Leta i den här bloggen


lördag 24 mars 2018

TRIM42 (Kr.3q23), FN3-domeeni.

TRIM42 kuuluu uudempiin havaittuihin TRIM -perheen jäseniin (2002) ja luokitellaan alaryhmään CIII. C-terminaalissa on FN3.

TRIM42:lle  löytyy nimiä PPP1R40 (protein phosphatase 1 regulatory subunit 40),
Sillä on myös nimi T4A1 .Tämän lyhennyksen merkitystä en löydä.

Tämä TRIM42 omaa tyypillisen TRIM-rakenteen RBCC  ensinnäkin:
 RING- domaani, B-box1 ja B-box2 sekä CC- alue ( helikaalinen Coiled Coil).
Lisäksi sille on  omatyyppinen  sisältö tässä 723 aminohapon peptidirakenteessa. Siitä löytyy seuraavia domaaneja.
  Zn-Box alue on  aminohapoissa  285- 326.
 Helikaalisessa  alueessa on domeeni  nimeltään   "iSH_PI3K_IA_R" (369-452 ). Englantilainen nimi  on Inter-Src homology2 helical domain of class IA Phosphoinositide 3-kinase (PI3K)- regulatory subunits".
Sitten C-terminaalissa on  FN3 eli fibronektiini  tyyppi III domaani (612- 698). Sitaatti tästä FN3 domaanista löytyy erikseen:
Proteiinista  mainitaan myös   kohta  687..688, 696..691, " Cytokine Receptor motif" , sytokiinireseptorimotiivi.
  • This gene encodes a member of the tripartite motif (TRIM) family. The TRIM motif includes three zinc-binding domains, namely a RING, a B-box type 1 and a B-box type 2, and a coiled-coil region. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Protein TRIM42: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/AAO14945.1
 
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?uid=238020
  •   612- 698, FN3, fibronectin type 3 domain
  • One of three types of internal repeats found in the plasma protein fibronectin. Its tenth fibronectin type III repeat contains an RGD cell recognition sequence in a flexible loop between 2 strands. Approximately 2% of all animal proteins contain the FN3 repeat; including extracellular and intracellular proteins, membrane spanning cytokine receptors, growth hormone receptors, tyrosine phosphatase receptors, and adhesion molecules. FN3-like domains are also found in bacterial glycosyl hydrolases.

Inga kommentarer:

Skicka en kommentar