Suomen Lääkärilehdestä sitaatti:
Geeniluennan ymmärtäminen on avaintekijä tutkittaessa syövän syntyä
24.06.2009
Solujen stressinsietokyky on kohonnut monissa syöpäkasvaimissa. Syöpäsolut selviävät tällöin tilanteissa, joissa normaalit solut eivät pärjää: ne on ikään kuin ohjelmoitu jatkuvaan stressiin. Esimerkiksi säteily, raskasmetallit tai bakteeri- ja virustulehdukset ovat solustressiä, jotka voivat laukaista joko kuoleman mekanismin tai puolustusreaktion.
– Syöpäsolut tuottavat puolustusproteiineja, lämpösokkiproteiineja, suurentuneita määriä ilman ulkoisia ärsykkeitä. Solun oma puolustusmekanismi on erittäin riippuvainen siitä, kuinka hyvin solu voi, onko kyse nuoremmasta vai vanhemmasta solusta ja kuinka paljon vaurioita tapahtuu yhtä aikaa, kertoo professori Lea Sistonen Åbo Akademista.
Jotkut syöpäsolut eivät kuole solumyrkkyjen ja säteilytyksen jälkeen, vaan kestävät ne paremmin kuin normaalit solut. Myös tähän vaikuttaa stressiensietokyky.
Syöpäsolujen löydettävä oikea rakenne
Koska syöpäsolujen proteiinien tuotanto on lisääntynyt, proteiinien pitää löytää oikea kolmiulotteinen rakenne, eli laskostua oikein. Syöpäsolut tarvitsevat enemmän laskostumista auttavia proteiineja.
– Tällaiset molekyyliproteiinit toimivat ikään kuin “esiliinoina”. Ne sitoutuvat juuri syntetisoituneisiin polypeptideihin, jotka vapautuvat ribosomeista. Monesti juuri valmistuneiden proteiinien vettä hylkivät osat ovat auki. Tämä on kriittinen vaihe, sillä proteiinit saattavat mennä sikinsokin ja voivat muodostaa komplekseja väärien proteiinien kanssa. Suojelevat esiliinaproteiinit pitävät ne sellaisessa tilassa, etteivät ne pääse laskostumaan väärin, huomauttaa Sistonen.
Syöpäsolussa on ilmeisesti laskostukseen erikoistuneita suojeluproteiineja jo valmiiksi paljon, jotta ne selviävät syöpäsolun kiihtyvästä aineenvaihdunnasta.
Geeniluenta selvittää hiljentyvät ja aktivoituvat geenit
Lea Sistonen tutkii geeniluentaa, jossa selvitetään, mitkä geenit hiljennetään ja mitkä aktivoituvat. Ainoastaan murto-osa kaikissa soluissa olevista samoista geeneistä aktivoituu tietyissä vaiheissa.
– Haasteita aiheuttaa muun muassa se, että geeniluenta yleensä hiljennetään silloin, kun solut alkavat tuottaa suojelevia proteiineja. Vain tietyt lämpösokkitekijät aktivoituvat. Estäjiä ja stimulaattoreita etsitään nyt kovasti. Tutkimme parhaillaan sitä, miten geeniluenta tapahtuu ja kuinka sitä pitäisi joskus estää syövässä. Jos soluissa on yliaktiivinen stressivaste, se pitää hiljentää, kertoo Lea Sistonen.
Kolikon toinen puoli on se, että esimerkiksi Alzheimerin taudissa ja Parkinsonin taudissa aivoihin kertyy ei-toiminnallisia proteiineja, jotka pitäisi poistaa, mutta jotka eivät jostakin syystä häviä. Siksi nämä proteiinit sakkautuvat aivoihin.
– Toisissa soluissa siis pitäisi edesauttaa stressinsietokykyä, kun taas joissakin soluissa sitä pitäisi estää. Nyt tutkitaankin eri lääkeaineita, joista toivotaan apua siihen, että syöpäsoluihin voitaisiin viedä estäjiä ja aivoihin stimulaattoreita, painottaa Sistonen.
LÄHDE: UllaToikkanen
http://www.laakarilehti.fi/uutinen.html?opcode=show/news_id=7515/news_db=web_lehti2006/type=1
onsdag 24 juni 2009
tisdag 9 juni 2009
Ei- koodaava RNA, RNAi, Dicer , RISC
2009 muistiin
noncoding RNA,
RNAi,
Dicer,
TRBP,
PACT,
RISC,
miRNA, siRNA
microRNA, premicroRNA,
Katsaus 1.
MikroRNA-molekyylit ovat kehkeytyneet kahden vaiheen prosessilla, joka tuottavat noin 22 nukleotidin(nt) RNA molekyylejä. Ne säätelevät negatiivisesti (= vaimentavat) kohdegeeniensä ekspressiota post-transkriptionaalisella tasolla.
Primääriset miRNA molekyylit prosessoituvat prekursori miRNA:ksi ( pre-miRNA) mikroprosessorikompleksin välityksellä.
Kuva esittää miten tehdään sekvenssispesifinen geenin hiljentymä kohdegeenistä lähtevään mRNA-proteiiniin.
http://www.nature.com/nri/journal/v3/n11/images/nri1227-f1.jpg
Nämä pre-miRNA muodot pilkkoutuvat RNAasiIII Dicer entsyymillä ja niistä kehkeytyy kypsää miRNA muotoa, jotka ohjaavat RNA- indusoitua hiljentäjäkompleksia (RISC, RNA induced silencing Complex) kohdegeenistä kirjoitetulle lähetti-RNA:lle (mRNA) komplementaarisella sekvenssillä.
Tässä työssä tutkijat osoittavat, että Dicer-entsyymiä sisältävän kompleksin integraalinen komponentti on TRBP (HIV transactivating response RNA binding protein), mikä sisältää kolme kaksoissäikeistä RNA:ta sitovaa domeenia.
TRBP-sisältöisten kompleksien biokemiallinen analyysi paljastaa assosiaation Dicer-TRBP ja Argonaute-2( Ago-2) kesken.
http://www.invivogen.com/images/shRNA_pathway.jpg
Ago2 on RISC- kompleksin katalyyttinen moottori. Fysikaalinen assosiaatio näiden kesken varmistettiin Koeputkessa osoitettiin , että TRBP vaaditaan Ago2:n rekrytoimiseen siRNA:lle( small interfering RNA) , joka taas on sitoutunut Diceriin.
TRBP Knock out malli tekee Dicerin epästabiiliksi ja siitä seuraa, että miRNA biogeneesi jää tapahtumatta
Dicer-TRBP kompleksin vaje vähentää RISC-välitteistä reportterigeenin vaimenemista.
Nämä tulokset osoittavat, että Dicer-TRBP kompleksilla on osuutta miRNA prosessoinnin lisäksi myös RISC kompleksin kokoontumisen alustana.
LÄHDE1.
Chendrimada TP, Gregory RI et al. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing. : Nature. 2005 Aug 4;436(7051):740-4. Epub 2005 Jun 22.
http://www.retrovirology.com/content/2/1/65
Katsaus 2.
Pienten RNA- molekyylien kautta tapahtuva geenien vaimeneminen näyttää olevan päätie eukaryoottisisten solujen säätelyssä. Tässä tiessä esiintyvien päätekijöiden identifioiminen on ollut intensiivisen tutkimuksen kohteena viime vuosina.
Ihmisellä pieniä RNA-molekyylejä tuottaa Dicer-entsyymi ja niitä kertyy vaikuttajakomplekseihin kutea RISC (RNA induced silencing complex) useine tekijöineen
joihin kuuluu hAgo2, mRNA:n kohteekseen valitseva endonukleaasi
ja TRBV (HIV-1 TAR RNA binding protein)
http://homepage.usask.ca/~vim458/advirol/SPCV/miRNA/figure5.jpg
ds RNA-sitova lisäproteiini, joka tunnetaan nimellä PACT (merkitsevä tekijä RNA-hiljennyksessä).
PACT liittyy 500kDA kompleksiin, joka sisältää seuraavat tekijät: Dicer, hAgo2 ja TRBP.
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/Pathways/tiny/Activation%20of%20NF-KappaB%20by%20PKR.jpg
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/PathwayView.aspx?pathwayID=14
(a protein activator of PKR = PACT)
Dicer-interaktio käsittää PACT:in kolmannen dsRNA:ta sitovan domaanin (dsRBD) ja Dicerin N-terminaalisen alueen, jossa on helikaasi-motiivi.
Kuten ei TRBP niin ei myös PACT ole tarpeen pre-mikroRNA:n pilkkoutumisreaktiossa.
Mutta kuitenkin PACT-tekijän puute vaikuttaa vahvasti kypsän miRNA:n kertymisiin in vivo ja kohtalaisesti vähentää siRNA:n tehoa indusoida RNA-interferenssiä.
Tämä tutkimus osoittaa, että ihmisen Dicer entsyymi (muista RNAasi III proteiinityypeistä poiketen) saattaa rekrytoida kaksi erilaista dsRBD-sisältävää proteiinia, jotka kiihdyttävät RISC- kompleksin muodostusta.
LÄHDE 2.
Yoontae Lee et al. The role of PACT in the RNA silencing pathway EMBO J. 2006 February 8; 25(3): 522–532. Published online 2006 January 19
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1383527
Muistiin RNA interferenssin osatekijöistä.
18/04/2008 21:51
|
noncoding RNA,
RNAi,
Dicer,
TRBP,
PACT,
RISC,
miRNA, siRNA
microRNA, premicroRNA,
Katsaus 1.
MikroRNA-molekyylit ovat kehkeytyneet kahden vaiheen prosessilla, joka tuottavat noin 22 nukleotidin(nt) RNA molekyylejä. Ne säätelevät negatiivisesti (= vaimentavat) kohdegeeniensä ekspressiota post-transkriptionaalisella tasolla.
Primääriset miRNA molekyylit prosessoituvat prekursori miRNA:ksi ( pre-miRNA) mikroprosessorikompleksin välityksellä.
Kuva esittää miten tehdään sekvenssispesifinen geenin hiljentymä kohdegeenistä lähtevään mRNA-proteiiniin.
http://www.nature.com/nri/journal/v3/n11/images/nri1227-f1.jpg
Nämä pre-miRNA muodot pilkkoutuvat RNAasiIII Dicer entsyymillä ja niistä kehkeytyy kypsää miRNA muotoa, jotka ohjaavat RNA- indusoitua hiljentäjäkompleksia (RISC, RNA induced silencing Complex) kohdegeenistä kirjoitetulle lähetti-RNA:lle (mRNA) komplementaarisella sekvenssillä.
Tässä työssä tutkijat osoittavat, että Dicer-entsyymiä sisältävän kompleksin integraalinen komponentti on TRBP (HIV transactivating response RNA binding protein), mikä sisältää kolme kaksoissäikeistä RNA:ta sitovaa domeenia.
TRBP-sisältöisten kompleksien biokemiallinen analyysi paljastaa assosiaation Dicer-TRBP ja Argonaute-2( Ago-2) kesken.
http://www.invivogen.com/images/shRNA_pathway.jpg
Ago2 on RISC- kompleksin katalyyttinen moottori. Fysikaalinen assosiaatio näiden kesken varmistettiin Koeputkessa osoitettiin , että TRBP vaaditaan Ago2:n rekrytoimiseen siRNA:lle( small interfering RNA) , joka taas on sitoutunut Diceriin.
TRBP Knock out malli tekee Dicerin epästabiiliksi ja siitä seuraa, että miRNA biogeneesi jää tapahtumatta
Dicer-TRBP kompleksin vaje vähentää RISC-välitteistä reportterigeenin vaimenemista.
Nämä tulokset osoittavat, että Dicer-TRBP kompleksilla on osuutta miRNA prosessoinnin lisäksi myös RISC kompleksin kokoontumisen alustana.
LÄHDE1.
Chendrimada TP, Gregory RI et al. TRBP recruits the Dicer complex to Ago2 for microRNA processing and gene silencing. : Nature. 2005 Aug 4;436(7051):740-4. Epub 2005 Jun 22.
http://www.retrovirology.com/content/2/1/65
Katsaus 2.
Pienten RNA- molekyylien kautta tapahtuva geenien vaimeneminen näyttää olevan päätie eukaryoottisisten solujen säätelyssä. Tässä tiessä esiintyvien päätekijöiden identifioiminen on ollut intensiivisen tutkimuksen kohteena viime vuosina.
Ihmisellä pieniä RNA-molekyylejä tuottaa Dicer-entsyymi ja niitä kertyy vaikuttajakomplekseihin kutea RISC (RNA induced silencing complex) useine tekijöineen
joihin kuuluu hAgo2, mRNA:n kohteekseen valitseva endonukleaasi
ja TRBV (HIV-1 TAR RNA binding protein)
http://homepage.usask.ca/~vim458/advirol/SPCV/miRNA/figure5.jpg
ds RNA-sitova lisäproteiini, joka tunnetaan nimellä PACT (merkitsevä tekijä RNA-hiljennyksessä).
PACT liittyy 500kDA kompleksiin, joka sisältää seuraavat tekijät: Dicer, hAgo2 ja TRBP.
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/Pathways/tiny/Activation%20of%20NF-KappaB%20by%20PKR.jpg
http://www1.qiagen.com/GeneGlobe/PathwayView.aspx?pathwayID=14
(a protein activator of PKR = PACT)
Dicer-interaktio käsittää PACT:in kolmannen dsRNA:ta sitovan domaanin (dsRBD) ja Dicerin N-terminaalisen alueen, jossa on helikaasi-motiivi.
Kuten ei TRBP niin ei myös PACT ole tarpeen pre-mikroRNA:n pilkkoutumisreaktiossa.
Mutta kuitenkin PACT-tekijän puute vaikuttaa vahvasti kypsän miRNA:n kertymisiin in vivo ja kohtalaisesti vähentää siRNA:n tehoa indusoida RNA-interferenssiä.
Tämä tutkimus osoittaa, että ihmisen Dicer entsyymi (muista RNAasi III proteiinityypeistä poiketen) saattaa rekrytoida kaksi erilaista dsRBD-sisältävää proteiinia, jotka kiihdyttävät RISC- kompleksin muodostusta.
LÄHDE 2.
Yoontae Lee et al. The role of PACT in the RNA silencing pathway EMBO J. 2006 February 8; 25(3): 522–532. Published online 2006 January 19
http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?artid=1383527
Muistiin RNA interferenssin osatekijöistä.
18/04/2008 21:51
|
Prenumerera på:
Inlägg (Atom)