Leta i den här bloggen

torsdag 26 april 2018

TRIM16, (Kr17p12), EBBP,(C-luokittelematon)

TRIM16 (Kr.17p12) , EBBP, (C_luokittelematon)

Geenillä on myös nimi EBBP. Tältä TRIM16-proteiinilta puuttuu RING, joten se on luokittelemattomiin kuuluvien joukossa. Sillä on kaksi B-Box Zing-finger domeenia ja Coiled-coil motiivi. Koska RING- domeeni puuttuu, proteiini voi homodimerisoitua tai heterodimerisoitua toisten TRIM-proteiinien kanssa ja sillä on siten E3-ligaasiaktiivisuutta. Tämä geeni on tuumorisuppressiogeenejä ja se osallistuu sekretoriseen autofagiaan.
Rakenteessa on esitetty pisin variantti ja sen konservoidut domeenit. 

  • TRIM16, EBBP.    Summary: The protein encoded by this gene is a tripartite motif (TRIM) family member that contains two B box domains and a coiled-coiled region that are characteristic of the B box zinc finger protein family. While it lacks a RING domain found in other TRIM proteins, the encoded protein can homodimerize or heterodimerize with other TRIM proteins and has E3 ubiquitin ligase activity. This gene is also a tumor suppressor and is involved in secretory autophagy. [provided by RefSeq, Jan 2017] Expression: Broad expression in esophagus (RPKM 47.9), placenta (RPKM 17.3) and 19 other tissues See more
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001335048.1
Transcript Variant: This variant (1) represents the longest transcript and encodes the longest isoform (a). Variants 1, 2, and 3 all encode the same isoform (a).

Conserved Domains (2) summary
cd12890
Location:365 → 546 ,SPRY_PRY_TRIM16; PRY/SPRY domain in tripartite motif-containing protein 16 (TRIM16)
cl25633
Location:164 → 283 , HlyD; HlyD membrane-fusion protein of T1SS

Artikkeleita_ Related articles in PubMed

TRIM16 geeni säätyy estrogeeneillä ja antiestrogeeneillä epiteelisoluissa, joissa on estrogeenireseptori.
  1. (Suomennosta): TRIM16:n ilmentyminen on alentunut prostata-adenocarsinoomassa normaalikudokseen verrattuna. Korkea TRIM-expressio tuumorissa on parempaan prognoosiin viittaava. Etäpesäkkeissä TRIM16 oli alassäätynyttä. Yli-ilmentymällä estyi syöpäkudoksessa migraatio ja invaasio. Myös EMT estyi (epiteliaalinen-mesenkymaalinen transitio), mutta TRIM16 poistaminen lisäsi mainittuja prosesseja.
    TRIM16 esti Snail-signalointitien. Snail-tien merkitystä TRIM16-väliteisessä tuumorifenotyypissä tutkittiin hiljentämällä Snail siRNA.lla Löydöt osoittivat, että TRIM16 saattaa olla tärkeä molekulaarinen kohde, joka voi toimia apuna hahmoteltaessa uusia terapeuttisia agensseja prostatasyöpään.
  • In the present study, immunohistochemical staining revealed that the expression of TRIM16 was decreased in prostate adenocarcinoma compared with that in normal prostate tissues. The patients with high TRIM16-expressing tumors had a significantly greater survival than those with low TRIM16-expressing tumors. Western blot analysis showed that TRIM16 was downregulated in distant metastatic cancer tissues compared with that in non-distant metastatic cancer tissues. The overexpression of TRIM16 inhibited the migration and invasion of prostate cancer cells as well as inhibiting the epithelial-to-mesenchymal transition process, whereas TRIM16 depletion enhanced these processes. Moreover, TRIM16 inhibited the Snail signaling pathway. The silencing of Snail by small interfering RNA was performed in order to determine the role of Snail in the TRIM16-mediated tumor phenotype. Taken together, these findings suggest that TRIM16 may be an important molecular target which may aid in the design of novel therapeutic agents for prostate cancer
  1.  (Suomennosta) TRIM16- ilmentyminen oli matala ovariaalisyövän solulinjoissa. TRIM16:n yli-ilmentäminen esti koeputkessa migraatiota ja invaasiota ja vaimensi myös ovariaalisyöpäsolujen EMT-fenotyyppiä. Lisäksi TRIM16 yli-ilmentäminen esti suuresti seuraavien proteiinien ilmentymistä ovariaalisyöpäsolussa: Shh, Smo, Ptc, Gli-1 ( Kts. hedgehog signalointi),  MMP2 ja MMP9 ( matrixmetalloproteaaseja). 
    Yhteenvetona on saatu vahvat viitteet TRIM16:n kyvystä estää migraatiota ja invaasiota vaimentamalla Shh-signalointitie (hedgehog signalointi) ovariaalisyöpäsoluista. Täten TRIM16 voi olla uusi terapeuttinen kohde ovariaalisyövässä.
  • Our results demonstrated that TRIM16 expression was low in ovarian cancer cell lines. In addition, overexpression of TRIM16 significantly inhibited the migration and invasion in vitro, as well as suppressed the epithelial-mesenchymal transition (EMT) phenotype in ovarian cancer cells. Furthermore, overexpression of TRIM16 greatly inhibited the protein expression levels of Shh, Smo, Ptc, Gli-1, MMP2, and MMP9 in ovarian cancer cells. Taken together, these results strongly suggest that TRIM16 inhibits the migration and invasion via suppressing the Sonic hedgehog signaling pathway in ovarian cancer cells. Thus, TRIM16 may be a novel potential therapeutic target for ovarian cancer. 

    (Shh hedgehog signaloinnista ja sen proteiiniesta  on erikseen yksi artikkeli).

TRIM16 maksasolusyövässä alassäätynyt

  • (Suomennosta) TRIM16;n vaikutus maksasolukarsinoomaan selvitelttiin. TRIM16 oli näissä leesioissa merkitsevästi alassäätynyt. TRIM16 poistogeenisyys edisti epiteliaali-mesenkymaalitransitiota (EMT) tavalla joka liittyi maksasolusyövän metastasoitumiseen in vivo ja in vitro. Mekanistisesti TRIM16 esti ZEB2 ilmentymistä mikä esti ZEB2:n kohdegeenin E-cadheriinin transskripoitumista . Jos hiljennettiin ZEB2 RNA-interferenssillä, heikkeni shTRIM16 lisäämä solumigraatio ja invaasio. Johtopäätöksenä oli, että TRIM16 esti huonon prognoosin merkkejä EMT:tä ja metastasoitumista . maksasyöpäsolussa.
  • The effect of TRIM16 on HCC cell migration and invasion was investigated using these cells. Compared with paired normal liver tissues in clinical cancer samples, we found that the expression of TRIM16 was significantly downregulated in HCC lesions. We also found knockdown of TRIM16 promoted epithelial-mesenchymal transition (EMT) in a manner associated with HCC metastasis in vitro and in vivo. Mechanistically, TRIM16 inhibited ZEB2 expression, which in turn inhibited transcription of the pivotal ZEB2 target gene E-cadherin. RNA interference-mediated silencing of ZEB2 attenuated shTRIM16-enhanced cell migration and invasion. In conclusion, our findings define TRIM16 as an inhibitor of EMT and metastasis in HCC that predicts poor clinical outcomes.

TRIM16 ylössäätynyt ja lncRNA runsasta mahasyövän etäpesäkemuodostuksessa

  1. (Suomennosta:) Tässä tutkittiin poikkeavat mRNA:t (502) ja lncRNA(440) mahasyövän etäispesäkkeistä. TRIM16 oli ylössäätynytt etäispesäkkeissä verrattuna primärituumoriin ja vaikutti edistävän invaasiota ja migraatiota.
  • Increasing evidence has indicated that long noncoding ribonucleic acids (lncRNAs) play a major role in cancers. Although certain lncRNAs has been reported to play a role in gastric cancer (GC), specific lncRNAs involved in distant metastasis of GC remain unknown.

TRIM16 osuus melanoomassa

  1. (Suomennosta) Jos TRIM16:n basaalinen tai indusoitu ilmentyminen on korkeaa, siitä seuraa alentunutta solukasvua ja migraatiota neuroblastooma -ja ihon levyepiteelisyöpäsoluissa. Kuitenkin TRIM16:n osuus melanoomassa oli vielä tutkimatta. TRIM16 proteiinipitoisuudet olivat huomattavasti vähentyneitä ihmisen melanomasolulinjoissa verrattuna normaaleihin epidermaalisiin melanosyyteihin johtuen sekä DNA-metylaatiosta että proteiinin alentuneesta stabiiliudesta. TRIM16:n poistogeenisyys lisäsi vahvasti solumigraatiota ihmisen normaaleissa epidermaalisissa melanosyyteissä. Sen sijaan TRIM16 yli-ilmentäminen alensi solumigraatiota ja proliferaatiota melanomasoluissa interferoni 1beta:sta (IFN1beta) riippuvalla tavalla. Kromatiinin immunosaostusmenetelmällä selveni, että TRIM16 sitoutui suoraan IFN1beta-eenin promoottoriin. Tutkittaessa 91:n melanomapotilaan näytteitä havaittiin matala TRIM16-ilmentyminen, joka korreloi imusolmukemetastaaseihin. Toisessa kohortissa havaittiin huonoa prognoosia lymfasolmukemetastaaseja saaneilla melanomapotilailla. BRAF-estäjä vemurafenib, nosti TRIM16 proteiinin pitoisuuksia in vitro melanomasoluissa ja indusoi TRIM16:stä riippuvalla tavalla kasvunjarruttuman BRAF-mutanteissa melanomasoluissa. Vemurafenibilla hoidetuilla potilailla korkeat TRIM16 melanomakudospitoisuudet korreloivat kliiniseen vasteeseen. Nämä tiedot ensimmäsitä kertaa osoittavat TRIM16:n solumigraation ja metastaasin merkitsijäksi ja uudeksi hoitokohteeksi melanomassa.
  • High basal or induced expression of the tripartite motif protein, TRIM16, leads to reduce cell growth and migration of neuroblastoma and skin squamous cell carcinoma cells. However, the role of TRIM16 in melanoma is currently unknown. TRIM16 protein levels were markedly reduced in human melanoma cell lines, compared with normal human epidermal melanocytes due to both DNA methylation and reduced protein stability. TRIM16 knockdown strongly increased cell migration in normal human epidermal melanocytes, while TRIM16 overexpression reduced cell migration and proliferation of melanoma cells in an interferon beta 1 (IFNβ1)-dependent manner. Chromatin immunoprecipitation assays revealed TRIM16 directly bound the IFNβ1 gene promoter. Low level TRIM16 expression in 91 melanoma patient samples, strongly correlated with lymph node metastasis, and, predicted poor patient prognosis in a separate cohort of 170 melanoma patients with lymph node metastasis. The BRAF inhibitor, vemurafenib, increased TRIM16 protein levels in melanoma cells in vitro, and induced growth arrest in BRAF-mutant melanoma cells in a TRIM16-dependent manner. High levels of TRIM16 in melanoma tissues from patients treated with Vemurafenib correlated with clinical response. Our data, for the first time, demonstrates TRIM16 is a marker of cell migration and metastasis, and a novel treatment target in melanoma.
  1. https://en.wikipedia.org/wiki/Vemurafenib
See all (36) citations in PubMed

Upplagd av kl.
Etiketter: , ,

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar

Prenumerera på: Kommentarer till inlägget (Atom)