Ei- koodaava RNA, RNAi, Dicer , RISC

 2009 muistiin

noncoding RNA,
RNAi,
 Dicer,
TRBP,
 PACT,
RISC,
 miRNA, siRNA
microRNA, premicroRNA, 

Katsaus 1.

MikroRNA-molekyylit ovat kehkeytyneet kahden vaiheen prosessilla, joka tuottavat noin 22 nukleotidin(nt) RNA molekyylejä. Ne säätelevät negatiivisesti (= vaimentavat) kohdegeeniensä ekspressiota post-transkriptionaalisella tasolla.

Primääriset miRNA molekyylit prosessoituvat prekursori miRNA:ksi ( pre-miRNA) mikroprosessorikompleksin välityksellä.

Kuva esittää miten tehdään  sekvenssispesifinen geenin hiljentymä kohdegeenistä lähtevään mRNA-proteiiniin. 

http://www.nature.com/nri/journal/v3/n11/images/nri1227-f1.jpg

Nämä pre-miRNA muodot pilkkoutuvat RNAasiIII Dicer entsyymillä ja niistä kehkeytyy kypsää miRNA muotoa, jotka ohjaavat RNA- indusoitua hiljentäjäkompleksia (RISC, RNA induced silencing Complex)  kohdegeenistä  kirjoitetulle lähetti-RNA:lle (mRNA) komplementaarisella sekvenssillä.

Tässä työssä tutkijat osoittavat, että Dicer-entsyymiä sisältävän kompleksin integraalinen komponentti on TRBP (HIV transactivating response RNA binding protein), mikä sisältää kolme kaksoissäikeistä RNA:ta sitovaa domeenia.

TRBP-sisältöisten kompleksien biokemiallinen analyysi paljastaa assosiaation Dicer-TRBP ja Argonaute-2( Ago-2) kesken.

http://www.invivogen.com/images/shRNA_pathway.jpg
Ago2 on RISC- kompleksin katalyyttinen moottori. Fysikaalinen assosiaatio näiden kesken varmistettiin Koeputkessa osoitettiin , että TRBP vaaditaan Ago2:n rekrytoimiseen siRNA:lle( small interfering RNA) , joka taas on sitoutunut Diceriin.

TRBP Knock out malli tekee Dicerin epästabiiliksi ja siitä seuraa, että miRNA biogeneesi jää tapahtumatta

Dicer-TRBP kompleksin vaje vähentää RISC-välitteistä reportterigeenin vaimenemista.

Nämä tulokset osoittavat, että Dicer-TRBP kompleksilla on osuutta miRNA prosessoinnin lisäksi myös RISC kompleksin kokoontumisen alustana.

LÄHDE1.

Chendrimada TP, Gregory RI et al. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing. : Nature. 2005 Aug 4;436(7051):740-4. Epub 2005 Jun 22.

http://www.retrovirology.com/content/2/1/65

Katsaus 2.

Pienten RNA- molekyylien kautta tapahtuva geenien vaimeneminen näyttää olevan päätie eukaryoottisisten solujen säätelyssä. Tässä tiessä esiintyvien päätekijöiden identifioiminen on ollut intensiivisen tutkimuksen kohteena viime vuosina.

Ihmisellä pieniä RNA-molekyylejä tuottaa Dicer-entsyymi ja niitä kertyy vaikuttajakomplekseihin kutea RISC (RNA induced silencing complex) useine tekijöineen
joihin kuuluu hAgo2, mRNA:n kohteekseen valitseva endonukleaasi
ja TRBV (HIV-1 TAR RNA binding protein)
http://homepage.usask.ca/~vim458/advirol/SPCV/miRNA/figure5.jpg
ds RNA-sitova lisäproteiini, joka tunnetaan nimellä PACT (merkitsevä tekijä RNA-hiljennyksessä).
PACT liittyy 500kDA kompleksiin, joka sisältää seuraavat tekijät: Dicer, hAgo2 ja TRBP.
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/Pathways/tiny/Activation%20of%20NF-KappaB%20by%20PKR.jpg
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/PathwayView.aspx?pathwayID=14
(a protein activator of PKR = PACT)

Dicer-interaktio käsittää PACT:in kolmannen dsRNA:ta sitovan domaanin (dsRBD) ja Dicerin N-terminaalisen alueen, jossa on helikaasi-motiivi.

Kuten ei TRBP niin ei myös PACT ole tarpeen pre-mikroRNA:n pilkkoutumisreaktiossa.

Mutta kuitenkin PACT-tekijän puute vaikuttaa vahvasti kypsän miRNA:n kertymisiin in vivo ja kohtalaisesti vähentää siRNA:n tehoa indusoida RNA-interferenssiä.

Tämä tutkimus osoittaa, että ihmisen Dicer entsyymi (muista RNAasi III proteiinityypeistä poiketen) saattaa rekrytoida kaksi erilaista dsRBD-sisältävää proteiinia, jotka kiihdyttävät RISC- kompleksin muodostusta.

LÄHDE 2.
Yoontae Lee et al. The role of PACT in the RNA silencing pathway EMBO J. 2006 February 8; 25(3): 522–532. Published online 2006 January 19

http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1383527

Muistiin RNA interferenssin osatekijöistä.

18/04/2008 21:51
|