View of Domain Structure for InterPro Entry

P19544

UniProtKB/Swiss-Prot:

WT1_HUMAN :

• Binds to DNA motifs with the sequence 5'-GCG(T/G)GGGCG-3' via its C2H2-type zinc fingers. Starting from the N-terminus, the second zinc finger binds to the 3'-GCG motif, the middle zinc finger interacts with the central TGG motif, and the C-terminal zinc finger binds to the 5'-GCG motif. Binds double-stranded target DNA, irrespective of the cytosine methylation status. Has reduced affinity for target DNA where the cytosines have been oxidized to 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine or 5-carboxylcytosine.
• Belongs to the EGR C2H2-type zinc-finger protein family.

Domain:

• Binds to DNA motifs with the sequence 5'-GCG(T/G)GGGCG-3' via its C2H2-type zinc fingers. Starting from the N-terminus, the second zinc finger binds to the 3'-GCG motif, the middle zinc finger interacts with the central TGG motif, and the C-terminal zinc finger binds to the 5'-GCG motif. Binds double-stranded target DNA, irrespective of the cytosine methylation status. Has reduced affinity for target DNA where the cytosines have been oxidized to 5-hydroxymethylcytosine, 5-formylcytosine or 5-carboxylcytosine.
• The 9aaTAD motif is a transactivation domain present in a large number of yeast and animal transcription factors.

Family:

• Belongs to the EGR C2H2-type zinc-finger protein family.

Genes that share domains with WT1: view