Leta i den här bloggen

söndag 15 april 2018

TRIM22 (Kr.11p15.4), RNF94, STAF50, GPSTAF50,(C_IV SPRY)

TRIM22 omaa RING-motiivin, BBox1 ja BBox2 sekä Coiled-Coil motiivin. C-terminaalissa on SPRY ja tämän takia proteiini on alaluokkaa C_IV.
 TRIM22 geeni kuuluu antivirusgeeneihin, jotka säätyvät ylös interferonin vaikutuksesta ja proteiini osoittaa antivirusominaisuuksia: Se säätää alas HIV-1 viruksen LTR -promoottorialueesta alkavaa transkriptiota. Ehkä tämän TRIM22-proteiinin tehtävä on välittää interferonin antivirusvaikutuksia. Geenistä pleissautuu vaihtoehtoisesti monia variantteja. Geeniä ilmenee laajasti pernassa, imusolmukkeessa ja 24 muussa kudoksessa.
Huom rakenteesa on myös tumaan lokalisoiva signaali, sekä Rootletin, ciliaarinen rootlet -komponetti, sentrosomikohesiini. Vuoden 2010 jälkeistä tutkimusmateriaalia on myös runsaasti tästä geenistä TRIM22 ja uusia merkityksiä on havaittu, kuten geeninvastaavuus progesteronille ja heterozygoottisuuden merkitys vauvan   suolsitoterveydelle. 

RNF94; STAF50; GPSTAF50
  • Summary. The protein encoded by this gene is a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. This protein localizes to the cytoplasm and its expression is induced by interferon. The protein down-regulates transcription from the HIV-1 LTR promoter region, suggesting that function of this protein may be to mediate interferon's antiviral effects. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Dec 2010] Expression . Broad expression in spleen (RPKM 83.9), lymph node (RPKM 70.5) and 24 other tissues See more

Uudempia tutkimustuloksia TRIM22 geenistä ja proteiinista. (Related articles in PubMed)

TRIM22 ja Hepatiitti B viruksen  (HBV) evaasiotapa

(Suomennosta) Interferoneilla on suora antivirusvaikutus ja niillä on kriittistä osaa varhaisessa viruksenvastaisessa immuunivasteesa. Kuitenkin hepatiitti B-virustulehduksessa interferoniterapia on huonompitehoinen kuin muissa viruksissa. Tutkijat selvittivät HBV-viruksen solukohteita sen vasteessa interferonille ja seuloivat proteosomeja. Tunnistettiin interferonilla alasssäätyneet ja ylössäätynet proteiinit, kun käsiteltiin HBV X-proteiini-stabiileja ja kontrollisoluja. Hbx sääti useita interferonilla stimuloituvia geenejä alas ja niissä oli TRIM22, joka tunnetaan antiretroviraalina proteiinina. Tutkijat osoittivat, että Hbx vaimentaa TRIM22:n transkriptiota tekemällä yksittäisen CpGmetylaatioon sen 5´UTR domeeniin ja seurasi vähentynyt TRIM22:n affiniteetti sitoutua interferonia säätelevään tekijään 1, joten samalla vaimeni TRIM22:n kyky indusoida interferonia. Tässä käytettiin hiirimallia, primäärejä ihmisen maksasoluja ja ihmisen maksakudosta. Työ osoitti hepatiitti B-viruksen erään tavan välttää luonnollinen immuunivaste.
  • Interferons (IFNs) mediate direct antiviral activity. They play a crucial role in the early host immune response against viral infections. However, IFN therapy for HBV infection is less effective than for other viral infections.We explored the cellular targets of HBV in response to IFNs using proteome-wide screening.Using LC-MS/MS, we identified proteins downregulated and upregulated by IFN treatment in HBV X protein (HBx)-stable and control cells. We found several IFN-stimulated genes downregulated by HBx, including TRIM22, which is known as an antiretroviral protein. We demonstrated that HBx suppresses the transcription of TRIM22 through a single CpG methylation in its 5'-UTR, which further reduces the IFN regulatory factor-1 binding affinity, thereby suppressing the IFN-stimulated induction of TRIM22.We verified our findings using a mouse model, primary human hepatocytes and human liver tissues. Our data elucidate a mechanism by which HBV evades the host innate immune system.

TRIM22 geenivarianttien kliinisestä merkityksestä

(Suomennosta) Hyvin laajassa geneettisessä seulonnassa tunnistettiin ihmisen TRIM22- geenivariantti, joka on edullinen niille HIV-1 potilaille, jotka saavat dendriittisoluihin (DC) perustuvaa immunoterapiaa.
  • identified a genetic variation (rs7935564 G allele) in TRIM22 gene, which encodes TRIM22 protein acting like a HIV restriction factor, as being associated with good response to dendritic cell-based immunotherapy

TRIM22  on progesteronihormonin kohdegeeni 

(Suomennosta) Tiedetään että progesteronilla on tärkää osuutta raskauden kiinnittymisessä uterukseen eli kohtuun ja raskaudentilan ylläpidossa. Progesteroni antagonisoi estrogeenin välittämää soluproliferaatiota ja edistää uteruksessa erilaistumista. Progesteronin vaikutus välittyy spesifisten reseptoreiten kautta. Ne ovat progesteronireseseptoreita (PR). Tutkijat kehittivät kaksi PR- isoformi-A kloonia ja tunnistivat niiden avulla progesteroniin vastaavia geenejä cDNA:sta. He löysivät 15 kandidaattigeeniä ja niistä he kohdistivat mielenkiintonsa TRIM22 geeniin. TRIM22:n 1-exonista ylävirtaan päin -25 _-11 emäsparin päässä sijaitsi PRE, progesteroniin vastaava elementti (consensusPRE-sekvensiin verrattuna 1 mismatch). PRE-elementin interaktio TIM22-geeniin lisääntyi hormonista riippuvalla tavalla. Tutkijat tekivät johtopäätöksen, että TRIM22 on progesteronin kohdegeeni ja välittää progesteronivaikutuksia uteruksen soluihin.

  • Progesterone plays important roles in implantation and maintains pregnancy. It antagonizes estrogen-mediated cell proliferation and promotes differentiation in the uterus. The action of progesterone is mediated by specific receptors, namely, the progesterone receptors (PRs). We generated two Ishikawa cell clones stably expressing PR isoform A (PR-A) and identified progesterone-responsive genes using cDNA microarray analysis. Fifteen genes were identified as progesterone-responsive gene candidates by microarray analysis and their progesterone-responsiveness was shown by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) analysis. Out of these 15 genes, we focused on TRIM22. A database search revealed a progesterone response element (PRE) located from the -25 to -11 bp region upstream of TRIM22 exon 1. This PRE had a 1-bp mismatch in the consensus PRE sequence. A chromatin immunoprecipitation assay revealed that the interaction of PR with the TRIM22 PRE region increased in a hormone-dependent manner. The progesterone-dependent enhancer activity of TRIM22 PRE was demonstrated using a luciferase assay. Based on these results, we propose that TRIM22 is a direct target gene of PR and that it can mediate progesterone actions in uterine cells.

Laaja tutkimus TRIM22 geeninrakenteesta ja funktioista. Haitalliset pistemutaatiot.

(Suomennosta) TRIM22 on evolutionaalisesti ikivanha geeni, jolla on integroiva osa isäntäkehon luonnollisessa immuunivasteessa viruksia kohtaan. On havaittu, että antiviraali TRIM22 proteiini näyttää estävän lukuisten virusten replikaatioita, niihin kuuluu HIV-1, hepatiitti B-virus ja influenssa A-virus. TRIM22- ilmenemä on myös assosioitunut multippeliin skleroosiin, syöpään ja autoimmuunitautiin. Tutkijat etsivät sellaisia nsRNP- muutoksia, jotka ova haitallisia TRIM22 rakenteelle ja /tai funktiolle. Kaikenkaikkiaan 14 korkean riskin nsSNP:tä, yksittäistä pistemutaatiota, joista useimmat olivat asettuneet SPRYdomeeniin (B30.2), erikoisesti pinnalle ulottuviin v1 ja v3 alueisiin. Juuri nämä kohdat ovat kriittiset lähisukuisen TRIM5alfan retrovirusrestriktiokyvylle. TRIM22:ssa tunnistettiin lukuisia otaksuttuja rakenteellisia ja funktionaalisia aminohappokohtia, joista usea käy läpi posttranslationaalisen modifikaation. Tämä on ensimmäinen in silico laaja analyysi tästä polymorfisesta TRIM22 geenistä ja tarjoaa arvokkaan lähteen tuleville kohdennetuille ja mekanistisille väestöön perustuville tutkimuksille.
  • Tripartite motif protein 22 (TRIM22) is an evolutionarily ancient protein that plays an integral role in the host innate immune response to viruses. The antiviral TRIM22 protein has been shown to inhibit the replication of a number of viruses, including HIV-1, hepatitis B, and influenza A. TRIM22 expression has also been associated with multiple sclerosis, cancer, and autoimmune disease. In this study, multiple in silico computational methods were used to identify non-synonymous or amino acid-changing SNPs (nsSNP) that are deleterious to TRIM22 structure and/or function. A sequence homology-based approach was adopted for screening nsSNPs in TRIM22, including six different in silico prediction algorithms and evolutionary conservation data from the ConSurf web server. In total, 14 high-risk nsSNPs were identified in TRIM22, most of which are located in a protein interaction module called the B30.2 domain. Additionally, 9 of the top high-risk nsSNPs altered the putative structure of TRIM22's B30.2 domain, particularly in the surface-exposed v2 and v3 regions. These same regions are critical for retroviral restriction by the closely-related TRIM5α protein. A number of putative structural and functional residues, including several sites that undergo post-translational modification, were also identified in TRIM22. This study is the first extensive in silico analysis of the highly polymorphic TRIM22 gene and will be a valuable resource for future targeted mechanistic and population-based studies.

TRIM5 ja TRIM22 polymorfian merkitys HIV/HCV infektion hoitovasteelle

(Suomennosta) TRIM5 ja TRIM22 osallistuvat luontaiseen immuunivasteeseen restriktiofaktoreina ja omaavat antivirusaktiivisuutta. TRIM5 tai TRIM22 -geenissa oleva pistemutaatio vaikuttaaa useisiin virusinfektioihin kuten HIV- HBV- , tuhkarokko- ja vihurirokkoifektioihin. Tässä tutkimuksessa haluttiin selvittää, onko TRIM5 ja TRIM22 polymorfioilla assosiaatiota maksafibroositulehdukseen liittyviin biomerkitsijöihin ja (pegIFNalfa/RBV)-terapian jälkeiseen fibroosiin potilailla, joilla on sekä HIV että HCV samanaikaisesti.havaitiin positiivinen korrelaatio.

  • TRIM5 and TRIM22 are restriction factors involved in innate immune response and exhibit anti-viral activity. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) at TRIM5 and TRIM22 genes have shown to influence several viral infections such as human immunodeficiency virus (HIV), hepatitis B, as well as measles and rubella vaccination. The aim of this study is to analyze whether TRIM5 and TRIM22 polymorphisms are associated with liver fibrosis inflammation-related biomarkers and response to pegylated-interferon-alpha plus ribavirin (pegIFNα/RBV) therapy in HIV/hepatitis C virus (HCV) coinfected patients. TRIM5 and TRIM22 SNPs are associated to increased odds of significant liver fibrosis and SVR after pegIFNα/RBV therapy in HIV/HCV coinfected patients. Besides, TRIM5 SNP was associated to higher baseline levels of circulating biomarkers GRO and MCP-1.

TRIM22 säätelee NOD2-signalointi. TRIM22 homozygoottivariantti eí tuota riittävän tehokasta TRIM2-proteiinia NOD2:n säätelemiseksi.

(Suomennosta) Kokogenomitutkimuksissa ja kohdistetuissa exomisekvenssianalyyseissä vaikeaa inflammatorista suolitosairautta potevilla vauvoilla havaittiin TRIM22 geenin homozygoottivarianttia, jolloin muodostuneen TRIM22-tuotrptoyriinin kyky säädellä signaloivaa NOD2- proteiinia oli puuttrellinen. TRIM22- NOD2-verkosto säätelee antivirus- ja antibakteerisignalointiteitä, jotka vaikuttavat osaltaan tulehdukseen. (Katso kuvia linkeissä alla: NOD-signaloinin periaatyrrdys ja TRIM22-NOD2 yhteisvaikutuksen tärkeydestä)

TRIM22 ja  hepatiitti C-virus

(Suomennosta). C- virushepatiitissa säätyy TRIM22 ylös interferonialfa-vaikutuksesta, jos sitä annetaan hoitona. Tutkijat selvittivät taustamekanismin tähän vaikutukseen. TRIM22 omasi mahdollisesti antivirusvaikutuksen HCV:n NS5A-proteiinia kohtaan. Tämä on HCV-virukselle p tärkeä proteiini replikaatiossa ja resistenssissä IFNalfaterapiaa vastaan. Hoidon 24 ensimmäisen tunnin aikana TRIM22:n ylössäätyminen perifeerisissä monosyyteissä korreloi virustiitterin laskuun. TRIM22:n yliesiintymä esti HCV replikaation. Mutta jos TRIM22geeni hiljennettiin siRNA:n avulla, interferonihoidon indusoimat anti-HCV- toiminnot vähenivät. Tutkijat osoittivat TRIM22:n ubikitinoivan viruksen NS5A:n proteiinin pitoisuudesta riippuvalla tavalla. Tutkijoiden johtopäätöksenä on, että TRIM22:n ylössäätyminen assosioituu HCV viruksen vähenemään interferonialfahoidon aikana ja omaa tärkeän osuuden HCV-viruksen replikaation kontrollissa in vitro ( koeputkessa).
  • TRIM22, a tripartite-motif (TRIM) protein, is upregulated upon interferon alpha (IFNα) administration to hepatitis C virus (HCV)-infected patients. However, the physiological role of TRIM22 upregulation remains unclear. Here, we describe a potential antiviral function of TRIM22's targeting of the HCV NS5A protein. NS5A is important for HCV replication and for resistance to IFNα therapy. During the first 24 h following the initiation of IFNα treatment, upregulation of TRIM22 in the peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) of HCV patients correlated with a decrease in viral titer. This phenomenon was confirmed in the hepatocyte-derived cell line Huh-7, which is highly permissive for HCV infection. TRIM22 over-expression inhibited HCV replication, and Small interfering RNA (siRNA)-mediated knockdown of TRIM22 diminished IFNα-induced anti-HCV function. Furthermore, we determined that TRIM22 ubiquitinates NS5A in a concentration-dependent manner. In summary, our results suggest that TRIM22 upregulation is associated with HCV decline during IFNα treatment and plays an important role in controlling HCV replication in vitro.
  4. Data show that capsid protein p24-DsRed-Monomer was co-localized with tripartite motif containing 22 (TRIM22)-EGFP in HEK293T cells.
Muistiin 15.4. 2018
Upplagd av kl.
Etiketter: , , , , , , ,

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar

Prenumerera på: Kommentarer till inlägget (Atom)