- UbcM4, UBE2L3 (NFkB prekursoriin vaikuttava ubikitiinikonjugaasi)
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7332
- RNF216, ZIN
- Tähän ubikitiinia konjugoivaan entsyymiin taas vaikuttaa estäen ZIN,
Näillä Ubc ubikitiinin konjugaatioryhmän entsyymeillä on joukko nimiä joilla on joukko synonyymejä, ja tuon ZIN- entsyymin kohde-entsyymin yksi synonyymi on UbcM4. taulukoista sitten löytyy tarkempia yhteyksiä
Minun keräämissäni taulukoissa tätä UbcM4 kutsutaan myös nimellä Ubc2L3 ja muitakin, ja mainitaan että tämän E2 konjugaasin " kollaboraattoreita E3 ub. ligaasien puolella ovat ryhmästä RING, HECT ja RBR. (RING in between RING eli RING-IBR-RING, lyhenneyttynä RBR- perhe https://solusykli.blogspot.com/search/label/RBR%20E3%20ubikitiiniligaasit%28RING-IBR-RING%20motiivi%20%29%2814%29.
Siis RNF216 ( ub.ligaasi) estää UbcM4, joten se ei voi liittää ubikitiiniä NFkB:n edeltäjän alayksikköön p105, joten kokonaisvaikutus on NFkB-esto ja siihen viittaa tuo nimi ZIN: Zinc Finger protein Inhibiting NF-kB. .
RNF perheestä saa tietoja esim "" Gene RNF216, Human" ja tieto ilmaisee synonyymit. (Tosin tällä kerta kun etsin "UBECE7-interacting protein 1"- sen kohdetta jouduin katsomaan hiiriortologin Ubec7 kautta, että sain lisäohjetta ihmisen entsyymin hakuun)
Etsintä geenistä RNF216 PubMwed hakulaitteella: Heti saa seuraavan näkymän. Kaikki virallisesti käytetyt synonyymit esitetään!
"Gene
RNF216 – ring finger protein 216
- Also known as: CAHH, TRIAD3, U7I1, UBCE7IP1, ZIN"
Siitä saa selviteyksen alempaa.
Pitää aukaista geenin teksti. RNF216
| ring finger protein 216 [Homo sapiens (human)] | Chromosome 7, NC_000007.14 (5620041.. | , complement) | CAHH, TRIAD3, U7I1, UBCE7IP1, ZIN |
Kun aukaisee kohdan RNF216 ,saa lyhyen yhteenvedon ja siinä näkyy vuosiluku, jolloin se on kirjoitettu. Alempana on kromosominen tarkka sijaintikohta ja tarkempia karttoja kromosomista ja taulukko geenin ilmenemisestä ihmiskudoksissa. Mutta jos haluaa tietää, mitä nimilyhennyksen tarkoituksen, pitää selata sivua alemmaksi kunnes tulee otsikko Names
ensiksi on Preferred name
ja sitten muut nimet siten että niistä käsin voidaan tehdä lyhennykset. Otan kopion tästä kohdasta NIMET
General protein information
- Preferred Names
- E3 ubiquitin-protein ligase RNF216
- Names
- RING-type E3 ubiquitin transferase RNF216
- triad domain-containing protein 3
- ubiquitin-conjugating enzyme 7-interacting protein 1
- zinc finger protein inhibiting NF-kappa-B
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Tässä siis on kaksi proteiinia joilla on funktionsa ubikitiinien siirtelyn puolella. sekä "UBECE" eli UbcM4 - joka tapauksessa UBC-ryhmää- niiten nimijärjestelmä on vähän sekava mielestäni.
Nyt sitten niillä kompleksina tai siis ehkä vain toisella näistä on jokin deubikitinaasi(DUB), joka säätelee ubikitiinia niiden osalta tai komplekissa niiden kanssa. Mikä niisät siten toimii "scaffoldina"- onko se TM-RBR vai OTU DUB?
Tässä otan esimerkin RNF216 ja OTUD4 kooperaatiosta. jolla on merkitystä ihmisen taudeissakin, jos molemmissa tekijöissä olisi mutaatio. Väikutus näkyy aivojen valkeassa aineessa. RNF216 varsinkin vaikuttaa AMPAreseptoriin.
- OTUD4, OTU deubikitinaasi 4
Siis Etsin Gene: " OTUD4 , Human"
Vastaus:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=OTUD4%2C+Human
Tästä avaan suoraan geenin:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/54726
Sitten täytyykin selata aivan artikkelin alimpiin osiin kunnes tulee otsikko
NCBI reference Sequences(RefSeg)
Sieltä voi valita mRNA tai varsinaisen proteiinin tai jopa DNAkoodin, muta minusta on selkeintä valita peptidisekvenssi ja peptidin selitys.
Se on numerolla ilmoitettu linkki. Tässä tapauksessa: tarkoittaa peptidiä NP ja sen RNA.ta NM -numerot.
NM_001102653.1 → NP_001096123.1 OTU domain-containing protein 4 isoform 3
See identical proteins and their annotated locations for NP_001096123.1
Siis valitsen tuon NP numeron ja pääsen lukemaan kertomusta tästä proteiinista.
NP_001096123.1
Siinä kertomuskessa on referaateja 1-10. Katson sen mikä umero 5 ja vudoelta 2013. olen tehnyt siitä musitiinpanot vihkooni, joten tiedän edeltä mitä haen. Sieltä löytyi sitten se E3 ubikitiiniligaasi RNF216 ja sen mahdollinen yhteistyö OTUD4 kanssa.
REFERENCE 5 (residues 1 to 1049)
AUTHORS Margolin DH, Kousi M, Chan YM, Lim ET, Schmahmann JD,
Hadjivassiliou M, Hall JE, Adam I, Dwyer A, Plummer L, Aldrin SV,
O'Rourke J, Kirby A, Lage K, Milunsky A, Milunsky JM, Chan J,
Hedley-Whyte ET, Daly MJ, Katsanis N and Seminara SB.
TITLE Ataxia, dementia, and hypogonadotropism caused by disordered
ubiquitination
JOURNAL N. Engl. J. Med. 368 (21), 1992-2003 (2013)
PUBMED 23656588
REMARK GeneRIF: The syndrome of hypogonadotropic hypogonadism, ataxia, and
dementia can be caused by inactivating mutations in RNF216 or by
the combination of mutations in RNF216 and OTUD4
Muistiin 14.5. 2019. Päivitys 15.5.
Tämä ryhmä Ub- DUB- entsyymeitä vaikuttaa aivojen valkoiseen aineeseen ja AMPA-reseptoriin ja muutatioista, polymorfioista ym johtuen voi ilmetä eräitä orgaanispohjaisia muistihäiriötyyppejä ja neurodegeneratiivisia häiriöitä kuten ataxiaa. ( Tämä minun pitää mainita myös Muisti Memory- blogissa ja selittää AMPAreseptoriyhteys kun tässä ehtii. Minusta tuo AMPAreseptorin synkronoituminen NMDA-reseptorin funktion kanssa on hyvin olennainen asia ja häiriöherkkä ja mahdollisesti vaikutettavissa oleva orgaanista dementoitumista ja neurodegeneraatiota estettäessä. Näissä Ub-DUB proteiineissa on useita jotka pääasiallissti ilmentyvät aivossa ja pitäisi seuloa ne esiin ehkä satojen tai tuhansien proteiinien joukosta- sitähän työtä ollaan tekemässä kautta maailman. Nämä PubMed geenitietueet kuuluvat siihen palapeliin joka on todellakin suunnattoman laaja)
Inga kommentarer:
Skicka en kommentar