SOLUSYKLI: KCTD16, (5q31.3) Tekee interaktion APP:n kanssa.

tisdag 31 december 2019

KCTD16, (5q31.3) Tekee interaktion APP:n kanssa.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/57528

Official Symbol: KCTD16 (5q31.3)
Official Full Name: potassium channel tetramerization domain containing 16
Expression: Biased expression in brain (RPKM 4.6), lung (RPKM 0.4) and 3 other tissues See more

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001357415.1

ORIGIN      
        1 malsgnCsry ypreqgsavp nsfpevveln vggqvyftrH stlisipHsl lwkmfspkrd
       61 tandlakdsk grffidrdgf lfryildylr drqvvlpdHf pekgrlkrea eyfqlpdlvk
      121 lltpdeikqs pdefCHsdfe dasqgsdtri Cppssllpad rkwgfitvgy rgsCtlgreg
      181 qadakfrrvp rilvCgrisl akevfgetln esrdpdrape rytsrfylkf khlerafdml
      241 seCgfhmvaC nssvtasfin qytddkiwss yteyvfyrep srwspshCdC CCkngkgdke
      301 gesgtscndl stssCdsqse asspqetviC gpvtrqtniq tldrpikkgp vqliqqsemr
      361 rksdllrtlt sgsresnmss kkkavkekls ieeelekCiq dflkikipdr fperkhpwqs
      421 ellrkyhl
//

TB (Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac)/POZ (poxvirus and zinc finger) domain found in potassium channel tetramerization domain-containing protein 16 (KCTD16)

KCTD16 is a BTB/POZ domain-containing protein that is an auxiliary subunit of GABAB receptors associated with mood disorders. It interacts with amyloid beta precursor protein (APP), a type I transmembrane protein involved in a variety of cellular processes such as cell adhesion and axon guidance. The BTB/POZ domain, also known as tetramerization (T1) domain, is a versatile protein-protein interaction motif that facilitates homodimerization or heterodimerization. KCTD family BTB domains can adopt a wide range of oligomerization geometries, including homodimerization, tetramerization, and pentamerization.
Related articles in PubMed

Yeast Two-Hybrid Screening for Proteins that Interact with the Extracellular Domain of Amyloid Precursor Protein. Yu Y, et al. Neurosci Bull, 2016 Apr. PMID 26960425, Free PMC ArticleAbstract
Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative disorder in which amyloid β plaques are a pathological characteristic. Little is known about the physiological functions of amyloid β precursor protein (APP). Based on its structure as a type I transmembrane protein, it has been proposed that APP might be a receptor, but so far, no ligand has been reported. In the present study, 9 proteins binding to the extracellular domain of APP were identified using a yeast two-hybrid system.
After confirming the interactions in the mammalian system, mutated PLP1, members of the FLRT protein family, and KCTD16 were shown to interact with APP. These proteins have been reported to be involved in Pelizaeus-Merzbacher disease (PMD) and axon guidance. Therefore, our results shed light on the mechanisms of physiological function of APP in AD, PMD, and axon guidance. KEYWORDS:Alzheimer’s disease; Amyloid precursor protein; Cell death; Pelizaeus-Merzbacher disease; Yeast two-hybrid screening

(Ruotsalainen teksti PMD taudista:
- (PLP1 geenin osuus)
https://www.socialstyrelsen.se/stod-i-arbetet/ovanliga-diagnoser/pelizaeus-merzbachers-sjukdom/Orsak
Pelizaeus-Merzbachers sjukdom orsakas av en förändring (mutation) i genen PLP1, som finns på den långa armen av X-kromosomen (Xq22). PLP1 är en mall för tillverkningen av (kodar för) proteinet proteolipidprotein-1 (PLP-1), som är en huvudbeståndsdel i myelin i centrala nervsystemet (hjärnan och ryggmärgen). Myelin omger, stödjer och isolerar nervtrådar (axoner) och är nödvändigt för nervens förmåga att leda impulser snabbt och funktionellt.
Mutationen innebär att proteinet PLP-1 bildas i otillräcklig mängd eller får en förändrad sammansättning. Det gör att processen när myelin bildas kring axonerna, myeliniseringen, avstannar på ett tidigt stadium av hjärnans utveckling (hypomyelinisering) eller på annat sätt blir felaktig (dysmyelinisering). Här skiljer sig Pelizaeus-Merzbachers sjukdom från vissa andra sjukdomar i hjärnans vita substans, till exempel leukodystrofier, som innebär att myelinet i nervsystemet bryts ned (demyelinisering).
Myelinet i centrala nervsystemet bildas av särskilda celler som kallas oligodendrocyter. Oligodendrocyterna producerar bland annat PLP-1 som sedan transporteras ut till sin plats kring nervcellernas axoner. PLP-1 har stor betydelse för oligodendrocytens och axonets överlevnad och funktion och inverkar på kalciumbalansen i myelinet. Normalt utgör PLP-1 femtio procent av det totala proteinet i centrala nervsystemet men bara en procent i perifera nerver, vilket förklarar varför det är centrala nervsystemet som drabbas vid Pelizaeus-Merzbachers sjukdom. I undantagsfall kan dock även perifera nervers myelin påverkas.
- ( FLRT geeni perheen osuus) , Fibronectin leucine rich repeat transmembrane (FLRT)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed /?term=Fibronectin+leucine+rich+repeat+transmembrane+(FLRT)
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30792275
- Science. 2019 Feb 22;363(6429). pii: eaav7969. doi: 10.1126/science.aav7969.Latrophilin GPCRs direct synapse specificity by coincident binding of FLRTs and teneurins.
- (KCTD16 osuus) ( APP ja KCTD16 interaktiosta minulla ei ole tarkempaa karttaa)
Genome-wide association study combining pathway analysis for typical sporadic amyotrophic lateral sclerosis in Chinese Han populations. Xie T, et al. Neurobiol Aging, 2014 Jul. PMID 24529757
Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVI. The complete sequences of 150 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. Nagase T, et al. DNA Res, 2000 Feb 28. PMID 10718198
Personalized smoking cessation: interactions between nicotine dose, dependence and quit-success genotype score. Rose JE, et al. Mol Med, 2010 Jul-Aug. PMID 20379614, Free PMC Article
Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. Ota T, et al. Nat Genet, 2004 Jan. PMID 14702039