Leta i den här bloggen


måndag 13 maj 2019

USP- , UCH ja OTU- deubikitinaasigeenien asettuminen eri kromosomeihin.

Kromosomi 1
USP1 (UBP);
USP21;
USP24;
USP33;
USP48.
UCHL5
OTUD2/YOD1/DUBA8/HIN7
OTUD7B/CEZANNE/ZA20D1 

Kromosomi 2
USP34;
USP37 ;
USP39 (65K,CGI-21, HSPC332,SAD1, SNRNP65);
USP40

Kromosomi 3
USP4 (UNP, Unph);
USP13 (ISOT3, IsoT-3);
USP19 (ZMYND9).
BAP1/UCHL2

Kromosomi 4
USP17L9P pseudo (USP17, USP17A, USP17H, USP17I, USP17J, USP17K,USP17L, USP17M, PS447);
USP38 (HP43.8KD);
USP46;
USP53.
UCHL1
OTUD4/DUBA7 

Kromosomi 5
(Ei USP tyyppistä DUB)

Kromosomi 6
USP45;
USP49.
OTUD7C/A20

Kromosomi 7
USP42.

Kromosomi 8
USP17 (protein coding; USP17L2, DUB-3, DUB3)
OTUD6B/DUBA5
VCP1P1/DUBA3 

Kromosomi 9
USP22 (USP3L)

Kromosomi10
USP54 (C10Orf29, bA137L10.3, bA137L10.4)
OTUD1/DUBA7 
TRABID/ZRANB1

Kromosomi 11
USP2(UBP41);
USP28;
UPS35;
USP47  (TRFP; TATA-binding protein-related factor) proximal homolog  deub.47)
OTUB1 
OTUD3(DUBA4)

Kromosomi 12
USP5 (I-SOT);
USP15 (UNPH-2, UNPH4) ;
USP30 (mitochondrial);
USP44;
USP52 (Poly(A)specific ribonuclease subunit PAN2 ).
OTUD4P1/HIN1L pseudo

Kromosomi 13
USP12 (UBH1, USP12L1);
USPL1( C13orf22, D13S106E, bA121O19.1).
UCHL3

Kromosomi 14
OTUB2

Kromosomi 15
USP3 (SIH003, UBP);
USP8 (HumORF8, PITA4, SPG59, UBPY);
USP50.
OTUD7A/CEZANNE2

Kromosomi 16
USP7 (HAUSP, TEF1);
USP10 (UBPO);
USP31 ;
USPL2 (CYLD, EAC, NFT, SBS, TEM,CDMT, MFT1, CYLD1, CYLDI)


Kromosomi 17
USP6 (HRP1, TRE17, TRE2,USP6-short , TRSMCR, Tre-2) 
USP22 (USB3L);
USP32 (NY-REN-60);
 USP32P2pseudogeeni (TL132);
 USP36 (DUB1);
 USP43.

Kromosomi 18
USP14 (TGT).

Kromosomi 19
USP29 (HOM-TES-84/86).

Kromosomi 20
---

Kromosomi  21
USP16 (UBPM, UBP-M);
USP25. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28619731/

Kromosomi 22
USP18 (ISG43, PTORCH2, UBP43)

Kromosomi X
USP9X (DFFRX, FAM, MRX99,FAF, MRXS99F);
USP11 (UHX1);
 USP26;
 USP27X (USP27, MRX105,USP22L);
 USP51.
OTUD5/DUBA
OTUD6A/ DUBA2/HIN6.

KromosomiY
USP9Y (DFFRY, SPGFY2).

Muistiin 13.5.2019  Deubikitinaasien 5  alaperheestä USP- perhe, jossa on 57 jäsentä.
USP tarkoittaa  "Ubiquitin Specific Peptidase".
Kaikki  noin 90 deubikitinaasia (DUB)   jaetaan  kolmeen toiminnalliseen luokkaan, mikä ei tässä  pelkästään kromosomaalista  asettumista  osoittavassa luettelossa vielä selviä, vaikka alternatiiveistä nimistä  saa vihjettä  funktioista).
tarkemmat tiedot olen koonnut edellä seuraavien otsikkojen  alle:

 USP deubikitinaasit  DUB 1- 30
 USP -deubikitinaaseja  DUB 31-57.
Myöhemmin: 
Lisään kromosomeihinsa  4 UCH -geeniä  tummalla painotuksella    ja 14 OTU deubikitinaasigeeniä. kursiivilla .
UCH tarkoittaa  "Ubiquitin C-terminal Hydrolase",
OTU  tulee sanoista  "Ovarian Tumor proteases" ja OTUD;    "OTU deubiquitinases".

Tässä on nyt kromosomeissaan  noin 75 deubikitinaasia. ( ryhmät USP, UCH ja  OTUD) .
Vielä  puuttuu MJD ja JAMM.  4 ja 11 vastaavasti.


Inga kommentarer:

Skicka en kommentar