SOLUSYKLI: TRIMproteiinit

tisdag 6 februari 2018

TRIMproteiinit

Joka kromosomissa ei ole luonnollisen immuniteettijärjestelmän TRIM-proteiineja koodaavia geenejä. Esim KROMOSOMISSA 8.on sen sijaan ABOBEC-klusteri.
TRIM- immuniteettia on joku kuvannut trimmuniteettinä.

(Ilman proteiinia koodaavia TRIM-geenejä ovat kromosomit 12,18,20, 21,22 ja Y kromosomi, jossa viimeksimainitussa onvain pseudogeeni TRIMEJÄ)

Ihmisen kromosomistossa

KROMOSOMISSA 1 on seuraavat TRIM-geenit:
p-haara:
TRIM 33, PTCI7, TIF1gamma,TFIG, KIAA1113, .RFQ7, (C VI, PHD plant homeodomain)
TRIM 45, RNF99, IG-FLMN (filamin) , (C X, filamindomeeni)
TRIM 63, RNF28, MURF-1, IRF, SMRZ (Striate muscle specific RING finger),(C II, COS)
TRIM 67,TNL (TRIM-9 like protein, (C I, COS, FN3, SPRY)
q-haara
TRIM 46, TRIFIC, GENEY, (C I, COS, FN3, SPRY)
TRIM 11, RNF92, B1A1, (C I, COS, FN3, SPRY)
TRIM58. B1A2, (C IV, PRY/SPRY) .
TRIM 62, DEAR1 (C IV PRY/SPRY)

KROMOSOMISSA 2 on seuraavat TRIM-geenit:
p-haara:
TRIM54, MURF3, RNF30, (C II , COS); (PAM = proteinaggrecating myopathy)
q-haara:
TRIM43. (C IV, SPRY) , kandidaattigeeni lihasdystrofiataudille FSHD
Myös joitain pseudogeenejä.

KROMOSOMISSA 3 on seuraavat TRIM-geenit:
p-haara:TRIM71, LIN-41 (Limb girdle muscular dystrophy 2H), (CVII, FIL,NHL)
q-haara:
TRIM42 , PPP1R40,T4A1, (C III, COS, FN3)
TRIM59.TSBF1,RNF104, Mrf1, IFT,(C XI , TM)

KROMOSOMISSA 4 on seuraavat TRIM-geenit q.haarassa.
TRIM2, CMT2R,KIAA0517, RNF86 (C VII, FIL, NHL) 744 aa.
TRIM60, RNF33, RNF129 (C IV, PRY/SPRY), 471 a.a ( Tällä Trimillä on 6 kromosomissa) pseudogeenejä)
TRIM61,RNF35 (C V), 209 a.a. (Leber´s cong. amaurosis)
TRIM75(pseudogeeni vain?).
Myös TRIM-L1, RNF209

KROMOSOMISSA 5 on seuraavat TRIM-geenit:
Vain q-haarassa:
TRIM23, ARFD1, ARD1, RNF46 ( C IX , ARF)
TRIM36, HAPRIN, ANPH (C I, COS, FN3,SPRY)
TRIM7, GNIP, RNF90 (C IV, PRY/SPRY)
TRIM41, RINCK (C IV, PRY/SPRY)
TRIM52, RNF102 (C V, laajentunut RING domaani)
TRIM76 , Myospryn, CMYA5, SPRYD2 ( Luokittelematon, UC, pitkäketjuinen).

KROMOSOMISSA 6 on seuraavat TRIM-geenit:
Vain p-haarassa:
TRIM10 (hematopoieettinen RING finger 1),HERF1, RFB30, RNF9
TRIM15, RNF93,ZNF178, ZNFB7, (C_ IV PRY/SPRY) (Foc. adhesomia, paxilliinia säätävä)
TRIM26, AFP, RNF95, ZNF173 (C_IV, PRY/SPRY)
TRIM27, RFP, Ret finger protein, RNF76, (PTEN säätelyä atyyppisellä polyubikitinaatiolla) (C_ IV, PRY/SPRY)
TRIM31, RNF, HCG1(C_V)
TRIM38, RNF15, RORET, Ro/SSA Ribonucleoprotein homolog(C_IV PRY/SPRY)
TRIM39, RNF23, tfb,(C_IV) Apoptoosin säätelyjärjestelmään kuuluva (p53, p21, MOAP-1 säätely)
TRIM40, RNF35, Propable E3 NEDD8_protein ligase (C_V), Gastrointestinal inflammation regulator

KROMOSOMISSA7 on seuraavat TRIM-geenit: 'p-haarassa muatamia pseudogeenejä;TRIM60P16,-P17,-P18.
q-haarassa :
TRIM50,
TRIM56,Vimentiini kohdemolekyli; antiviraali
TRIM73,
TRIM74,
TRIM4,
TRIM24 (säätelee p53)

KROMOSOMISSA 8 on seuraavat TRIM-geenit:p-haara: TRIM35 (HLS5 hematopoieettisen linjan vaihde) ; q-haara:TRIM55.Pseudogeeni TRIM60p15.

KROMOSOMISSA 9 on seuraavat TRIM-geenit:
q-haarassa:
TRIM14,
TRIM32.

KROMOSOMISSA 10 on seuraava TRIMgeeni:
q-Haarassa:TRIM8.

KROMOSOMISSA 11 on paljon TRIM-geenejä jarunsaasti TRIM-pseudogeenejä:
p-haarassa:
TRIM3,
TRIM5, ( tästä on eniten tietoa netissä)
TRIM6,
TRIM21,https://www.proteinatlas.org/ENSG00000132109-TRIM21/cell
TRIM22,
TRIM34,
TRIM66,
TRIM68.
q-haarassa:
TRIM48,
TRIM49,
TRIM64,
TRIM29.
Pseudogeenejä en tässä luettele nyt.

(Kr.12-)

KROMOSOMISSA 13 on yksi proteiinia koodaava TRIM ja pari pseudogeeniä.
q-haara: TRIM13.

KROMOSOMISSA 14 löytyy myös yksi TRIMgeeni:
q-haara:TRIM9.

KROMOSOMISSA 15 on kaksi TRIMgeeniä.
q-haara:TRIM19, TRIM69.

KROMOSOMISSA 16 löytyy kaksi TRIM-geeniä.
p-haara:TRIM72, q-haara TRIM20 ( tarkista onko q)

KROMOSOMISSA 17 löytyy kuusi TRIMgeeniä.
p-haara:
TRIM16,
TRIM70.;
q-haara:
TRIM25,
TRIM37,
TRIM47,
TRIM65.

(Kr.18 -)
KROMOSOMISSA 19 löytyy yksi TRIM-geeni, josta kirjoitan tänään muistiin suomennosta.
q-haara:( TRIM28 tekee suoran interaktion MDM2-molekyyliin ja kooperoi sen kanssa edistäen p53:n polyubikitinaatiota ja proteosomaalista hajoamista. TRIM28 ja MDM2 stimuloivat yhdessä p53-HDAC1 kompleksin muodostumista ja p53 asetylaation estymistä.MAGEproteiinit taas koetavat saada aikaan TRIM28-MDM2-p53-kompleksin, jota useissa syövissä esiintyy.

(Kr.20 -)

(Kr.21 -)

(Kr.22 -; Tässä kromosomissa on puolestaan ABOBEC klusteri)

KROMOSOMI Y:
Runsaasti pseudogeenejä TRIM60P. Ei yhtään proteiinia koodaavaa TRIM geeniä kuitenkaan.

KROMOSOMI X löytyy proteiinia koodaavia TRIM-geenejä.
q-haarfa: TRIM1 (tunnetaan nimellä MID2), TRIM18.

Genomin kuva