TRIM4, (Kr.7q22.1) , RNF87, (C_IV), osallistuu oksidatiiviseen stressiin, ikääntymisgeeni

TRIM4 (Kr.7q22.1), RNF87, (C_IV,PRY)

TRIM motiivissa RING, B-box1 ja -2 sekä C-C-domaani. C-terminaalissa PRY. Alaluokka C_IV. Geenin ilmenemäkudokset: Ovario, kilpirauhanen, endometrium, umpilisäke ja 23 muuta kudosta.

Haku: PubMed Gene. Tätä TRIM4:ää esiityy useissa syöpäkudoksissa. Sen normaalifunktio on antiviraalivasteessa RIG-1 välitteisesti avustaa interferonin induktiota. Se osallistua myös oxidatiivisessa stressissä mitokondriaaliseen apoptoosiin, joka indusoituu vetyperoksidista.Arvellaan että tällä geenillä on merkitystä ikääntymisessä.

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/89122 RNF87, Summary The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. The protein localizes to cytoplasmic bodies. Its function has not been identified. Alternatively spliced transcript variants that encode different isoforms have been described.[provided by RefSeq, Jul 2010] Expression Ubiquitous expression in ovary (RPKM 16.5), thyroid (RPKM 12.9) and 25 other tissues See more

Artikkeleita :

Related articles in PubMed

TRIM ja H2O2:n indusoima solukuolema

• TRIM4; a novel mitochondrial interacting RING E3 ligase, sensitizes the cells to hydrogen peroxide (H2O2) induced cell death. Tomar D, et al. Free Radic Biol Med, 2015 Dec. PMID 26524401 ( Suomennosta). Kohdeproteiinien postratnslationaalinen ubikitinoituminen ja siten silppuroituminen proteosomissa säätelee proteiinien normaalia vaihtumista, mutta tämä uikitinaatio ei ole ainoastaan tällainen siivousjärjestelmä vaan se myös säätelee kriittisellä tavalla erilaisia signaaliteitä. Ubikitinaation aikana E3 ligaasi tunnistgelee kohdeproteiiniaan ja päättää ubikitiiniketjujen topologisen asettuman. Tässä tutkimuksessa selvitellään TRIM4:n (E3 ubikitiiniligaasin) osuutta vetyperoksidin aiheuttamassa solukuolemassa. TRIM4 esiintyy eri tavalla eri kuodksissa ja sitä löytyy useimmista analysoiduista syöpäsolulinjoista. Solussa se näyttää asettuvan täplikkäinä struktuureina sytoplasmaan ja vaikuttaa tekevän ohimeneviä interaktioita mitokondriaan. TRIM4-ilmenemä aiheuttaa mitokondrioiten aggrekoitumista ja mitokondriaalisia vapaita happiradikaaleja (ROS) jos vetyperoksidia (H2O2) on läsnä. TRIM4 herkistää solut H2O2:n indusoimalle kuolemalle, kun taas TRIM4-poistogeenisyys vaikuttaa päinvastoin. TRIM4 vahvistaa mitokondrian kalvopotentiaalin katoamista ja sytokromi c:n vapautumista vetyperoksidin ollessa läsnä. Kun on analysoitu mitkä proteiinit tekevät interaktiota TRIM4:n kanssa, on todettu PRX1, peroxiredoksiini 1, ja muita mitokondriaaliseen ja redox -tasapainoon osallistuvia proteiineja. TRIM4:n interaktio PRX1:n kanssa on kriittinen vetyperoksidin aiheuttamassa solukuolemassa. Yhteenvetona: TRIM4 omaa osan oxidatiivisen stressin indusoiman solukuoleman säätelyssä.

• The emerging evidences suggest that posttranslational modification of target protein by ubiquitin (Ub) not only regulate its turnover through ubiquitin proteasome system (UPS) but is a critical regulator of various signaling pathways. During ubiquitination, E3 ligase recognizes the target protein and determines the topology of ubiquitin chains. In current study, we studied the role of TRIM4, a member of the TRIM/RBCC protein family of RING E3 ligase, in regulation of hydrogen peroxide (H2O2) induced cell death. TRIM4 is expressed differentially in human tissues and expressed in most of the analyzed human cancer cell lines. The subcellular localization studies showed that TRIM4 forms distinct cytoplasmic speckle like structures which transiently interacts with mitochondria. The expression of TRIM4 induces mitochondrial aggregation and increased level of mitochondrial ROS in the presence of H2O2. It sensitizes the cells to H2O2 induced death whereas knockdown reversed the effect. TRIM4 potentiates the loss of mitochondrial transmembrane potential and cytochrome c release in the presence of H2O2. The analysis of TRIM4 interacting proteins showed its interaction with peroxiredoxin 1 (PRX1), including other proteins involved in regulation of mitochondrial and redox homeostasis. TRIM4 interaction with PRX1 is critical for the regulation of H2O2 induced cell death. Collectively, the evidences in the current study suggest the role of TRIM4 in regulation of oxidative stress induced cell death.

TRIM4, RIG-I, viruksen tunnistus ja interferonin induktio

• TRIM4 modulates type I interferon induction and cellular antiviral response by targeting RIG-I for K63-linked ubiquitination. Yan J, et al. J Mol Cell Biol, 2014 Apr. PMID 24755855. (Suomennosta) RIG-I on keskeinen sytoplasminen sensori, joka tunnistaa erilaisia viraalisia RNA -rakenteita. Tästä tunnistuksesta seuraa NF-kB ja IRF3 aktivaatiota ja niiden yhteistyönä indusoituu tyypin I interferonia (IFN) ja kehon luonnollinen antivirusvaste. Tässä tutkimuksessa tiedemiehet tunnistivat TRIM4-proteiinin olevan positiivinen säätelijä RIG-I -välitteisessä interferonin induktiossa. Jos TRIM4 esiintyi ylimäärin, vahvistui viruksen triggeröimät IRF3- ja NF-kB-aktivaatiot ja samoin IFN-beetan induktio. Mutta TRIM4 poistogeenisyys omasi päinvastaiset vaikutukset. Mekanistisesti TRIM4 assosioituu RIG-I proteiiniin ja kohdentaa sen (lysiini) K63-linkkiytyneeseen polyubikitinaatioon. Tutkijoitten havainnot osoittavat, että TRIM4 on tärkeä säätelijä viruksen indusoimassa IFN-induktiotiessä välittämällä RIG-I:n K63 ubikitinaation.

• RIG-I is a pivotal cytoplasmic sensor that recognizes different species of viral RNAs. This recognition leads to activation of the transcription factors NF-κB and IRF3, which collaborate to induce type I interferons (IFNs) and innate antiviral response. In this study, we identified the TRIM family protein TRIM4 as a positive regulator of RIG-I-mediated IFN induction. Overexpression of TRIM4 potentiated virus-triggered activation of IRF3 and NF-κB, as well as IFN-β induction, whereas knockdown of TRIM4 had opposite effects. Mechanistically, TRIM4 associates with RIG-I and targets it for K63-linked polyubiquitination. Our findings demonstrate that TRIM4 is an important regulator of the virus-induced IFN induction pathways by mediating RIG-I for K63-linked ubiquitination.

GEENIT ja taudit

• Eight common genetic variants associated with serum DHEAS levels suggest a key role in ageing mechanisms. Zhai G, et al. PLoS Genet, 2011 Apr. PMID 21533175, Free PMC Article
  
• (Suom.) Kahdeksan yleistä geenivarianttia, jotka assosioituvat seerumin DHEAS pitoisuuksiin. Arvellaan niillä olevan ikääntymismekanismissa avainosaa. TRIM4 mainitaan näiden kahdeksan joukossa.

See all (20) citations in PubMed

GeneRIFs: Gene References Into FunctionsWhat's a GeneRIF?

1. ZNF198-FGFR1 is associated with phosphorylation of several proteins including SSBP2, ABL, FLJ14235, CALM and TRIM4 proteins.
   

Mitä tiedetään TRIM4 rakenteesta

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_148977.2

Isoformi alpha 1-500 aminohappoa.

Aminohapot 12..52: ”Zf-C3HC4_4” (Cross-brace motif)

Aminohapot 86..123: Bbox Zn binding (CHC3H2)

Aminohapot 304-494. SPRY_PRY-TRIM4; RNF87

Muistiin 6.4. 2018